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一起由Omicron变异株BA.2进化分支引起的本土聚集性疫情流行病学特征分析
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作者 贺兆锴 王哲 +6 位作者 考庆君 程实 冯爽 赵婷婷 陶焱炀 于新芬 孙昼 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期65-70,共6页
应用描述性流行病学方法,对2022年3月杭州市发生在余杭区物流园区的新型冠状病毒感染本土聚集性疫情的流行病学特点进行分析。此次聚集性疫情由1例发热门诊主动就诊的病例发现,疫情历时8 d,共发现病例58例,其中男性40例,女性18例;年龄为... 应用描述性流行病学方法,对2022年3月杭州市发生在余杭区物流园区的新型冠状病毒感染本土聚集性疫情的流行病学特点进行分析。此次聚集性疫情由1例发热门诊主动就诊的病例发现,疫情历时8 d,共发现病例58例,其中男性40例,女性18例;年龄为(33.29±12.22)岁;工人53例,学生2例,农民、老师和待业人员各1例;主要分布在杭州市的余杭区(48例,82.77%)和上城区(7例,12.07%)。实时再生数最高是在3月10日为2.31,于3月15日降至0.37。指示病例测序结果与韩国2022年3月4日上传的1条序列100%同源。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 聚集性疫情 Omicron变异株 流行病学特征
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2021-2022年杭州新型冠状病毒阳性病例中人鼻病毒的共感染特征分析
2
作者 程实 于新芬 +2 位作者 曹飞飞 周银燕 潘劲草 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2024年第3期299-303,共5页
目的了解新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)阳性病例中人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)的共感染特征及系统进化特征。方法使用实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR)对7... 目的了解新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)阳性病例中人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)的共感染特征及系统进化特征。方法使用实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR)对7213份2019-nCoV核酸阳性样本进行了包括HRV在内的10种常见呼吸道病毒检测,分析其共感染特征;对HRV核酸阳性样本进行了VP4/VP2基因片段测序并构建进化树,分析其系统进化特征。结果2019-nCoV核酸阳性样本中合并HRV感染最多,为97例,阳性率1.34%;其次是普通冠状病毒(coronavirus,CoV),为36例,阳性率0.50%。HRV共感染率与其他病毒相比,差异具有统计学意义(χ^(2)=318.09,P<0.001)。18岁以下组HRV共感染率最高,差异具有统计学意义(χ^(2)=36.77,P<0.001)。共感染HRV未呈现明显季节性。其中39株HRV基因片段测序成功(39/97,40.21%),进化树分析表明,10株被划分到HRV-A组,9株被划分到HRV-B组,20株被划分到HRV-C组。39份样本共检测到17个血清型,其中B6和C15为优势血清型,分别为6株(HRV-B中占比66.67%)和14株(HRV-C中占比70%),其他血清型呈散在分布。结论HRV是2019-nCoV核酸阳性病例中共感染率最高的病毒类呼吸道病原体,共感染率在18岁以下组最高。杭州地区2019-nCoV阳性病例中共感染的HRV-A组、HRV-B组和HRV-C组均有发现,血清型呈现多样性。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 人鼻病毒 共感染
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2010-2021年杭州市儿童埃可病毒感染及流行特征分析 被引量:1
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作者 邱晓枫 李钧 +3 位作者 张国忠 于新芬 潘劲草 赵刚 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期401-409,共9页
