太湖鹅消化道及鹅舍环境菌群结构分析

为了分析健康鹅消化道菌群和鹅舍地表及笼具表面环境菌群组成和多样性特征,本试验以健康成年太湖鹅为研究对象,采集肌胃、腺胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠内容物,并无菌收集鹅粪便以及鹅舍环境样本,提取其细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析鹅消化道和鹅舍环境菌群丰度与结构特征。结果表明,鹅腺胃内容物菌群物种丰度较高,显著高于空肠、回肠、盲肠菌群(P<0.05);盲肠菌群多样性最高,其Shannon值显著高于十二指肠、空肠和回肠(P<0.05),大于肌胃、腺胃菌群,但差异不显著(P>0.05)。鹅舍环境菌群α多样性各指标中,除Simpson值显著高于回肠外(P<0.05),其它指标与消化道各段无差异显著性(P>0.05)。β多样性比较发现,鹅十二指肠、空肠和回肠内容物菌群结构较为相似,盲肠和粪便菌群遗传距离和组成距离较近,肌胃、腺胃及鹅舍环境菌群结构相似。鹅消化道各段内容物中定植了不同的绝对优势微生物物种且丰度差异较大,健康肌胃、腺胃、小肠段(十二指肠、空肠和回肠)内容物中绝对优势菌门(相对丰度大于5.00%)为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和变形菌门(Proteobacteria),其中十二指肠中绝对优势菌门还包括弯曲菌门(Campilobacterota);盲肠绝对优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);而鹅舍环境中绝对优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)。相似地,优势菌属的分布也存在消化道空间差异,其中拟杆菌属(Bacteroides)是盲肠中绝对优势菌属(25.81%)。总的来说,鹅消化道段空间显著影响内容物中菌群丰度与多样性,而鹅舍环境菌群与消化道各段菌群多样性差异较小,不同消化道段内定植了不同的绝对优势微生物物种。

SNPs分子标记在地方品种鸭鉴定中的应用

为建立利用分子标记鉴定高邮鸭等优异地方品种资源的方法,研究在全基因组范围内比较分析高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭、北京鸭等多个地方品种鸭遗传变异信息,筛选高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记组合,基于贝叶斯定理计算SNPs分子标记组合鉴定概率,建立地方鸭品种鉴定方法。结果显示:获得高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记数分别为7个、8个和6个,针对上述SNPs位点分别设计引物,共21对引物,选用不同引物组合,经PCR反应和测序鉴别鸭品种,鉴定准确率100%,利用贝叶斯公式计算品种内任意基因型及其组合的鉴定准确概率,其中任意对基因型鉴定准确概率最低为71.94%。综上所述,研究成功筛选到高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭特异性分子标记,并建立操作简便、准确性高的品种鉴定方法,为地方鸭种质资源鉴定提供可靠的分子鉴定手段。

娄门鸭胸肌性状相关指标的全基因组关联分析

为寻找与鸭胸肌性状相关的候选基因,鉴定鸭胸肌性状相关分子标记,试验以199只娄门鸭为试验材料,采集血液提取DNA,用基因组重测序方法进行基因分型,利用PLINK 1.90对分型结果进行质控后,采用rMVP软件中的FarmCPU模型对SNPs(Single nucleo⁃tide polymorphisims)与胸宽、胸深、胸肌重和胸肌率4个性状指标做GWAS分析,定位出显著位点。结果显示:与胸宽相关的SNPs位点有4个,位于1、11、18号染色体上;与胸肌重相关的SNPs位点有2个,位于2、3号染色体上;与胸肌率相关的SNPs位点有2个,位于2号染色体上。通过基因功能注释,这些位点对应的胸肌性状候选基因有8个,分别是LOC119715526、RLBP1、ABHD2、KYAT1、SPOUT1、LOC101800569、EVA1A和NOL4。研究表明,在不同染色体上共鉴定到8个与胸肌性状显著相关的SNPs位点,这些位点共涉及8个候选基因。

