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利用紧缩线性模型和贝叶斯模型对猪总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联研究
被引量:
6
1
作者
刘小磊
杨松柏
+2 位作者
max f rothschild
ZHANG Zhi-Wu
樊斌
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第10期1261-1270,共10页
全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具。文章使用猪60K SNP芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820)进行分型检测,共计57 814个SNP通过设定质控标准。主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现...
全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具。文章使用猪60K SNP芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820)进行分型检测,共计57 814个SNP通过设定质控标准。主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现象,而后分别运用两种统计模型Compressed Mixed Linear Model(GAPIT程序包)、Bayes CPi(GenSel软件)进行第1和第2胎次总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联分析。从两种分析方法所得结果中各取最显著的50个SNP位点进行比较:对于第1胎次总产仔数,两种方法分析结果存在31个重合SNP位点,对于第1胎次产活仔数,有20个重合SNP位点;且两种统计分析结果中最显著的SNP位点都在另一方法中得到验证。与第1胎次总产仔数显著关联的SNP位于1、2、3、7、13、16和18号染色体,与第1胎次产活仔数显著关联的SNP位于1、3、4、13和16号染色体上的11个区域内。在1、3、13和16染色体上共有5个区域同时与这两个性状显著关联。与第2胎次总产仔数和产活仔数显著关联的区域主要位于7、10、12、13、14和16号染色体的6个重叠区域内。
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关键词
全基因组关联
总产仔数
产活仔数
SNP芯片
猪
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职称材料
题名
利用紧缩线性模型和贝叶斯模型对猪总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联研究
被引量:
6
1
作者
刘小磊
杨松柏
max f rothschild
ZHANG Zhi-Wu
樊斌
机构
华中农业大学
Department of Animal Science
Institute for Genomic Diversity
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第10期1261-1270,共10页
基金
国家自然科学基金项目(编号:31072009)
教育部新世纪人才支持计划项目(编号:NCET-11-0646)
中央高校基本科研业务费专项资金(编号:2010PY008)资助
文摘
全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具。文章使用猪60K SNP芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820)进行分型检测,共计57 814个SNP通过设定质控标准。主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现象,而后分别运用两种统计模型Compressed Mixed Linear Model(GAPIT程序包)、Bayes CPi(GenSel软件)进行第1和第2胎次总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联分析。从两种分析方法所得结果中各取最显著的50个SNP位点进行比较:对于第1胎次总产仔数,两种方法分析结果存在31个重合SNP位点,对于第1胎次产活仔数,有20个重合SNP位点;且两种统计分析结果中最显著的SNP位点都在另一方法中得到验证。与第1胎次总产仔数显著关联的SNP位于1、2、3、7、13、16和18号染色体,与第1胎次产活仔数显著关联的SNP位于1、3、4、13和16号染色体上的11个区域内。在1、3、13和16染色体上共有5个区域同时与这两个性状显著关联。与第2胎次总产仔数和产活仔数显著关联的区域主要位于7、10、12、13、14和16号染色体的6个重叠区域内。
关键词
全基因组关联
总产仔数
产活仔数
SNP芯片
猪
Keywords
GWAS total number born number born alive SNP chip pig
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用紧缩线性模型和贝叶斯模型对猪总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联研究
刘小磊
杨松柏
max f rothschild
ZHANG Zhi-Wu
樊斌
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2012
6
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参考文献
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