研究杭州市儿童感染埃可病毒(Echovirus,E)状况和流行病学特征。收集2010-2021年杭州市发热患儿咽拭子、肛拭子等临床样本。首先通过实时荧光RT-PCR试剂盒进行肠道病毒(Enterovirus,EV)通用筛查。选取Ct值≤30且EV-A71、CVA16、CVA6、CV... 研究杭州市儿童感染埃可病毒(Echovirus,E)状况和流行病学特征。收集2010-2021年杭州市发热患儿咽拭子、肛拭子等临床样本。首先通过实时荧光RT-PCR试剂盒进行肠道病毒(Enterovirus,EV)通用筛查。选取Ct值≤30且EV-A71、CVA16、CVA6、CVA10均为阴性的EV阳性核酸样本,用普通PCR方法扩增EV VP1序列。获得VP1序列通过GenBank进行BLAST比对,确定埃可病毒血清型,并对埃可病毒优势血清型构建遗传进化树。通过回顾性调查埃可病毒阳性患儿的临床资料进行流行病学特征分析。采用卡方检验对埃可病毒阳性患儿的采样时间、年龄、性别等进行分组比较。本研究共收集临床样本7 835份,获得EV通用阳性样本数共计2 023份。选取827份Ct值≤30且EV-A71、CVA16、CVA6、CVA10均为阴性的EV通用核酸阳性样本;共检出埃可病毒68份,8个血清型,阳性率为8.22%;分别为21份E30、12份E9、13份E6、7份E11、11份E18、2份E25、1份E7、1份E3。春、夏、秋、冬四季的埃可病毒阳性率分别为4.37%、21.03%、1.75%、1.22%。0~4岁、4~7岁、7~14岁患儿的埃可病毒阳性数分别为29、23、16,在EV阳性病例中的阳性率分别为5.24%、10.09%、34.78%。男、女童埃可病毒阳性率分别为9.48%、6.13%。埃可病毒阳性患儿临床诊断主要以急性上呼吸道感染为主,有29例占42.65%;其次是病毒性脑炎25例占36.76%;再是手足口病11例占16.18%。构建E30遗传进化树,发现杭州21株E30病毒株有多个不同进化分支,可能存在不同的流行传播链。E30杭州株之间核苷酸和氨基酸序列相似性分别为88.0%~100.0%、97.3%~100.0%。2010-2021年期间,夏季是杭州市儿童埃可病毒感染的高发季;建议医疗机构在夏季加强埃可病毒监测,有效预防和控制夏季埃可病毒引起的疫情暴发流行。 展开更多
关键词 埃可病毒 发热儿童 病毒性脑炎 手足口病 VP1基因 流行病学
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2016-2022年杭州流感病毒流行特征及儿童流感重症感染特征分析
4
作者 于新芬 周银燕 +4 位作者 杨旭辉 邱晓枫 曹飞飞 程实 李钧 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期769-775,共7页
目的了解儿童流感流行特征及流感重症的感染特征。方法收集2016年1月—2022年9月严重急性呼吸道感染住院病例样本1600份,门诊流感样病例监测样本7660份。实时荧光PCR法检测流感病毒。并对流感住院重症病例样本及部分流感门诊病例样本进... 目的了解儿童流感流行特征及流感重症的感染特征。方法收集2016年1月—2022年9月严重急性呼吸道感染住院病例样本1600份,门诊流感样病例监测样本7660份。实时荧光PCR法检测流感病毒。并对流感住院重症病例样本及部分流感门诊病例样本进行其他呼吸道病毒的检测,分析其临床感染特征和合并感染特征。结果1600份严重急性呼吸道感染住院病例样本中,流感病毒阳性率为6.63%(106例),甲型H1N1、H3N2、B Victoria(BV)、B Yanagata(BY)的占比分别为49.06%(52/106)、17.92%(19/106)、29.25%(31/106)和3.77%(4/106)。7660份门诊病例中,流感阳性率为15.01%(1150例),甲型H1N1、H3N2、BV、BY的占比分别为22.17%(255/1150)、30.96%(356/1150)、41.39%(476/1150)和5.48%(63/1150)。甲型H1N1流感病毒更容易引起儿童流感重症,差异具有统计学意义(χ^(2)=37.978,P<0.001),而季节性H3N2和BV流感病毒不容易引起幼儿流感重症(χ^(2)=7.871,P=0.005;χ^(2)=5.948,P=0.015)。BY流感病毒在两种病例中的占比差异无统计学意义。流感重症主要发生在流感流行高峰季节。4种流感病毒引起儿童的临床感染特征无明显差异。106例流感重症中,其他呼吸道病毒的合并感染率为17.92%(19例),135例流感门诊病例中,其他呼吸道病毒合并感染率为34.81%(47/135),门诊病例合并感染率更高,且差异具有统计学意义(χ^(2)=10.734,P=0.001)。结论甲型H1N1流感病毒更容易引起儿童流感重症,季节性H3N2和BV型不易引起儿童流感重症。4种流感病毒引起的儿童临床感染特征无明显差异。其他呼吸道病毒的合并感染不是引发儿童流感重症的主要危险因素。 展开更多
关键词 流感病毒 流感重症 临床特征 合并感染
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杭州地区7株重排乙型流感病毒基因组特征分析 被引量:1
5
作者 赵盼 赵刚 +4 位作者 倪赞 于新芬 邱晓枫 周银燕 李钧 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期341-350,共10页
