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不同培养温度的鱼源海豚链球菌转录组分析
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作者 贾新蕾 黄增朝 +4 位作者 杨林狄 吕静 李妍萍 简纪常 黄郁葱 《热带生物学报》 2024年第1期109-121,共13页
为鉴定海豚链球菌(Streptococcus iniae)在不同温度的转录水平差异,通过生长曲线测定和人工感染试验分析该菌在25℃和35℃下的生长情况和致病性,采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对25℃和35℃培养的海豚链球菌Tozj-... 为鉴定海豚链球菌(Streptococcus iniae)在不同温度的转录水平差异,通过生长曲线测定和人工感染试验分析该菌在25℃和35℃下的生长情况和致病性,采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对25℃和35℃培养的海豚链球菌Tozj-1菌株进行测序分析,筛选差异表达基因,通过GO(Gene Ontology)数据库和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,然后利用VFDB(Virulence factor database)数据库筛选差异表达的重要毒力基因并使用实时荧光定量PCR进行验证。结果显示,海豚链球菌在35℃条件下有更快的生长速度和更强的毒力;转录组共筛选获得927个显著差异表达基因(P<0.05),其中包括820个上调基因和107个下调基因;GO功能富集分析发现,差异基因主要富集在代谢、细胞、催化及结合过程;KEGG富集分析发现,差异基因主要富集在核糖体通路、ABC转运通路、群体感应等信号通路。以上结果表明温度调控海豚链球菌基因的转录表达及相关通路的富集,为后续海豚链球菌致病机理的研究提供数据支持。 展开更多
关键词 海豚链球菌 转录组测序 温度 毒力因子 QRT-PCR
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尼罗罗非鱼跨膜Bax抑制剂母体6基因Tmbim 6的克隆、表达及功能鉴定
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作者 巫祎琴 陈福暖 +3 位作者 张志强 江栢坚 简纪常 黄瑜 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期275-283,共9页
为了解跨膜Bax抑制剂母体6(transmembrane Bax inhibitor motif containing 6,TMBIM 6)在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)病原体感染中的作用,利用聚合酶链式反应(PCR)对Tmbim 6基因进行克隆与鉴定,并采用实时荧光定量PCR(qPCR)分析T... 为了解跨膜Bax抑制剂母体6(transmembrane Bax inhibitor motif containing 6,TMBIM 6)在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)病原体感染中的作用,利用聚合酶链式反应(PCR)对Tmbim 6基因进行克隆与鉴定,并采用实时荧光定量PCR(qPCR)分析Tmbim 6在健康尼罗罗非鱼(体质量为80~100 g)的组织分布模式及无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、Poly I:C模拟病毒刺激后的表达变化。结果表明:尼罗罗非鱼Tmbim 6开放阅读框为714 bp,可编码237个氨基酸,包含6个跨膜结构域和1个C-末端基序;亚细胞定位显示,尼罗罗非鱼TMBIM 6定位于细胞质,双荧光素酶报告基因系统检测发现,Tmbim 6在HEK-293T细胞中过表达后极显著抑制NF-κB通路(P<0.01);qPCR分析显示,Tmbim 6基因在所检测的组织中广泛分布,在肝脏和肌肉中的表达量最高;经无乳链球菌感染和Poly I:C刺激后,Tmbim 6在肝脏、脾脏、头肾、脑和肠道中的表达水平均显著上调(P<0.05)。研究表明,尼罗罗非鱼TMBIM 6参与了无乳链球菌感染和Poly I:C刺激后的细胞应激过程及免疫反应。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 Tmbim 6 亚细胞定位 NF-ΚB 基因表达
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水生动物解剖学课程建设与实践 被引量:1
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作者 杨世平 刘慧玲 +3 位作者 蔡双虎 黄郁葱 谢妙 简纪常 《中国教育技术装备》 2020年第16期76-78,共3页
水生动物解剖学是水生动物医学专业核心课程之一,也是一门新开设课程。对该课程建设思路及建设过程进行分析和总结,探讨如何围绕课程教学目标,对教学内容、教学过程和考核方式等进行设计,把该课程建设成为一门符合水生动物医学的高层次... 水生动物解剖学是水生动物医学专业核心课程之一,也是一门新开设课程。对该课程建设思路及建设过程进行分析和总结,探讨如何围绕课程教学目标,对教学内容、教学过程和考核方式等进行设计,把该课程建设成为一门符合水生动物医学的高层次人才培养的专业基础课,以期为农林专业类课程建设提供一定的借鉴。 展开更多
关键词 水生动物医学 水生动物解剖学 课程建设 实验 教学资源 翻转课堂
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尼罗罗非鱼CD209基因的克隆、表达及功能鉴定 被引量:4