鸭疫里默氏菌感染对鸭生长发育及肠黏膜屏障功能的影响

为了为鸭疫里默氏菌与机体的相互作用及作用机制研究提供基础数据,以雏鸭为研究对象,开展鸭人工感染鸭疫里默氏菌试验,分别测定感染组和对照组1、2、3、5、9、14 d等不同时间段的体质量、小肠各肠段的长度以及血浆中内毒素和血清中乳酸脱氢酶含量;荧光定量PCR法检测肠黏膜屏障功能相关基因MUC2和MYLK的表达量,探讨鸭疫里默氏菌感染对鸭生长发育和肠黏膜屏障功能的影响。结果表明,与对照组相比,感染组5、9 d体质量显著降低;感染鸭疫里默氏菌5 d十二指肠和空肠的长度显著降低;感染鸭疫里默氏菌1 d血浆中内毒素和血清中乳酸脱氢酶的含量均显著增加;鸭人工感染鸭疫里默氏菌的MUC2和MYLK表达量在十二指肠和空肠主要表现为下调,而在回肠MUC2的表达量表现为先下降再上调,MYLK的表达量表现为先下调再恢复至对照水平。综上,鸭人工感染鸭疫里默氏菌会减缓鸭的体质量增长和小肠生长,引起鸭的肠黏膜屏障功能相关基因的表达发生变化。

丁酸梭菌和枯草芽孢杆菌对鸭肠道发育的影响

为研究饲粮中添加丁酸梭菌和枯草芽孢杆菌对育雏育成期高邮鸭肠道发育以及肠道组织形态、杯状细胞密度等的影响,选择1日龄体重相近的健康高邮鸭90只,随机分3组,每组3个重复,每个重复10只。对照组饲喂基础全价日粮,丁酸梭菌组添加丁酸梭菌活菌3×10^(5)CFU·g^(-1),枯草芽孢杆菌组添加枯草芽孢杆菌活菌5×10^(8) CFU·g^(-1),试验期60 d。结果表明,高邮鸭日粮中添加丁酸梭菌和枯草芽孢杆菌显著提高60日龄高邮鸭十二指肠、空肠和回肠重量(P<0.05),显著增加空肠长度(P<0.05)。丁酸梭菌添加组显著降低空肠和回肠的隐窝深度(P<0.05),显著增加回肠的黏膜厚度、肌层厚度和绒毛高度(P<0.05)。丁酸梭菌和枯草芽孢杆菌添加后提高高邮鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠杯状细胞密度(P<0.05);与对照组相比,丁酸梭菌添加组中十二指肠,空肠组织黏糖蛋白2编码基因MUC2m RNA表达量显著提高(P<0.05)。综上所述,高邮鸭自1日龄起日粮中添加丁酸梭菌和枯草芽孢杆菌后,改善其肠道显微结构,在全价日粮随机采食的饲喂模式下,与枯草芽孢杆菌相比,丁酸梭菌对鸭肠道发育的作用更优。

鸭TRPM3基因与产蛋性状的关联性分析

为探讨鸭瞬时受体电位阳离子通道亚家族M成员3(TRPM3)基因与鸭产蛋性状的相关性,采用Illumina高通量测序法对90只金定鸭TRPM3基因序列进行测序,分析TRPM3中6个SNP位点的基因型频率及与不同基因型鸭产蛋数和蛋质量的关联性,并将各突变位点组成单倍型后与鸭产蛋数和蛋质量差异进行相关性分析,采用荧光定量PCR方法检测TRPM3 mRNA在产蛋数高和产蛋数低组鸭卵巢及输卵管中的表达差异。结果表明,TRPM3基因中Z-36500134 T>C,Z-36503668 A>C,Z-36534782 G>A,Z-36684262C>T,Z-36710928 A>G,Z-367324876 G>A单个核苷酸的突变均引起产蛋数显著降低,蛋质量显著增加。鸭TRPM3基因存在4种单倍型,其中TAGCAG单倍型为优势单倍型,该单倍型与鸭产蛋量呈极显著正相关,与蛋质量呈极显著负相关。鸭TRPM3基因在产蛋数高和产蛋数低组输卵管中的表达差异不显著,在产蛋数低组卵巢中的表达量显著低于其在高产蛋组卵巢中的表达量。以上结果说明,TRPM3在鸭的产蛋性能中可能发挥重要作用,而且可能是通过影响卵巢的功能而影响其产蛋性能。

