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青黛复方制剂调节猪免疫力的作用机制分析 被引量:1
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作者 吴丽娟 张红辉 +5 位作者 陈勇勇 黄世会 牛熙 李升 冉雪琴 王嘉福 《饲料研究》 CAS 北大核心 2023年第15期55-63,共9页
试验旨在应用网络药理学方法,探究青黛复方制剂调节猪免疫力的分子机制。从Tcmsp数据库中筛查青黛复方制剂含有的化合物,得到有效活性成分,预测有效活性成分作用的靶基因,制作“活性成分-靶基因”网络分析,筛出主要活性成分。通过Omim... 试验旨在应用网络药理学方法,探究青黛复方制剂调节猪免疫力的分子机制。从Tcmsp数据库中筛查青黛复方制剂含有的化合物,得到有效活性成分,预测有效活性成分作用的靶基因,制作“活性成分-靶基因”网络分析,筛出主要活性成分。通过Omim等数据库分析免疫相关基因,与活性成分的靶基因取交集,得到复方制剂靶向的猪免疫相关基因。利用String数据库构建蛋白互作网络图(PPI),运用Cytoscape筛选PPI的核心蛋白;通过David数据库分析靶基因富集的基因功能和KEGG通路;用Autodock和PyMol进行分子对接,验证核心活性成分与核心靶点蛋白的相互作用。结果显示:青黛复方制剂含有330种化合物,其中有效活性成分为62种,主要的活性物质有β-谷甾醇、豆甾醇、常春藤皂苷元、山柰酚、异牡荆素等10种;有效活性成分作用于64个猪免疫相关基因以及SLC6A4、ESR1、TNF等20种核心靶蛋白,通过IL-17信号通路、TNF信号传导途径、NOD样受体信号传导途径等调节天然免疫和特异性免疫系统功能,提高香猪的抵抗力。青黛复方制剂主要通过β-谷甾醇、异牡荆素等主要活性成分,影响白细胞介素-2(IL-2)、肿瘤坏死因子-α(IFN-α)、干扰素-γ(IFN-γ)的表达水平。分子对接分析表明,这些活性成分能够与靶蛋白有效结合,可为中药增强机体免疫力的物质基础和作用机制等研究提供参考。同时,网络药理学分析结果可为全面解析青黛复方制剂增强猪免疫力的作用机制提供依据。 展开更多
关键词 青黛复方制剂 靶点 免疫力 分子对接
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猪源致病性大肠杆菌基因组比较与毒力因子分析
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作者 吴莉丹 冉雪琴 +3 位作者 牛熙 黄世会 李升 王嘉福 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期287-299,共13页
不同菌株猪源致病性大肠杆菌的致病力有较大差异,通过着重研究菌株基因组中携带的毒力因子种类和数量,以解析猪源大肠杆菌致病的分子机制。利用二代高通量DNA测序技术测定猪源致病性大肠杆菌的基因组DNA序列,通过生物信息学方法,分析不... 不同菌株猪源致病性大肠杆菌的致病力有较大差异,通过着重研究菌株基因组中携带的毒力因子种类和数量,以解析猪源大肠杆菌致病的分子机制。利用二代高通量DNA测序技术测定猪源致病性大肠杆菌的基因组DNA序列,通过生物信息学方法,分析不同毒力菌株的基因组结构特征、进化类型、携带的毒力因子基因及其碱基变异,采用PCR方法对候选毒力因子基因进行验证。猪源致病性大肠杆菌不同毒力菌株的基因组全长范围为4.62-5.3 Mb,含有3364-3557个编码基因,菌株的系统进化群和多位点序列分型多属于A群和ST10克隆复合群。6株菌携带112-280个毒力因子基因,强毒菌株的毒力因子基因尤其是毒素基因多于弱毒菌株,且各菌株分泌系统基因的数量变异较大。此外,毒力因子基因中检测到插入缺失、移码突变和无义突变等高影响碱基变异。采用PCR验证了代表性毒力因子基因及其变异。猪源致病性大肠杆菌的毒力与基因组长度、编码基因的数量和变异相关,与GC含量、前噬菌体和CRISPR序列没有必然联系。 展开更多
关键词 猪源致病性大肠杆菌 致病力 全基因组 基因分型 毒力因子基因
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基于转录组测序筛选影响从江香猪产仔数的候选基因 被引量:6
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作者 张福平 唐靓婷 +3 位作者 王嘉福 冉雪琴 李升 黄世会 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期847-856,共10页
