Phaeocystis globosa与Phaeocystis antarctica叶绿体psbA基因的比较

测定了2株球形棕囊藻PhaeocystisglobosaP1、P2的 psbA基因序列 ,发现得到的2个序列完全相同。以P2序列对比分析了P.globosa和P.antarctica的psbA基因在DNA序列、氨基酸序列和RNA二级结构上的差异性 ,发现2种棕囊藻psbA基因DNA序列和氨基酸序列非常保守 ,无插入/缺失 ,其核苷酸和氨基酸变异率分别为1.88 %和1.13 %。与核基因核苷酸的碱基替换不同 ,psbA基因核苷酸的碱基替换主要发生在密码子的第1位上 ,且不引起氨基酸的变化 ,引起氨基酸变化的碱基替换都发生在密码子的第2位和第3位上。在RNA二级结构上两序列的1～4茎环结构完全相同 ,表现出明显的棕囊藻属的特异性 ,其它结构区域差异较大 ,种间差异表现明显。由于 psbA基因DNA序列和氨基酸序列非常保守 ,可能不适宜棕囊藻属的系统发育分析。但其RNA二级结构可能对于棕囊藻的分子分类有一定的参考价值。

球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)叶绿体psaA基因片段的序列分析

根据GenBank中检索到的南极棕囊藻(Phaeocystisantarctica)psaA基因序列设计psaAL和psaAR引物,对球形棕囊藻(Phaeocystisglobosa)的psaA基因片段进行PCR扩增并测序,获得了629bp的DNA序列。应用ClustalX对球形棕囊藻P1、P2株系和南极棕囊藻的psaA基因片段序列进行比对,结果表明,球形棕囊藻psaA基因片段序列无插入/缺失,核苷酸差异率为3.34%。应用DNAstar分析软件推断球形棕囊藻和南极棕囊藻的psaA基因对应的氨基酸序列和RNA二级结构,发现它们的氨基酸序列差异不大,序列中209个氨基酸只有1个发生了变化,其氨基酸变异率为0.48%;除部分结构域比较相似外,RNA二级结构上体现一定程度的差异,这可能对棕囊藻的分子分类研究有参考价值。因所获得的psaA基因片段序列及氨基酸序列具有种的极端保守性,不适宜用作Phaeocystis属种间的分子分类研究。