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2019新型冠状病毒基因组的生物信息学分析 被引量:74
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作者 陈嘉源 施劲松 +5 位作者 丘栋安 刘畅 李鑫 赵强 阮吉寿 高山 《生物信息学》 2020年第2期96-102,共7页
2019年12月,中国武汉报道了冠状病毒引起的肺炎,其临床症状与2003年爆发的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS)不同,因此推断该病毒可能是冠状病毒的一个新变种。不同于简单使用全基因组序列的其它研究,我们于2... 2019年12月,中国武汉报道了冠状病毒引起的肺炎,其临床症状与2003年爆发的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS)不同,因此推断该病毒可能是冠状病毒的一个新变种。不同于简单使用全基因组序列的其它研究,我们于2018年在国际上首次提出分子功能与进化分析相结合的研究思想,并应用于Beta冠状病毒B亚群(BB冠状病毒)基因组的研究。在这一思想指导下,本研究使用BB冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented palindrome)与其所在的编码区(命名为Nankai CDS)对新发布的2019新型冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行分析以期准确溯源,并对BB冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究。溯源分析的结果支持2019新型冠状病毒源自蝙蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致。本研究的最重要发现是BB冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了BB冠状病毒变异快、多样性高的特点。从BB冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计。另外,我们推断BB冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主。基于大量基因组数据的实证分析,本研究在国际上首次从分子水平尝试解释了BB冠状病毒变异快、宿主多且具有较强的宿主适应性的原因。 展开更多
关键词 冠状病毒 SARS 可变翻译 SARS-CoV-2 跨物种传播
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带TRS基序突变的新型冠状病毒威胁更大
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作者 贝锦龙 徐国峰 +5 位作者 常嘉 王欣钰 丘栋安 阮吉寿 李鑫 高山 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期399-404,共6页
目的研究冠状病毒转录调控序列(TRS)基序突变,为深入研究冠状病毒的爆发、传播规律以及开发减毒活疫苗等提供理论基础。方法采用进化与分子功能联合分析法,对公开的全部套目病毒基因组数据进行分析。结果冠状病毒基因组内的前导转录调... 目的研究冠状病毒转录调控序列(TRS)基序突变,为深入研究冠状病毒的爆发、传播规律以及开发减毒活疫苗等提供理论基础。方法采用进化与分子功能联合分析法,对公开的全部套目病毒基因组数据进行分析。结果冠状病毒基因组内的前导转录调控序列(TRS-L)通常由其5’端非编码区内的前60~70个核苷酸残基组成,长度不同的基因体转录调控序列(TRS-B)位于除ORF1a和1b外的其它基因紧邻的上游,每个冠状病毒基因组的TRS-L和TRS-B共有一段特定的一致性序列,即TRS基序,TRS基序中出现的碱基变化叫做TRS基序突变。TRS基序突变如果发生在TRS-L或多个TRS-B中,会形成超级减毒株。超级减毒株的扩散,可引起无症或轻症感染者增多,潜伏时间长,以及漏检率上升等问题,对SARS-CoV-2的防控提出新的挑战。超级减毒株还会增大与人类长期共存的概率,将长期威胁人类健康。Delta突变株与此前出现的突变株有显著不同,如果不高度重视,可能引起大规模传播。带TRS基序突变的Delta突变株已经在新加坡出现并有扩散趋势,因此新加坡,甚至东南亚可能形成下一波疫情的传播中心。结论各种SARS-CoV-2突变株都将产生TRS基序突变,只有带TRS基序突变的超级减毒株,才能最终失去跨物种传播和大爆发的能力。 展开更多
关键词 NSP15蛋白酶切位点 Delta突变株 SARS-CoV-2 大流行 超级减毒株
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MODS修订评分对老年多器官功能障碍综合征患者的预后评估 被引量:8
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作者 肖坤 郭超 +2 位作者 阮吉寿 闫鹏 解立新 《中华肺部疾病杂志(电子版)》 CAS 2020年第2期183-187,共5页
目的比较多器官功能障碍综合征(MODS)评分修订系统与现用评分系统对老年多器官功能不全综合征(MODSE)患者的预后评估价值。方法回顾性分析解放军总医院2009年1月至2012年6月收治的387例符合MODSE标准患者入重症监护室后第一个24 h的急... 目的比较多器官功能障碍综合征(MODS)评分修订系统与现用评分系统对老年多器官功能不全综合征(MODSE)患者的预后评估价值。方法回顾性分析解放军总医院2009年1月至2012年6月收治的387例符合MODSE标准患者入重症监护室后第一个24 h的急性生理及慢性健康状态评分(APACHEⅡ、APACHEⅢ)、简化急性生理评分(SAPSⅡ)、MODS评分、MODS联合年龄评分、MODS联合年龄评分加倍修订、MODS联合年龄评分指数修订系统,评估并检验各自预后评估效能。结果与女性组相比,男性组平均住ICU时间和死亡平均年龄显著降低,28天病死率和总体病死率高于女性组;随着年龄增大,器官衰竭数目、28天病死率和总体病死率逐渐增加,平均住ICU时间逐渐缩短;与生存组相比,死亡组年龄及各种评分均高,差异具有统计学意义;APACHEⅡ、APACHEⅢ、SAPSⅡ、MODS、MODS联合年龄评分、MODS联合年龄评分加倍修订、MODS联合年龄评分指数化修订系统受试者工作曲线下面积:0.810、0.791、0.712、0.801、0.834、0.787、0.793。其中MODS联合年龄评分敏感性最高,APACHEⅡ特异性最好,MODS联合年龄评分系统Youden指数和曲线下面积最大。结论MODS评分修订系统与现用评分系统均可较好的早期评估老年多器官功能不全综合征患者的预后;其中MODS联合年龄评分系统具有更优秀的预后评估效能。 展开更多
关键词 老年人 多器官功能障碍综合征 评分系统 年龄评分 预后
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5’非翻译区条形码揭示2019新型冠状病毒毒力
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作者 段广有 施劲松 +5 位作者 宣益波 陈嘉源 刘畅 阮吉寿 高山 李鑫 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期365-370,共6页