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作者 罗国玲 王孝谦 +3 位作者 简纪常 鲁义善 汤菊芬 黄瑜 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期374-382,共9页
为揭示尼罗罗非鱼模式识别受体CD209的分子结构、组织表达特性并初步了解其免疫功能,利用聚合酶链式反应(PCR)获得尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus(体质量为100 g±5 g)CD209基因的开放阅读框片段(open reading frame,ORF),命名为O... 为揭示尼罗罗非鱼模式识别受体CD209的分子结构、组织表达特性并初步了解其免疫功能,利用聚合酶链式反应(PCR)获得尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus(体质量为100 g±5 g)CD209基因的开放阅读框片段(open reading frame,ORF),命名为OnCD209;使用生物信息学软件对其氨基酸序列进行分析,采用RT-qPCR法对健康尼罗罗非鱼的各组织及无乳链球菌刺激后尼罗罗非鱼肝脏、脾脏、鳃和肠道的CD209基因表达量进行分析,并构建了CD209-pEGFP-N1及CD209-pcDNA3.1载体,研究了CD209基因在293T细胞中的定位及在细胞中过表达时对NF-κB酶活性的影响。结果表明:OnCD209的ORF区片段长度为1383 bp,可编码460个氨基酸,预测该蛋白具有一个C型凝集素结构域;多重氨基酸序列比对及系统进化分析显示,CD209氨基酸序列在各物种间相对不保守,尼罗罗非鱼与田纹狮子鱼Liparis tanakae的CD209氨基酸序列聚为一支,亲缘关系最近;RT-qPCR结果显示,所有组织(脑、血液、皮肤、肌肉、头肾、肠道、鳃、肝脏、脾脏和胸腺)中均能检测到OnCD209的mRNA表达,且在血液中表达量最高;尼罗罗非鱼在受到无乳链球菌感染后,OnCD209的表达在各组织中呈现相似的变化趋势,大致呈先在6 h时上调,后在12、24 h时下调,再在48 h后上调的表达模式;亚细胞定位分析显示,OnCD209定位于细胞膜上;双荧光素酶报告基因系统检测发现,OnCD209对NF-κB通路的活性显著性激活。研究表明,OnCD209可能参与尼罗罗非鱼对细菌的免疫应答过程及炎症反应过程。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 模式识别受体 荧光定量PCR 基因克隆 亚细胞定位 NF-ΚB
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纳米材料在渔用疫苗中的研究进展 被引量:5
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作者 陈信锦 王忠良 +3 位作者 黄瑜 樊博琳 简纪常 王蓓 《广东农业科学》 CAS 2021年第1期134-141,共8页
鱼病治疗研究已从大量使用抗生素转向主要以灭活细菌为基础的疫苗开发。渔用疫苗主要为注射疫苗,虽能有效防治许多不同的水产疾病,但注射疫苗存在的副作用不可忽视。相比之下,口服疫苗和浸泡疫苗可能是鱼类接种的最佳途径,但鱼类对抗原... 鱼病治疗研究已从大量使用抗生素转向主要以灭活细菌为基础的疫苗开发。渔用疫苗主要为注射疫苗,虽能有效防治许多不同的水产疾病,但注射疫苗存在的副作用不可忽视。相比之下,口服疫苗和浸泡疫苗可能是鱼类接种的最佳途径,但鱼类对抗原的摄取有限,通常需要反复多次接种。纳米颗粒作为疫苗递送系统已被认为是改善和解决这些问题的有力工具。纳米颗粒是具有低毒性、良好生物降解性和特定物理属性(大小、表面电荷或负载能力)的分散体或固体颗粒,允许受控输送,从而改善免疫系统的靶向性和刺激性。这些纳米递送系统在鱼类中的应用还处于开发的初始阶段。综述了纳米颗粒在鱼类疫苗研究中的应用进展,重点介绍了聚乳酸-乙醇酸纳米颗粒、壳聚糖纳米颗粒、脂质体和碳纳米管,提出了未来渔用疫苗研究的热点方向以及需要解决的问题,为渔用疫苗的开发提供一个新思路。 展开更多
关键词 纳米颗粒 渔用疫苗 疫苗递送 聚乳酸-羟基乙酸(PLGA) 壳聚糖 脂质体 碳纳米管
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斜带石斑鱼热休克蛋白基因HSP70在LPS和Poly I∶C刺激下的表达分析及重组蛋白制备 被引量:1
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作者 梁振宇 邹子鸿 +3 位作者 汤菊芬 黄瑜 简纪常 蔡佳 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期937-942,共6页
为了解斜带石斑鱼Epinephelus coioides热休克蛋白(HSP70)基因(EcHSP70,GenBank登录号MW411059)在石斑鱼抗病原感染中的功能,采用荧光定量PCR检测了LPS与Poly I∶C刺激后48 h内,石斑鱼脾脏细胞(GS)中EcHSP70的表达变化;构建重组质粒EcHS... 为了解斜带石斑鱼Epinephelus coioides热休克蛋白(HSP70)基因(EcHSP70,GenBank登录号MW411059)在石斑鱼抗病原感染中的功能,采用荧光定量PCR检测了LPS与Poly I∶C刺激后48 h内,石斑鱼脾脏细胞(GS)中EcHSP70的表达变化;构建重组质粒EcHSP70-4T,转化到BL21(DE3)后进行诱导表达,利用SDS-PAGE电泳和Western blot检测EcHSP70重组蛋白的表达形式。结果表明:LPS与Poly I∶C刺激后,石斑鱼脾脏细胞中EcHSP70基因表达量上调;SDS-PAGE与Western blot检测表明,EcHSP70-4T重组蛋白相对分子质量约为96000,主要以包涵体形式表达。研究表明,EcHSP70蛋白可能参与了石斑鱼的免疫反应,其在大肠杆菌中能以包涵体形式高效表达,并纯化获得了EcHSP70重组蛋白,本研究结果为鉴定EcHSP70的互作蛋白及进一步了解该蛋白在免疫反应中的作用机制提供了数据参考。 展开更多
