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基于转录组及WGCNA的甘蔗干旱响应调控网络分析 被引量:4
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作者 李佩婷 赵振丽 +5 位作者 黄潮华 黄国强 徐良年 邓祖湖 张玉 赵新旺 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1583-1600,共18页
干旱是制约甘蔗产业发展的重要因素之一。前人研究表明,斑茅具有良好的抗性基因,可以通过远缘杂交遗传给后代。本研究以斑茅与甘蔗杂交F1代无性系YCE96-40为材料,对苗期干旱处理0 h和24 h后的叶和根进行转录组测序分析,比较了根和叶在... 干旱是制约甘蔗产业发展的重要因素之一。前人研究表明,斑茅具有良好的抗性基因,可以通过远缘杂交遗传给后代。本研究以斑茅与甘蔗杂交F1代无性系YCE96-40为材料,对苗期干旱处理0 h和24 h后的叶和根进行转录组测序分析,比较了根和叶在转录水平上响应干旱的差异,鉴定出21,885个(DR vs CR:10176,DL vs CL:7907)差异表达基因(DEGs),根中差异表达基因多于叶中,说明根对干旱胁迫响应更为剧烈。GO功能富集分析发现,根和叶中DEGs均富集到与脱水反应相关及激素信号转导过程相关的条目,比如“对渗透胁迫生物过程的响应”和“对缺水生物过程的反应”等。与叶不同的是,根中大量DEGs显著富集到与细胞膜相关的条目。在根中鉴定出多个木质素相关DEGs,表明木质素参与了根的干旱响应。通过对所有DEGs进行WGCNA分析,共鉴定出11个基因共表达模块,其中与干旱处理后的根显著相关有5个模块,与干旱处理后的叶显著相关的有2个模块。进一步筛选出了26个转录因子为甘蔗干旱响应的候选转录因子,构建了调控网络。研究结果为进一步理解甘蔗抗旱性的分子机制及甘蔗抗旱性育种提供了理论指导。 展开更多
关键词 甘蔗 抗旱性 转录组 加权基因共表达网络 转录因子
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甘蔗属大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列克隆与特点分析 被引量:4
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作者 吴子莺 杨善 +5 位作者 钱旺 吴嘉云 陈柯 张珂 李佩婷 邓祖湖 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期466-476,共11页
为深入研究大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列(RT,reverse transcriptase)的特点,本研究使用简并引物将Ty1-copia RT序列克隆、测序,成功分离了60条Ty1-copia类RT序列,AT比例为46.0%~62.0%,长度为257~266bp,通过构建系统进... 为深入研究大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列(RT,reverse transcriptase)的特点,本研究使用简并引物将Ty1-copia RT序列克隆、测序,成功分离了60条Ty1-copia类RT序列,AT比例为46.0%~62.0%,长度为257~266bp,通过构建系统进化树分析,可将其分成6大类。将这些碱基序列翻译成氨基酸序列,通过ClustalX软件分析,发现存在上游TAFLHG、下游YVDDM以及中心SLYGLKQ保守结构域,并出现编码阅读框移码突变、终止密码子突变的现象。与其他禾本科物种的Ty1-copia RT序列一起构建系统进化树,结果发现可分成10类不同的进化谱系,60条大茎野生种Ty1-copia RT氨基酸序列中有12条序列归为Ⅰ类(Sre/Maximus)、有10条序列归为Ⅱ类(Retrofit/Ale)、有18条序列归为Ⅲ类(Ale)、有17条序列归为X类(Tork/TAR),仅有3条序列归为Ⅵ类(Tork/Angela);然而Bianca和Oryco/Ivana谱系未发现大茎野生种Ty1-copia RT序列,表明其与甘蔗杂交种、高粱的亲缘关系近。通过斑点杂交结果,可计算得到Ty1-copia RT序列在其基因组中拷贝数为6.75×103。FISH结果显示,Ty1-copia RT序列是弥散分布在染色体上,其中部分染色体端粒上的信号比较强。这些结果将有助于今后大茎野生种生物多样性研究、基因组研究,提供一定的参考依据。 展开更多
关键词 大茎野生种 Ty1-copia反转录转座子 荧光原位杂交 进化分析 甘蔗
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基于PERK/ATF4/CHOP信号通路探讨瑞香素对类风湿关节炎滑膜成纤维细胞的影响 被引量:4
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作者 敖琴 胡欢 +6 位作者 刘俊 曾家顺 黄颖 凌益 李培霆 秦龙燕 李龙 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期705-711,共7页
目的探讨瑞香素(daphnetin,DAP)对人类风湿关节炎滑膜成纤维细胞(RA-FLS)的作用及其与内质网应激(endoplasmic reticulum stress,ERS)PERK/ATF4/CHOP信号通路的关系。方法RA-FLS细胞培养,免疫荧光法检查波形蛋白(vimentin)和CD68对细胞... 目的探讨瑞香素(daphnetin,DAP)对人类风湿关节炎滑膜成纤维细胞(RA-FLS)的作用及其与内质网应激(endoplasmic reticulum stress,ERS)PERK/ATF4/CHOP信号通路的关系。方法RA-FLS细胞培养,免疫荧光法检查波形蛋白(vimentin)和CD68对细胞进行鉴定;CCK-8检测(0、5、10、20、30、40、50、60、70)mg·L^(-1) DAP对RA-FLS细胞增殖活性的影响,根据增殖活性将实验分为空白组(Blank)、低剂量组(L-DAP)、中剂量组(M-DAP)、高剂量组(H-DAP)以及高剂量+抑制剂4-PBA组(H-DAP+4-PBA);ELISA检测TNF-α、IL-6水平;流式细胞术检测细胞凋亡;Transwell及划痕实验检测细胞侵袭及迁移能力,Western blot检测细胞中与内质网应激相关蛋白GRP78、PERK、p-PERK、ATF4、CHOP、Caspase-12、C-caspase-12、Bcl-2表达。结果CCK-8结果显示,与0 mg·L^(-1) DAP组比较,20~70 mg·L^(-1) DAP中各组增殖活性均差异具有显著性(P<0.05),组间比较后0、20、40、60 mg·L^(-1) DAP对应的细胞增殖率差异具有统计学意义(P<0.05),以此浓度分别作为空白、低剂量、中剂量、高剂量组以及高剂量+4-PBA实验分组依据;DAP可成浓度依耐性抑制RA-FLS细胞炎症因子IL-6、TNF-α释放,减弱细胞侵袭能力,促进细胞凋亡,上调PERK、p-PERK、ATF4、GRP78、CHOP及Caspase-12及C-caspase-12蛋白表达,降低抗凋亡蛋白Bcl-2表达水平。另一组实验证明,高剂量DAP+4-PBA可上调IL-6、TNF-α表达以及细胞侵袭,抑制细胞凋亡及ERS相关蛋白表达。结论DAP可通过激活PERK/ATF4/CHOP信号通路调节相关炎症因子分泌,抑制RA-FLS细胞增殖及侵袭,诱导细胞凋亡,有望成为治疗RA的潜在途径。 展开更多