2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。在前期研究中,我们在国际上首次报道了有关2019-nCoV的两个重要发现:①Beta冠状病毒B亚群存在大量的可变翻译;②2019-nCoV的S蛋白可能存在Fu... 2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。在前期研究中,我们在国际上首次报道了有关2019-nCoV的两个重要发现:①Beta冠状病毒B亚群存在大量的可变翻译;②2019-nCoV的S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。本研究在国际上首次报道了2019-nCoV的5’非翻译区分析的结果:Beta冠状病毒可以根据其5’非翻译区条形码分为不同毒力的四个类;这四类对应Beta冠状病毒的四个亚群;已知的2019-nCoV与SARS冠状病毒的5’非翻译区条形码完全一样。作为本研究的最大贡献,我们在国际上首次提出5’非翻译区条形码可应用于病毒的检测、鉴定、分类以及进化研究。这种方法对于冠状病毒的预警和防控至关重要。本研究的最重要发现是内部核糖体进入位点很可能是影响冠状病毒毒力的重要因素。这个发现从分子水平揭示了2019-nCoV的毒力,并且为药物、抗体和疫苗的开发等应用提供直接指导。同时,我们提出一个基础理论方面的假说,起始密码子上游临近的茎环结构在真核生物的蛋白质翻译中起到重要作用。 展开更多
关键词 冠状病毒 毒力 蛋白质翻译 内部核糖体进入位点 5’非翻译区
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Western medication plus Traditional Chinese Medicine preparations in patients with chronic heart failure:a prospective,single-blind,randomized,controlled,and multicenter clinical trial 被引量:15
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作者 Wang Xianliang Hou Yazhu +19 位作者 Mao Jingyuan Zhao Yingqiang Niu Tianfu Yuan Ruyu Wang Yonggang Cui Jin-rong Shi Le Jia Xiuli Fan Ruihong Lin Qian Zhang Yan Li Zhijun Shang Hongcai Wang Baohe Wang Hongwu Wang Henghe Cui Xiaolei Soh Shanbin ruan jishou Zhang Boli 《Journal of Traditional Chinese Medicine》 SCIE CAS CSCD 2017年第6期756-766,共11页
OBJECTIVE: To assess the efficacy and safety in patients with chronic heart failure(CHF) of Western medication plus Traditional Chinese Medicine(TCM) preparations.METHODS: This prospective, single-blind, randomized, c... OBJECTIVE: To assess the efficacy and safety in patients with chronic heart failure(CHF) of Western medication plus Traditional Chinese Medicine(TCM) preparations.METHODS: This prospective, single-blind, randomized, controlled, and multicenter clinical trial began on September 17, 2008, and was completed on June 25, 2011. A total of 340 inpatients, aged 40-79 years, with exacerbating CHF from 10 hospitals were enrolled and randomly allocated within 24 h of admission. The trial included three intervention periods. During hospitalization, the control group received western medication for CHF and the treatment group received Danhong injection with Shenfu injection or Shenmai injection. After discharge,all patients were treated with Qiliqiangxin capsules and Buyiqiangxin tablets or a placebo for 6 months. After the 6-month intervention, both groups received only continuous western medication. The primary endpoint was all-cause mortality.The efficacy assessments were as follows: B-type natriuretic peptide(BNP), Lee's HF score, the 6-minute walking test(6 MWT), left ventricular ejection fraction(LVEF), and the Minnesota Living with Heart Failure Questionnaire(MLHFQ). The safety assessments were as follows: blood and urine routine examination, hepatic and renal function, electrolytes in blood and adverse events.RESULTS: Compared with the control group, the treatment group showed a 30.99% reduction in all-cause mortality and an improved survival rate.The treatment group showed greater improvement in 6 MWT(P = 0.02) than the control group on discharge, after 12-month follow-up, there was a time-group interaction for MLHFQ(P = 0.03). Incidence rate of adverse events and other relevant safety indexes were not statistically significant between the two groups.CONCLUSION: Western medication plus TCM treatment can increase 6-minute walking distance(improve exercise tolerance) and quality of life with heart failure patients. 展开更多
关键词 Heart failure Medicine Chinese tradi-tional WALK test RANDOMIZED CONTROLLED trail
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