关键词 斜带石斑鱼 HSP70基因 表达分析 原核表达 脂多糖 聚肌胞
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斜带石斑鱼T细胞免疫球蛋白黏蛋白-4(TIM-4)基因表达及重组蛋白制备
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作者 李金泽 汤菊芬 +3 位作者 黄瑜 简纪常 施钢 蔡佳 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期403-410,共8页
为研究斜带石斑鱼Epinephelus coioides T细胞免疫球蛋白黏蛋白-4(T-cell immunoglobulin and mucin-domain-containing molecule 4,TIM-4)在免疫应答过程中的作用,通过聚合酶链式反应(PCR)获得斜带石斑鱼TIM-4的蛋白编码区(GenBank登录... 为研究斜带石斑鱼Epinephelus coioides T细胞免疫球蛋白黏蛋白-4(T-cell immunoglobulin and mucin-domain-containing molecule 4,TIM-4)在免疫应答过程中的作用,通过聚合酶链式反应(PCR)获得斜带石斑鱼TIM-4的蛋白编码区(GenBank登录号:MZ465580),利用生物信息学分析其结构特征,采用荧光定量PCR(qPCR)分析TIM-4在健康鱼体中的组织分布,以及经LPS和Poly I:C刺激后的表达变化,并构建原核表达载体质粒TIM-4-4T,转化至大肠杆菌BL21(DE3)中进行TIM-4重组蛋白诱导表达。结果表明:斜带石斑鱼TIM-4基因的蛋白编码区片段长度为702 bp,可编码234个氨基酸,含有V-Type(IGV)、BTK和PRY 3个功能结构域;qPCR显示,TIM-4基因在斜带石斑鱼10种组织中均有表达,在胃中的表达量最高(P<0.05),在脾脏中表达量最低;经LPS刺激后,脾脏细胞中的TIM-4表达量显著降低(P<0.05),而经Poly I:C刺激后,脾脏细胞中的TIM-4表达量显著升高(P<0.05);SDS-PAGE电泳显示,TIM-4重组蛋白相对分子质量约为25100,以包涵体形式表达,在0.4 mmol/L IPTG、37℃下诱导6 h时,TIM-4重组蛋白的表达量最大。研究表明,TIM-4基因可能参与了斜带石斑鱼抗感染免疫反应,本研究结果为深入了解TIM-4的生物学功能提供了理论基础。 展开更多
关键词 斜带石斑鱼 T细胞免疫球蛋白黏蛋白-4 基因表达 LPS Poly IC 重组蛋白
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斜带石斑鱼ERP44基因的克隆与表达分析
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作者 徐泳娴 邹子鸿 +3 位作者 汤菊芬 鲁义善 简纪常 蔡佳 《广西科学院学报》 2021年第2期109-116,共8页
为进一步了解内质网蛋白44基因(ERP44)在石斑鱼免疫反应中的作用,本研究根据实验室石斑鱼转录组数据中ERP44的表达序列标签(EST)设计引物,克隆了斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)Ec-ERP44基因的开放阅读框序列(ORF),利用生物信息学手... 为进一步了解内质网蛋白44基因(ERP44)在石斑鱼免疫反应中的作用,本研究根据实验室石斑鱼转录组数据中ERP44的表达序列标签(EST)设计引物,克隆了斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)Ec-ERP44基因的开放阅读框序列(ORF),利用生物信息学手段分析Ec-ERP44基因及其编码蛋白的序列结构和特征,并通过实时荧光定量PCR检测该基因的组织分布特征,以及脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)、聚肌胞苷酸(Polyinosinic polycytidylic acid,Poly I:C)刺激后该基因在石斑鱼脾脏中的表达变化。研究结果表明,Ec-ERP44基因ORF全长1233 bp,编码410个氨基酸;该蛋白具有蛋白质二硫键异构酶(PDI)家族保守的硫氧还蛋白结构域。同时,Ec-ERP44基因在健康石斑鱼体内的多种组织均有表达,其中在脑组织中的表达量最高;在LPS与Poly I:C刺激后,石斑鱼脾脏中Ec-ERP44基因的表达显著上调。本研究结果表明,Ec-ERP44基因参与了石斑鱼抗病原感染的免疫反应。 展开更多
关键词 ERP44 斜带石斑鱼 基因克隆 抗感染免疫 表达分析
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Characterization and Expression Analysis of B Cell Receptor Accessory Molecule CD79 Gene in Humphead Snapper(Lutjanus sanguineus)
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作者 HUANG Yucong YANXiuying +5 位作者 CAI Shuanghu CAI Jia jian jichang LU Yishan 3,4TANG Jufen WU Zaohe 《Journal of Ocean University of China》 SCIE CAS 2016年第2期318-326,共9页
