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黑果枸杞YABBY转录因子家族鉴定与生物信息学分析
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作者 刘筠 李效雄 +5 位作者 贾西贝 马瑞 柳迪 杜雨 胡晓桐 马彦军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1729-1741,共13页
为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)YABBY基因家族在盐胁迫下的耐盐分子机制,本文采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库中YABBY家族成员的理化性质、保守结构域、进化树及表达模式进行分析。结果表明,黑果枸杞转录组数据中共筛选... 为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)YABBY基因家族在盐胁迫下的耐盐分子机制,本文采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库中YABBY家族成员的理化性质、保守结构域、进化树及表达模式进行分析。结果表明,黑果枸杞转录组数据中共筛选出10个YABBY家族成员,分布在YAB1/YAB3,YAB2和YAB5亚家族中。蛋白质亚细胞定位预测结果表明,其家族成员主要定位于细胞核。黑果枸杞YABBY家族蛋白分子量介于11 676.16~23 751.85 D;等电点介于6.47~9.62;总原子数介于1 584~3 294;氨基酸个数介于106~213 aa;脂溶指数介于55.06~81.04;不稳定系数介于26.38~70.05;蛋白成员均为亲水蛋白。LrYABBY家族的蛋白质C端具有YABBY保守结构域,无规则卷曲和α-螺旋占比较大。表达分析证明,NaCl胁迫株的不同器官中LrYABBYs具有不同的表达趋势,LrYABBY10在根中高表达,LrYABBY8在叶中高表达,表明其可能在黑果枸杞盐胁迫响应中发挥重要作用。该结果为黑果枸杞YABBY家族及其盐胁迫响应方面的进一步研究提供参考。 展开更多
关键词 黑果枸杞 NACL胁迫 YABBY转录因子 生物信息学分析
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黑果枸杞DBB转录因子家族鉴定与生物信息学分析
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作者 刘筠 李效雄 +5 位作者 杜雨 马瑞 胡晓桐 柳迪 贾西贝 马彦军 《兰州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期415-426,共12页
对黑果枸杞Double B-box(DBB)基因家族测序并进行生物信息学分析,以深入研究LrDBB基因的功能.以NaCl溶液处理黑果枸杞转录组数据库为基础,对黑果枸杞DBB基因家族成员进行鉴定和分析.黑果枸杞转录组数据中共筛选出32个DBB家族成员,分为5... 对黑果枸杞Double B-box(DBB)基因家族测序并进行生物信息学分析,以深入研究LrDBB基因的功能.以NaCl溶液处理黑果枸杞转录组数据库为基础,对黑果枸杞DBB基因家族成员进行鉴定和分析.黑果枸杞转录组数据中共筛选出32个DBB家族成员,分为5个亚家族,蛋白质亚细胞定位预测中其家族成员主要定位于细胞核.黑果枸杞DBB家族蛋白质分子量为5 156.83~53 308.44D;等电点4.58~8.96;总原子数692~7 324;氨基酸个数46~476 aa;脂溶指数51.06~92.88;大多数蛋白质成员为不稳定蛋白质和亲水蛋白质.LrDBB家族的蛋白质N端均具有B-box保守结构域,无规则卷曲和α-螺旋占比较大.表达模式中发现,NaCl胁迫株的根和叶中均有LrDBB基因家族成员出现高表达量.在NaCl胁迫下黑果枸杞DBB基因于不同器官中的表达量存在明显差异,推断此家族基因可能在盐胁迫中起调控作用. 展开更多
关键词 黑果枸杞 NACL胁迫 DBB转录因子 生物信息学分析
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黑果枸杞XTH转录因子家族鉴定与生物信息学分析 被引量:2
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作者 贾西贝 李效雄 +3 位作者 杜雨 胡晓桐 刘筠 马彦军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期2916-2924,共9页
