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基于小RNA深度测序的烟草脉坏死病病原分子鉴定及其全基因组序列分析
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作者 莫翠萍 陈锦清 +7 位作者 韦学平 崔丽贤 罗婉笛 李金哲 谢慧婷 秦碧霞 蔡健和 李战彪 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1387-1396,共10页
【目的】明确引起广西河池市南丹县烟草呈现斑驳花叶、叶脉坏死等症状的病毒病原,为烟草病毒病的综合防治提供理论依据。【方法】2022年5月,从河池市南丹县采集5份表现叶脉坏死、花叶等症状的烟草叶片样品,采用小RNA深度测序技术、反转... 【目的】明确引起广西河池市南丹县烟草呈现斑驳花叶、叶脉坏死等症状的病毒病原,为烟草病毒病的综合防治提供理论依据。【方法】2022年5月,从河池市南丹县采集5份表现叶脉坏死、花叶等症状的烟草叶片样品,采用小RNA深度测序技术、反转录PCR(RT-PCR)、摩擦接种、分段克隆、系统进化及重组分析等方法对样品进行鉴定及遗传进化分析。【结果】小RNA深度测序获得与GenBank数据库中马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)不同分离物具有较高核苷酸相似性(99.00%~100.00%)的5条序列,将5条序列拼接后获得1条全长为9708 nt的全基因组序列;通过鉴别寄主苋色藜(Chenopodium amaranticolor)单斑分离的方法获得单一病毒,利用该分离纯化后的病毒单斑接种普通烟K326和本氏烟,其中K326的新叶产生坏死症状,而本氏烟的新叶呈不规则深绿色病斑症状;分别提取K326和本氏烟的叶片样品总RNA,通过RT-PCR检测、分段克隆的方法获得病毒分离物的全基因组序列,结果显示2个烟草品种中的病毒序列与小RNA深度测序获得的序列相似性达99.90%;将序列在GenBank中进行BLAST分析发现,研究获得的序列与已登录GenBank的PVY各分离物具有较高的核苷酸相似性,其中与我国黑龙江省马铃薯分离物PVY HLJ26(MF134425)的核苷酸相似性最高,为99.01%,表明研究获得的病毒序列为PVY分离物,命名为PVY-GXnd1(OP131591)。重组分析发现,PVY-GXnd1是由PVYO-139(U09509.1)、PVYN-Mont(AY884983.1)和PVYN-605(X97895.1)重组而来的新PVY分离物,重组主要发生在3个区域,分别是1~498、2415~5816和8555~9373 nt,覆盖PVY的P1、P3、6K1、CI、6K2、Vpg、Nib和CP蛋白编码区,包含了PVYN-Wi和PVYNTN株系的2种不同重组结构特征,表明PVYGXnd1株系更接近PVYNTN-NW株系;基于PVY编码区构建的系统发育进化树分析表明,PVY-GXnd1与我国黑龙江省分离物PVY HLJ26处于同一小分支,具有较近的亲缘关系,而该分离物归属于PVYNTN-NW(SYR-II)株系,与重组分析结果一致。【结论】侵染广西河池市南丹县烟草引起叶脉坏死症状的病毒PVY-GXnd1为一株PVYNTN-NW(SYR-II型)重组株系。 展开更多
关键词 烟草 小RNA深度测序 马铃薯Y病毒 重组 叶脉坏死 广西
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广西西瓜、甜瓜细菌性果斑病菌检测及药剂毒力测定 被引量:4
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作者 谢慧婷 李战彪 +3 位作者 谭海文 秦碧霞 崔丽贤 蔡健和 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期2110-2116,共7页
【目的】筛选出对细菌性果斑病菌具有较好抑制作用的药剂,利用细菌性果斑病菌PCR检测技术,预防病害通过带病种子种苗传播扩散,为广西西瓜甜瓜细菌性果斑病害综合防治提供技术支撑。【方法】采用PCR方法对样品进行检测,用抑菌圈法测定13... 【目的】筛选出对细菌性果斑病菌具有较好抑制作用的药剂,利用细菌性果斑病菌PCR检测技术,预防病害通过带病种子种苗传播扩散,为广西西瓜甜瓜细菌性果斑病害综合防治提供技术支撑。【方法】采用PCR方法对样品进行检测,用抑菌圈法测定13种杀菌剂对广西甜瓜细菌性果斑病菌株(WM0922-3和XD0611-7)和西瓜细菌性果斑病菌株(XD0819-2)的抑制效果。【结果】2014-2017年,检测种子共计345份,其中葫芦种子203份,检出率为6.4%;南瓜种31份,检出率为9.68%;西瓜种子66份,检出率为4.55%;甜瓜种子45份,检出率为26.67%;送检西瓜嫁接苗65份,检出率为7.69%。检测田间疑似样品共计405份,其中西瓜样品187份,检出率为10.69%;厚皮甜瓜样品186份,检出率为6.99%;薄皮甜瓜样品32份,检出率为18.75%。1号杀菌剂对3个菌株的抑制效果均为最好,有效浓度中EC50均小于0.4×10^(-3)mg/L;其后依次为40%甲醛、72%农用硫酸链霉素可溶粉剂、80%乙蒜素乳油和64%杀毒矾可湿性粉剂,其中80%乙蒜素乳油和64%杀毒矾可湿性粉剂对XD0819-2的抑制效果优于WM0922-3和XD0611-7;硫酸链霉素和12%中生菌素母药对WM0922-3和XD0611-7具有较好抑制效果,但对XD0819-2无抑制作用。47%加瑞农可湿性粉剂、30%琥胶肥酸铜可湿性粉剂、20%吗胍·乙酸铜可湿性粉剂、46%氢氧化铜水分散粒剂、20%噻菌铜悬浮剂和2%春雷霉素水剂对3个菌株均无抑制作用。【结论】广西市售的西瓜甜瓜种子、种苗和田间样品均检测到细菌性果斑病菌,因此,应加强西瓜甜瓜种子种苗检疫管理,杜绝带病种子种苗传播病害。在生产中,建议使用1号杀菌剂和40%甲醛药剂进行种子消毒处理。 展开更多
