目的应用生物信息学方法探讨鞘氨醇-1-磷酸转运体2(sphingosine-1-phosphate transporter 2,SPNS2)在乳腺癌中的表达情况,并分析SPNS2对乳腺癌预后、诊断或免疫浸润的影响。方法癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库检...目的应用生物信息学方法探讨鞘氨醇-1-磷酸转运体2(sphingosine-1-phosphate transporter 2,SPNS2)在乳腺癌中的表达情况,并分析SPNS2对乳腺癌预后、诊断或免疫浸润的影响。方法癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库检索乳腺癌组织和非乳腺癌样本中的SPNS2 mRNA差异表达数据,并分析SPNS2与乳腺癌之间的关系。用Cox单因素及多因素模型分析SPNS2 mRNA表达对乳腺癌预后的影响。使用Kaplan-Meier曲线评估SPNS2基因的表达与存活率之间的相关性,分析SPNS2对乳腺癌患者生存预后的影响。使用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)分析SPNS2对乳腺癌的诊断效能。使用肿瘤免疫估算资源(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库分析SPNS2表达与乳腺癌免疫微环境中不同类型免疫细胞的相关性。搜索相互作用基因检索的工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING)数据库分析乳腺癌中SPNS2与相关蛋白质之间的相互作用。分析京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库中得到的差异基因富集的信号通路。提取正常乳腺上皮细胞和乳腺癌细胞系RNA,通过RT-qPCR实验比较SPNS2的表达水平。结果在TCGA乳腺癌数据库中,SPNS2在乳腺癌组织中表达水平显著低于癌旁组织(P<0.001),SPNS2 mRNA的表达与T、M分期、病理分期、PAM50分型、年龄和组织学类型等因素相关(P<0.05);Cox分析表明年龄>60岁、T4期、M1期等因素是乳腺癌发生预后不良的风险因素(P<0.01);Kaplan-Meier分析显示低表达SPNS2乳腺癌患者具有更长的疾病特异生存期(disease-specific survival,DSS)和无进展间隔期(progression-free interval,PFI)(P<0.05);ROC曲线提示SPNS2诊断具有较好的敏感性和特异性。TIMER数据库分析显示在Luminal型乳腺癌中,SPNS2与CD4+T细胞,巨噬细胞、中性粒细胞等免疫细胞呈正相关(P<0.05)。STRING和KEGG数据库分析表明SPNS2相关蛋白富集于细胞周期和PPAR信号传导等途径(P<0.05)。RT-qPCR实验结果显示与正常乳腺上皮细胞相比,SPNS2在乳腺癌细胞系中低表达(P<0.001)。结论SPNS2是一种潜在的诊断乳腺癌和评价预后的生物学标志物。展开更多
Deformation experiments of Carrara marble were conducted under increasing temperatures (temperatures 300℃ - 550℃, confining pressure 0. 5Mpa, strain - rate 5 × 10- 6 s-1 ). The experiments reveal that calcite r...Deformation experiments of Carrara marble were conducted under increasing temperatures (temperatures 300℃ - 550℃, confining pressure 0. 5Mpa, strain - rate 5 × 10- 6 s-1 ). The experiments reveal that calcite rocks show different deformation behaviors and corresponding microstructural characteristics under different temperatures. By analyzing microstructural characteristics, preferred grain shape orientation variation of the primary rocks and deformed specimen, the deformation features of Carrara marble are summarized: twinning, fracturing dominates deformation of the rocks at temperatures between 300℃ and 450℃; dynamic recrystallization occurs in the temperature range of 450- 550℃; the brittle to crystalline plasticity transition deformation is observed at around 450℃, twinning and crystal - plastic deformation become dominant with further increasing temperature.展开更多
为探究苯丙氨酸处理对采后桃果皮着色的影响,该研究以套袋采收的‘湖景蜜露’桃为材料,采用8 mmol/L苯丙氨酸浸泡10 min处理后于常温(22±2)℃条件下贮藏8 d,研究苯丙氨酸处理对采后桃果实外观、果皮色差、花色苷含量和花色苷代谢...为探究苯丙氨酸处理对采后桃果皮着色的影响,该研究以套袋采收的‘湖景蜜露’桃为材料,采用8 mmol/L苯丙氨酸浸泡10 min处理后于常温(22±2)℃条件下贮藏8 d,研究苯丙氨酸处理对采后桃果实外观、果皮色差、花色苷含量和花色苷代谢途径相关基因表达水平的影响。结果表明,与对照组相比,采后苯丙氨酸处理可以有效促进桃果实着色,显著提高桃果皮色差ΔE值、a^(*)值、颜色指数(color index of red grape,CIRG)和总花色苷含量,在贮藏第8天时,苯丙氨酸处理组的花色苷含量是对照组的1.64倍;苯丙氨酸处理显著促进了贮藏前期桃果皮中花色苷合成相关结构基因(PAL、F3H、DFR、UFGT)和调节基因(MYB10.1、bHLH3、WD40-1)的表达。研究证实了采后苯丙氨酸处理在促进套袋桃果皮花色苷合成和果皮着色中的作用,为苯丙氨酸在桃采后色泽调控中的应用提供一定技术指导和理论依据。展开更多
