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锈毛莓叶绿体基因组特征分析 被引量:1
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作者 夏茂甜 赵文植 +4 位作者 沈伟祥 董章宏 辛雅萱 李卫英 辛培尧 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期67-75,90,共10页
本研究对锈毛莓(Rubus reflexus Ker.)叶绿体基因组进行测序及组装,获得了全长为156247 bp,GC总含量为30.72%的核苷酸序列,注释出129个基因,其中16个基因有2个拷贝,9个基因有内含子;密码子使用偏好结果显示,自然选择对锈毛莓密码子使用... 本研究对锈毛莓(Rubus reflexus Ker.)叶绿体基因组进行测序及组装,获得了全长为156247 bp,GC总含量为30.72%的核苷酸序列,注释出129个基因,其中16个基因有2个拷贝,9个基因有内含子;密码子使用偏好结果显示,自然选择对锈毛莓密码子使用偏好影响最大,其次是突变压力;系统发育结果显示,锈毛莓(R.reflexus)与黄脉莓(R.xanthoneurus)和高粱泡(R.lambertianus)亲缘关系较近;叶绿体基因组全长比较分析结果显示,锈毛莓与近缘物种之间的变异主要存在于基因间隔区;通过核苷酸多态性分析筛选出6个高变区,即rps16-trnQ-UUG、petN-psbM、trnT-UGU-trnL-UAA、petA-psbJ、rpl32-trnL-UAG及ycf1。研究结果揭示了锈毛莓叶绿体基因组特征及系统发育关系,为锈毛莓及悬钩子属的比较基因组学研究、物种鉴定及遗传改良提供参考依据,同时也为解决悬钩子属部分物种分类混乱问题提供了新的解决方案。 展开更多
关键词 锈毛莓 悬钩子属 系统发育 密码子 基因组差异
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滇杨性别连锁的SSR标记
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作者 李启少 雷瀚 +6 位作者 沈伟祥 赵文植 王飞 徐剑 瞿绍宏 董章宏 辛培尧 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期953-959,共7页
【目的】在滇杨幼苗时期和开花前利用形态差异对雌雄株进行性别鉴定极为困难,因此亟需探明对其性别进行快速鉴定的分子标记方法。【方法】以滇杨雌雄各30株为材料,利用简单重复序列(SSR)筛选与滇杨性别相关的分子标记,并利用所获得的SS... 【目的】在滇杨幼苗时期和开花前利用形态差异对雌雄株进行性别鉴定极为困难,因此亟需探明对其性别进行快速鉴定的分子标记方法。【方法】以滇杨雌雄各30株为材料,利用简单重复序列(SSR)筛选与滇杨性别相关的分子标记,并利用所获得的SSR标记对未知性别滇杨幼苗进行鉴定,分析滇杨苗期的性别分化情况。【结果】从已报道的相关文献中选出15对与植物性别连锁的SSR引物,经试验筛选出1对(BPCA90)在琼脂糖凝胶检测中显现清晰条带且反应稳定的SSR引物,并将这对引物经聚丙烯酰胺凝胶电泳进行复筛,经PCR扩增后在滇杨雄株中出现1条特异性条带,大小在680 bp左右。利用这对SSR引物对30株滇杨幼苗进行性别鉴定,结果表明雄株明显多于雌株,且比例为13∶2。【结论】试验筛选所得到的SSR引物可以用于滇杨早期进行性别鉴定。研究结果可作为滇杨早期性别鉴定的遗传标记,为今后滇杨在生产中的分性别利用提供技术支持。 展开更多
关键词 滇杨 SSR 引物筛选 性别鉴定
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紫麻属叶绿体全基因组特征及系统发育分析
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作者 秃玉翔 赵文植 +5 位作者 沈伟祥 王飞 曹正英 辛培尧 胡青 郝佳波 《种子》 北大核心 2023年第12期24-30,37,共8页
紫麻属(Oreocnide Miq.)为荨麻科(Urticaceae)常绿灌木或乔木,全株是良好的药用材料和制麻原料。开展紫麻属叶绿体基因组的相关研究对揭示紫麻属植物的遗传多样性和系统分类具有重要意义。本研究以NCBI数据库中已发布的10个紫麻属植物... 紫麻属(Oreocnide Miq.)为荨麻科(Urticaceae)常绿灌木或乔木,全株是良好的药用材料和制麻原料。开展紫麻属叶绿体基因组的相关研究对揭示紫麻属植物的遗传多样性和系统分类具有重要意义。本研究以NCBI数据库中已发布的10个紫麻属植物叶绿体全基因组序列为基础,对其进行基本特征比较和系统发育分析。结果显示,紫麻属叶绿体全基因组长度在156962~157464 bp之间,各物种注释基因数目均为129个,GC含量基本相同;在紫麻属叶绿体基因组中单核苷酸重复数量最多,占比96%,且以A/T碱基重复为主,其次是二核苷酸重复;紫麻属叶绿体全基因组序列具有较高的保守性,长梗紫麻和紫麻的ndhF基因和trnH基因与其他物种在IR/SC边界略有差异;经核苷酸多态性分析,筛选出了rpoB-trnC-GAC、clpP、rpl32-trnL-UAG、ccsD-ndhD和ycf1等5个高变区,主要位于基因间隔的非编码区。系统发育分析表明,长梗紫麻是紫麻属中较为原始的物种,三脉紫麻和宽叶紫麻的不同样本在下级各分支中存在嵌套现象。 展开更多
关键词 紫麻属 叶绿体基因组 系统发育
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氨磺灵诱导滇杨多倍体及倍性鉴定