关键词 瓜类细菌性果斑病菌 检测 药剂 室内毒力测定 广西
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侵染广西红宝石青柚的柑橘褪绿矮化相关病毒遗传进化分析 被引量:2
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作者 李战彪 刘丽辉 +6 位作者 崔丽贤 陈锦清 朱英芝 李霁轩 谢慧婷 秦碧霞 蔡健和 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期2758-2764,共7页
【目的】明确引起广西多地泰国红宝石青柚产生叶片变形、扭曲、皱缩、褪绿花叶和矮化症状的病原,为有效防治该病害提供理论依据。【方法】从广西多地采集疑似发病的红宝石青柚叶片样品,利用柑橘褪绿矮化相关病毒(Citrus chlorotic dwarf... 【目的】明确引起广西多地泰国红宝石青柚产生叶片变形、扭曲、皱缩、褪绿花叶和矮化症状的病原,为有效防治该病害提供理论依据。【方法】从广西多地采集疑似发病的红宝石青柚叶片样品,利用柑橘褪绿矮化相关病毒(Citrus chlorotic dwarf-associated virus,CCDaV)特异引物进行PCR检测,通过分段扩增、克隆等方法对样品进行鉴定并获取全长基因序列,运用RDP5和MEGA 7.0对所获得的全长基因序列进行重组及遗传多样性分析。【结果】PCR检测结果显示采集的红宝石青柚叶片样品可扩增出642 bp的目的条带,证实红宝石青柚受到CCDaV感染;采用分段克隆的方法获得LA-1、LA-2、WM-1、GG-1、GG-2、WZ-1和WZ-2等7个各地代表分离物的全长序列,序列长度分别为3641、3642、3642、3640、3642、3644和3644 bp;核苷酸相似性比对发现,7个分离物间的核苷酸相似性在98%以上,与GenBank已登录的CCDaV各分离物间的核苷酸相似性在99%以上,说明研究获得的病毒分离物为CCDaV的分离物;重组分析发现,7个分离物未发生重组。系统发育进化树分析结果显示,研究获得的WZ-1和WZ-2分离物分别与Tha1-19、Tha30处于同一个小分支,说明这2个分离物与Tha1-19和Tha30具有较近的亲缘关系;其余几个分离物则分处不同的小分支,说明CCDaV广西分离物间仍有一定的进化多样性。【结论】引起广西红宝石青柚叶片呈V字型、皱缩、卷曲、褪绿花叶和植株严重矮化等症状的病原为CCDaV,部分地区分离物存在地域多样性。 展开更多
关键词 柑橘褪绿矮化相关病毒 红宝石青柚 遗传进化 广西
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栽培稻种质资源的南方水稻黑条矮缩病抗性鉴定评价 被引量:9
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作者 农保选 秦碧霞 +7 位作者 夏秀忠 张宗琼 杨行海 曾宇 谢慧婷 李战彪 韩龙植 李丹婷 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期939-950,共12页
南方水稻黑条矮缩病是一种以白背飞虱为主要传播介体的病毒性病害,近年来给我国水稻生产带来巨大危害。为筛选具有南方水稻黑条矮缩病抗性的稻种资源,本研究以2812份来自国内外的栽培稻种质资源为材料,利用田间自然诱发鉴定和室内人工... 南方水稻黑条矮缩病是一种以白背飞虱为主要传播介体的病毒性病害,近年来给我国水稻生产带来巨大危害。为筛选具有南方水稻黑条矮缩病抗性的稻种资源,本研究以2812份来自国内外的栽培稻种质资源为材料,利用田间自然诱发鉴定和室内人工接种鉴定方法相结合进行南方水稻黑条矮缩病抗性鉴定,结果表明,供试材料中抗病材料比例仅为0.46%,不同地理来源、不同种质类型、不同生态地理型的抗病性水平不一致;感病材料比例达99.54%,其中包含多个我国近年来水稻生产中的主推品种,表明栽培稻资源的总体抗性水平低。结合田间自然诱发鉴定、室内人工接种鉴定和农艺性状考查,获得7份抗病表现稳定且农艺性状较好的优异抗源材料,可作为抗源亲本用于南方水稻黑条矮缩病抗性基因挖掘和水稻品种抗南方水稻黑条矮缩病改良。 展开更多
关键词 南方水稻黑条矮缩病 栽培稻种质资源 抗性鉴定 优异抗源
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First Report of Botryosphaeria dothidea Causing Sweet Osmanthus Leaf Dieback in China 被引量:6
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作者 XIE Ling HUANG Si-liang +5 位作者 CEN Zhen-lu LU Wei-hong qin bi-xia TANG Chen-guang HU Chun-jin qin Li-ping 《Agricultural Sciences in China》 CSCD 2010年第6期847-853,共7页