目的研究杭州地区2014—2020年乙型流感流行情况并分析7株乙型流感病毒重排株遗传进化特征。方法收集2014年1月—2020年12月杭州地区流感样病例16 943例, 通过实时荧光定量PCR法检测乙型流感病毒, 使用特异性引物扩增阳性样本的8个基因... 目的研究杭州地区2014—2020年乙型流感流行情况并分析7株乙型流感病毒重排株遗传进化特征。方法收集2014年1月—2020年12月杭州地区流感样病例16 943例, 通过实时荧光定量PCR法检测乙型流感病毒, 使用特异性引物扩增阳性样本的8个基因片段(PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、MP和NS)进行纳米孔三代测序并分析其遗传进化特征。结果 2014年1月—2020年12月杭州地区共鉴定了乙型流感病毒阳性样本1 090份, 总阳性率6.43%(1 090/16 943)。其中乙型Yamagata支系474份, 乙型Victoria支系616份。采用高通量测序获得乙型流感病毒全基因组228个, 发现7株乙型流感病毒重排株, 其中4株Yamagata系乙型流感病毒的NA基因与Victoria系乙型流感病毒重排, 2株Yamagata系乙型流感病毒(H644BY和H648BY)的NP和NA基因与Victoria系乙型流感病毒重排, 1株Victoria系乙型流感病毒的PB2、PB1、PA和NS基因与Yamagata系乙型流感病毒重排, 同时发现HA和NA基因存在多个抗原位点突变。结论 2014—2020年杭州地区乙型流感病毒出现多株罕见重排株, 具有潜在流行风险, 需改进传统检测方法并密切关注乙型流感病毒的变异重排情况及其与疫苗株的匹配度。 展开更多
关键词 乙型流感病毒 基因组 重排 遗传进化 神经氨酸酶
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儿童急性呼吸道感染病原学特征分析 被引量:38
6
作者 于新芬 寇宇 +4 位作者 周银燕 李钧 钱昕 杨旭辉 潘劲草 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2018年第2期160-165,共6页
目的了解门诊和住院儿童急性呼吸道感染病例中呼吸道病毒和肺炎支原体、衣原体的流行特征,为防控急性呼吸道感染、指导临床用药奠定基础。方法采集2011—2013年杭州某儿童医院呼吸道门诊病例咽拭子、住院病例气管吸取物。采用实时荧光... 目的了解门诊和住院儿童急性呼吸道感染病例中呼吸道病毒和肺炎支原体、衣原体的流行特征,为防控急性呼吸道感染、指导临床用药奠定基础。方法采集2011—2013年杭州某儿童医院呼吸道门诊病例咽拭子、住院病例气管吸取物。采用实时荧光PCR方法,对收集到的样本进行呼吸道病毒和肺炎支原体、衣原体的核酸检测。结果本研究908例病例中,610例检出至少1种病原体,总的病原体检出率为67.2%(610/908),住院患儿检出率(76.7%)显著高于门诊患儿(43.0%)(χ^2=94.79,P〈0.001)。206例检出2种或2种以上病原体,住院患儿合并感染率(29.0%)高于门诊患儿(6.6%)(χ2=52.34,P〈0.001)。呼吸道合胞病毒、副流感病毒、鼻病毒、流感病毒、博卡病毒、腺病毒、saffold心肌炎病毒及肺炎支原体、衣原体在两组病例间检出率的差异均有统计学意义。住院病例中,检出率最高的是呼吸道合胞病毒(34.5%),其次是肺炎支原体(15.0%)、鼻病毒(14.6%);门诊病例中,检出率最高的是腺病毒(15.2%),其次是流感病毒(11.7%)、副流感病毒(7.8%)。住院病例中除了呼吸道合胞病毒和流感病毒外,其他病原合并感染率均大于其单一感染率。腺病毒在门诊和住院病例中的合并感染率差异具有统计学意义(χ^2=18.90,P〈0.001)。未发现住院病例单一感染与合并感染临床特征的显著性差异。结论住院病例呼吸道病原体的检出率较门诊病例高,多种病原体合并感染在住院病例中较常见,提示合并感染和疾病的严重程度有一定相关性。 展开更多
关键词 儿童 急性呼吸道感染 门诊病例 住院病例 合并感染
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杭州地区2014—2019年乙型流感病毒HA和NA基因遗传进化分析 被引量:8
7
作者 钱昕 于新芬 +2 位作者 李钧 周银燕 文艳苹 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期523-529,共7页
目的研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10481例,用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒,同时选取部分乙型流感病毒... 目的研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10481例,用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒,同时选取部分乙型流感病毒阳性样本,用特异性引物扩增HA和NA基因,进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果发现自2014年以来,杭州地区每年都有乙型流感病毒的流行。其中5~14岁年龄段人群发病率最高。2014—2019年,杭州地区流行的Victoria系乙型流感病毒都属于V1A进化簇,而Yamagata系乙型流感病毒都属于Y3进化簇。HA和NA基因的序列一致性分别为94.67%~100.00%和97.13%~100.00%,并在多个抗原位点发生了改变,同时出现了重排株。结论乙型流感病毒在杭州地区流感流行中影响显著。2014—2019年,杭州地区乙型流感病毒出现了抗原变异和基因重排,流行株和疫苗株之间存在不匹配的情况,但目前并未发现耐药株的出现和流行。 展开更多
关键词 乙型流感病毒 血凝素 神经氨酸酶 遗传进化