【目的】筛选出影响从江香猪产仔性状的基因调控网络,揭示其繁殖分子机理,为后期开展从江香猪繁殖性能研究及良种选育提供理论依据。【方法】以高产仔家系(平均产仔数≥12头,遗传稳定)和低产仔家系(平均产仔数8~10头,遗传稳定)从江香猪... 【目的】筛选出影响从江香猪产仔性状的基因调控网络,揭示其繁殖分子机理,为后期开展从江香猪繁殖性能研究及良种选育提供理论依据。【方法】以高产仔家系(平均产仔数≥12头,遗传稳定)和低产仔家系(平均产仔数8~10头,遗传稳定)从江香猪为研究对象,选择初情期不同产仔家系从江香猪卵巢组织各3个,使用Illumina HiSeq^(TM)2000测序仪进行转录组测序(RNA-Seq),并对筛选获得的差异表达基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路富集分析,以寻找与从江香猪产仔数相关的基因调控网络。【结果】从高产仔家系和低产仔家系从江香猪卵巢组织中测序获得的纯净序列(Clean reads)均超过5000万条,且有96.00%以上的Clean reads能比对上猪参考基因组。以|log_2FC|≥1.0且P<0.01为标准,筛选获得高产仔家系和低产仔家系从江香猪卵巢组织差异表达基因212个,其中上调表达基因138个、下调表达基因74个。采用实时荧光定量PCR对随机选择的10个差异表达基因进行定量分析,发现OSAP、MSMB、FGFBP1、RLN、HAS1和PLBD1基因在高产仔家系从江香猪卵巢中的相对表达量显著高于低产仔家系从江香猪(P<0.05,下同),而EDG7、PTX3、BSP1和MRO基因在低产仔家系从江香猪卵巢中的相对表达量显著高于高产仔家系从江香猪,与RNA-Seq测序结果一致。212个差异表达基因共富集在48个GO功能条目上,包含分子功能(Molecular function)、生物学过程(Biological process)和细胞组分(Cellular component);经KEGG信号通路分析发现共有70个差异表达基因注释到特定的代谢信号通路上,其中显著性富集的KEGG信号通路有类固醇生物合成通路(Steroid biosynthesis)、钙信号通路(Calcium signaling pathway)、卵巢类固醇生成通路(Ovarian steroidogenesis)、心肌细胞肾上腺信号通路(Adrenergic signaling in cardiomyocytes)和肥厚型心肌病通路(Hypertrophic cardiomyopathy,HCM)。在卵巢类固醇生成通路上发现SCARB1、STAR、COX2、CYP11A、CYP17A、17βHSD和CYP19A等7个基因与从江香猪的繁殖性能存在密切联系。【结论】从江香猪卵巢类固醇生成通路上的STAR、CYP11A、CYP17A、17βHSD和CYP19A基因与其发情排卵密切相关,于发情期上调表达能促进卵泡发育成熟及类固醇激素合成,通过增加排卵数量而促使从江香猪表现高产,故可作为从江香猪繁殖性状的候选基因。 展开更多
关键词 从江香猪 卵巢 产仔数 候选基因 转录组测序
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高羊茅黔草1号和黔草2号LEA3基因克隆与苗期干旱胁迫表达 被引量:2
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作者 杨琴琴 胡江 +7 位作者 牛熙 黄世会 冉雪琴 王嘉福 王江岚 令狐绍进 吕婷 李骋 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第12期2736-2744,共9页
【目的】克隆贵州本地高羊茅品种黔草1号和黔草2号的第三组晚期胚胎发生丰富蛋白(Late Embryogenesis Abundant Protein,Group 3,LEA3)基因,分析其生物信息学及其苗期干旱胁迫的表达量变化,为进一步探讨LEA3基因的功能和高羊茅抗旱分子... 【目的】克隆贵州本地高羊茅品种黔草1号和黔草2号的第三组晚期胚胎发生丰富蛋白(Late Embryogenesis Abundant Protein,Group 3,LEA3)基因,分析其生物信息学及其苗期干旱胁迫的表达量变化,为进一步探讨LEA3基因的功能和高羊茅抗旱分子机制提供理论基础。【方法】参照NCBI已登录大麦LEA3基因序列,利用RT-PCR获得黔草1号和黔草2号LEA3基因cDNA序列,应用相关软件对氨基酸序列进行分析,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析苗期干旱胁迫的表达量。【结果】黔草1号和黔草2号LEA3基因完整的ORF框长度分别为609和642 bp,分别编码203个氨基酸和213个氨基酸;黔草1号LEA3蛋白比黔草2号缺失1个基元序列(包含11个氨基酸),且两者LEA3基因编码的氨基酸序列存在12个位点的氨基酸差异;黔草1号LEA3基因编码蛋白分子量为20.72 kDa,等电点8.55,总平均亲水性为-0.971;黔草2号LEA3基因编码蛋白分子量为22.01 kDa,等电点8.99,总平均亲水性为-1.069;两者的LEA3蛋白均没有跨膜结构,且均以α-螺旋结构占主导,与大麦、山羊草、冰草和小麦的LEA3具有高度的同源性,与小麦、旱麦草、大麦、山羊草、无芒雀麦、冰草的LEA3蛋白聚为一类;苗期干旱胁迫下黔草1号LEA3基因的表达量在整个胁迫过程中总体高于黔草2号,2个品种高羊茅在-2.5 MPa PEG 6000胁迫下的LEA3基因表达量高于-1.5 MPa PEG 6000胁迫。【结论】黔草1号和黔草2号的抗旱性与LEA3基因的表达量呈正相关,相同干旱胁迫条件下,黔草1号LEA3的表达量高于黔草2号,推测在受到干旱胁迫时,黔草1号更能适应干旱环境。 展开更多
