一株猕猴源唾液乳杆菌对DSS诱导的结肠炎小鼠的影响

目的基于课题组先前分离获得的一株猕猴Macaca mulatta源唾液乳杆菌Lactobacillus salivarius MK0901,探究该菌对动物结肠炎的影响。方法通过葡聚糖硫酸钠(DSS)构建结肠炎小鼠模型,比较MK0901组(DSS处理+MK0901菌液)、LGG组(DSS处理+LGG菌液)、模型组(DSS处理+无菌生理盐水)和空白对照组(灌胃无菌生理盐水)的生理生化表现和肠道菌群之间的差异。结果与模型组比较,MK0901组的体重增加、脾脏指数下降、结肠组织溃疡程度降低、炎症因子(TNF-α和IL-6)水平显著下降(P<0.01)、肠道菌群结构更趋近于正常水平、肠道细菌多样性和益生性菌群丰度增高。结论MK0901可抑制由DSS诱导产生的炎症反应,改善肠道菌群结构,具有良好的益生性能,是具有开发潜力的益生菌候选菌株,为防治圈养猕猴的溃疡性结肠炎提供了一个潜在的解决方案。

四川兽类新记录——小黑姬鼠

2020年6月和11月在四川老君山国家级自然保护区进行小型兽类调查时,捕捉到43只姬鼠属Apodemus动物标本。基于形态和分子鉴定,确定这批标本为小黑姬鼠Apodemus nigrus,是四川省新记录。

美洲大蠊提取物促组织修复作用机制研究进展

基础研究和临床实验都已证实康复新液等美洲大蠊Periplaneta americana提取物对烧伤、外伤、溃疡和术后创面修复等具有良好的治疗效果。本文综述了美洲大蠊提取物促组织修复作用机制,主要包括降低炎症反应、提高免疫和抗氧化活性、调节细胞生长因子表达、调控创面愈合相关信号通路等,为阐明美洲大蠊促修复作用的分子机制及其开发利用提供了科学参考。

基于微卫星和线粒体的四川白水河国家级自然保护区林麝遗传多样性研究

林麝Moschus berezovskii是国家一级重点保护野生动物。本研究从林麝基因组和已发表的微卫星位点中筛选到7个适合林麝粪便DNA扩增的四碱基微卫星位点,建立了林麝的个体识别体系。在四川白水河国家级自然保护区20条监测样线中共收集到林麝粪便46份,基于微卫星个体识别鉴定到30只个体,使用微卫星和线粒体D-Loop进行多样性评估,结果显示,7个微卫星位点的平均期望杂合度和观察杂合度分别为0.602和0.563,4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,且均表现为杂合不足。线粒体D-Loop遗传多样性检测结果显示,保护区林麝单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.7213和0.02344,表明保护区林麝遗传多样性处于中等水平。基于个体识别、样线调查和保护区适宜栖息地计算出保护区样线内林麝的平均密度为4.39头·km^(-2),保护区内约有1090头林麝。本研究为保护区林麝的遗传资源保护提供了重要的基础资料。

四川山鹧鸪基因组中内源性逆转录病毒的分析

内源性逆转录病毒(ERV)是插入到宿主基因组中的、可以稳定遗传的病毒基因组,能够在宿主体内表达和复制,调节插入位点附近的基因表达,以及抑制同源病毒的感染。从四川山鹧鸪Arborophila rufipectus基因组中确定了3 962个全长ERV拷贝,其中4个具有完整的结构,72个具有自我复制的能力,554个含有gag、pol或env基因所编码的蛋白质结构域。根据逆转录酶序列的相似性,确定了7个ERV家族,并依据与其他物种的相似性对家族进行了命名。其中,AruERV-L包含122个ERV拷贝,为拷贝数最多的家族。7个ERV家族的年龄分布在0~12百万年,其中AruERV-K1是最年轻的家族,其约86%的拷贝年龄在1百万年以内。

美洲大蠊胸腺素对小鼠毛发生长的影响研究

目的以C57BL/6小鼠为动物模型,观察美洲大蠊Periplaneta americana胸腺素对小鼠毛发生长及生长周期的影响。方法将背部脱毛的C57BL/6小鼠分为PBS组(空白处理)、THY1组(给药浓度500μg·mL^(-1))、THY2组(给药浓度500μg·mL^(-1))、THY3组(给药浓度500μg·mL^(-1))和Tβ4组(给药浓度500μg·mL^(-1)),连续给药18 d,记录小鼠皮肤颜色变化时间、脱毛区毛发生长状况以及毛囊组织学特征和毛囊数目的变化。通过实时荧光定量PCR法检测胰岛素样生长因子-1(IGF-1)、β-连环蛋白(β-catenin)和基质金属蛋白酶-2(MMP-2)的表达水平。结果与PBS组相比,给药组小鼠脱毛后皮肤颜色由粉红变黑的时间更短,毛囊数量均明显更多,且给药组小鼠毛发生长更快。在给药第6天,THY1组和THY3组的β-catenin表达明显高于PBS组;给药第18天,THY2组的MMP-2表达明显高于PBS组,且THY1组的IGF-1表达明显高于PBS组。结论美洲大蠊胸腺素可以促进C57BL/6小鼠的毛发生长,可能通过提高β-catenin、MMP-2和IGF-1的表达来调控小鼠的毛囊发育与毛发生长。