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杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例病毒全基因组序列测定及分析 被引量:7
8
作者 俞骅 王旭初 +7 位作者 李钧 钱昕 于新芬 孙昼 陈珺芳 考庆君 汪皓秋 潘劲草 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期486-490,共5页
目的:分析杭州市首例感染新型冠状病毒(2019-nCoV)病例病毒全基因组序列特征。方法:采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本,对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测,对病毒进行高通量基因组测序;从美国国... 目的:分析杭州市首例感染新型冠状病毒(2019-nCoV)病例病毒全基因组序列特征。方法:采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本,对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测,对病毒进行高通量基因组测序;从美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中获取29条(分别来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰)2019-nCoV基因组序列和其他物种来源的30条β冠状病毒基因组进行系统发育分析。对15株武汉地区毒株基因组以突变位点进行分组,鉴定其他地区相同和特异性突变位点。结果:获得29833 bp长度的杭州首例感染2019-nCoV病例病毒的基因组序列,覆盖病毒编码区全长。系统发育分析表明,该病毒与云南蝙蝠中分离到的严重急性呼吸综合征样冠状病毒RaTG13株最为接近,相似性为96.11%;相较其他基因,E基因间相似性最高(99.56%),而编码病毒表面刺突蛋白的S基因间相似性最低(92.87%)。与来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰的29株2019-nCoV基因组序列进行比对,相似性均大于99.9%,但在一些毒株中也发现了一些单位点核苷酸多态性。结论:杭州首例感染2019-nCoV病例病毒基因组序列和来自国内外疫情早期病毒基因组高度近源。 展开更多
关键词 基因组 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎
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2012—2017年杭州地区甲型H3N2流感病毒HA和NA基因遗传进化分析 被引量:5
9
作者 钱昕 于新芬 +4 位作者 李钧 寇宇 周银燕 文艳苹 王旭初 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期18-23,共6页
目的了解2012—2017年杭州地区甲型H3N2流感病毒的流行情况以及血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征。方法收集2012年1月至2017年12月间杭州地区流感样病例12185例,实时RT-PCR检测甲型H3N2流感病毒,同时选取部分甲型H3N2... 目的了解2012—2017年杭州地区甲型H3N2流感病毒的流行情况以及血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征。方法收集2012年1月至2017年12月间杭州地区流感样病例12185例,实时RT-PCR检测甲型H3N2流感病毒,同时选取部分甲型H3N2流感病毒阳性样本,用特异性引物扩增HA和NA基因,进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果自2012年以来,杭州地区每年都有甲型H3N2流感病毒的流行。不同年龄段人群发病率存在统计学差异,趋势性卡方检验发现,随着年龄增长,发病率显著提高(Z=81.039,P<0.05)。2012年以来,杭州地区流行的甲型H3N2流感病毒主要属于3C.3a和3C.2a两个进化簇。HA和NA基因的序列一致性均为96.7%~100%,但在多个抗原位点发生了突变。结论甲型H3N2流感病毒在杭州地区流感流行中具有重要地位。2012—2017年,杭州地区甲型H3N2流感病毒抗原变异明显,但目前并未发现耐药株的出现和流行。 展开更多
关键词 甲型H3N2流感病毒 血凝素 神经氨酸酶 遗传进化
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2016-2018年杭州市健康人群风疹IgG抗体水平调查 被引量:8
10
作者 刘艳 许玉洋 +5 位作者 张学潮 袁寒艳 孙向珏 陈俊 于新芬 张小平 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2020年第5期517-520,共4页
