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志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列的特点及其关联性分析 被引量:1
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作者 王颖芳 王鹏飞 +3 位作者 段广才 郗园林 张晓萌 詹煜慧 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1131-1137,共7页
目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列... 目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列比对等方法获得每个菌株中CRISPR的分布、间隔序列数及序列特点;利用BLAST分析CRISPR-Q1中重复序列和间隔序列,检测重复序列和间隔序列在菌株中的分布特点以及CRISPR-Q1在菌株中的位置及特征;分析数据库和实验室中志贺菌CRISPR-Q1中间隔序列数与CRISPR1或CRISPR2的关系。结果:在数据库107株志贺菌中,106株志贺菌含有CRISPR1或CRISPR2,8株志贺菌的CRISPR1或CRISPR2含有多个间隔序列;106株志贺菌含有CRISPR-Q1,其中有13株志贺菌的CRISPR-Q1中有多个间隔序列。在实验室12株志贺菌中,有6株含有CRISPR1或CRISPR2,12株均含有CRISPR-Q1;CRISPR-Q1间隔序列中的一部分(约35bp)在同一个菌株的染色体基因组上分布广泛,重复序列同样如此,CRISPR-Q1中还存在基因外重复序列(REP)元素。数据库志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(χ~2=61.6,P<0.01),实验室志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(P=0.015)。结论:CRISPR-Q1在志贺菌中广泛分布,其序列中存在REP元素;志贺菌的CRISPR1和CRISPR2与CRISPR-Q1有关联。 展开更多
关键词 志贺菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 间隔序列 基因外重复序列
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O157∶H7型大肠埃希菌CRISPR/Cas系统结构的生物信息学分析
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作者 王鹏飞 王颖芳 +4 位作者 段广才 詹煜慧 陈帅印 郗园林 徐亚珂 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第2期363-371,共9页
为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)分布和结构特征及cas基因分布情况,本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大... 为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)分布和结构特征及cas基因分布情况,本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大肠埃希菌全基因组序列、CRISPR位点位置、CRISPR的侧翼序列及cas基因簇的序列范围,利用多序列比对、启动子预测和RNA二级结构预测等方法分析细菌中CRISPR系统的特点。结果显示,O157∶H7型大肠埃希菌的基因组存在3个CRISPR位点(CRISPR1、CRISPR2和CRISPR3),每个CRISPR位点上的序列一致;CRISPR1和CRISPR2的重复序列可形成茎环状结构,环上的碱基易发生变化;CRISPR2中存在一段长451 bp的序列(命名为序列X),该序列X将CRISPR2分为2个部分CRISPR2a和CRISPR2b,其碱基A和T比例为74%,在91株O157∶H7型大肠埃希菌中均存在该序列,在该序列中可预测出至少有1个启动子和9个转录因子结合位点;侧翼序列中的疑似前导序列位于CRISPR2下游,序列长340 bp,其碱基A和T比例为69%,在92株O157∶H7型细菌中均存在该序列,其可预测出至少有1个启动子和3个转录因子结合位点;在20株O157∶H7型大肠埃希菌的全基因组序列中,有15株具有完整的cas基因簇,有5株缺乏cas 3基因。本试验结果表明,O157∶H7型大肠埃希菌的CRISPR系统结构稳定,序列具有较高保守性,cas基因簇也相对保守。CRISPR2的结构与其他类型大肠埃希菌有较大差别。本研究发现的序列X在O157∶H7型大肠埃希菌分布广泛且序列保守,可作为鉴定O157∶H7型大肠埃希菌的潜在分子靶标。 展开更多
关键词 O157∶H7型大肠埃希菌 CRISPR CAS
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虚拟仿真教学在公共卫生与预防医学专业研究生教学中的应用 被引量:4
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作者 晋乐飞 范清堂 +3 位作者 陈帅印 杨海燕 郗园林 张卫东 《河南医学研究》 CAS 2021年第28期5304-5307,共4页
目的通过构建公共卫生应急虚拟仿真教学模式,探讨虚拟仿真教学法在公共卫生与预防医学专业研究生教学中的应用。方法选取郑州大学公共卫生学院2019级公共卫生与预防医学专业71名研究生(传统教学组)和2020级公共卫生与预防医学专业102名... 目的通过构建公共卫生应急虚拟仿真教学模式,探讨虚拟仿真教学法在公共卫生与预防医学专业研究生教学中的应用。方法选取郑州大学公共卫生学院2019级公共卫生与预防医学专业71名研究生(传统教学组)和2020级公共卫生与预防医学专业102名研究生(虚拟仿真组)作为研究对象。以发热伴血小板减少综合征的疫情调查处置为例建立公共卫生应急虚拟仿真教学软件。对2019级和2020级研究生分别采用传统教学模式和虚拟仿真教学模式,比较两个年级研究生突发公共卫生事件预防控制课程的理论考核成绩,采用问卷方式调查2020级研究生对虚拟仿真教学模式的评价。结果虚拟仿真组理论考核成绩高于传统教学组(P<0.05)。89%研究生认为虚拟仿真教学有必要在公共卫生与预防医学教学中开展,且绝大部分研究生对虚拟仿真教学中的教学设计和实施各环节表示认可,并认为通过训练能够提高学生积极性,提升教师教学质量。结论公共卫生应急虚拟仿真教学可提高研究生的实践能力和教师的教学质量,可在公共卫生与预防医学研究生教学中实施及推广。 展开更多
关键词 虚拟仿真教学 公共卫生与预防医学 传统教学模式
