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ICD-11编码中文疾病诊断名称的效果评估及其与ICD-10的比较 被引量:4
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作者 陈禄明 张旭 +2 位作者 邓立宗 蒋太交 商涛 《中国科技术语》 2022年第3期62-68,共7页
文章旨在调研并比较ICD-11与ICD-10疾病编码标准在我国临床使用中诊断名称的编码效果。同时,进一步调研ICD-11及ICD-10对《地方病学名词》《中医药学名词》中我国特色疾病诊断相关术语的编码效果。整体来看,ICD-10相较于ICD-11对临床诊... 文章旨在调研并比较ICD-11与ICD-10疾病编码标准在我国临床使用中诊断名称的编码效果。同时,进一步调研ICD-11及ICD-10对《地方病学名词》《中医药学名词》中我国特色疾病诊断相关术语的编码效果。整体来看,ICD-10相较于ICD-11对临床诊断以及我国特色诊断术语具有更好的效果,本地化水平较高。然而在中医相关疾病诊断以及癌症相关疾病诊断的编码上,ICD-11具有更好的表现效果。对ICD-11持续进行的本地化工作,将是未来ICD-11在临床应用中落地的重要基础。此外ICD-11新的编码策略和组织形式为传统医学的收录和癌症疾病诊断编码的简化提供了巨大的发展空间和潜力。 展开更多
关键词 ICD-10 ICD-11 疾病诊断 传统医学 编码能力
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呼吸病学标准医学术语在电子病历中的使用情况调研 被引量:2
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作者 商涛 程瑶 +2 位作者 陈禄明 邓立宗 蒋太交 《中国科技术语》 2021年第4期53-59,共7页
调研全国科学技术名词审定委员会发布的呼吸病学名词在电子病历中的使用情况。通过观察疾病、体征或症状类标准医学术语及其关联的同义词在呼吸疾病电子病历中的分布,发现标准医学术语在使用频次上高于非标准医学术语,但整体而言,同一... 调研全国科学技术名词审定委员会发布的呼吸病学名词在电子病历中的使用情况。通过观察疾病、体征或症状类标准医学术语及其关联的同义词在呼吸疾病电子病历中的分布,发现标准医学术语在使用频次上高于非标准医学术语,但整体而言,同一医学概念在不同来源的病历中表达多样,标准化程度不高。此外,《呼吸病学名词》收录的标准医学术语及其同义词对电子病历中所使用的医学术语覆盖度偏低,需要扩充和完善。 展开更多
关键词 标准医学术语 电子病历 术语覆盖度 术语标准化 术语挖掘
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中文标准医学术语集对实际应用覆盖度研究 被引量:4
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作者 程瑶 蒋太交 +2 位作者 邓立宗 陈禄明 江坤 《中国卫生信息管理杂志》 2020年第5期601-605,636,共6页
目的调研我国现有的中文标准医学术语资源对临床指南、电子病历等真实世界数据的描述能力。方法通过系统地汇集国家和地方机构发布的857 193个中文标准医学术语,并使用基于中文字符串直接匹配,通过统一医学语言系统(UMLS)间接匹配的方法... 目的调研我国现有的中文标准医学术语资源对临床指南、电子病历等真实世界数据的描述能力。方法通过系统地汇集国家和地方机构发布的857 193个中文标准医学术语,并使用基于中文字符串直接匹配,通过统一医学语言系统(UMLS)间接匹配的方法,统计标准医学术语对来自真实世界医学文档中的69 865个医学术语的覆盖度。结果中文标准医学术语资源对于来自真实世界医学文档中的医学术语的总体覆盖度为31.8% (22 183/69 865)。其中,对于常见术语的覆盖度可达74.3% (6 013/8 094);对于不常见术语仅为26.8% (16 170/61 771)。结论我国既有的标准医学术语资源对真实世界文档中的常见医学术语具有较高的描述力,对发展具有更高表达力的标准医学术语资源,起到一定的推动作用。 展开更多
关键词 医学术语标准 术语覆盖度 真实世界研究 医学术语
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Antigenic variation of the human influenza A(H3N2) virus during the 2014–2015 winter season 被引量:17
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作者 HUA Sha LI XiYan +10 位作者 LIU Mi CHENG YanHui PENG YouSong HUANG WeiJuan TAN MinJu WEI Hejiang GUO JunFeng WANG DaYan WU AiPing SHU YueLong jiang taijiao 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS CSCD 2015年第9期882-888,共7页
The human influenza A (H3N2) virus dominated the 2014-2015 winter season in many countries and caused massive morbid- ity and mortality because of its antigenic variation. So far, very little is known about the anti... The human influenza A (H3N2) virus dominated the 2014-2015 winter season in many countries and caused massive morbid- ity and mortality because of its antigenic variation. So far, very little is known about the antigenic patterns of the recent H3N2 virus. By systematically mapping the antigenic relationships of H3N2 strains isolated since 2010, we discovered that two groups with obvious antigenic divergence, named SW13 (A/Switzerland/9715293/2013-1ike strains) and HK14 (A/Hong Kong/5738/2014-1ike strains), co-circulated during the 2014-2015 winter season. HK14 group co-circulated with SW13 in Europe and the United States during this season, while there were few strains of HK14 in China's Mainland, where SW13 has dominated since 2012. Furthermore, we found that substitutions near the receptor-binding site on hemagglutinin played an im- portant role in the antigenic variation of both the groups. These findings provide a comprehensive understanding of the recent antigenic evolution of H3N2 virus and will aid in the selection of vaccine strains. 展开更多
关键词 INFLUENZA H3N2 virus antigenic evolution ANTIGENICITY
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Computational analysis of antigenic epitopes of avian influenza A (H7N9) viruses 被引量:6
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作者 LIU Mi SONG TingRui +2 位作者 HUA Sha WU AiPing jiang taijiao 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS CSCD 2015年第7期687-693,共7页