目的评估2016-2018年杭州市健康人群风疹抗体水平。方法采用分层随机抽样方法选择杭州市11个年龄组健康人群,采用酶联免疫吸附试验检测血清风疹IgG抗体,分析抗体阳性率和几何平均浓度(GMC)。结果杭州市健康人群风疹IgG抗体总阳性率为80.... 目的评估2016-2018年杭州市健康人群风疹抗体水平。方法采用分层随机抽样方法选择杭州市11个年龄组健康人群,采用酶联免疫吸附试验检测血清风疹IgG抗体,分析抗体阳性率和几何平均浓度(GMC)。结果杭州市健康人群风疹IgG抗体总阳性率为80.42%(801/996),GMC为101.87IU/mL。各年龄组人群风疹IgG抗体阳性率在35.56%(<1岁组)-97.62%(2岁组)之间(χ^2=165.38,P<0.001),GMC在59.52IU/mL(15-19岁组)-210.92IU/mL(1岁组)之间(F=5.75,P<0.001)。在有含风疹成分疫苗(RCV)免疫史人群中,风疹IgG抗体阳性率、GMC分别从免疫后<1年的95.97%、203.42IU/mL下降到免疫后≥10年的85.71%、50.03IU/mL(χ^2=32.11,P<0.001;F=12.77,P<0.001)。结论杭州市健康人群总体风疹抗体水平较高,但随着随年龄增长或RCV免疫后时间延长而下降,需探讨成人风疹免疫策略。 展开更多
关键词 风疹 IGG抗体 健康人群
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2018年杭州市登革热流行病学及病原特征研究 被引量:4
11
作者 文艳苹 汪皓秋 +3 位作者 于新芬 张国忠 周银燕 钱昕 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期119-125,共7页
目的了解2018年杭州市登革热疫情的流行病学及病原特征。方法应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,并对阳性标本进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及进化分析;描述病例的时间、人群和地区分布特征。结果2018年杭州市... 目的了解2018年杭州市登革热疫情的流行病学及病原特征。方法应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,并对阳性标本进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及进化分析;描述病例的时间、人群和地区分布特征。结果2018年杭州市共检测登革热病例80例,其中输入性病例55例,本地病例25例(DENV-124例,DENV-31例)。本地病例集中在7月下旬—10月上旬,68%的病例年龄在50岁以上。E基因进化分析表明,本地病例余杭分离株、江干-上城分离株、钱塘新区分离株均属DENV-1基因Ⅰ型,分别与2015年印度尼西亚毒株、2017年缅甸毒株、2018年宁波毒株及2018年杭州的泰国输入性病例毒株最接近。另一DENV-3本地毒株为基因Ⅲ型,与2013年新加坡毒株同源性最高,核苷酸序列一致性为99.5%。结论杭州市登革热流行以输入性病例为主。输入病例引起本地暴发的风险较高,疫情呈多点输入引起多点小规模暴发的特点。 展开更多
关键词 登革热 登革病毒 E基因 进化分析
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杭州市儿童急性呼吸道Saffold心病毒感染的临床特征及流行病学分析 被引量:4
12
作者 于新芬 潘劲草 +4 位作者 杨旭辉 刘小东 寇宇 李钧 周银燕 《中华临床感染病杂志》 2018年第2期96-101,共6页
目的 了解杭州地区Saffold心病毒(SAFV)在急性呼吸道感染(ARI)患儿中的临床特征和流行病学特征.方法 收集2011年3月至2014年2月浙江大学医学院附属儿童医院呼吸道门诊和住院病例共1060例.其中门诊病例采集咽拭子256份,住院病例采集... 目的 了解杭州地区Saffold心病毒(SAFV)在急性呼吸道感染(ARI)患儿中的临床特征和流行病学特征.方法 收集2011年3月至2014年2月浙江大学医学院附属儿童医院呼吸道门诊和住院病例共1060例.其中门诊病例采集咽拭子256份,住院病例采集气管吸取物804份.实时荧光PCR扩增SAFV的5'UTR基因片段.采用SPSS 17.0软件分析检测结果和临床资料.结果ARI门诊患儿和住院患儿样本中SAFV的检出率分别是2.3%(6/256)和13.2%(106/804),两者相比差异具有统计学意义(χ^2=24.147,P〈0.01).住院病例中,〈1岁、1~〈3岁、3~〈6岁和6~12岁患儿阳性检出率分别为14.0%、11.2%、11.1%和8.3%,各年龄组间相比,差异无统计学意义(χ^2=1.845,P〉0.05);男性和女性患儿 SAFV 检出率分别为12.7%和17.7%(χ^2=0.279,P 〉0.05);按季节划分,SAFV检出率最高的是秋季(21.2%),其次是春季(14.6%),冬季(9.5%)和夏季(8.8%)检出率相对较低(χ^2=15.625,P〈0.01).106例SAFV阳性住院患儿中,81例存在合并感染,合并感染率为76.4%.6例门诊病例中,4例存在合并感染,合并感染率为66.7%.住院病例中,与SAFV合并感染率最高的是呼吸道合胞病毒(36.8%),其次为鼻病毒(27.4%)、偏肺病毒(10.4%)和副流感病毒(10.4%).ARI患儿中,SAFV阳性病例的发热率低于SAFV阴性病例(χ^2=4.069,P〈0.05).结论 杭州地区ARI住院患儿中SAFV的检出率显著高于门诊患儿,SAFV感染均以合并感染为主.SAFV在杭州地区的流行呈现一定地方流行模式. 展开更多