关键词 高羊茅 LEA3基因 基因克隆 干旱 表达分析
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皱皮香猪3个基因组拷贝数变异的多态性分布 被引量:2
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作者 王州 冉雪琴 +3 位作者 牛熙 李升 黄世会 王嘉福 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第6期31-38,共8页
为探究皱皮香猪个体产生皮肤变异的根本原因,本文基于重测序数据,采用生物信息学分析皱皮香猪基因组中的拷贝数变异(CNV),通过荧光定量 PCR 方法检测皱皮香猪中 3 个 CNVs 的拷贝数变异规律,并与香猪和大白猪进行比较。结果表明:3 个 CN... 为探究皱皮香猪个体产生皮肤变异的根本原因,本文基于重测序数据,采用生物信息学分析皱皮香猪基因组中的拷贝数变异(CNV),通过荧光定量 PCR 方法检测皱皮香猪中 3 个 CNVs 的拷贝数变异规律,并与香猪和大白猪进行比较。结果表明:3 个 CNVs 在猪群中的拷贝数变异呈现出多态性变化,皱皮香猪中CNV1以拷贝数缺失型为主,其中的 MPC1和 RSK3基因可能与脂肪沉积有关;皱皮香猪 CNV2和 CNV3以拷贝数增加型占优势,其中的 CCL17和 CX3CL1基因参与皮肤等组织的炎症反应,可能通过剂量效应引起香猪皮肤产生褶皱。 展开更多
关键词 皱皮香猪 拷贝数变异 多态性 皮肤 剂量效应
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Theoretical Investigation on the Luminescent Properties of Polyfluorene and Poly(fluorene-co-thiophene) 被引量:1
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作者 FENG Ji-kang ZHANG Jing-hua +2 位作者 REN Ai-min ran xue-qin LI Yuan-yuan 《Chemical Research in Chinese Universities》 SCIE CAS CSCD 2009年第5期711-718,共8页
The density functional theory was employed to study the structures, ionization potentials(IPs), electron affinities(EAs), and HOMO-LUMO gaps(ΔH-L) of the oligomers. The time-dependent density functional theory... The density functional theory was employed to study the structures, ionization potentials(IPs), electron affinities(EAs), and HOMO-LUMO gaps(ΔH-L) of the oligomers. The time-dependent density functional theory(TD-DFT) and ZINDO were employed to study the lowest excitation energies(Egs) and the absorption and emission spectra of the oligomers of polyfluorene(PF) and poly(fluorene-co-thiophene)(PFT). By extrapolating ΔH-L and Egs to those of infinite chain length, band gaps and effective conjugation lengths of the corresponding polymers were obtained. The IPs, EAs and 2abs of the polymers were obtained by extrapolating those of the oligomers to the inverse chain length equal to zero(I/n=0). The outcome shows the decreased dihedral angle between fluorene and thiophene units in the PFT compared to that between fluorene units in the PF results in the increased efficient conjugation of PFT. These cause both the maximal absorption and emission wavelengths of PFT red-shifted compared with those of PF. 展开更多