Sweet osmanthus is one of the ten traditional famous flowers in China.The occurrence of the diseases caused by fungi other than Botryosphaeria spp.has been reported mainly from China on sweet osmanthus.A leaf dieback ... Sweet osmanthus is one of the ten traditional famous flowers in China.The occurrence of the diseases caused by fungi other than Botryosphaeria spp.has been reported mainly from China on sweet osmanthus.A leaf dieback of sweet osmanthus caused by Botryosphaeria sp.was found for the first time in 2007 in Nanning City,Guangxi,China.The objectives of the present study were to isolate and characterize the causal organism of sweet osmanthus leaf dieback.The fungus was isolated from the lesions of affected sweet osmanthus leaves and its pathogenicity to sweet osmanthus was confirmed using a detached-leaf-inoculation method.The identification of the pathogen was carried out mainly based on the morphological characters and molecular analysis of internal transcribed spacer (ITS) sequences.The morphological characters of the pathogenic isolate GHX6 were agreed with that of Botryosphaeria dothidea.The ITS sequence of the isolate was amplified with primers ITS1 and ITS4,and submitted to GenBank (accession no.GQ368251).Molecular analysis based on ITS sequence comparison between the isolate GHX6 and the other related fungi derived from GenBank supported that the causal agent of the sweet osmanthus leaf dieback belonged to Botryosphaeria dothidea.This is the first report of Botryosphaeria dothidea causing leaf dieback on sweet osmanthus in China. 展开更多
关键词 sweet osmanthus leaf dieback pathogen identification Botryosphaeria dothidea
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Sensitivities of Phytophthora infestans to Metalaxyl, Cymoxanil, and Dimethomorph 被引量:2
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作者 ZHU Gui-ning HUANG Fu-xin +4 位作者 FENG Lan-xiang qin bi-xia YANG Yu-hong CHEN Yong-hui LU Xiu-hong 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2008年第7期831-840,共10页
The isolates of Phytophthora infestans on tomato in the Guangxi Zhuang Autonomous Region, China, were determined for the sensitivities to metalaxyl, cymoxanil and dimethomorph to give the basic information for integra... The isolates of Phytophthora infestans on tomato in the Guangxi Zhuang Autonomous Region, China, were determined for the sensitivities to metalaxyl, cymoxanil and dimethomorph to give the basic information for integrating disease management. Sensitivities were tested by measuring the radial growth on agar medium amended with fungicide, compared with the floating-leaf-disk method. 