关键词 心病毒属 Saffold心病毒 呼吸病毒感染 流行特征
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临床细菌与H3N2流感病毒共感染特征及病毒血凝素裂解位点的变异研究 被引量:2
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作者 于新芬 李钧 +2 位作者 钱昕 寇宇 潘劲草 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期359-364,共6页
目的了解流感样病例中临床细菌与H3N2流感病毒共感染及病毒血凝素(HA)裂解位点的变异特征。方法收集2013年1月至2018年12月的流感样病例样本12250份,实时荧光PCR检测H3N2流感病毒。选取部分流感阳性病例样本,采用实时荧光PCR的方法进行... 目的了解流感样病例中临床细菌与H3N2流感病毒共感染及病毒血凝素(HA)裂解位点的变异特征。方法收集2013年1月至2018年12月的流感样病例样本12250份,实时荧光PCR检测H3N2流感病毒。选取部分流感阳性病例样本,采用实时荧光PCR的方法进行金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和B型流感嗜血杆菌的检测,分析其临床感染特征。分离流感病毒,RT-PCR扩增病毒HA,测序,构建进化树,并分析裂解位点氨基酸变异特征。结果2013年以来,每年都有H3N2流感病毒的流行,H3N2在流感阳性病例中的占比为44.69%。随机选取2013—2018年间流感流行高峰的H3N2阳性病例样本295份,29.2%的病例存在临床细菌感染。对分离到的210株H3N2流感病毒进行HA裂解位点测序,68株存在变异,其中63株为K342R单氨基酸位点变异,裂解位点由PEKQTR转变为PERQTR。裂解位点未变异样本的细菌共感染率为31.25%(45/144),裂解位点变异样本的细菌感染率为23.53%(16/68),二者的差异没有统计学意义(χ2=1.34,P>0.05)。杭州地区流行的H3N2流感病毒主要属于3C.3a和3C.2a两个进化簇,裂解位点发生K342R变异的病毒属于3C.3a进化簇。结论H3N2流感病毒在杭州地区的流感病毒流行中占据重要地位。流感阳性病例存在着一定程度的细菌共感染。裂解位点变异具有一定的地域流行特征,但与细菌共感染没有显著相关性。 展开更多
关键词 H3N2型流感病毒 细菌 共感染 HA裂解位点变异
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杭州市呼吸道合胞病毒引起幼儿园急性呼吸道感染暴发疫情调查 被引量:1
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作者 杨旭辉 于新芬 +5 位作者 张晨烨 王芬 朱雷 蒋龙芳 王婧 刘牧文 《中国学校卫生》 CAS 北大核心 2022年第1期142-145,共4页
目的分析呼吸道合胞病毒感染引起的儿童急性呼吸道感染暴发疫情的特点,并对防控工作予以总结和评价,为集体单位呼吸道感染暴发疫情防控提供依据。方法采用现场流行病学调查的方法对杭州市两起疫情进行调查,采用描述流行病学的方法对资... 目的分析呼吸道合胞病毒感染引起的儿童急性呼吸道感染暴发疫情的特点,并对防控工作予以总结和评价,为集体单位呼吸道感染暴发疫情防控提供依据。方法采用现场流行病学调查的方法对杭州市两起疫情进行调查,采用描述流行病学的方法对资料进行分析;采用PCR方法对标本进行检测,并对呼吸道合胞病毒核酸阳性的标本进行测序。结果两起疫情均发生在幼儿园,A幼儿园发病21例,持续11 d,B幼儿园发病43例,持续33 d,流行曲线呈现增殖模式。病例集中在托班和小班,年龄2~4岁为主。症状以发热、咳嗽为主,主要为上呼吸道感染,未发现重症病例。采集病例上呼吸道标本检测,为呼吸道合胞病毒阳性,对4份标本进行测序,为B亚群。结论幼儿园急性呼吸道感染暴发时要考虑呼吸道合胞病毒,注意与其他呼吸道感染引起的暴发疫情的鉴别,控制措施要严格,避免疫情长久持续。 展开更多
关键词 呼吸道合胞病毒 呼吸道感染 疾病暴发流行 儿童
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大流行后杭州地区甲型H1N1流感病毒的流行及其支系更替特征分析
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作者 李钧 赵刚 +4 位作者 于新芬 邱晓枫 肖骁 周银燕 张国忠 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期609-614,共6页