鸭昼夜节律相关基因RORB与蛋重的相关性分析

为探讨鸭昼夜节律相关基因RORB(视黄醇相关孤儿受体B)与鸭蛋重性状的相关性,采用Illumina测序的方法对90只金定鸭RORB基因序列进行测序,以分析RORB基因上3个SNP位点在不同蛋重鸭个体的差异,并与300日龄和450日龄蛋重进行相关性分析;荧光定量PCR的方法检测RORB及相关基因CLOCK、BMAL1和PER2 mRNA在不同蛋重鸭卵巢组中的表达差异。结果表明,RORB基因上Z-35251072和Z-35256947位点的SNP突变与鸭450日龄的蛋重呈显著负相关,Z-35278196位点的SNP突变与鸭300日龄和450日龄蛋重呈显著负相关;RORB和PER2在低蛋重组中的表达显著高于在中蛋重和高蛋重组的表达(P<0.05),而CLOCK和BMAL1在高蛋重组中的表达显著高于中蛋重和低蛋重组的表达(P<0.05)。结果提示,RORB在鸭的蛋重性能中可能发挥重要作用,且可能与昼夜节律相关基因间的相互调节有关,该结果为研究鸭的蛋重性能调控奠定理论基础。

鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物(P<0.05),回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria),上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。

基于简化基因组测序的娄门鸭遗传多样性评价

旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体(39公,124母),翅静脉采血后提取基因组DNA,利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs);利用R软件计算个体水平的多态信息含量(PIC)、固定指数(Fix-index)、香农信息指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)以及本研究自创的相对多态信息含量(rPIC)等6个遗传多样性指标,并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标;同时利用admixture软件分析群体遗传结构,gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系,并分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及基因组近交系数F_(ROH),评估保种效果。结果显示,163只娄门鸭个体共检测到622205个SNPs位点,质控过滤后得到374455个高质量SNPs位点,其中50.70%的位点分布在NC_040046、NC_040047、NC_040048和NC_040049四个染色体中。娄门鸭群体PIC、Nei、Ne、SHI和rPIC指标值分别为0.1541、0.1929、1.336、0.2969和0.4109,对于SNPs而言,该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点,遗传多样性较为丰富;Fix-index值为0.3208,说明娄门鸭群体出现了分化,这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PIC、Nei、Ne和SHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致,且4个指标两两相关性均达到0.97以上,而Fix-index与其他4个指标的相关性较低,在0.23以下,说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2966条ROH,ROH片段长度主要集中在0~2 Mb区间;基于ROH得到的基因组近交系数F_(ROH)在公、母鸭中分别为0.0275和0.0433,说明娄门鸭保种群近交程度较低;具体到染色体水平,NC_040068、NC_040074染色体的F_(ROH)值分别达到0.3524和0.3193。结果提示,娄门鸭保种群的遗传多样性较丰富,群体基因组近交系数较低,但个别染色体的近交系数较高,且群体出现了部分分化。后续保种中可以将遗传结构分析得到的3个分化的亚群个体之间进行适当的非随机交配,消除目前的群体分化现象,并重点监测染色体近交系数较高的基因组区域,避免个别染色体近交系数上升过快。

