美洲貂BAC文库的构建及毛皮产业重要候选基因的筛选

BAC文库是基因组分析的有力工具,再结合最新兴起且快速的深度测序技术,从而提供了一个很好的基因组计划的信息平台。本研究介绍了一个产于丹麦的雄性美洲貂CHORI-231BAC文库的构建方法及其特点,该文库包含了165888个克隆,平均插入片段在170kb,代表了约10倍的覆盖度。用一个有18432个克隆位点的高密度过滤器复制两份,用于杂交测序及公共使用。基于Overgo探针的表达序列标记,代表21个与毛皮工业关系密切的特征候选基因,用于BAC文库的筛选,这些候选基因包括了毛色、毛发生长、毛发长度和粗细及一些毛皮病毒疾病的感受器受体等。大规模测序以寻找其中19个相关基因。将获得的与这些基因相关的35个克隆进行高通量测序,并对大的重叠群进行组装。知道这些候选基因的全长序列之后有助于确认表型的位置及揭示目的性状的成因。另外,对1577个克隆进行了末端测序,获得了2505个克隆的末端序列(80%的BAC克隆),对剩余2Mb进行了分析,从而获得了貂皮整个基因组的快照。所构建的CHORI-321美洲貂BAC文库可用于基因和基因组兴趣位点的鉴定。试验描述了如何利用此文库进行特殊位点的鉴定,开发遗传标记,用于BAC末端测序和深度测序以选取克隆。这是首次利用454测序来挑选哺乳动物的克隆,确认了利用此技术获得小基因组目的基因序列信息的可行性。文中所获得的BAC末端测序结果已保存到GenBank数据库(HN339419-HN341884,HN604664-HN604702),从所选取克隆中获得的454序列重叠群的参考编码为(GenBank:JF288166-JF288183&JF310744)。