共表达网络分析揭示棕榈藤纤鞭生长动态调控模块

棕榈藤是世界上仅次于树木与竹子的最重要非木森林资源。2018年国际竹藤中心全球首次发布了棕榈藤全基因组序列(单叶省藤和黄藤),极大促进了棕榈藤基因功能的研究。基因共表达网络分析有助于在转录组层面提供完整全面的基因功能注释,因此本研究整合棕榈藤基因组序列和不同发育阶段的纤鞭转录组数据进行了共表达网络分析。通过整合共表达网络、基因家族分类和功能富集等分析,分别在单叶省藤和黄藤中鉴定得到3504和3027个功能模块,包括光合作用、木质素生物合成、类黄酮生物合成、苯丙素生物合成等主要的生物学过程。同时,使用共表达网络和功能模块对基因的功能注释进行了优化,对棕榈藤纤鞭生长调控有了新的认知。最后,构建了首个棕榈藤组学在线数据库——Rattan-NET(http://rattan.bamboogdb.org/),包含基因集富集、模块富集、网络比较和顺式作用元件等分析工具,可供研究人员开放使用。