不同水平棉籽粕和菜籽粕对育肥期肉鹅生产及屠宰性能的影响

为探索棉籽粕和菜籽粕在肉鹅育肥料中适宜使用量,将28日龄扬州鹅随机分为4个组,每组3个重复,每个重复公母各20只,每组棉籽粕和菜籽粕等量使用,分别为0、3%、5%和8%。观测不同水平对扬州鹅增重、饲料转化比和成活率的影响,在70日龄每组选接近平均体重的公母鹅各10只进行屠宰性能测定,并测定胸、腿肌肉的干物质、粗蛋白质和粗脂肪含量。结果显示:8%组的增重显著低于其他组(P<0.05),饲料转化比显著高于其他组(P<0.05),3%和5%组增重和饲料转化比与对照组差异不显著(P>0.05);5%组增重饲料成本最低,每只鹅节约饲料成本0.46元;各组成活率差异不显著(P>0.05);8%组母鹅半净膛率、公母鹅全净膛率和胸肌率均显著低于另外三组(P<0.05),各组公母鹅屠宰率、腿肌率、腹脂率差异均不显著(P>0.05);各组胸、腿肌肉干物质、粗蛋白质和粗脂肪含量差异均不显著(P>0.05)。研究表明:棉籽粕和菜籽粕各使用5%不影响育肥期肉鹅增重、饲料转化比、屠宰性能和肌肉化学成分。

规模化笼养蛋鸭舍内环境气体分布规律及变化趋势

为研究超长鸭舍内环境气体参数的分布规律以及变化趋势,以期为蛋鸭笼养环境控制提供参考和建议,试验对全封闭超长四层层叠式鸭舍不同季节和不同舍内位置的常见环境气体参数进行测定与分析。结果显示:氧气含量在不同季节及鸭舍不同位置基本保持在20.6%左右,硫化氢未检测出;氨气和二氧化碳浓度呈现明显的季节变化趋势,外界温度较低的季节(12月至次年4月)氨气和二氧化碳平均浓度分别为23.12 mg/kg和2322 mg/kg,明显高于外界温度较高季节(5—8月)的10.48 mg/kg和864.72 mg/kg,秋季温度降低时浓度随之增高;超长鸭舍中氨气和二氧化碳浓度在纵向和垂直方向上表现为上层高于下层(P<0.05),出风端高于进风端,在横向分布上(不同列之间)差异不显著或差异幅度较小;一天之内清晨的氨气和二氧化碳浓度高于正午和傍晚。结果表明,温度对于氨气和二氧化碳浓度有重要影响,超长鸭舍应及时清理粪便以及加强上层和出风端空气流通,并加强秋冬季空气环境控制。

扬州鹅能量、蛋白和粗纤维营养需要量研究

为探索扬州鹅能量、蛋白和粗纤维营养需要量,试验采用3×3×2设计,育雏期日粮粗蛋白含量分别设为17%、19%和21%,粗纤维含量分别为3%、4%和5%,代谢能含量分别为11 MJ/kg和12 MJ/kg。育肥期日粮粗蛋白含量分别设为14.5%、16%和17.5%,粗纤维含量分别为4%、6%和8%,代谢能含量分别为10.5 MJ/kg和11.5 MJ/kg。将刚出壳扬州鹅雏鹅随机分为18组,每组4个重复,每个重复公母各5只,每组饲喂不同营养水平的日粮,观测不同营养水平日粮对扬州鹅增重和饲料转化比的影响。结果显示:育雏期日粮粗蛋白为17%组的增重显著大于19%和21%组(P<0.05),饲料转化比显著高于其他两组(P<0.05),增重饲料成本低于其他两组;粗纤维为3%组的增重和4%组差异不显著(P>0.05),但显著高于5%组(P<0.05),饲料转化比和增重饲料成本显著低于4%和5%组(P<0.05);代谢能为11 MJ/kg组的增重和12 MJ/kg组差异不显著(P>0.05),饲料转化比显著高于12 MJ/kg组(P<0.05),但增重饲料成本低于12 MJ/kg组。育肥期日粮粗蛋白为14.5%组的增重要显著大于16%和17.5%组(P<0.05),饲料转化比和增重饲料成本显著低于其他二组(P<0.05);不同粗纤维水平的增重差异不显著(P>0.05),但4%组的饲料转化比和增重饲料成本显著低于6%和8%组(P<0.05);代谢能为11.5 MJ/kg组的增重要显著大于10.5 MJ/kg组,饲料转化比显著低于10.5 MJ/kg组。研究表明:扬州鹅育雏期适宜营养需要量为粗蛋白17%、粗纤维3%、代谢能11 MJ/kg,育肥期适宜营养需要量为粗蛋白14.5%、粗纤维4%、代谢能11.5 MJ/kg。