关键词 POLYFLUORENE Poly(fluorene-co-thiophene) Luminescent property
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敌敌畏与马拉硫磷对猪肾细胞PK15增殖抑制分析 被引量:1
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作者 龙天文 李升 +2 位作者 徐霖 冉雪琴 王嘉福 《农药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期266-269,共4页
[目的]为了研究有机磷化合物在体外对猪肾细胞损伤作用。[方法]选择敌敌畏和马拉硫磷作用猪肾细胞系PK15。MTT比色法测量2种有机磷化合物对细胞抑制作用,荧光染色和DNA ladder法检测它们对PK15的致凋亡作用。同时检测氧化相关因子超氧... [目的]为了研究有机磷化合物在体外对猪肾细胞损伤作用。[方法]选择敌敌畏和马拉硫磷作用猪肾细胞系PK15。MTT比色法测量2种有机磷化合物对细胞抑制作用,荧光染色和DNA ladder法检测它们对PK15的致凋亡作用。同时检测氧化相关因子超氧化物歧化酶(SOD)活性、丙二醛(MDA)含量和PON1基因m RNA水平。[结果]敌敌畏和马拉硫磷抑制PK15细胞的生长呈时间-剂量效应,并能诱导PK15产生较明显的凋亡现象,同时能使细胞中的超氧化物歧化酶活性下降、丙二醛水平上升。[结论]2种有机磷农药可使细胞的抗氧化能力下降,致使细胞中的氧自由基水平上升,可能是有机磷化合物致细胞凋亡、损伤的因素之一。 展开更多
关键词 敌敌畏 马拉硫磷 细胞凋亡 PK15细胞
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非洲猪瘟病毒结构蛋白CD2v重组核酸疫苗的制备与免疫原性评估 被引量:4
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作者 张霁辉 徐娅玲 +3 位作者 牛熙 黄世会 冉雪琴 王嘉福 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1215-1222,共8页
构建针对非洲猪瘟病毒(ASFV)CD2v蛋白的重组核酸疫苗并评价其免疫原性。通过PCR扩增目的基因CD2v、LTB、CD2v+LTB,分别连接至pc DNA3.1(-)载体,获得重组表达质粒,经双酶切和测序验证正确后,提取无内毒素质粒转染293T细胞,通过Western-b... 构建针对非洲猪瘟病毒(ASFV)CD2v蛋白的重组核酸疫苗并评价其免疫原性。通过PCR扩增目的基因CD2v、LTB、CD2v+LTB,分别连接至pc DNA3.1(-)载体,获得重组表达质粒,经双酶切和测序验证正确后,提取无内毒素质粒转染293T细胞,通过Western-blot验证重组蛋白的表达,并用其注射小鼠进行免疫,对免疫效力进行评价。Western-blot结果表明,构建的重组表达质粒可以在体外表达出目的蛋白。注射小鼠后,外周血CD4^(+)T淋巴细胞的比例升高;ELISA检测发现,与pc DNA3.1(-)和PBS组相比,pc DNA3.1-CD2v+LTB组的INF-γ、IL-2、IL-4水平均极显著升高(P<0.01)。pc DNA3.1-CD2v和pc DNA3.1-CD2v+LTB组相比,pc DNA3.1-CD2v+LTB的INF-γ、IL-2水平差异显著(P<0.05),而IL-4含量有差异但不显著,无统计学意义(P>0.05)。注射pc DNA3.1-CD2v质粒的小鼠血清效价约为1∶12800,注射pc DNA3.1-CD2v+LTB质粒的小鼠血清效价约为1∶25600。上述结果表明,本试验构建的重组核酸疫苗pc DNA3.1-CD2v、pc DNA3.1-CD2v+LTB、pc DNA3.1-LTB及抗原CD2v能够显著刺激小鼠的体液免疫和细胞免疫,LTB能够显著提高核酸疫苗的免疫应答。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 CD2v蛋白 大肠杆菌不耐热肠毒素B亚基 核酸疫苗
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