CD79,a key component of the B cell antigen receptor complex,is composed of CD79α(Igα) and CD79β(Igβ) encoded by mb-1 and B29 respectively,and plays an important role in B cell signaling.In this study,we isolated a... CD79,a key component of the B cell antigen receptor complex,is composed of CD79α(Igα) and CD79β(Igβ) encoded by mb-1 and B29 respectively,and plays an important role in B cell signaling.In this study,we isolated and characterized mb-1 and B29 from humphead snapper(Lutjanus sanguineus).Their tissue distribution and expression profiles after stimulations in vitro and in vivo were also investigated.The humphead snapper mb-1 and B29 contain open reading frames of 684 bp and 606 bp,encoding 227 amino acids and 201 amino acids,respectively.Both CD79α and CD79β possess signal peptide,extracellular Ig domain,transmembrane region and immunoreceptor tyrosine kinase activation motif(ITAM).Mb-1 is highly expressed in lymphoid organs(thymus,posterior kidney and spleen) and mucosal-associated lymphoid tissues(gill and intestine),while B29 is mainly detected in posterior kidney,spleen,gill and skin.Furthermore,transcription of mb-1 and B29 in head kidney leucocytes was up-regulated following lipopolysaccharide(LPS),pokeweed mitogen(PWM),and polyinosinic-polycytidylic acid(Poly I:C) stimulation,respectively,and their expression level in anterior kidney and spleen was also increased after challenged with formalin-inactived Vibrio harveyi.These results indicated that humphead snapper CD79 molecule might play an important role in immune response to pathogen infection. 展开更多
关键词 细胞受体 表达分析 鉴定 分子 受体酪氨酸激酶 基因
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The Streptococcus agalactiae Ribose Binding Protein B (RbsB) Mediates Quorum Sensing Signal Uptake via Interaction with Autoinducer-2 Signals
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作者 FAN Bolin PAN Lixia +6 位作者 WANG Zhongliang WANGKAHART Eakapol HUANG Yuchong YANG Dengfeng jian jichang HUANG Yu WANG Bei 《Journal of Ocean University of China》 SCIE CAS CSCD 2021年第5期1285-1295,共11页
Understanding aquatic pathogen in sediments or aquacultural water is crucial to protect public health from soilborne and waterborne diseases.Quorum sensing(QS)was increasingly reported in biological wastewater treatme... Understanding aquatic pathogen in sediments or aquacultural water is crucial to protect public health from soilborne and waterborne diseases.Quorum sensing(QS)was increasingly reported in biological wastewater treatment processes because