鸭胚胎发育中后期胸肌发育阻滞的RNA-seq分析

【目的】选择两个中国地方品种高邮鸭和金定鸭,对鸭胚胎发育中后期胸肌进行转录组分析研究,旨在探明胸肌发育阻滞的分子变化机制,为鸭骨骼肌调控机理研究打下基础。【方法】在21胚龄和27胚龄两个时间点,分别解剖高邮鸭、金定鸭各3只,采集胸大肌,提取总RNA构建文库,利用Illumina的HiseqTM2000进行高通量测序,并利用生物信息学方法进行差异表达基因挖掘、基因功能注释等分析,探讨21胚龄和27胚龄两个时间点之间胸肌发育阻滞的分子机制。【结果】高邮鸭、金定鸭21胚龄和27胚龄胸大肌组织RNA-seq质量Q20均在94%以上,Q30均在89%以上,测序得到的结果可靠,可用于后续分析。RNA水平相关性检查和基因mRNA表达量聚类图结果都表明,21胚龄(27胚龄)高邮鸭和金定鸭之间表达模式的相关性高于高邮鸭(金定鸭)21胚龄和27胚龄之间的表达模式。不同品种内时间点之间的差异基因数量(高邮鸭6 128个,金定鸭6 452个)远多于同一时间点不同品种间的差异基因数量(21胚龄522个,27胚龄299个)。qRT-PCR验证试验结果与RNA-seq分析结果相关性较强。通过GO和KEGG富集分析发现,高邮鸭、金定鸭胸肌在21胚龄到27胚龄阶段,能量代谢相关基因(主要为辅酶Q相关基因、ATP酶合成相关基因和细胞色素C相关基因)均显著上调,DNA复制和细胞周期相关基因(主要为微型染色体维持蛋白(MCM)相关基因、复制因子C(RFC)相关基因)均显著下调。相关基因表达的变化可能与此阶段成肌细胞增殖速度减慢,逐渐退出细胞周期开始准备下一阶段融合成多核肌管并形成肌纤维有关。对肌肉生长发育相关的关键基因分析发现,促进肌肉生长的IGF1和诱导成肌细胞末端分化的MyoG显著下调,促进肌纤维分化融合的MUSTN1基因、诱导肌祖细胞向成肌细胞转化的MyoD1基因显著上调。【结论】鸭胚胎中后期胸肌发育过程中大量基因差异表达。其中能量代谢相关基因的上调和DNA复制、细胞周期相关基因的下调,以及肌肉发育相关基因MUSTN1显著上调,IGF1、MyoG等显著下调,可能与鸭胚胎中后期胸肌发育阻滞现象密切相关。

感染鸭疫里默氏菌对鸭小肠黏膜形态结构的影响

为了解感染鸭疫里默氏菌后鸭肠道形态结构的变化,采用石蜡切片、HE染色方法测定鸭感染鸭疫里默氏菌1、2、3、5、9、14 d十二指肠、空肠和回肠3个小肠段肠黏膜厚度、肠绒毛高度和隐窝深度,并计算绒毛高度和隐窝深度比值。结果表明,与对照组相比,在感染鸭疫里默氏菌1~9 d后,鸭的十二指肠、空肠和回肠肠黏膜厚度和肠绒毛高度变化一致,均表现为明显下降;隐窝深度在3个小肠段的变化不同;肠绒毛高度/隐窝深度的值在感染鸭疫里默氏菌的3个小肠段中总体均呈下降趋势。说明感染鸭疫里默氏菌显著影响了鸭小肠形态结构,该研究为鸭疫里默氏菌的致病机制研究奠定了基础。