239 isolates were collected from eight tomato growing areas during 2000-2006. The testing results indicated that the frequencies of sensitive, intermediate, and resistant isolates to metalaxyl were 42.26, 35.98, and 23.53%, respectively. Variations in sensitivities amongst isolates from different areas or different years were very high for metalaxyl. All isolates from Tianlin and Wuxuan were sensitive to metalaxyl, but the metalaxyl-resistant isolates predominated in Tianyang, with the frequency of 51.35%. The EC50 values of certain isolates from Tianyang were higher than 500 μg·mL^-1 and their resistance levels were over 100 000 folds. Cymoxanil has been used for nearly 10 years in Guangxi, and dimethomorph has been used for 5-6 years. However, there was no decrease in sensitivity of P. infestans populations and the sensitivities of the pathogen were nearly normally distributed. Hence, their mean ECs0 value [cymoxanil (0.1647 ±0.0255) μg·mL^-1, dimethomorph (0.0970 ± 0.0052) μg·mL^-1 could be used as the baseline sensitivities for monitoring the field resistance development. The comparison with the floating-leaf-disk method indicates that both the techniques provided equivalent results. These studies suggested that metalaxyl can be continuously applied in Tianlin, Wuxuan, and Nanning due to the resistant isolates that have not been found, while for those areas with resistant isolate, the use of metalaxyl should be reduced or alternated, and cymoxanil or dimethomorph was recommended for controlling late blight disease of tomato. 展开更多
关键词 Phytophthora infestans METALAXYL CYMOXANIL DIMETHOMORPH sensitivity
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广西局地西番莲病毒病的病原鉴定及优势病毒分析 被引量:9
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作者 谢慧婷 李战彪 +5 位作者 崔丽贤 秦碧霞 刘丽辉 林珊宇 陈锦清 蔡健和 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期387-393,共7页
在广西采集表现斑驳、花叶症状疑似病毒病的西番莲叶片样品,利用小RNA测序技术,结合生物信息学分析,鉴定侵染西番莲的病毒种类。参考测序结果采用DAS-ELISA和RT-PCR方法对2015~2018年间采集的385份疑似病毒病样品进行检测,分析引发广西... 在广西采集表现斑驳、花叶症状疑似病毒病的西番莲叶片样品,利用小RNA测序技术,结合生物信息学分析,鉴定侵染西番莲的病毒种类。参考测序结果采用DAS-ELISA和RT-PCR方法对2015~2018年间采集的385份疑似病毒病样品进行检测,分析引发广西西番莲病毒病的优势病毒种类。结果显示:小RNA共获得20921061 clean reads,拼接获得560个contigs,其中99个contigs被注释为夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV),97个contigs被注释为黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV),69个contigs被注释为东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV),12个contigs被注释为大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)。