蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中全长转录本的差异表达分析

【目的】本研究旨在探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称“球囊菌”)菌丝(Aam)和孢子(Aas)中的全长转录本与菌丝生长、孢子萌发以及有性生殖的相关性。【方法】将前期获得的Aam和Aas的Nanopore长读段测序数据中的有效读段与球囊菌参考基因组注释的已知转录本进行序列比对,获取全长转录本与已知转录本的对应信息。利用生物信息学方法对Aam和Aas的全长转录本进行差异表达、功能注释以及结构特征分析。【结果】Aam和Aas共有的全长转录本数量为19966条,特有的全长转录本数量分别为1273和2856条。Aas vs Aam比较组含有3230条差异表达转录本(differentially expressed transcripts,DETs),包含3072条上调和158条下调。GO功能注释结果显示,这些DETs涉及代谢进程、细胞、催化活性等GO条目。KEGG注释结果显示,这些DETs注释到内吞作用、MAPK信号通路、糖酵解/糖异生、碳代谢以及氨基酸的生物合成等相关通路。进一步分析发现,部分全长转录本的剪接异构体在Aam和Aas中具有不同的表达量和结构。【结论】本研究发现球囊菌在菌丝和孢子两个不同阶段伴随着转录本表达量和结构的变化,研究结果为深入探究不同剪接异构体在球囊菌的菌丝生长、孢子萌发和有性生殖中的分子功能提供了理论依据和数据基础。

基于蜜蜂球囊菌纳米孔测序数据的基因非翻译区延长、SSR位点发掘及未注释基因和转录本鉴定

【目的】利用已获得的纳米孔长读段测序数据完善现有的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis参考基因组注释信息,并对未注释的新基因和新转录本进行鉴定和功能注释。【方法】基于已获得的纳米孔长读段测序数据,采用gffcompare软件将蜜蜂球囊菌全长转录本与参考基因组注释的转录本进行比较,进而对参考基因组注释基因的非翻译区(untranslated region,UTR)进行延长。利用TransDecoder软件对蜜蜂球囊菌基因的开放阅读框(open reading frame,ORF)及相应的氨基酸序列进行预测。通过MISA软件发掘长度在500 bp以上的全长转录本的SSR位点。通过Blast工具将鉴定到的新基因和新转录本比对Nr,KOG,eggNOG,Swiss-Prot,Pfam,GO和KEGG数据库进行功能注释。【结果】共对蜜蜂球囊菌的9481个基因进行了UTR延长,其中5′UTR和3′UTR延长的基因分别有4744和4737个。共预测出10492个完整ORF,其中编码长度分布在0~100和100~200个氨基酸的ORF最多,分别占ORF总数的38.96%和36.90%。共鉴定到5286个SSR,其中单核苷酸重复、二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复的SSR分别为1870,826,2398,138,43和11个。共鉴定到1558个新基因,其中有1556,731,330,592,1177,709和589个新基因可分别被注释到Nr,Swiss-Prot,Pfam,KOG,eggNOG,GO和KEGG数据库。此外,还鉴定到14403条新转录本,其中有14376,8524,7276,7405,12035,7891和6855条新转录本可分别被注释到上述7个数据库。【结论】本研究利用已获得的纳米孔长读段测序数据对蜜蜂球囊菌的完整ORF进行了预测,对参考基因组的已注释基因进行了UTR延长,对未注释的SSR位点进行了发掘,此外还鉴定到大量未注释的新基因和新转录本,并对它们进行了功能注释。研究结果较好地完善了现有的蜜蜂球囊菌的基因组注释,为其组学和分子生物学研究的深入开展提供了基础。

《猪生产学》课程教学实习产学结合模式的实施与探索

实践教学是动物科学专业教学体系中的重要环节,对于提高学生综合素质和实践能力具有重要意义。在《猪生产学》课程教学实习过程中采取在农业实验基地驻场实习和综合实训的产学结合实践教学模式,通过改革和创新该课程实践教学模式,来探索动物科学专业实践教学体系的构建。

The Effect of Wheat Mixtures on the Powdery Mildew Disease and Some Yield Components

Mixtures composed of five wheat cultivars,Jingshuang 16,Jing 411,Jingdong 8,Lunxuan 987,and Baofeng 104,with different levels of resistance against powdery mildew were tested for their potential containment of the disease development in the field and for the influence on grain yield and the content of crude protein in the years 2007 and 2010.The plots were inoculated artificially with mixed isolates collected in the fields and propagated in the greenhouse and the disease was scored in 7 d interval during the two growing seasons.It was indicated that certain combinations,e.g.,Jingdong 8：Lunxuan 987,Jingdong 8：Baofeng 104,and Jing 411：Jingdong 8：Baofeng 104,showed positive efficacy on the mildew.The cultivar combinations tested in 2007 showed increase of grain yield,while most of the combinations tested in 2010 did not show the increase.The differences of the increases or decreases were not statistically significant except combinations Jing 411：Jingdong 8：Baofeng104,Jingshuang16：Jingdong8：Lunxuang 987 and Jingshuang 16：Jingdong 8：Lunxuan 987：Baofeng 104,which showed the decrease of the grain yield.The mixtures did not show influence on the content of crude protein in grain.More cultivar combinations need to be tested.