丁酸梭菌、枯草芽孢杆菌对高邮鸭盲肠菌群结构的影响研究

试验旨在研究饲粮中添加丁酸梭菌或枯草芽孢杆菌对高邮鸭盲肠菌群结构的影响。选择1日龄健康、体重相近的高邮鸭90只,随机分成3组,每组3个重复,每个重复10只,试验期60 d。对照组饲喂基础日粮,丁酸梭菌组、枯草芽孢杆菌组分别在基础日粮中添加0.03%丁酸梭菌、0.05%枯草芽孢杆菌。结果显示,饲粮添加0.03%丁酸梭菌或0.05%枯草芽孢杆菌显著增加60日龄高邮鸭体重(P<0.05),提高饲料转化率;与对照组相比,饲粮添加0.03%丁酸梭菌或0.05%枯草芽孢杆菌可显著降低PD whole tree指数(P<0.05),显著降低梭杆菌门、密螺旋体属和梭杆菌属相对丰度(P<0.05);与对照组相比,饲粮添加0.03%丁酸梭菌显著增加巨单胞菌属和卡拉杆菌属相对丰度(P<0.05),饲粮添加0.05%枯草芽孢杆菌可显著降低厌氧螺菌属相对丰度(P<0.05);对照组、丁酸梭菌组和枯草芽孢杆菌组的差异菌属分别为梭杆菌属、巨单胞菌属和密螺旋体属。综上所述,饲粮添加0.03%丁酸梭菌或0.05%枯草芽孢杆菌后,高邮鸭盲肠微生物梭杆菌等有害菌相对丰度减少,调节肠道菌群平衡,促进鸭肠道健康。

鸭疫里默氏菌感染对鸭肠道菌群结构的影响

试验旨在分析鸭疫里默氏菌(RA)感染不同时期鸭肠道菌群结构变化规律,探讨鸭疫里默氏菌对鸭肠道微生物的影响及引起鸭致病的可能机制。采用细菌16S V4-V5区扩增通用引物,扩增鸭疫里默氏菌未感染组(鸭疫里默氏菌感染0 d组),鸭疫里默氏菌感染后1、2、3、5、9和14 d的鸭直肠内容物样本DNA,将扩增得到的产物进行DNA建库后基于Ion S5TMXL测序平台测序。测序得到的Raw Reads数据总量为4710688条序列,平均每个样本84119条序列。共注释到数据库的操作分类单元(OTUs)数目为4528。Alpha多样性分析结果表明,菌群多样性指数Shannon和Simpson在鸭疫里默氏菌感染组和未感染组间差异不显著(P>0.05),菌群丰富度指数Chao1、Ace、Observed-species和PD-whole-tree在鸭疫里默氏菌感染后0~5 d逐渐降低,从5~14 d又逐渐增加,尤其在鸭疫里默氏菌感染后3和5 d均显著低于未感染组(P<0.05)。Beta多样性分析表明,未感染组与6个时间点的感染组间菌群差异均显著(P<0.05),其中,未感染组与感染后3 d的物种差异最大,之后依次为感染后2、5、9、1和14 d。物种丰度聚类热图显示,在未感染组和不同时间感染组,物种丰度相对较高的微生物菌属均不同。在门水平,鸭疫里默氏菌感染组主要以厚壁菌门(Firmicutes)、unidentified-Bacteria、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)及变形菌门(Proteobacteria)为主;在属水平,Bacteroides在感染组和未感染组均为优势菌属,感染组中弯曲杆菌属(Campylobacter)和梭杆菌属(Fusobacterium)明显增加。本试验分析了鸭疫里默氏菌未感染组和感染不同时间组肠道菌群的差异,寻找到一些特征菌属,可为鸭疫里默氏菌的致病性研究提供理论依据。

简化基因组测序评价高邮鸭保种效果的研究

研究旨在评价高邮鸭原种场的保种效果,为高邮鸭保种提供理论依据。利用简化基因组测序方法ddRAD鉴定高邮鸭原始群体(GS)和原种场群体(GC)的SNP标记,比较分析两个群体的遗传多样性差异,并使用遗传分化指数(F_(ST))和核苷酸多样性比值(π ratio)比率联合筛选选择信号区域及其相关基因,对得到的受选基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果显示:与原始群体相比,原种场群体遗传杂合度保持不变,近交系数有所下降;原种场群体与环境应激和甲基化调控相关的基因受到了一定程度的选择。结果表明高邮鸭原种场群体保种效果较好,可以继续沿用现有的小群保种方法。