of their inherent roles in biofilm development,bacterial aggregation and so on.The widely QS signals was Antoinducer-2(AI-2),primarily involved to allow the possibility of interspecies communication.However,the cellular components that mediate the response of Streptococcus agalactiae to AI-2 have not been fully characterized.Analysis of the complete genome sequence of S.agalactiae indi-cated that its RbsB protein has similarity to Escherichia coli LsrB and Aggregatibacter actinomycetemcomitans RbsB proteins that bind AI-2.We hypothesized that RbsB protein mediates quorum sensing signal uptake via interaction with AI-2.To evaluate the regulatory effect of RbsB on QS system,the recombinant plasmid pGEX-6p-1-RbsB was constructed and RbsB protein was purified with GST-tag.To further elucidate the role of RbsB protein binding to DPD(AI-2 precursor dihydroxypentanedione),the systemati-cally throughput circular dichroism(CD)spectroscopy,isothermal titration calorimetry200(ITC200)and molecular docking methods were employed.The high expression of soluble RbsB protein with molecular weight of 33 kDa was obtained.The thermodynamics results(ΔH<0,ΔS<0,ΔG<0)with ITC determination indicated that the binding process between DPD and RbsB was exothermic and spontaneous,with hydrogen bonds and van der Waals forces as the main binding forces.Obviously,DPD can be more easily combined with RbsB in a dose-dependent manner,suggesting that RbsB was changed in the microenvironment of DPD when the DPD concentration was between 0.8-1.0mmolL−1 and reaching the maximum binding amount.According to molecular docking,3 hydrophobic residues involved in DPD and RbsB protein stable binding were be found,and also hydrogen bonding plays a key role in the formation of the new complex.RbsB efficiently inhibited V.harveyi bioluminescence induced by both S.agalactiae AI-2 and V.harveyi AI-2 in a dose-dependent manner.However,our results suggest that RbsB may play a role in the response of S.agalactiace to AI-2. 展开更多
关键词 Streptococcus agalactiae RbsB protein circular dichroism(CD)spectroscopy isothermal titration calorimetry200(ITC200) molecular docking
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Construction of Live Attenuated Vaccine against Vib- rio alginolyticus and the Evaluation on Its Immuno- protection Effect
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作者 Yuan Yonghong Pang Huanying +4 位作者 Zhou Zejun Song Dawei Ding Yu jian jichang Wu Zaohe 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2016年第2期85-89,93,共6页
