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EFFECTORSEARCH:病原菌基因组中三型分泌系统效应蛋白的预测(英文) 被引量:1
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作者 张雯 joy bergelson 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期528-535,共8页
病原菌为了生存和侵入寄主细胞,经过漫长的进化形成了多种可介导大分子转运的分子机制,细菌Ⅲ型分泌系统(T3SS)是其中最重要的一种。T3SS又被称为"细菌注射器",病原菌利用此系统可以将效应蛋白注射到靶细胞中。近年来发现,T3S... 病原菌为了生存和侵入寄主细胞,经过漫长的进化形成了多种可介导大分子转运的分子机制,细菌Ⅲ型分泌系统(T3SS)是其中最重要的一种。T3SS又被称为"细菌注射器",病原菌利用此系统可以将效应蛋白注射到靶细胞中。近年来发现,T3SS不仅存在于在人类、动物、甚至植物的多种致病菌中,在其它环境下的细菌中也存在。本文介绍了一种最新的生物信息学预测工具(EFFECTORSEARCH),可用于在微生物基因组中预测T3SS的基因,并且在本文中着重介绍了其在丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)基因组中T3SS基因的预测结果。 展开更多
关键词 Effectorsearch 病原菌基因组 T3SS 预测
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拟南芥m6A甲基化组的系统鉴定和功能分析
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作者 骆观正 Alice MacQueen +8 位作者 郑冠群 段红超 Louis C. Dore 卢志科 刘君 陈凯 贾桂芳 joy bergelson 何川 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期314-314,共1页
作为mRNA上最丰富的一种甲基化修饰,N6-甲基腺苷(N6-methyl-adenosine,m6A)广泛存在于酵母以及动植物中。然而多年来由于缺乏有效的技术手段,这些甲基化修饰发生在mRNA的什么位置,以及如何行使其生物学功能,却长时间没有定论。近年来... 作为mRNA上最丰富的一种甲基化修饰,N6-甲基腺苷(N6-methyl-adenosine,m6A)广泛存在于酵母以及动植物中。然而多年来由于缺乏有效的技术手段,这些甲基化修饰发生在mRNA的什么位置,以及如何行使其生物学功能,却长时间没有定论。近年来,随着mRNA去甲基酶FTO和ALKBH5的发现, 展开更多
关键词 甲基化修饰 m6A ADENOSINE 功能分析 突变型 甲基转移酶 生物信息学分析 终止密码子 RNA 信号通路
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The ARABIDOPSIS Accession Pna-10ls a Naturally Occurring sngl Deletion Mutant 被引量:2
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作者 XU Li joy bergelson Clint Chapple 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2010年第1期91-100,共10页
Sinapoylmalate is the major sinapate ester found in leaves of Arabidopsis thaliana, where it plays an important role in UV-B protection. Metabolic profiling of rosette leaves from 96 Arabidopsis accessions revealed th... Sinapoylmalate is the major sinapate ester found in leaves of Arabidopsis thaliana, where it plays an important role in UV-B protection. Metabolic profiling of rosette leaves from 96 Arabidopsis accessions revealed that the Pna-10 accession accumulates sinapoylglucose instead of sinapoylmalate. This unique leaf sinapate ester profile is similar to that of the previously characterized sinapoylglucose accumulator1 (sngl) mutants. SNG1 encodes sinapoylglucose:malate sinapoyltransferase (SMT), a serine carboxypeptidase-like (SCPL) enzyme that catalyzes the conversion of sinapoylglucose to sinapoylmalate. In the reference Columbia genome, the SNG1 gene is located in a cluster of five SCPL genes on Chro- mosome II. PCR and sequencing analysis of the same genomic region in the Pna-10 accession revealed a 13-kb deletion that eliminates the SNG1 gene (At2g22990) and the gene encoding sinapoylglucose:anthocyanin sinapoyltransferase (SAT) (At2g23000). In addition to its sinapoylmalate-deficient phenotype, and consistent with the loss of SAT, Pna-10 is unable to accumulate sinapoylated anthocyanins. Interestingly, the Pna-17 accession, collected from the same location as Pna-10, has no such deletion. Further analysis of 135 lines collected from the same location as Pna-10 and Pna-17 revealed that four more lines contain the deletion found in Pna-10 accession, suggesting that either the deletion found in Pna-10 is a recent event that has not yet been eliminated through selection or that sinapoylmalate is dispensable for the growth of Arabidopsis under field conditions. 展开更多
关键词 Secondary metabolism--phenylpropanoids and phenolics fluorescence imaging ARABIDOPSIS DELETION natural variation sinapoylmaiate.
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