为探究木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTHs)基因家族在黑果枸杞(Lycium ruthenicum)生长发育中的作用,以及对盐胁迫的响应,本文通过生物信息学方法对XTHs基因的理化性质、保守结构域、进化关... 为探究木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTHs)基因家族在黑果枸杞(Lycium ruthenicum)生长发育中的作用,以及对盐胁迫的响应,本文通过生物信息学方法对XTHs基因的理化性质、保守结构域、进化关系和表达模式进行分析。从黑果枸杞转录组数据中共筛选出19个LrXTHs成员,其编码氨基酸的数目为258~330 aa,分子量为29.77~37.98 kDa,等电点为4.98~8.92,基因长度为954~1814 bp。LrXTHs成员都含DE(I/L/F/V)D(F/I/M)EFLG保守结构域。系统发育树显示XTH基因家族可分为4个亚族。基因表达谱显示不同组织中的LrXTHs在盐胁迫下具有不同的表达趋势,LrXTH3,LrXTH18和LrXTH19在根部组织中高表达,LrXTH9在根部和叶部组织中高表达,表明LrXTHs可能在黑果枸杞的盐胁迫响应中发挥重要作用。该结果为黑果枸杞及XTH家族的进一步研究提供了参考。 展开更多
关键词 黑果枸杞 NACL胁迫 XTH转录因子 生物信息学 系统发育树
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黑果枸杞PYL转录因子家族鉴定与生物信息学分析 被引量:1
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作者 胡晓桐 刘筠 +2 位作者 杜雨 贾西贝 马彦军 《草原与草坪》 CAS CSCD 2023年第3期14-20,共7页
【目的】基于黑果枸杞(Lycium ruthenicum)果实发育过程中转录组测序结果,对黑果枸杞PYL转录因子家族成员进行鉴定。【方法】将黑果枸杞果实发育过程中鉴定出的PYL转录因子进行理化性质、多序列对比、保守基序、果实发育过程中的表达谱... 【目的】基于黑果枸杞(Lycium ruthenicum)果实发育过程中转录组测序结果,对黑果枸杞PYL转录因子家族成员进行鉴定。【方法】将黑果枸杞果实发育过程中鉴定出的PYL转录因子进行理化性质、多序列对比、保守基序、果实发育过程中的表达谱分析。【结果】与黑果枸杞果实发育相关的9个PYL转录因子氨基酸数目介于166~255,分子量18229.42~24689.97 D,理论等电点5.33~7.14,不稳定系数为35.08~44.05,家族成员中含有1个稳定碱性蛋白、4个稳定酸性蛋白、4个不稳定酸性蛋白。【结论】通过分析基因表达谱发现,LrPYL7和LrPYL8成员在黑果枸杞果实发育全时期中(绿熟期、变色期、完熟期)均呈现高表达,可能对该过程具有重要调控作用,这将为黑果枸杞及PYL转录因子的进一步研究奠定基础。 展开更多
关键词 黑果枸杞 果实发育 PYL转录因子 生物信息学 系统性发育分析
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黑果枸杞GRF转录因子家族鉴定与生物信息学分析 被引量:5
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作者 杜雨 刘筠 +3 位作者 胡晓桐 贾西贝 柳迪 马彦军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1403-1412,共10页
为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)GRF基因家族成员在盐胁迫下的耐盐分子机制,采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库进行分析,并对GRF家族成员的理化性质、保守结构域、进化树、基因家族表达谱进行分析。结果表明,通过转录组数... 为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)GRF基因家族成员在盐胁迫下的耐盐分子机制,采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库进行分析,并对GRF家族成员的理化性质、保守结构域、进化树、基因家族表达谱进行分析。结果表明,通过转录组数据共筛选出14个GRF家族成员,这些蛋白编码氨基酸的个数为136~585 aa,等电点为5.58~9.33,分子量为14.56697~62.98665 kDa。保守基序表明,多数黑果枸杞GRF的N端具有QLQ和WRC保守结构域。系统进化分析发现,14个LrGRFs被分为7个亚族,位于同一亚族的GRF基序组成相似,部分黑果枸杞GRF与番茄GRF具有相对应的进化关系。表达谱表明,不同组织的LrGRFs在不同盐胁迫下均有响应,其中LrGRF6,LrGRF10和LrGRF12在根中高表达,而LrGRF2,LrGRF6和LrGRF10在叶中表现为高表达,这表明其可能在黑果枸杞中发挥着更加重要的调控作用。结果为进一步深入揭示LrGRFs在盐胁迫环境下的分子机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 黑果枸杞 NACL胁迫 GRF基因家族 生物信息学 进化树 表达谱分析