目的通过分析甲型H1N1流感病毒[A(H1N1)pdm09]本地流行株的支系更替特征,了解并掌握A(H1N1)pdm09亚型流感病毒在当地的流行情况,比较历年流感疫苗与本地流行株支系的匹配程度,为本地区流感的防控策略微调提供基础数据支持。方法对2009—... 目的通过分析甲型H1N1流感病毒[A(H1N1)pdm09]本地流行株的支系更替特征,了解并掌握A(H1N1)pdm09亚型流感病毒在当地的流行情况,比较历年流感疫苗与本地流行株支系的匹配程度,为本地区流感的防控策略微调提供基础数据支持。方法对2009—2020年期间A(H1N1)pdm09病毒本地流行情况进行统计分析,对随机选取的覆盖12个连续监测年度、10次流行高峰的208株代表性流行株进行血凝素基因(HA)全序列测定。通过与疫苗株和各支系参考株的序列比对,分析其基因变异情况、遗传进化和流行株支系更替特征。结果自2009年大流行以来,A(H1N1)pdm09亚型成为了本地近10年来最主要的季节性流感之一,常常与甲型H3N2、乙型流感共同流行。在2009—2020年连续12个监测年度里,由A(H1N1)pdm09亚型引起的流感流行高峰高达10次。通过HA基因序列分析发现,本地A(H1N1)pdm09亚型流行株支系来源复杂,变异切换快速。各个流行高峰的流行株与北半球当季流感疫苗推荐株相比较,常常出现因支系更替所造成遗传距离增加的现象。结论本研究提示每年更新疫苗推荐株非常必要,同时需要加强对A(H1N1)pdm09病毒流行和支系更替等特征的监测和分析,结果对指导下个流行季A(H1N1)pdm09流感病毒流行的防控具有重要参考价值。 展开更多
关键词 流感病毒 甲型H1N1亚型 血凝素 支系
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2016-2020年浙江省杭州市健康人群麻疹IgG抗体水平调查
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作者 刘艳 王富良 +8 位作者 许玉洋 张晓峰 祝绯飞 陈俊 赵俊 于新芬 张学潮 张小平 王晓臻 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1294-1298,共5页
目的评估2016—2020年浙江省杭州市健康人群麻疹抗体水平。方法采用分层随机抽样方法,选择杭州市11个年龄组健康人群,采用酶联免疫吸附试验检测血清麻疹IgG抗体,分析抗体阳性率和几何平均浓度(GMC)。结果杭州市健康人群麻疹IgG抗体总阳... 目的评估2016—2020年浙江省杭州市健康人群麻疹抗体水平。方法采用分层随机抽样方法,选择杭州市11个年龄组健康人群,采用酶联免疫吸附试验检测血清麻疹IgG抗体,分析抗体阳性率和几何平均浓度(GMC)。结果杭州市健康人群麻疹IgG抗体总阳性率为89.48%(1488/1663),GMC为851.94 mIU/mL。各年龄组人群麻疹IgG抗体阳性率在58.28%(<1岁组)~98.01%(3~4岁组)(χ^(2)=198.70,P<0.001),GMC在573.44 mIU/mL(<1岁组)~1682.98 mIU/mL(1岁组)(F=23.12,P<0.01)。0、1、≥2剂次、含麻疹成分疫苗(MCV)免疫史不详的人群,麻疹IgG抗体阳性率分别为55.26%、89.19%、93.32%、91.00%(χ^(2)=155.21,P<0.01),GMC分别为418.20、1536.88、966.59、735.17 mIU/mL(F=21.68,P<0.001)。在有MCV免疫史人群中,麻疹IgG抗体阳性率、GMC分别从免疫后<1年的91.59%、1644.70 mIU/mL下降到免疫后≥10年的87.65%、649.03 mIU/mL。结论杭州市健康人群总体麻疹抗体水平较高,人群免疫水平与地区、年龄、免疫史相关,并随MCV接种后时间的延长而下降,需探讨成人麻疹免疫策略。 展开更多
关键词 麻疹 IGG抗体 健康人群
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杭州市儿童埃可病毒IgM抗体检测结果
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作者 邱晓枫 周银燕 +1 位作者 于新芬 寇宇 《预防医学》 2021年第2期168-169,173,共3页
目的分析杭州市儿童埃可病毒(ECHOV)IgM抗体检测结果,为防控ECHOV提供依据。方法通过杭州市乙脑网络实验室、重症手足口病疫情调查、麻疹网络实验室和人群免疫水平调查收集2010—2016年杭州市病毒性脑炎、不明原因发热及健康儿童的血清... 目的分析杭州市儿童埃可病毒(ECHOV)IgM抗体检测结果,为防控ECHOV提供依据。方法通过杭州市乙脑网络实验室、重症手足口病疫情调查、麻疹网络实验室和人群免疫水平调查收集2010—2016年杭州市病毒性脑炎、不明原因发热及健康儿童的血清和(或)脑脊液标本,采用酶联免疫吸附试验检测ECHOV IgM抗体,分析不同采样季节、年龄和性别儿童的ECHOV IgM抗体水平。结果共纳入506份标本,ECHOV IgM抗体阳性30份,阳性率为5.93%。病毒性脑炎、不明原因发热和健康儿童的ECHOV IgM抗体阳性率分别为14.44%、3.98%和4.17%,差异有统计学意义(P<0.05)。春、夏、秋和冬季儿童ECHOV IgM抗体阳性率分别为3.10%、12.65%、2.92%和1.35%,差异有统计学意义(P<0.05)。0~<4岁、4~<7岁和7~14岁儿童ECHOV IgM抗体阳性率分别为1.32%、10.95%和5.80%,差异有统计学意义(P<0.05)。男童和女童ECHOV IgM抗体阳性率分别为7.47%和4.00%,差异无统计学意义(P>0.05)。结论杭州市儿童ECHOV IgM抗体阳性率为5.93%,夏季和4~<7岁儿童ECHOV IgM抗体阳性率较高。 展开更多
关键词 埃可病毒 IGM抗体 病毒性脑炎 儿童
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Environmental connections of novel avian-origin H7N9 influenza virus infection and virus adaptation to the human 被引量:33