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作者 李启少 沈伟祥 +4 位作者 曹正英 李子涵 余青富 李斌 辛培尧 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2023年第5期103-109,共7页
氨磺灵是一种三硝基苯胺类除草剂,在应用于植物多倍体的诱导中,取到了较好的诱导效果。本研究以氨磺灵为诱变剂,采用混培法对来自3个不同地点的滇杨材料进行多倍体诱导,探讨氨磺灵对滇杨的多倍化诱导效果,继而对诱导后的材料进行同质化... 氨磺灵是一种三硝基苯胺类除草剂,在应用于植物多倍体的诱导中,取到了较好的诱导效果。本研究以氨磺灵为诱变剂,采用混培法对来自3个不同地点的滇杨材料进行多倍体诱导,探讨氨磺灵对滇杨的多倍化诱导效果,继而对诱导后的材料进行同质化处理,鉴定其倍性。结果显示:氨磺灵可诱导滇杨产生多倍体材料,变异率最高的处理组合为预培养4 d后,在添加50 mg/L氨磺灵的分化培养基(1/2 MS+TDZ 0.01mg/L+NAA 0.01mg/L)中培养2 d,变异率可达28.57%。多倍体植株与正常株形态差异明显,且染色体数目增加为76条,多倍体滇杨的荧光通道值约为二倍体滇杨的2倍,表明滇杨材料已加倍为四倍体。研究结果对滇杨乃至木本植物的多倍体育种具有重要的理论及实践意义。 展开更多
关键词 滇杨 氨磺灵 多倍体诱导 倍性鉴定
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高粱泡叶绿体基因组特征分析 被引量:4
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作者 赵文植 董章宏 +5 位作者 辛静 沈伟祥 王飞 徐建 常晓勇 辛培尧 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期435-446,共12页
【目的】解析高粱泡(Rubus lambertianus)叶绿体基因组特征。【方法】采用高通量测序技术对高粱泡叶绿体基因组进行测序,经组装和注释后,对其叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性等特征分析,并使用maximum likelihood法构建... 【目的】解析高粱泡(Rubus lambertianus)叶绿体基因组特征。【方法】采用高通量测序技术对高粱泡叶绿体基因组进行测序,经组装和注释后,对其叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性等特征分析,并使用maximum likelihood法构建高粱泡与48个悬钩子属及2个路边青属植物的系统发育树。【结果】高粱泡叶绿体基因组结构为经典四段式结构,其大小为156266 bp,总GC含量为37.2%,大单拷贝区和小单拷贝区长度分别为85849和18855 bp,反向互补重复区长度为25781 bp,共注释131个基因,包含86个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。高粱泡叶绿体基因组密码子中有33个以A、U结尾,18个密码子确定为最优密码子;ENC-plot等绘图分析揭示其密码子偏好性更多地受自然选择影响。系统发育树表明:高粱泡与棕红悬钩子亲缘关系最近,其次是蛇泡筋和锈毛莓。【结论】高粱泡的叶绿体基因组相对较大,且较为保守,并与棕红悬钩子亲缘关系最近。研究结果可为高粱泡乃至悬钩子属植物叶绿体基因组系统进化分析提供重要的理论参考。 展开更多
关键词 高粱泡 叶绿体基因组 密码子 系统发育
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楚雄华山松种子园无性系SRAP多样性分析 被引量:3
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作者 赵文植 鲁华 +5 位作者 辛静 马路遥 王正德 沈伟祥 王飞 辛培尧 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1054-1063,共10页
【目的】明确云南楚雄华山松无性系种子园内不同种源的遗传多样性。【方法】采集种子园内6个种源的96份华山松无性系单株针叶,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,并利用SRAP标记对其进行遗传多样性分析。【结果】筛选获得26对条带清晰、PC... 【目的】明确云南楚雄华山松无性系种子园内不同种源的遗传多样性。【方法】采集种子园内6个种源的96份华山松无性系单株针叶,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,并利用SRAP标记对其进行遗传多样性分析。【结果】筛选获得26对条带清晰、PCR反应稳定且多态性较高的SRAP引物组合。多态性位点百分率平均值为81.22%,Shannon多样性指数(I)为0.3944,Nei’s基因多样性指数(H)为0.2595,不同种源间的遗传分化系数(Gst)为0.1169;华山松种子园内各无性系在种源间变异较小,而种源内表现出较高的遗传变异;6个种源可聚为3类,遗传变异丰富度与地理距离无显著相关性(P>0.05)。【结论】楚雄华山松无性系种子园内6个种源间的遗传多样性较低,变异主要存在于各种源内。地理距离对各无性系材料的遗传距离无明显影响。在该种子园内进行杂交育种时,应以分子标记结果为主、参考地理距离进行杂交亲本的选配工作。 展开更多
关键词 华山松 种子园 无性系 相关序列多态性
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华山松高通量全基因组SNP标记开发及其分析 被引量:2
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作者 王飞 叶鹏 +4 位作者 王正德 夏茂甜 沈伟祥 王海洋 辛培尧 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第17期5733-5740,共8页