文摘目的应用生物信息学方法探讨鞘氨醇-1-磷酸转运体2(sphingosine-1-phosphate transporter 2,SPNS2)在乳腺癌中的表达情况,并分析SPNS2对乳腺癌预后、诊断或免疫浸润的影响。方法癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库检索乳腺癌组织和非乳腺癌样本中的SPNS2 mRNA差异表达数据,并分析SPNS2与乳腺癌之间的关系。用Cox单因素及多因素模型分析SPNS2 mRNA表达对乳腺癌预后的影响。使用Kaplan-Meier曲线评估SPNS2基因的表达与存活率之间的相关性,分析SPNS2对乳腺癌患者生存预后的影响。使用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)分析SPNS2对乳腺癌的诊断效能。使用肿瘤免疫估算资源(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库分析SPNS2表达与乳腺癌免疫微环境中不同类型免疫细胞的相关性。搜索相互作用基因检索的工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING)数据库分析乳腺癌中SPNS2与相关蛋白质之间的相互作用。分析京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库中得到的差异基因富集的信号通路。提取正常乳腺上皮细胞和乳腺癌细胞系RNA,通过RT-qPCR实验比较SPNS2的表达水平。结果在TCGA乳腺癌数据库中,SPNS2在乳腺癌组织中表达水平显著低于癌旁组织(P<0.001),SPNS2 mRNA的表达与T、M分期、病理分期、PAM50分型、年龄和组织学类型等因素相关(P<0.05);Cox分析表明年龄>60岁、T4期、M1期等因素是乳腺癌发生预后不良的风险因素(P<0.01);Kaplan-Meier分析显示低表达SPNS2乳腺癌患者具有更长的疾病特异生存期(disease-specific survival,DSS)和无进展间隔期(progression-free interval,PFI)(P<0.05);ROC曲线提示SPNS2诊断具有较好的敏感性和特异性。TIMER数据库分析显示在Luminal型乳腺癌中,SPNS2与CD4+T细胞,巨噬细胞、中性粒细胞等免疫细胞呈正相关(P<0.05)。STRING和KEGG数据库分析表明SPNS2相关蛋白富集于细胞周期和PPAR信号传导等途径(P<0.05)。RT-qPCR实验结果显示与正常乳腺上皮细胞相比,SPNS2在乳腺癌细胞系中低表达(P<0.001)。结论SPNS2是一种潜在的诊断乳腺癌和评价预后的生物学标志物。
基金National Natural Science Foundation of China(49872071)
文摘Deformation experiments of Carrara marble were conducted under increasing temperatures (temperatures 300℃ - 550℃, confining pressure 0. 5Mpa, strain - rate 5 × 10- 6 s-1 ). The experiments reveal that calcite rocks show different deformation behaviors and corresponding microstructural characteristics under different temperatures. By analyzing microstructural characteristics, preferred grain shape orientation variation of the primary rocks and deformed specimen, the deformation features of Carrara marble are summarized: twinning, fracturing dominates deformation of the rocks at temperatures between 300℃ and 450℃; dynamic recrystallization occurs in the temperature range of 450- 550℃; the brittle to crystalline plasticity transition deformation is observed at around 450℃, twinning and crystal - plastic deformation become dominant with further increasing temperature.
文摘为探究苯丙氨酸处理对采后桃果皮着色的影响,该研究以套袋采收的‘湖景蜜露’桃为材料,采用8 mmol/L苯丙氨酸浸泡10 min处理后于常温(22±2)℃条件下贮藏8 d,研究苯丙氨酸处理对采后桃果实外观、果皮色差、花色苷含量和花色苷代谢途径相关基因表达水平的影响。结果表明,与对照组相比,采后苯丙氨酸处理可以有效促进桃果实着色,显著提高桃果皮色差ΔE值、a^(*)值、颜色指数(color index of red grape,CIRG)和总花色苷含量,在贮藏第8天时,苯丙氨酸处理组的花色苷含量是对照组的1.64倍;苯丙氨酸处理显著促进了贮藏前期桃果皮中花色苷合成相关结构基因(PAL、F3H、DFR、UFGT)和调节基因(MYB10.1、bHLH3、WD40-1)的表达。研究证实了采后苯丙氨酸处理在促进套袋桃果皮花色苷合成和果皮着色中的作用,为苯丙氨酸在桃采后色泽调控中的应用提供一定技术指导和理论依据。