Influenza virus can rapidly change its antigenicity, via mutation in the hemagglutinin(HA) protein, to evade host immunity. The emergence of the novel human-infecting avian H7N9 virus in China has caused widespread co... Influenza virus can rapidly change its antigenicity, via mutation in the hemagglutinin(HA) protein, to evade host immunity. The emergence of the novel human-infecting avian H7N9 virus in China has caused widespread concern. However, evolution of the antigenicity of this virus is not well understood. Here, we inferred the antigenic epitopes of the HA protein from all H7 viruses, based on the five well-characterized HA epitopes of the human H3N2 virus. By comparing the two major H7 phylogenetic lineages, i.e., the Eurasian lineage and the North American lineage, we found that epitopes A and B are more frequently mutated in the Eurasian lineage, while epitopes B and C are more frequently mutated in the North American lineage. Furthermore, we found that the novel H7N9 virus(derived from the Eurasian lineage) isolated in China in the year 2013, contains six frequently mutated sites on epitopes that include site 135, which is located in the receptor binding domain. This indicates that the novel H7N9 virus that infects human may already have been subjected to gradual immune pressure and receptor-binding variation. Our results not only provide insights into the antigenic evolution of the H7 virus but may also help in the selection of suitable vaccine strains. 展开更多
关键词 antigenic epitope antigenic evolution HEMAGGLUTININ influenza H7N9 virus
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基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统
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作者 陈翠霞 杨磊 +6 位作者 蒋太交 王小龙 曹宗富 李天君 于磊 高华方 马旭 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期309-317,共9页
随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储... 随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储、查询、分析具有重要的应用价值。本课题组通过集成一系列软件和工具包,并结合自主研发的其他功能,在底层维护的2个关键的参考数据集基础上另外追加了翻译注释信息最佳匹配的精细化筛选规则,构建具有流感病毒基因组信息存储、自动化翻译、蛋白序列精准注释、同源序列比对和进化树分析等功能的自动化系统。结果显示,通过Web端输入fasta格式的流感病毒基因序列,本系统可针对参考序列片段数据集(blastdb.fasta)进行Blast同源性检索,可以鉴定流感病毒的型别(A、B或C)、亚型和基因片段(1~8片段);在此基础上,通过查询数据库底层用于翻译、注释的基因片段参考数据集,可以获得一组肽段数据集,然后通过循环调用ProSplign软件对其进行预测。结合精细化的筛选准入规则,选出与输入序列匹配最好的翻译后产物,作为该输入序列的预测蛋白,输出为gbk,asn和fasta等通用格式的文件,给出序列长度、是否全长、病毒型别、亚型、片段等信息。基于以上工作,另外自主研发了系统其他的附加功能如进化树分析展示、基因组数据存储等功能,构建成基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统。本研究提示,系统高度集成系列软件以及自有的注释翻译数据库文件,实现从序列存储、翻译、注释到序列分析和展示的功能,可全面满足我国高通量基因检测数据共享化、本土化、一体化、自动化的需求。 展开更多
关键词 流感病毒 关键数据集 翻译 注释 一体化序列库
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Identification of genome-wide nucleotide sites associated with mammalian virulence in influenza A viruses
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作者 Peng Yousong Zhu Wenfei +8 位作者 Feng Zhaomin Zhu Zhaozhong Zhang Zheng Chen Yongkun Liu Suli Wu Aiping Wang Dayan Shu Yuelong jiang taijiao 《Biosafety and Health》 2020年第1期32-38,共7页
The virulence of influenza viruses is a complex multigenic trait.Previous studies about the virulence determinants of influenza viruses mainly focused on amino acid sites,ignoring the influence of nucleotide mutations... The virulence of influenza viruses is a complex multigenic trait.Previous studies about the virulence determinants of influenza viruses mainly focused on amino acid sites,ignoring the influence of nucleotide mutations.In this study,we collected>200 viral strains from 21 subtypes of influenza A viruses with virulence in mammals and obtained over 100 mammalian virulence-related nucleotide sites across the genome by computational analysis.Fifty of these nucleotide sites only experienced synonymous mutations.Experiments showed that synonymous mutations in three high-scoring nucleotide sites,i.e.,PB1–2031,PB1–633,and PB1–720,enhanced the pathogenicity of the influenza A(H1N1)viruses in mice.Besides,machine-learning models with accepted accuracy for predicting mammalian virulence of influenza A viruses were built.Overall,this study highlighted the importance of nucleotide mutations,especially synonymous mutations in viral virulence,and provided rapid methods for evaluating the virulence of influenza A viruses.It could be helpful for early warning of newly emerging influenza A viruses. 展开更多
关键词 Influenza virus VIRULENCE Synonymous mutation BIOINFORMATICS Computational biology Machine learning
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