多鳞鱚phds基因家族序列特征及其在低氧胁迫后表达变化

【目的】分析多鳞鱚(Sillago sihama)脯氨酸羟化酶(prolyl hydroxylases,Phds)基因家族序列特征,探讨其在低氧响应过程的作用。[方法]通过硬骨鱼类phds基因,在多鳞鱚转录组和基因组数据中比对筛选多鳞鱚phds基因。对多鳞鱚Phds蛋白序列进行结构域预测、系统进化和共线性分析等。采用实时荧光定量PCR检测phds基因在低氧胁迫和复氧后的表达变化。【结果】在多鳞鱚基因组中共鉴定到三个phds基因,分别是phd1、phd2和phd3,开放阅读框(ORF)全长分别为1635、1092、723 bp,分别编码544、363、240个氨基酸。结构域预测表明,多鳞鱚Phd1、Phd2、Phd3蛋白均含有P4Hc保守结构域。系统进化分析发现,多鳞鱚Phds均与大黄鱼(Larimichthys crocea)亲缘关系最近。共线性分析表明,多鳞鱚phds与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)上下游基因高度一致。phd1、phd2在低氧处理4 h鳃组织中mRNA表达显著高于常氧组(P<0.05),但在心脏中无显著性差异(P>0.05);phd3在低氧处理4 h的鳃组织中显著低于常氧组(P<0.05),而在心脏中显著高于常氧组(P<0.05)。【结论】多鳞鱚存在phd1、phd2和phd3基因,并在不同组织的低氧响应中起重要作用。