为开发华山松大量的稳定性高、特异性强的SNP标记,本研究以279份华山松针叶为试验材料,利用SLAF-seq技术,测序共获得Reads数据3169 Mb,SLAF标签12952676个,多态性SLAF标签为1456486个,SLAF多态性百分率是11.24%,平均测序深度为20.52 x,... 为开发华山松大量的稳定性高、特异性强的SNP标记,本研究以279份华山松针叶为试验材料,利用SLAF-seq技术,测序共获得Reads数据3169 Mb,SLAF标签12952676个,多态性SLAF标签为1456486个,SLAF多态性百分率是11.24%,平均测序深度为20.52 x,测序平均Q30为96.58%,平均GC含量为37.76%。且采用水稻‘日本晴’的测序数据用于评估试验建库的准确性,结果显示本试验比对效率在97%;且水稻‘日本晴’数据的酶切效率在100%,这表明本试验酶切反应也正常。最终从12952676个SLAF标签中检测到了3469074个群体SNP标记。这为华山松分子辅助育种、遗传多样性分析和遗传图谱构建等研究提供理论参考。 展开更多
关键词 华山松(Pinus armandii) SLAF-seq SNP位点
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华山松叶绿体基因组特征分析 被引量:7
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作者 鲁华 董章宏 +6 位作者 瞿绍宏 夏茂甜 王正德 沈伟祥 王海洋 余青富 辛培尧 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第10期3223-3234,共12页
叶绿体基因组凭借稳定的结构、高度保守的序列在植物遗传结构、比较基因组学和系统发育进化等研究中发挥着重要作用。为明确南系华山松叶绿体基因组的大小、结构、基因组成及近缘种的关系和分类地位,本研究以南系华山松为研究对象,采用2... 叶绿体基因组凭借稳定的结构、高度保守的序列在植物遗传结构、比较基因组学和系统发育进化等研究中发挥着重要作用。为明确南系华山松叶绿体基因组的大小、结构、基因组成及近缘种的关系和分类地位,本研究以南系华山松为研究对象,采用2×CTAB法提取南系华山松叶绿体基因组DNA,建立测序文库,进行浅层基因组测序、组装、SSR检测、序列对比、共线性分析以及系统发育树构建。结果表明,南系华山松叶绿体基因组全长116879 bp,GC含量为38.16%。南系华山松叶绿体基因组共编码136个基因。其中,蛋白编码基因77个,tRNA基因55个,rRNA基因4个,具有2~5份拷贝的基因共有14个(均属于tRNA基因),具有1个内含子的基因共有12个。经叶绿体基因组序列比对发现,南系华山松与新疆五针松的相似性最高,达98.852%;与欧洲云杉的相似性最低,仅为57.588%。运用最大似然法基于GTR+F+R2模型构建系统发育树,可将20种松科植物分为4类,其中,南系华山松与北系华山松虽聚为一类,但两者之间的支持率处于较低水平,仅为55%。此外,南系华山松与北系华山松叶绿体基因组序列存在碱基替换和插入缺失,编码基因数量和种类存在异同,说明南北系华山松间叶绿体基因组存在明显差异。本研究可为南系华山松遗传结构和华山松群体遗传研究提供理论依据。 展开更多
关键词 南系华山松(Pinus armandii) 叶绿体基因组 特征分析 系统发育
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A single layer zero skew clock routing in X architecture 被引量:1
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作者 shen weixiang CAI YiCi +2 位作者 HONG XianLong HU Jiang LU Bing 《Science in China(Series F)》 2009年第8期1466-1475,共10页
With its advantages in wirelength reduction and routing flexibility compared with conventional Manhattan routing, X architecture has been proposed and applied to modern IC design. As a critical part in high-performanc... With its advantages in wirelength reduction and routing flexibility compared with conventional Manhattan routing, X architecture has been proposed and applied to modern IC design. As a critical part in high-performance integrated circuits, clock network design meets great challenges due to feature size decrease and clock frequency increase. In order to eliminate the delay and attenuation of clock signal introduced by the vias, and to make it more tolerant to process variations, in this paper, we