Vibrio alginolyticus, a gram-negative bacterium has been described to be one of the most common and economically important aquatic pathogens of fish and shellfish. Vaccine immunization is an effective approach prevent... Vibrio alginolyticus, a gram-negative bacterium has been described to be one of the most common and economically important aquatic pathogens of fish and shellfish. Vaccine immunization is an effective approach preventing V. alginolyticus infection. Attenuated vaccine stimulates systemic immune response in the host, but few attenuated vaccine against V. alginolyticus is available. The type III secretion system (T3SS), an important pathogenic factor of V. alginolyticus, is used by bacterial pathogens to inject effector proteins into the cytoplasm of their host cells. The T3SS forms a structure called needle complex with a multi-ring base that spans the bacteria and a needle-like extension that protrudes several nanometers from the bacterial surface, vscO locates at the "needle" site of T3SS, playing the role of escorting the molecular chaperone and effector proteins into host cells and further inducing the death of host cells. In this paper, an in-frame deletion mu- tant of vscO was constructed using overlap PCR and homologous recombination technology combining with chloramphenicol (Cm) and sucrose screening. The LDs0 changes of ZJO3AvscO mutant strains compared with the strain ZJ03 were e^amined in grouper ( Epinephelus coioides). The ZJO3AvscO mutant showed about 150 times decrease in virulence in E. coioides compared with wide type ZJ03. After vaccination with ZJO3AvscO in E. coioides through injection and immersion, the spe- cific antibody titers were markedly higher than that in the saline control group (P 〈 0.05 ). The titers of injection and immersion group on the forth week reached the maximums at 1:2 048 and 1: 128, respectively. The relative percentage survival (RPS) of injection group was 84%, while that in immersion group was 68%. These results indicate that the ZJO3AvscO of V. alginolyticus has a high immunogenicity, and can be used as live attenuated vaccine. In addition, RPS may be affected by vaccination and infection methods. This study can provide technical support for controlling fish diseases caused by V. alginolyticus. 展开更多
关键词 Vibrio alginolyticus vscO Live attenuated vaccine IMMUNOPROTECTION
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Molecular Cloning and Bioinformatics Analysis of kdpE Gene from Vibrio alginolyticus
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作者 Hong Shunhua Yang Fan +5 位作者 Pang Huanying Zhang Yanfei Song Dawei Wang Zhiwen Lu Yishan jian jichang 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2016年第5期307-310,共4页
