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基于第三代长读段测序数据解析蜜蜂球囊菌基因的可变剪切与可变腺苷酸化 被引量:11
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作者 杜宇 王杰 +11 位作者 蒋海宾 王秀娜 范元婵 范小雪 祝智威 隆琦 张文德 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈大福 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期667-682,共16页
【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,导致的白垩病是严重影响养蜂生产的顽疾,每年给养蜂业造成较大损失。本研究旨在基于已获得的第三代长读段测序数据对球囊菌菌丝(Aam)和孢子(Aas)中... 【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,导致的白垩病是严重影响养蜂生产的顽疾,每年给养蜂业造成较大损失。本研究旨在基于已获得的第三代长读段测序数据对球囊菌菌丝(Aam)和孢子(Aas)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)进行深入分析。【方法】利用Astalavista软件鉴定Aam和Aas中基因的AS事件类型。利用IGV浏览器对部分剪切异构体(isoform)的结构进行可视化。通过TAPIS pipeline对Aam和Aas中基因的APA位点进行鉴定。通过MEME软件对Aam和Aas中全长转录本的APA位点上游50bp的序列特征进行分析并对motif进行鉴定。【结果】在Aam中共鉴定到286次AS事件,包括162次RI(Retained intron),87次A3(Alternative 3'splice-site)、32次A5(Alternative 5'splice-site)和5次SE (Skipping exon);在Aas中共鉴定到559次AS事件,包括305次RI、155次A3、85次A5、13次SE和1次MEE (Mutually exclusive exon)。进一步分析发现,现有参考基因组上的多数注释基因结构并不完整;部分注释基因在菌丝和孢子中转录形成的isoform在数量和结构方面均存在差异;部分isoform在参考基因组中没有对应的注释基因。Aam中共鉴定到2748个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有1个APA位点的基因数量最多(726,26.42%);Aas中共鉴定到2768个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有5个以上APA位点的基因数量最多(1180,42.63%)。部分基因在菌丝和孢子中含有不同的APA位点数。序列特征分析结果显示,球囊菌全长转录本的3'UTR的上下游表现出明显的碱基倾向性,U和A分别富集在3'UTR的上游和下游。此外,在球囊菌全长转录本的APA位点上游鉴定到4个motif,分别是UCUCCU、UCUUCU、CCCACC和CCCCCU。【结论】本研究通过对球囊菌菌丝和孢子中基因的AS和APA进行深入分析,揭示了球囊菌转录组的复杂性,为完善现有的基因组和转录组注释提供了宝贵信息,也为探究AS和APA在球囊菌的基因表达调控中的作用提供了关键基础。 展开更多
关键词 长读段测序 牛津纳米孔 蜜蜂球囊菌 可变剪切 可变腺苷酸化
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中华蜜蜂6日龄幼虫响应蜜蜂球囊菌侵染的长链非编码RNA应答研究 被引量:5
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作者 杜宇 冯睿蓉 +10 位作者 王杰 祝智威 张文德 余岢骏 隆琦 蔡宗兵 解彦玲 熊翠玲 郑燕珍 陈大福 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1338-1358,共21页
【目的】本研究旨在探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫应答蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)侵染过程中的差异表达谱及调控作用。【方法】利用链特异性cDNA建库... 【目的】本研究旨在探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫应答蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)侵染过程中的差异表达谱及调控作用。【方法】利用链特异性cDNA建库的RNA-seq技术对未被侵染及球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行深度测序。通过相关生物信息学软件分析lncRNA的结构特征和表达谱。筛选并分析差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA)的顺式(cis)作用及竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。采用RT-qPCR验证测序数据及DElncRNA差异变化趋势的可靠性。【结果】AcCK和AcT共预测出642个已知lncRNA和487个新lncRNA。与蛋白编码基因相比,上述中蜂lncRNA外显子数更少、长度更短且表达量更低。43个antisense lncRNA与40个正义链mRNA之间互补配对。AcCK和AcT比较组包含367个上调lncRNA和268个下调lncRNA。有194个DElncRNA潜在调控461个上下游基因,并涉及细胞进程、代谢进程和催化活性等38个功能条目以及氨基酸代谢、内吞作用和MAPK等191条通路。此外,有180个DElncRNA可靶向结合50个DEmiRNA,进而调控6365个mRNA;三者之间形成较为复杂的ceRNA调控网络。【结论】中蜂6日龄幼虫肠道的部分lncRNA可作为antisense lncRNA参与应答球囊菌侵染;部分DElncRNA可通过cis作用调节物质代谢和免疫途径相关的上下游基因,从而介导宿主的侵染应答;TCONS_00010661和TCONS_00003104等DElncRNA可通过ceRNA网络调控Jak-STAT和氧化磷酸化等通路及富集基因,进而参与宿主的侵染应答。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 幼虫 蜜蜂球囊菌 长链非编码RNA 竞争性内源RNA 免疫应答
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Some Generalized Single Valued Neutrosophic Linguistic Operators and Their Application to Multiple Attribute Group Decision Making 被引量:1
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作者 Ruipu TAN wende zhang Shengqun CHEN 《Journal of Systems Science and Information》 CSCD 2017年第2期148-162,共15页
This paper proposes a group decision making method based on entropy of neutrosophic linguistic sets and generalized single valued neutrosophic linguistic operators. This method is applied to solve the multiple attribu... This paper proposes a group decision making method based on entropy of neutrosophic linguistic sets and generalized single valued neutrosophic linguistic operators. This method is applied to solve the multiple attribute group decision making problems under single valued neutrosophic liguistic environment, in which the attribute weights are completely unknown. First, the attribute weights are obtained by using the entropy of neutrosophic linguistic sets. Then three generalized single valued neutrosophic linguistic operators are introduced, including the generalized single valued neutrosophic linguistic weighted averaging(GSVNLWA) operator, the generalized single valued neutrosophic linguistic ordered weighted averaging(GSVNLOWA) operator and the generalized single valued neutrosophic linguistic hybrid averaging(GSVNLHA) operator, and the GSVNLWA and GSVNLHA operators are used to aggregate information. Furthermore, similarity measure based on single valued neutrosophic linguistic numbers is defined and used to sort the alternatives and obtain the best alternative. Finally,an illustrative example is given to demonstrate the feasibility and effectiveness of the developed method. 展开更多
关键词 decision making neutrosophic set single valued neutrosophic linguistic set generalized single valued neutrosophic linguistic operators entropy of neutrosophic linguistic set
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