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毛竹硝态氮转运蛋白家族PeNPFs基因鉴定及其表达特性分析 被引量:4
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作者 袁婷婷 朱成磊 +2 位作者 杨克彬 宋新章 高志民 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2021年第3期1-12,共12页
[目的]鉴定毛竹中硝态氮转运蛋白(NPF)家族基因成员,系统分析其分子特征和表达模式,为深入研究毛竹NPF基因的硝态氮转运功能奠定基础。[方法]采用生物信息学方法从毛竹基因组中鉴定NPF家族基因成员,并对其启动子调控元件、基因结构、编... [目的]鉴定毛竹中硝态氮转运蛋白(NPF)家族基因成员,系统分析其分子特征和表达模式,为深入研究毛竹NPF基因的硝态氮转运功能奠定基础。[方法]采用生物信息学方法从毛竹基因组中鉴定NPF家族基因成员,并对其启动子调控元件、基因结构、编码蛋白理化性质、保守结构域、系统进化等进行全面分析,利用已有转录组数据,对毛竹NPF基因的组织表达特异性以及不同非生物胁迫和激素处理后的表达模式进行分析。[结果]在毛竹中共鉴定NPF家族成员基因27个,其基因结构差别较大,内含子数量为2~5个,编码区最长为2 286 bp (PeNPF7.4),最短为1 359 bp (PeNPF8.8)。基因启动子调控元件分析发现,PeNPFs启动子序列中包含多种与低温和干旱等非生物胁迫以及GA3和NAA等激素响应相关的元件。PeNPFs编码蛋白的分子量介于49.56~82.08 kDa之间,理论等电点为5.17~9.85,大部分是中性或碱性蛋白,均含有类似的跨膜结构;系统进化分析表明,毛竹27个PeNPFs分属于7个亚家族,各亚家族成员数量分别为1、3、1、6、1、7和8个;蛋白保守基序分析显示,PeNPFs共有10个保守基序,其中motif 1、motif 2和motif 4是各成员共有的高度保守的基序。基于转录组数据的表达谱热图分析显示,PeNPFs在叶片、花序、根、鞭和笋等不同组织中的表达存在一定差异,但各成员至少在1个组织中检测到表达,部分成员的表达表现为组织特异性或组成型表达。在冷和干旱处理后,PeNPF5.3、PeNPF7.2、PeNPF7.3和PeNPF8.7的表达量均显著下调,这与其启动子序列中存在与低温和干旱响应调控元件相一致;在GA3和NAA处理后,PeNPF7.3和PeNPF7.6呈相反的表达变化,而PeNPF7.1的表达趋势相似。[结论]毛竹中有27个NPFs家族基因成员,分为7个亚家族,各亚家族成员之间的分子特征和组织表达特异性均存在一定的差异,且一些基因对非生物胁迫和激素处理的响应变化均达到显著性差异,推测这些基因在毛竹不同组织中及应对不同环境过程中对硝态氮的转运可能发挥着不同的功能,研究结果为揭示PeNPFs的生物学功能提供了重要依据。 展开更多
关键词 毛竹 硝态氮转运蛋白基因 分子特征 表达模式
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毛竹NLP转录因子鉴定及其响应氮素的表达模式 被引量:1
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作者 袁婷婷 朱成磊 +2 位作者 李紫阳 宋新章 高志民 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2021年第5期39-48,共10页
[目的]鉴定毛竹中NLP家族成员,为深入研究毛竹NLP分子调控机制奠定基础。[方法]采用生物信息学方法鉴定并系统分析毛竹NLP成员的分子特征,用实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测毛竹NLP响应氮素的表达模式。[结果]毛竹中鉴定出10个NLP成员(Pe... [目的]鉴定毛竹中NLP家族成员,为深入研究毛竹NLP分子调控机制奠定基础。[方法]采用生物信息学方法鉴定并系统分析毛竹NLP成员的分子特征,用实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测毛竹NLP响应氮素的表达模式。[结果]毛竹中鉴定出10个NLP成员(PeNLP1~PeNLP10),其蛋白长度为714~963 aa,分子量为77.41~105.08 kDa,理论等电点介于5.36~6.25之间;亚细胞定位预测结果表明,除PeNLP9定位于叶绿体外,其余成员均定位于细胞核内。系统进化分析表明:PeNLPs分成3个组,各组成员分别为4、2、4个。PeNLPs均包含4个内含子,不同成员内含子的大小和位置存在一定的差异;PeNLPs内有共线性基因对6个,PeNLPs和OsNLPs之间有共线性基因对9个,且它们的Ka/Ks均小于1,说明其在进化上经历了纯化选择。组织特异性分析表明,有的PeNLPs呈组织特异性表达,有的则呈组成型表达。PeNLPs受到氮饥饿诱导表达,在1 h内PeNLP1的表达量显著上调,其它5个PeNLPs则显著下调(p<0.01);对氮饥饿72 h后的毛竹进行复氮处理,在24 h内所有PeNLPs的表达量均显著或极显著上调(p<0.05或p<0.01)。[结论]毛竹中NLP家族有10个成员,各成员的分子特征和组织表达特异性存在一定的差异,PeNLPs的表达能够对氮饥饿作出快速响应,且在氮饥饿后复氮过程中显著上调表达,响应氮素的诱导。 展开更多
关键词 毛竹 NLP转录因子 家族鉴定 氮素响应
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Climate Warming-induced Upward Shift of Moso Bamboo Population on Tianmu Mountain,China 被引量:7
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作者 song xin-zhang PENG Chang-hui +3 位作者 ZHOU Guo-mo JIANG Hong WANG Wei-feng XIANG Wen-hua 《Journal of Mountain Science》 SCIE CSCD 2013年第3期363-369,共7页
Although increasing attention has been paid to upward shift of plant species in altitude as a response to global warming,research on this phenomenon at low altitudinal and low latitudinal zones did not receive enough ... Although increasing attention has been paid to upward shift of plant species in altitude as a response to global warming,research on this phenomenon at low altitudinal and low latitudinal zones did not receive enough attention.In this study,an investigation was carried out to test the relationship between the upward spread of Moso bamboo(Phyllostachys pubescens) along altitudinal gradient and the increasing air temperature over the past decade within the Tianmu Mountain region,situated in southeastern China.Results showed that the peak elevation of Moso bamboo population establishment rose by an average of 9.8 m(±2.7 m) during the past decade and significant correlation existed with mean annual temperature(P < 0.0001,n = 339) but not with annual precipitation(P = 0.7,n = 339),indicating that the upward shift of Moso bamboo along altitudinal gradients was driven primarily by warming temperatures.This upward shift could potentially reduce biodiversity by altering the species composition of the ecosystem.However,there is also the potential for increased carbon sequestration capacity of local forest systems,which would produce an additional carbon sink to combat rising atmospheric CO 2 concentrations and future global warming. 展开更多
关键词 中国东南部 气候变暖 毛竹 移位 大气二氧化碳浓度 天目山 年平均温度 海拔梯度
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