The two-component regulatory system plays an important role in the growth and virulence of bacteria. In this study, the phosphate transcriptional regulatory protein (KdpE) gene of Vibrio alginolyticus strain HY9901 ... The two-component regulatory system plays an important role in the growth and virulence of bacteria. In this study, the phosphate transcriptional regulatory protein (KdpE) gene of Vibrio alginolyticus strain HY9901 was cloned. Sequence analysis revealed that the length ofkdpE gene is 732 bp and encodes a putative protein of 243 amino acids. The predicted molecular weight (MW) of KdpE was 27.66 kD with an estimated pI of 5.01. Using SignalP 4.0 and TM- HMM Server 2.0 software, it was predicted that the KdpE protein was located in cytoplasm. It did not contain a signal peptide or a transmembranous region. A phylogenetic tree was constructed by MEGA 5.0 software, indicating that the KdpE of V. alginolyticus bad high genetic relationship with Vibrio campbellii and Vibrio parahaemolyticus. Using SWISS-MODEL work-space, the three-dimensional structures of conserved domain REC in the KdpE was determined. These results can provide a basis for further studies on the two-component regulatory systems of V. alginolyticus. 展开更多
关键词 Vibrio alginolyticus Two-component regulatory system (TCRS) kdpE gene
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基于cpsA基因的海豚链球菌LAMP检测方法的建立
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作者 孙国荣 马少鸿 +4 位作者 林桂香 万小菊 黄郁葱 简纪常 蔡双虎 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期31-39,共9页
基于荚膜多糖cpsA基因设计引物,建立海豚链球菌可视化环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术,以快速检测鱼类养殖中的海豚链球菌。结果表明,LAMP最佳反应条件为65℃反应20 min,镁离子浓度为1.2 mmol/L、dNTP... 基于荚膜多糖cpsA基因设计引物,建立海豚链球菌可视化环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术,以快速检测鱼类养殖中的海豚链球菌。结果表明,LAMP最佳反应条件为65℃反应20 min,镁离子浓度为1.2 mmol/L、dNTPs浓度为0.64 mmol/L、内外引物比例为16∶1。特异性检测结果表明:该方法能特异性检出海豚链球菌,对无乳链球菌和其他14种菌检测结果均呈阴性;灵敏度检测结果表明,该LAMP方法灵敏度为2.12×10^(-5)ng/μL,比PCR检测方法灵敏度高100倍;适用性分析结果表明,该LAMP方法在模板中存在鱼类基因组干扰下也能正确完成检测。研究中建立的LAMP检测方法为海豚链球菌的检测提供一种可视化、灵敏、成本低的快速检测技术。 展开更多
关键词 海豚链球菌cpsA LAMP 可视化检测
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斜带石斑鱼肠道乳酸菌的分离、鉴定及特性分析 被引量:7
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作者 伍元植 韦光本 +4 位作者 简纪常 蔡双虎 汤菊芬 黄郁葱 马少鸿 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期4447-4455,共9页