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作者 LI Jun yu xinfen +10 位作者 PU XiaoYing XIE Li SUN YongXiang XIAO HaiXia WANG FenJuan DIN Hua WU Ying LIU Di ZHAO GuoQiu LIU Jun PAN JingCao 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2013年第6期485-492,共8页
A novel H7N9 influenza A virus has been discovered as the causative identity of the emerging acute respiratory infection cases in Shanghai,China.This virus has also been identified in cases of infection in the neighbo... A novel H7N9 influenza A virus has been discovered as the causative identity of the emerging acute respiratory infection cases in Shanghai,China.This virus has also been identified in cases of infection in the neighboring area Hangzhou City in Zhejiang Province.In this study,epidemiologic,clinical,and virological data from three patients in Hangzhou who were confirmed to be infected by the novel H7N9 influenza A virus were collected and analyzed.Human respiratory specimens and chicken feces from a contacted free market were tested for influenza virus by real-time reverse transcription PCR(RT-PCR) and sequencing.The clinical features of the three cases were similar featured with high fever and severe respiratory symptoms;however,only one of the patients died.A certain degree of diversity was observed among the three Hangzhou viruses sequenced from human samples compared with other reported H7N9 influenza A viruses.The sequences of the novel avian-origin H7N9 influenza viruses from Hangzhou City contained important amino acid substitutions related to human adaptation.One of the Hangzhou viruses had gained a novel amino acid substitution(Q226I) in the receptor binding region of hemagglutinin.More importantly,the virus sequenced from the chicken feces had a 627E substitution in the PB2 protein instead of the mammalian-adapted 627K substitution that was found in the PB2 proteins from the Hangzhou viruses from the three patients.Therefore,the newly-emerging H7N9 virus might be under adaptation pressure that will help it "jump" from avian to human hosts.The significance of these substitutions needs further exploration,with both laboratory experiments and extensive field surveillance. 展开更多
关键词 H7N9 influenza A virus human adaptation EPIDEMIOLOGY SUBSTITUTION
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