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Multi-drug Resistance and Characteristic of Integrons in Shigella spp.Isolated from China 被引量:11
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作者 ZHU JingYuan DUAN GuangCai +2 位作者 YANG HaiYan FAN QingTang xi yuanlin 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2011年第1期56-61,共6页
Objective To investigate the characteristic of integrons and the relationship between integrons and antimicrobial resistance in Shigella spp. Methods Ninety Shigella strains (83 S. flexneri and 7 S. sonnei) were iso... Objective To investigate the characteristic of integrons and the relationship between integrons and antimicrobial resistance in Shigella spp. Methods Ninety Shigella strains (83 S. flexneri and 7 S. sonnei) were isolated from the stools of patients in China. Susceptibility to 8 antimicrobials was tested for all isolated strains. PCR, RFLP and sequencing analysis of integrons were applied to all of them. Results High prevalence of multi‐drug resistance (95.6%) was identified. Of the isolates 79 (87.8%) carried integrase genes of class 1 integron (3.3%), class 2 integron (10.0%) or both (74.4%). No intI3 was detected in the tested isolates. The prevalence of intI2 was significantly higher in isolates with multi‐drug resistance to at least 3 antibiotics than that in isolates with resistance to 2 and less antibiotics (P0.05). Gene cassettes dfrA17‐aadA5, dfrA12‐orfF‐aadA2 of class 1 integron and dfrA1‐sat1‐aadA1 of class 2 integron were identified. Conclusion The class 2 integron may play a role in the emergence of multi‐drug resistance in Shigella spp. 展开更多
关键词 Resistance Shigella flexneri INTEGRON Gene cassettes
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CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价 被引量:2
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作者 梁文娟 崔聪聪 +5 位作者 段广才 刘慧莹 徐亚珂 郗园林 杨海燕 陈帅印 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1607-1610,共4页
目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRJSPR)1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种... 目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRJSPR)1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500bp侧翼序列,使用ClustalX进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。结果73.4%(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4%(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%(35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61bp侧翼序列,序列一致性为99%,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。结论基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有良好的效果。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 志贺菌 成簇规律间隔的短回文重复序列 侧翼序列 鉴定
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河南省一级、二级生物安全实验室备案政策分析与探索 被引量:1
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作者 胡凯 郗园林 郭永军 《河南预防医学杂志》 2022年第8期635-638,共4页
生物安全已成为国家安全的重要组成部分,一级、二级生物安全实验室备案是开展病原微生物实验室生物安全管理的基础,也是落实实验室生物安全相关法律法规的需要。本文以河南省为例,基于SWOT分析法,从优势、劣势、机遇、挑战四个维度对其... 生物安全已成为国家安全的重要组成部分,一级、二级生物安全实验室备案是开展病原微生物实验室生物安全管理的基础,也是落实实验室生物安全相关法律法规的需要。本文以河南省为例,基于SWOT分析法,从优势、劣势、机遇、挑战四个维度对其备案政策进行分析并提出意见建议,以期对一级、二级生物安全实验室备案政策的有效施行提供有益借鉴。 展开更多
关键词 生物安全 实验室 备案政策 管理
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