从健康斜带石斑鱼肠道中分离出3株形态特征不同的菌株,经革兰氏染色、氧化酶及触酶反应筛选出3株革兰氏阳性球菌,通过生化鉴定和16S rRNA测序结果发现他们分别为粪肠球菌、乳酸片球菌和乳酸乳球菌,命名为WYZ-1、WYZ-2和WYZ-3。选取嗜水... 从健康斜带石斑鱼肠道中分离出3株形态特征不同的菌株,经革兰氏染色、氧化酶及触酶反应筛选出3株革兰氏阳性球菌,通过生化鉴定和16S rRNA测序结果发现他们分别为粪肠球菌、乳酸片球菌和乳酸乳球菌,命名为WYZ-1、WYZ-2和WYZ-3。选取嗜水气单胞菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌、哈氏弧菌以及大肠杆菌以琼脂扩散法测定WYZ-1、WYZ-2和WYZ-3的抑菌活性,结果表明WYZ-3对大肠杆菌无抑制作用,对溶藻弧菌、副溶血弧菌、哈氏弧菌和嗜水气单胞菌都有较显著的抑制作用,其中对溶藻弧菌和副溶血弧菌抑菌效果最好,抑菌直径为21.5~23.5 mm;粪肠球菌和乳酸片球菌均对5种致病菌有抑制作用,抑菌直径为9.5~22.5 mm。利用药敏纸片琼脂扩散法检测WYZ-1、WYZ-2和WYZ-3对34种常用抗生素的药敏性,结果表明3株乳酸菌均对氨基糖类、喹诺酮类多数、复方新诺明、多粘菌素B和氨曲南表现为耐药,对青霉素类多数、四环素类、大环内脂类及克林霉素和氯霉素敏感;WYZ-3对头孢类抗生素表现为敏感,WYZ-1和WYZ-2则对大部分头孢类抗生素表现为耐药。本研究表明三株乳酸菌均具有广谱抑菌性和对绝大多数抗生素有耐药性。 展开更多
关键词 乳酸菌 斜带石斑鱼 生物特性 抑菌谱 药敏性
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溶藻弧菌VcrV基因缺失株的构建及生物学特性 被引量:3
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作者 彭新亮 简纪常 丁燏 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期3062-3075,共14页
为研究溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统VcrV基因的功能和生物学特性,采用同源重组技术成功构建了溶藻弧菌缺失株ΔVcrV,并用PCR检测其遗传稳定性。结果显示,缺失株遗传稳定;与野生株相比,生长和自凝集能力无显著变化;但生物膜形成能力降低,半致死... 为研究溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统VcrV基因的功能和生物学特性,采用同源重组技术成功构建了溶藻弧菌缺失株ΔVcrV,并用PCR检测其遗传稳定性。结果显示,缺失株遗传稳定;与野生株相比,生长和自凝集能力无显著变化;但生物膜形成能力降低,半致死剂量升高16.5倍;游动性和涌动性极显著升高,细胞粘附能力极显著降低(P<0.01),对H_(2)O_(2)和NaCl的耐受性降低;对头孢呋辛、麦迪霉素、克林霉素抗生素敏感度上升,对丁胺卡那、多粘菌素B抗生素敏感度降低;活性氧含量极显著降低(P<0.01),脯氨酸、肽聚糖、β-内酰胺酶、过氧化氢酶、超氧化物歧化酶、谷胱甘肽过氧化物酶指标均极显著升高(P<0.01)。缺失株生物学特性表明,VcrV基因参与溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统性的致病性和多种生物学功能。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 Ⅲ型分泌系统 VcrV基因 缺失株 生物学特性
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尼罗罗非鱼核糖体蛋白S6基因克隆及组织表达分析
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作者 巫祎琴 张志强 +3 位作者 陈福暖 江栢坚 简纪常 黄瑜 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1193-1201,共9页
核糖体蛋白S6(ribosomal protein S6,RPS6)是构成40S小亚基核糖体的关键蛋白之一,在蛋白质合成、调控细胞周期和凋亡、调节肿瘤细胞增殖和转移等方面具有重要作用。为探究RPS6在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)中的分子结构、表达特... 核糖体蛋白S6(ribosomal protein S6,RPS6)是构成40S小亚基核糖体的关键蛋白之一,在蛋白质合成、调控细胞周期和凋亡、调节肿瘤细胞增殖和转移等方面具有重要作用。为探究RPS6在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)中的分子结构、表达特性和生物学功能,本研究从尼罗罗非鱼中克隆获得RPS6基因的编码区序列(GenBank登录号:XM_003454192.4;命名为On-RPS6),并采用qPCR法分析该基因在健康鱼体各组织的分布特征以及无乳链球菌刺激后该基因在鱼体肝脏、脾脏、脑和头肾中的表达模式。结果显示:On-RPS6的开放阅读框长度为750 bp,编码249个氨基酸,理论分子量为28.70 kDa,等电点为10.90。氨基酸序列分析显示,On-RPS6具有一个高度保守的核糖体蛋白S6e结构域,且与其他物种具有较高同源性。系统进化树分析表明,尼罗罗非鱼RPS6与斑马拟丽鱼(Maylandia zebra)RPS6聚为一支,表明二者具有较近的亲缘关系。qPCR结果显示,尼罗罗非鱼各组织均能检测到On-RPS6基因mRNA的表达,且在血液中的表达量最高;经无乳链球菌刺激后,On-RPS6基因在肝脏、脾脏、脑和头肾中的表达模式均呈现先上调后下降的趋势。结果表明,On-RPS6在尼罗罗非鱼抵抗细菌感染的免疫应答过程中发挥了重要作用。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 核糖体蛋白S6 基因克隆 表达分析 无乳链球菌
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