关键词 瑞香素 类风湿关节炎 PERK/ATF4/CHOP信号通路 内质网应激 滑膜成纤维细胞 凋亡
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Immunoregulatory and Anti-cancer Activities of Combination Treatment of Novel Four-Herb Formula and Doxorubicin in 4T1-Breast Cancer Bearing Mice
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作者 Lea ling-Yu Kan Ben Chung-Lap Chan +7 位作者 Grace Gar-Lee Yue li pei-ting Sharon Sze-Man Hon HUANG Dan-qi Miranda Sin-Man Tsang Clara Bik-San Lau Ping-Chung Leung Chun-Kwok Wong 《Chinese Journal of Integrative Medicine》 SCIE CAS CSCD 2024年第4期311-321,共11页
Objective To investigate the in vivo immunomodulatory and anti-tumor mechanisms of the combined treatment of novel Four-Herb formula(4HF)and doxorubicin in triple-negative breast cancer(TNBC).Methods Murine-derived tr... Objective To investigate the in vivo immunomodulatory and anti-tumor mechanisms of the combined treatment of novel Four-Herb formula(4HF)and doxorubicin in triple-negative breast cancer(TNBC).Methods Murine-derived triple-negative mammary carcinoma cell line,4T1 cells,was cultured and inoculated into mouse mammary glands.Sixty-six mice were randomly assigned into 6 groups(n=11 in ench):naive,control,LD 4HF(low dose 4HF),HD 4HF(high dose 4HF),LD 4HF+D(low dose and doxorubicin),and D(doxorubicin).Apart from the naive group,each mouse received subcutaneous inoculation with 5×10^(5)4T1 cells resuspended in 100µL of normal saline in the mammary fat pads.Starting from the day of tumor cell inoculation,tumors were grown for 6 days.The LD and HD groups received daily oral gavage of 658 and 2,630 mg/kg 4HF,respectively.The LD 4HF+D group received daily oral gavage of 658 mg/kg 4HF and weekly intraperitoneal injection of doxorubicin(5 mg/kg).The D group received weekly intraperitoneal injections of doxorubicin(5 mg/kg).The treatment naive mice received daily oral gavage of 0.2 mL double distilled water and 0.1 mL normal saline via intraperitoneal injection once a week.The control group received daily oral gavage of 0.2 mL double-distilled water.The treatment period was 30 days.At the end of treatment,mice organs were harvested to analyze immunological activities via immunophenotyping,gene and multiplex analysis,histological staining,and gut microbiota analysis.Results Mice treated with the combination of 4HF and doxorubicin resulted in significantly reduced tumor and spleen burdens(P<0.05),altered the hypoxia and overall immune lymphocyte landscape,and manipulated gut microbiota to favor the anti-tumor immunological activities.Moreover,immunosuppressive genes,cytokines,and chemokines such as C-C motif chemokine 2 and interleukin-10 of tumors were significantly downregulated(P<0.05).4HF-doxorubicin combination treatment demonstrated synergetic activities and was most effective in activating the anti-tumor immune response(P<0.05).Conclusion The above results provide evidence for evaluating the immune regulating mechanisms of 4HF in breast cancer and support its clinical significance in its potential as an adjunctive therapeutic agent or immune supplement. 展开更多
关键词 adjunctivetherapy breast cancer CYTOKINES Chinese medicine tumor microenvironment
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