propose an algorithm of a single layer zero skew clock routing in X architecture (called Pianar-CRX). Our Planar- CRX method integrates the extended deferred-merge embedding algorithm (DME-X, which extends the DME algorithm to X architecture) with modified Ohtsuki's line-search algorithm to minimize the total wirelength and the bends. Compared with planar clock routing in the Manhattan plane, our method achieves a reduction of 6.81% in total wirelength on average and gets the resultant clock tree with fewer bends. Experimental results also indicate that our solution can be comparable with previous non-planar zero skew clock routing algorithm. 展开更多
关键词 clock routing single layer X architecture zero skew
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Fractional order battery modelling methodologies for electric vehicle applications:Recent advances and perspectives
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作者 TIAN JinPeng XIONG Rui +1 位作者 shen weixiang SUN FengChun 《Science China(Technological Sciences)》 SCIE EI CAS CSCD 2020年第11期2211-2230,共20页
Accurate modelling of lithium ion batteries is crucial for battery management in electric vehicles.Recent studies have revealed the fractional order nature of lithium ion batteries,leading to fractional order modellin... Accurate modelling of lithium ion batteries is crucial for battery management in electric vehicles.Recent studies have revealed the fractional order nature of lithium ion batteries,leading to fractional order modelling techniques.In this paper,a comprehensive review of the fractional order battery models and their applications in battery management of electric vehicles is provided from the perspectives of frequency and time domains.In the frequency domain,the fractional order models to fit electrochemical impedance spectroscopy data are investigated,followed by their applications in health diagnosis,battery heating and charging strategies.In the time domain,the fractional order models adopted for voltage simulation are discussed,followed by their applications in battery state estimation and fault diagnosis.Finally,from the perspectives of time domain and frequency domain applications,critical challenges and research trends for future work in terms of fractional order modelling are highlighted to advance the development of next-generation battery management. 展开更多
关键词 lithium ion battery fractional calculus fractional order model battery management electric vehicle electrochemical impedance spectroscopy
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