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芸薹属SSR标记在菜薹中的通用性及其应用 被引量:4
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作者 陈静芳 李荣华 +3 位作者 王直亮 夏岩石 郭培国 kadambot siddique 《北方园艺》 CAS 北大核心 2016年第15期86-91,共6页
以4份遗传背景差异较大的菜薹种质为试材,检测133对芸薹属SSR引物在菜薹中的PCR扩增效果,以期发现适用于菜薹的SSR标记。结果表明:有50对引物在4份菜薹种质中表现出较好的通用性,其扩增产物多在100~350bp,多态性数目在1~4,共91个多态... 以4份遗传背景差异较大的菜薹种质为试材,检测133对芸薹属SSR引物在菜薹中的PCR扩增效果,以期发现适用于菜薹的SSR标记。结果表明:有50对引物在4份菜薹种质中表现出较好的通用性,其扩增产物多在100~350bp,多态性数目在1~4,共91个多态性位点。在此基础上,利用在“四九-19号菜心”和“3T6”中具有多态性的40对SSR引物,对130份以“四九-19号菜心”和“3T6”为亲本建立的F6重组自交系群体进行基因分型,构建了一个具有10个遗传群、总长度为641.39cM的菜薹遗传连锁图。研究结果可为今后菜薹遗传多样性、基因定位和分子标记辅助育种提供理论参考。 展开更多
关键词 芸薹属 SSR 通用性 菜薹 遗传连锁图
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菜薹转录组中SSR信息与可用性分析 被引量:21
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作者 李荣华 王直亮 +4 位作者 陈静芳 夏岩石 郭培国 张华 kadambot siddique 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1816-1824,共9页
利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene(38.17 Mb)序列数据,运用MIcro SAtellite(MISA)工具发现其中具有1-6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb(312.5/Mb)。6种SSR位点类型中主要为1-3个核苷酸重复... 利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene(38.17 Mb)序列数据,运用MIcro SAtellite(MISA)工具发现其中具有1-6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb(312.5/Mb)。6种SSR位点类型中主要为1-3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01%,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个,重复次数在5-23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10-60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9%(938个SSR位点)。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性。 展开更多
关键词 菜薹 转录组 SSR 可用性分析
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具通用性芸薹属SSR标记在菜心RIL群体中的偏分离分析 被引量:3
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作者 郭培国 王直亮 +6 位作者 陈静芳 夏岩石 李荣华 张华 李光光 郑岩松 kadambot siddique 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期2139-2146,共8页
为了研究菜心的偏分离遗传特性,以菜心材料"四九-19号菜心"和"3T6"杂交得到的F6重组自交系(RIL)群体为材料,利用从133对芸薹属SSR引物中筛选出的40对SSR引物对RIL群体进行基因分型,结果显示重组自交系中具有78个SS... 为了研究菜心的偏分离遗传特性,以菜心材料"四九-19号菜心"和"3T6"杂交得到的F6重组自交系(RIL)群体为材料,利用从133对芸薹属SSR引物中筛选出的40对SSR引物对RIL群体进行基因分型,结果显示重组自交系中具有78个SSR标记多态性位点,其中46个位点定位在建立的含有10个连锁群的菜心遗传图谱中。偏分离分析发现,遗传图谱中有31个位点表现偏分离,占定位于图谱中位点的67.39%。其中偏向母本"四九-19号菜心"的位点12个,占总偏分离位点数的38.71%;偏向父本"3T6"的偏分离位点19个,占总偏离位点数的61.29%。检测到4个偏分离热点区域,分别位于连锁群LG3、LG4、LG5和LG6上,其中3个偏向父本"3T6"、1个偏向双亲,推测配子体选择可能是产生偏分离的因素。 展开更多
关键词 菜心 重组自交系 芸薹属SSR标记 偏分离
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不同菜心品种叶绿素荧光参数日变化的研究 被引量:11
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作者 王直亮 陈静芳 +7 位作者 林静怡 夏岩石 李荣华 郭培国 张华 李光光 郑岩松 kadambot siddique 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期3654-3659,共6页
了解菜心光能利用效率的规律性,可为具优良光合性状菜心品种的选育提供参考。据此,本研究选用在二份耐热性强和二份耐热性弱的菜心品种作为研究对象,探讨了这些品种的叶绿素荧光参数的日变化规律。结果表明:随着光强和温度的上升和下降... 了解菜心光能利用效率的规律性,可为具优良光合性状菜心品种的选育提供参考。据此,本研究选用在二份耐热性强和二份耐热性弱的菜心品种作为研究对象,探讨了这些品种的叶绿素荧光参数的日变化规律。结果表明:随着光强和温度的上升和下降的日变化,四份菜心材料的初始荧光(Fo)、相对可变荧光(VJ)和单位反应中心热耗散能量(DIo/RC)出现先升后降的趋势,而最大荧光(Fm)、光能转化效率(Fv/Fm)、光化学性能指数(PIABS)则出现先降后升的情况;除Fo的最大峰值在四份材料中均在13:00时外,耐热性强的材料其余参数的最大或最小峰值出现在光照强度最大的13:00时且变化幅度较小,而在耐热性弱的材料中这些值的变化幅度大且出现在日最高温度的14:00。另外,随着光强和温度的降低,各荧光参数又逐渐向初始水平恢复,但耐热性强的菜心品种的恢复速率高于耐热性弱的菜心品种。这一结果表明叶绿素荧光参数可考虑作为评价菜心材料耐热性强弱的一个参考指标。 展开更多
关键词 菜心 叶绿素荧光参数 日变化
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