美洲大蠊microRNA的初步研究

美洲大蠊Periplaneta americana是一种世界性的卫生害虫,但其提取物有较高的药用价值。本研究对饲养的雌雄美洲大蠊成虫进行microRNA测序,分别在雄性和雌性中得到12 155 616条和9 847 263条序列。序列长度主要为18～23 nt,且在22 nt和29 nt处有2个峰值。将所得序列与数据库(NCBI、Rfam)进行比对注释,最终在雄性成虫中鉴定到57种已知的microRNA和152种潜在的新microRNA,在雌性成虫中鉴定到53种已知的microRNA和94种潜在的新microRNA。差异表达分析发现只有一种microRNA:miR-750在雌雄之间差异表达,其在雌虫中表达量显著高于雄虫。本研究首次在基因组水平研究了美洲大蠊microRNA的组成并对其功能进行了预测,为其后续研究奠定了基础。

基于转录组测序的大熊猫多态性微卫星标记筛选

结合已公布的大熊猫Ailuropoda melanoleuca基因组和本实验室所测6只大熊猫的转录组数据,筛选多态性微卫星位点并分析其组成及特征。结果显示:共获得326个多态性微卫星位点,其中二碱基多态性微卫星最多,共228个,占69.93%;三、四、五、六碱基所占比例分别为9.51%、14.11%、5.21%、1.22%。根据分析结果中缺失率与标准差2项指标以及位点序列长度,选取20个多态性二碱基微卫星位点,用于25只大熊猫个体血液DNA进行PCR验证并做后续分析。结果表明:不同位点的等位基因数为2~8,平均等位基因数为3.70,观测杂合度、期望杂合度分别为0~1.000、0.280~0.784,平均值分别为0.472和0.532。在Bonferroni校正后,证实4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,所有位点未观察到显著连锁不平衡(P>0.01)。20个位点多态信息含量(PIC)在0.246~0.734,其中具有高度多态性的位点9个(PIC>0.50),11个位点呈中度多态性(0.25<PIC<0.50)。本研究筛选的微卫星位点有助于评估大熊猫的遗传多样性和种群结构,并制定有效的保护和管理策略。该方法也可为后续开发更多优良微卫星位点用于大熊猫种群遗传学研究提供资源。

使用SPE软件筛选绿尾虹雉微卫星引物及其在亲缘关系鉴定上的应用

圈养绿尾虹雉Lophophorus lhuysii多为一雄配多雌,但由于雄鸟更换,雌鸟产蛋期交错,且无特定产蛋位,导致亲子关系难以确认。本研究从绿尾虹雉基因组中广泛筛选微卫星位点,得到13对引物。采用微卫星PCR引物特异性鉴定程序(SPE)对引物序列进行评估,排除1例PCR产物长度相近的特殊多位点扩增。利用获得的12个微卫星标记在18份绿尾虹雉蛋壳/羽毛DNA样品中进行遗传多样性分析,同时以其中15份蛋壳样品(2018-2019年搜集)为检材,进行了亲缘(同胞)关系鉴定。结果表明,这12个微卫星标记可用于绿尾虹雉亲缘关系的鉴定,对提高小种群的维持能力,保持种群遗传多样性具有重要意义。

基于DNA条形码的四川老君山国家级自然保护区尺蛾科昆虫种类鉴定

为了解四川老君山国家级自然保护区鳞翅目Lepidoptera尺蛾科Geometridae资源,于2019年6—8月和2020年5—6月通过灯诱法采集2402号标本,运用DNA条形码技术对标本进行分子鉴定。通过BOLD数据库,邻接法构建系统发育树和ABGD在线工具对获得的297条线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列进行物种界定,结合BOLD和GenBank中70条相关种序列共367条COⅠ基因序列分析遗传距离。发现297条序列隶属于191种,其中95种鉴定到种,35种鉴定到属;鉴定到属或种水平的序列隶属于92属。计算遗传距离发现,种内遗传距离为0~4.36%,平均种内遗传距离为0.63%,种间遗传距离为3.43%~19.12%,平均种间遗传距离为11.91%。结果表明,保护区尺蛾科昆虫种类丰富,基于COⅠ基因的DNA条形码技术能有效区分尺蛾科物种。

