用mtDNA D-环序列探讨蒙古和中国绵羊的起源及遗传多样性

为了在分子水平上探讨绵羊的起源,对中国和蒙古共20个绵羊群体、314只绵羊mtDNAD环的部分序列进行了测定。结果表明:中国绵羊和蒙古绵羊mtDNAD环区的部分序列中A、T、G、C含量没有明显的差别;蒙古绵羊的多态位点数(26.85%)略高于中国绵羊(24.22%);中国绵羊群体的单倍型多样度在青海藏羊、甘肃藏羊、甘肃高山细毛羊、青海细毛羊、甘南藏羊、小尾寒羊和滩羊群体中较高,但在湖羊和岷县黑裘皮羊中较低;蒙古绵羊的单倍型多样度在Bayad和Baidrag群体中最高,但在GobiAltai群体中最低。从总体上看,蒙古绵羊的遗传多样性要略高于中国绵羊,例如单倍型比例的平均值为86.06%(142/165)∶78.83%(108/137),单倍型多样度(Hd)的平均值为0.976∶0.936,核苷酸多样度(Pi(π))的平均值为0.036∶0.034,平均核苷酸差异数(k)的平均值为23.50∶22.46。217个中国和蒙古绵羊的单倍型序列的系统发生分析表明,中国和蒙古绵羊均有3个母系起源,被定义为A、B和C3类主要的单倍型。其中A类单倍型在所有中国绵羊群体及绝大多数蒙古绵羊群体(9/11)中占优势,平均比例为58.73%;B类单倍型居中,为24.68%;C类单倍型最少,仅为16.59%。进一步从GenBank获得的91个绵羊D环区的序列与中国和蒙古绵羊D环区的单倍型的进行网络关系分析,发现欧洲摩弗仑羊(Europeanmouflon,O.musimon)与中国和蒙古绵羊具有较近的亲缘关系,但没有发现羱羊(Argali,O.ammon)、盘羊(O.vigneibochariensis)和东方盘羊(O.ammonnigrimontana)对中国和蒙古绵羊起源有贡献的证据。

中国绵羊群体mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

为了研究中国家养绵羊的起源和遗传多样性,通过对143只绵羊(9个群体)的线粒体DNA(mtDNA)D-环的部分序列进行PCR扩增,测序获得1个长度为723bp的序列(含5个75bp的重复单元),137个长度为648bp的序列(含4个75bp的重复单元)。5个长度为573bp的序列(含3个75bp的重复单元),因此认为含有4个重复单元是家养绵羊mtDNAD-环的特征,mtDNA序列长度的变异主要是由于重复区重复单元次数的不同造成。对137个含有4个重复单元的序列进行分析,发现157个变异位点,占研究位点的24.22%。A、T、G、C含量分别为35.67%、27.85%、13.84%和22.64%。137个序列共发现96个单倍型,单倍型比例为70.07%,说明中国家养绵羊具有丰富的mtDNAD-环序列多态性。96个单倍型序列的系统发育树呈现出3个明显的分支,网络分析也分为明显的三支,因此认为中国家养绵羊有3个母系起源。从Genebank获得的91个绵羊D-环序列和中国的96个绵羊D-环单倍型序列研究表明,摩佛伦(Mouflon)与单倍型B聚为一类,说明摩佛伦与中国家养绵羊具有很近的亲缘关系。没有发现羱羊(Ovisammonargali)、盘羊(O.vigneibochariensis)和东方盘羊(O.ammonnigrimontana)对中国和蒙古家养绵羊起源有贡献的证据。

甘肃地方绵羊品种mtDNAD-环序列遗传多样性与起源分析

为了研究甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源,利用设计的1对引物对绵羊mtDNA D-环序列进行PCR扩增和纯化测序。对序列数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析。分析结果显示:120只绵羊mtDNA D-环序列(部分)表现出2种长度变异,其中3个序列长度为573 bp,117个序列长度为648 bp。对117个长度为648 bp的序列进行分析,发现77个单倍型。单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在蒙古羊都较高,而在兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊都较低。系统发育树和网络关系分析均将77个单倍型明显的分为3个分支。研究认为:含有4个重复单元(75 bp)是甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环的序列特征,在甘肃6个地方绵羊品种中,蒙古羊的遗传多样性最丰富,兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊遗传多样性最低。系统发育和网络关系分析认为甘肃6个地方绵羊品种有3个母系起源。

利用微卫星DNA标记分析高原型细毛羊的种质特性

【目的】利用微卫星DNA遗传标记,分析中国高原型细毛羊品种间的遗传差异,为评价其种质特征、开展品种保护和遗传改良提供依据。【方法】运用15个微卫星DNA标记,以甘肃高山细毛羊和青海细毛羊为研究对象,其它9个绵羊群体为对照,分析群体遗传结构、遗传分化和种质特性。【结果】系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构推导均得出一致的结果:即所研究的11个群体可分为3类,其中青海细毛羊和甘肃高山细毛羊聚为一类,具有较近的主成分值,群体遗传结构也较相似。【结论】青海细毛羊和甘肃高山细毛羊具有相似的遗传背景,这与他们的育种历史等一致,表明微卫星DNA标记是研究动物种质特征的可靠遗传标记之一,在未来的品种资源保护和利用中,根据系统保种理论,可将青海细毛羊和甘肃高山细毛羊按一个细毛羊品种来对待。

利用微卫星DNA标记分析巴布亚新几内亚三个地方鸡群体的遗传多样性及亲缘关系

为了解巴布亚新几内亚地方鸡群体的遗传多样性和亲缘关系,本研究利用20个微卫星DNA遗传标记,对3个群体、96个个体的基因型进行了测定,估算了群体内的杂合度和近交系数(FIS)以及群体间的遗传分化系数(FST)等多样性参数;根据Nei氏标准遗传距离,构建群体水平的NJ树和个体水平上的无根UPGMA树。结果表明,3个群体内的平均期望(基因)杂合度介于0.665 9至0.680 6,平均FIS介于0.020至0.286,总群体水平上的遗传变异仅占5.5%;3个群体相互之间的遗传分化均达到显著水平,在个体水平的无根UPGMA树上,来源同一群体的个体会优先聚为一类。这说明巴布亚新几内亚的3个地方鸡群体的遗传多样性比较丰富,群体间的遗传分化显著,应该分别加以保护和利用。

Diversity and Origin of Indigenous Village Chickens (<i>Gallus gallus</i>) from Chad, Central Africa

In this study we assess the maternal genetic diversity and origin of indigenous village chickens from Chad complementing previous phenotypic and biometric measurements studies. We analysed a 387 bp fragment of the mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop region of 181 village chickens from three populations of western Chad (Lake Chad/Hadjer Lamis), central Chad (Guera) and south-west Chad (Pala) and at different poultry markets in N'Djamena. Twenty-five polymorphic sites and 20 haplotypes are identified. Phylogenetic and network analyses group all chicken into a single mtDNA haplogroup D. Comparison with reference sequences shows that this haplogroup is the commonest one observed in chicken and it supports the Indian subcontinent as the maternal center of origin for the village chicken in Chad. Little genetic variation was found within and between populations which is in agreement with a recent and a maternal founding effect for the chicken in the country.