提取送测序的同批样品叶片的总RNA进行RT-PCR验证,可检测出TeMV、EAPV和CMV 3种病毒,未检出SMV。采用DAS-ELISA和RT-PCR对采集的样品进行检测,结果发现284份样品为阳性样品,检出率为73.76%,其中TeMV的检出率最高为64.16%,其次为EAPV和CMV,检出率分别为41.30%和11.43%;3种病毒存在复合侵染现象,其中TeMV+EAPV的检出率最高为24.94%,TeMV+CMV的检出率为4.16%,EAPV+CMV的检出率为0.26%,3种病毒复合侵染的检出率为4.94%。 展开更多
关键词 西番莲 小RNA测序 黄瓜花叶病毒 夜来香花叶病毒 东亚西番莲病毒
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侵染广西甜椒的西瓜银斑驳病毒分子鉴定 被引量:4
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作者 谢慧婷 崔丽贤 +3 位作者 秦碧霞 陈锦清 李战彪 蔡健和 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期474-477,共4页
西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)为布尼亚病毒科(Bunyaviridae)番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)病毒,通过蓟马以持久增殖型方式传播,主要危害番茄、辣椒、西瓜等茄科和葫芦科作物,引起褪绿轮纹、环斑、皱缩等症... 西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)为布尼亚病毒科(Bunyaviridae)番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)病毒,通过蓟马以持久增殖型方式传播,主要危害番茄、辣椒、西瓜等茄科和葫芦科作物,引起褪绿轮纹、环斑、皱缩等症状,造成严重的经济损失[1]。WSMoV具有Tospovirus病毒属病毒典型的基因组特征,病毒粒子球状,具包膜,基因组为三分体单链RNA,根据分子量大小分别命名为L RNA、M RNA和S RNA。 展开更多
关键词 葫芦科作物 病毒属 基因组特征 褪绿 环斑 病毒粒子 增殖型 布尼亚病毒科
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SRBSDV对抗白背飞虱水稻抗虫性的影响
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作者 黄所生 秦碧霞 +5 位作者 吴碧球 谢慧婷 李成 李战彪 黄凤宽 蔡健和 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1048-1058,共11页
【目的】为明确南方水稻黑条矮缩病病毒(Southern rice blackstreaked dwarf virus,SRBSDV)对抗白背飞虱水稻的抗虫性的影响。【方法】在水稻3叶期,每稻苗接入8头1-2龄白背飞虱Sogatella furcifera(Horváth)若虫,参照国际标准评价... 【目的】为明确南方水稻黑条矮缩病病毒(Southern rice blackstreaked dwarf virus,SRBSDV)对抗白背飞虱水稻的抗虫性的影响。【方法】在水稻3叶期,每稻苗接入8头1-2龄白背飞虱Sogatella furcifera(Horváth)若虫,参照国际标准评价不同水稻对白背飞虱的抗性表现;每稻苗接入已饲毒且度过循回期的2头白背飞虱高龄若虫,评价不同抗性水平的抗白背飞虱水稻对SRBSDV的抗性。在各水稻成株期分别将不同虫态白背飞虱接到SRBSDV感染的稻株,研究不同抗性水平水稻感染SRBSDV后对白背飞虱取食选择性、取食量、存活率以及产卵量与卵孵化率的影响【结果】中抗、抗和高抗白背飞虱的水稻对SRBSDV的抗性均表现高感,且发病率均在93.55%以上;把无毒白背飞虱若虫分别接入各抗白背飞虱水稻的健康株和SRBSDV病株,48h后在健康株上取食的虫量为1.33-5.33头/株,而在SRBSDV病株上取食的虫量为24.00-46.00头/株,无毒白背飞虱取食选择偏向于SRBSDV病株,且其趋性与水稻对白背飞虱的抗性表现之间无明显相关性;白背飞虱成虫在各水稻健康株和感染SRBSDV的病株上取食,48h后其平均蜜露量分别为1.13-9.55 mg/头和2.97-17.35 mg/头,各抗白背飞虱水稻的感染SRBSDV病株之间白背飞虱的平均蜜露量差异较大,但均显著多于各自健康株上的平均蜜露量;白背飞虱在表现高抗和抗水平水稻上的存活率在15%-44.05%之间,而在感染SRBSDV病株上的存活率显著提高,均在69.21%以上;白背飞虱在各感染SRBSDV抗白背飞虱水稻上无毒白背飞虱能正常产卵及繁殖,且其产卵量和卵孵化率显著多于或高于各自对应健康株。【结论】抗白背飞虱的水稻不一定抗SRBSDV;抗白背飞虱水稻感染SRBSDV,有利于提高白背飞虱在取食、存活和繁殖方面对水稻抗虫性的适应度。 展开更多
关键词 南方水稻黑条矮缩病病毒 白背飞虱 水稻品种 抗虫性 取食量
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