美洲大蠊胸腺素THY3的表达模式分析

美洲大蠊Periplaneta americana胸腺素基因具有THY1、THY2和THY3三个不同剪接体,其中THY3结构域最多。本研究使用实时荧光定量PCR技术比较分析了THY3在美洲大蠊不同性别、不同发育阶段及不同组织中的表达差异,以及大肠杆菌Escherichia coli诱导对美洲大蠊血淋巴和脂肪体中THY3表达的影响。结果表明:THY3在成虫期的表达量显著高于其他虫期,雌虫表达量显著高于雄虫,脂肪体表达量显著高于血淋巴、头部、肌肉、体壁组织。雌性成虫体腔注射大肠杆菌3 h后血淋巴中THY3表达量显著增高,而在脂肪体中12 h后才检测到THY3表达明显上调,研究结果为进一步研究美洲大蠊胸腺素的功能打下了基础。

四川山鹧鸪的转录组组装和注释

四川山鹧鸪Arborophila rufipectus是中国特有的珍稀濒危鸟类。本研究对1只成年雄性四川山鹧鸪个体的心脏、肝脏和肾脏进行了转录组测序、组装和注释。其原始序列过滤后分别产生了5.70 G、4.60 G和5.16 G数据。286661条转录本经过Trinity组装并去掉冗余后共得到234488个基因。BUSCO评估组装完整性为97.6%。81.29%的unigenes不包含开放阅读框(ORF),16.43%的包含1个ORF,而2.28%的包含2个及以上ORF。70737个基因在NR、GO、KEGG、Swiss和COG数据库获得注释结果,占比30.17%,其中NR数据库的注释结果占比最高(29.27%),而COG数据库的注释结果最低(4.37%)。5个数据库共同注释到的基因6998个,NR数据库中单独注释到的基因最多(23773个)。本研究为四川山鹧鸪功能基因的挖掘提供了基础数据,并为保护该物种提供了遗传数据。

幼年早期和成年大熊猫胰腺组织miRNA初步研究

大熊猫Ailuropoda melanoleuca是独特的食肉目Carnivora动物,幼年早期以母乳为食,成年却严格以竹子为食。为探究microRNA(miRNA)对大熊猫幼年早期及成年营养利用及代谢的调控作用,对2只幼年早期和2只成年大熊猫的胰腺组织进行了small RNA测序分析,鉴定了202个保守miRNA和8个新miRNA。保守miRNA差异表达分析中,在成年组中显著上调39个、显著下调38个。成年大熊猫胰腺组织中miR-27a、miR-370和miR-122的差异表达与脂质代谢有关;miR-1上调有利于其氨基酸代谢水平的提高;miR-363、miR-382、miR-494及miR-127下调促进了其能量代谢过程,这些均与mRNA分析结果一致。此外,鉴定出36个仅在幼年早期个体中表达的miRNA,其功能与蛋白质和脂质等大分子化合物的合成有关。这些结果表明,miRNA可能与大熊猫营养利用及代谢调控有关。

草地贪夜蛾嗅觉相关分子机制初探

为了鉴定草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)嗅觉受体相关基因,进一步挖掘其在进化与功能上的信息,基于已发表的草地贪夜蛾基因组数据,利用TBLASTN同源搜索的方法从基因组中鉴定得到63条嗅觉受体OR基因,对其进行GO及KEGG功能注释,再与8种鳞翅目昆虫的OR基因进行比较分析。结果表明,草地贪夜蛾与甜菜夜蛾(S. exigua)有16条OR在进化树上属同一分支。其中,6条(SfruOR-us2854、SfruOR-chr7.4、SfruOR-chr5.1、SfruORus9235、SfruOR-us6215、SfruOR-chr1.2)可能具有性别特异性;与家蚕性信息素受体BmorOR42属同一支的2条OR(SfruOR-chr5.2、SfruOR-chr17.5)可能具有性信息素识别功能。

DNA barcoding of 18 species of Bovidae

Genetic divergences of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I genes,known as DNA barcodes,have been used in species identification in the animal kingdom.Barcodes can assist field workers and taxonomists to determine groups in need of taxa analysis,and facilitate the recognition of appropriate populations and scales for conservation planning.In this study,18 species of Bovidae were selected to evaluate the effectiveness of DNA barcoding for species differentiation.The results showed that all but 2 species had unique DNA barcodes.The mean intraspecific variation was 0.63%,yielding a threshold of 6.3% for flagging putative species.The results supported the inference that barcode variation within species of mammals is somewhat higher than within other animal groups.The present study validated the effectiveness of barcoding for the identification of bovid species.