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波浪条件对潮流能水轮机及载体平台的影响 被引量:1
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作者 贾西贝 张学伟 陈鹏 《水电能源科学》 北大核心 2020年第6期162-164,150,共4页
为研究波浪条件对漂浮式水平轴潮流能水轮机发电装置的载体平台与水轮机之间水动力性能的影响,应用计算流体力学(CFD)方法,利用STAR-CCM+软件的DFBI运动模块,设置多种波浪条件,计算载体平台和水平轴水轮机耦合作用,分析得出不同波浪条... 为研究波浪条件对漂浮式水平轴潮流能水轮机发电装置的载体平台与水轮机之间水动力性能的影响,应用计算流体力学(CFD)方法,利用STAR-CCM+软件的DFBI运动模块,设置多种波浪条件,计算载体平台和水平轴水轮机耦合作用,分析得出不同波浪条件对系统运动响应的影响规律。研究表明,波幅和波长对载体平台和水轮机的纵摇、纵荡、垂荡均有显著影响,且纵摇、纵荡、垂荡随波幅的增大而增大;波长1.5倍载体总长时平台纵摇幅度最大,此波长也是纵摇共振波长和同步垂荡波长。 展开更多
关键词 潮流能水轮机 水动力性能 数值模拟 运动响应
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关于加强电力设施保护保障能源安全的思考
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作者 贾西贝 《节能与环保》 2021年第10期42-43,共2页
本文以天津市为例电力设施保护工作为例,分析天津市电力设施保护工作的基本情况,以及电力设施保护存在的问题及解决对策,为保障我国能源安全与推进绿色高质量发展提供了支撑。
关键词 电力设施保护 行政执法协同联动 能源安全 绿色高质量发展
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Studies on intramolecular 1,3-dipolar cycloaddition reactions——Ⅲ. The synthesis of a novel heterocyclic ring system by regiospecific cycloaddition 被引量:1
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作者 CHEN Qing-Hua YU Xiu-Zhi +1 位作者 ZHANG Tie-Yuan jia xi-bei 《Acta Chimica Sinica English Edition》 SCIE CAS CSCD 1989年第2期176-182,共1页
The syntheses of a number of C-aryl-N-3-butenyl nitrones [aryl ring=4-CH_3O-phenyl (1a), phenyl(1b), 4-Cl-phenyl(1e), 4-Br-phenyl(1d), 4-NO2-phenyl(1e), 2-furyl (1f), 2-thienyl (1g), 2-pyrryl(1h)] and their thermochem... The syntheses of a number of C-aryl-N-3-butenyl nitrones [aryl ring=4-CH_3O-phenyl (1a), phenyl(1b), 4-Cl-phenyl(1e), 4-Br-phenyl(1d), 4-NO2-phenyl(1e), 2-furyl (1f), 2-thienyl (1g), 2-pyrryl(1h)] and their thermochemical reactions have been investigated. The thermocycloadditions of 1a-1h are regiospecific in forming a novel heterobicyclic ring system. Exo-aryl-1-aza-7-oxabicyclo- [2.2.1]heptane. 展开更多
关键词 The synthesis of a novel heterocyclic ring system by regiospecific cycloaddition Studies on intramolecular 1 3-dipolar cycloaddition reactions ring
全文增补中
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