热敏灸命门八阵穴配合按摩治疗小儿泄泻的临床研究

观察热敏灸命门八阵穴配合按摩治疗小儿泄泻的临床疗效。方法:将126例患者随机分为治疗组、对照组,每组63例。对照组给予枯草杆菌二联活菌颗粒、蒙脱石散治疗;治疗组热敏灸命门八阵穴配合按摩治疗。观察两组患者治疗前后的唾液淀粉酶、血锌值、尿D-木糖吸收排泄试验及中医症状积分变化,统计临床疗效。结果:治疗后治疗组与对照组在唾液淀粉酶、血锌值、尿D-木糖吸收排泄率及中医症候积分比较有统计学意义(P<0.05);治疗组、对照组临床疗效总有效率分别为92.07%、71.43%,比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论:热敏灸命门八阵穴配合按摩能够有效地缓解小儿厌食症患者临床症状,改善实验室指标水平,值得进一步推广及应用。

B型超声诊断仪在猪生产学实践教学中的应用

在新农科的时代背景下,动物科学专业作为农业科学的重要学科,人才培养应适应农业农村现代化发展要求。《养猪生产学》是动物科学专业的主要课程,为使实践教学的内容、方法与现代养猪业发展现状相适应,本文介绍了应用B型超声诊断仪进行猪活体背膘厚、眼肌面积测定和母猪早期妊娠诊断的实验课程。教学效果(1)能够使学生掌握一定的专业技能,熟悉现代养猪业的生产管理理念;(2)能够把学生学习的专业理论知识直接应用到生产实践中,提升知识应用能力和综合实践能力;(3)能够使学生掌握基本的科研操作技能,培养学生发现问题、分析问题、解决问题的能力。

“免疫学导论”课程思政的教学实践探索——以“疫苗的前世今生”为教学案例

免疫学是一门既古老又年轻的综合学科。随着现代免疫学的建立,免疫学的发展日新月异,并从专业领域逐步走向大众。为落实“以德树人”的教育目标,探索“免疫学导论”课程思政的开展,以激发学生学习兴趣,使之更好地掌握和理解知识点,同时提高学生的人文素养,厚植爱国情怀,以绪论中疫苗的研究历史为教学案例,将知识点、思政元素和新冠疫情背景相融合,探索适合农业院校开展免疫学课程思政的新路径。

黄曲霉毒素生物合成的遗传调控研究进展

黄曲霉毒素是一类具有较强毒性和致癌力的次级代谢产物,在小麦、水稻、玉米和花生等多种粮食、油料、饲料和食品中检出率均比较高。因此,黄曲霉毒素不仅给人和动物的健康造成极其严重的威胁,而且也给食品和饲料等行业造成了巨大的经济损失。黄曲霉毒素主要由黄曲霉和寄生曲霉产生。自上个世纪60年代首次发现黄曲霉毒素以来,研究者在黄曲霉毒素合成途径、降解、合成机制和致病机理等方面做了大量研究。本文主要综述近年来国内外以黄曲霉为对象的黄曲霉毒素合成的遗传调控机制研究进展。从转录调控、蛋白翻译后修饰、信号转导途径、参与生长发育和形态建成的蛋白和其他酶等方面对黄曲霉毒素合成机制展开综述,为今后进一步深入系统研究黄曲霉毒素合成机制奠定基础,同时为制定防治黄曲霉及其毒素的策略提供理论基础。

不同背膘厚猪肠道微生物多样性差异的比较

在军牧1号白猪中挑选背膘厚差异极显著(P<0.01)的高背膘(HBF)组和低背膘(LBF)组公猪各5头,对粪便微生物进行16S rRNA高通量测序。结果显示,2组间微生物群落结构存在33.00%的差异;HBF组厚壁菌门和梭菌纲的相对丰度高于LBF组,拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度低于LBF组,但差异均不显著(P>0.05);HBF组纤维杆菌门、消化球菌属、萨特菌属、考拉杆菌属、多尔菌属和纤维杆菌属序列量显著高于LBF组(P<0.05);HBF组优势属为布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属。结果表明,高背膘猪的粪便厚壁菌门比例增加,而拟杆菌门比例下降,布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属为高背膘猪的关键群属。