基于简化基因组测序评价太湖鹅不同保种场的保种效果

旨在评价太湖鹅原种场和国家水禽基因库的保种效果,为进一步更好地对太湖鹅进行保种打下理论依据。利用ddRAD简化基因组测序方法鉴定太湖鹅原始群体(TS)、原种场群体(TC)和基因库群体(TK)的SNP标记,比较分析3个群体的遗传多样性差异,并使用遗传分化系数FST和核苷酸多样性π比值联合筛选选择信号区域及其相关基因,对得到的受选基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果发现,与原始群体相比,原种场群体和基因库群体的遗传杂合度均有降低,近交系数上升,且基因库群体与原始群体、原种场群体有中度分化的趋势。原种场群体的脂类代谢相关基因受到了一定程度的选择。结果表明,原种场群体和基因库群体应适当增加保种群数量,避免近交系数上升过快,且基因库群体应加强与原种场群体的基因交流,避免与原始群体、原种场群体的过度分化。

氨气对蛋鸭产蛋性能、蛋品质及产蛋相关基因影响分析

为了解氨气对鸭产蛋性能和蛋品质的影响并初步探讨可能的影响机制,试验分析了10 mg/kg和75 mg/kg氨气浓度条件下鸭体重、产蛋率、蛋重、蛋黄重、蛋壳厚度、蛋壳重、蛋形指数、蛋白高度、哈氏单位、蛋壳强度的差异;采用荧光定量PCR的方法检测并分析了两种氨气浓度条件下鸭卵巢中FSHR和LHR mRNA的表达变化。结果显示:在10 mg/kg氨气中暴露10 d到40 d的鸭体重呈缓慢下降趋势,但组间差异不显著;在75 mg/kg氨气浓度中暴露10 d组鸭的体重显著低于在10 mg/kg氨气中暴露10 d组的体重。氨气暴露40 d内鸭的产蛋率呈先快速下降,在低水平维持一段时间后又缓慢上升的趋势,但未能恢复至正常水平。蛋重、蛋黄重、蛋壳重在75 mg/kg氨气浓度组显著低于10 mg/kg氨气浓度组。LHR mRNA在75 mg/kg氨气中暴露20 d的表达量显著低于在10 mg/kg氨气浓度中暴露20 d的表达量,FSHR mRNA在75 mg/kg氨气浓度中暴露10 d组的表达量显著低于在10 mg/kg氨气浓度中暴露10 d组的表达量。试验结果表明,高浓度的氨气对鸭的产蛋性能和蛋品质有负面影响,且这种影响可能与高浓度的氨气引起LHR和FSHR的表达下降有关。

太湖鹅4个群体保种效果的遗传评价

为全面了解太湖鹅品种在江苏省保种效果动态变化过程,并与浙江省太湖鹅的保种情况进行比较,采用简化基因组测序方法对江苏太湖鹅群体(TS、TC、TK)以及浙江太湖鹅群体(TZ)的群体遗传参数进行系统比较分析。结果发现,与前2个世代相比,由于采用了严格的家系等量随机选配法以及适当进行种群间种用个体的相互引进,TC、TK群体近交系数分别下降到0.0875和0.0753;遗传结构分析和主成分分析均表明,TZ群体独立于其他3个群体之外,且出现明显分化,TZ群体与TS群体的遗传分化系数(F_(st))达到了0.0515,近交系数为0.1107,明显高于江苏省太湖鹅群体。TZ群体与TS群体的选择信号分析发现,脂肪酸代谢相关通路的基因受到了选择。以上结果表明,江苏省太湖鹅群体保种效果较好,家系等量随机选配法以及适当血缘交换可以避免近交系数上升。