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RYR1基因突变和表达异常在胃癌发生发展中作用机制研究
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作者 刘晨冉 程亚楠 +2 位作者 王妍 尉迟之光 于津浦 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期271-280,共10页
目的:探讨RYR1基因与胃癌发生发展的相关性以及RYR1促进胃癌恶性进展的作用机制。方法:分析TCGA数据库胃癌患者数据,并回顾性选取2010年12月至2012年12月就诊于天津医科大学肿瘤医院的81例胃癌患者的组织样本进行高通量靶向测序和转录... 目的:探讨RYR1基因与胃癌发生发展的相关性以及RYR1促进胃癌恶性进展的作用机制。方法:分析TCGA数据库胃癌患者数据,并回顾性选取2010年12月至2012年12月就诊于天津医科大学肿瘤医院的81例胃癌患者的组织样本进行高通量靶向测序和转录组测序(TJMUCH队列),收集临床病理信息,比较RYR1基因突变与表达之间相关性,分析RYR1基因对胃癌患者预后的影响,构建RYR1过表达细胞系探索RYR1促进胃癌发生发展的作用机制。结果:在TCGA数据库胃癌患者中,亚洲人群RYR1突变率更高(12.68%vs. 8.13%),在TJMUCH队列胃癌患者中,RYR1基因突变率位于第9位,突变率为33.33%。RYR1突变与表达水平显著负相关(P=0.006 9,P<0.000 1),但RYR1高表达患者的总生存期显著差于低表达RYR1患者(P=0.009 0,P=0.042 0)。RYR1的过表达会促进细胞增殖、迁移、侵袭,减少凋亡,且可下调胃癌细胞对化疗药物的敏感性。抑制RYR1介导的钙离子过度释放可以抑制其恶性生物学行为,并逆转化疗耐药。结论:RYR1基因在亚洲胃癌患者中突变率较高,RYR1突变与表达水平显著负相关,RYR1高表达是胃癌新的预后预测标志物。RYR1过表达可增加内质网钙离子释放而促进胃癌恶性进展,并产生化疗抵抗。靶向阻断RYR1活性可抑制胃癌细胞的增殖、迁移和侵袭,并逆转化疗药抵抗,为胃癌的联合治疗提供新思路。 展开更多
关键词 胃癌 RYR1基因 基因突变 基因表达 钙离子
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突变特征在肿瘤临床中的应用进展
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作者 程亚楠(综述) 于津浦(审校) 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期138-142,共5页
高通量测序技术的快速发展将癌症基因组学的研究带入了一个新领域。癌症基因组中的体细胞突变是由多个突变过程引起的,每个突变过程都可能会产生特征性的突变特征。这些突变特征为个体癌症的病因研究提供了新的思路,揭示了影响癌症发生... 高通量测序技术的快速发展将癌症基因组学的研究带入了一个新领域。癌症基因组中的体细胞突变是由多个突变过程引起的,每个突变过程都可能会产生特征性的突变特征。这些突变特征为个体癌症的病因研究提供了新的思路,揭示了影响癌症发生发展的内源性和外源性因素。此外,突变特征与临床诊疗的联系日益紧密,其可以作为癌症的生物标志物以及治疗疗效预测和预后判断的指标。本文从突变特征与肿瘤病因、分子分型、疗效预测、预后判断以及肿瘤起源等方面进行综述,以期为临床诊疗提供参考。 展开更多
关键词 突变特征 肿瘤 病因 治疗 预后
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靶向高通量测序在非小细胞肺癌中的临床应用 被引量:8
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作者 程亚楠 叶英楠 +4 位作者 董莉 韩雷 刘芃芃 张蕊 于津浦 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期582-588,共7页
目的:对8种与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)个性化治疗高度相关的驱动基因进行检测,分析基因变异与临床病理特征的关系。方法:收集天津医科大学肿瘤医院2016年6月至2017年8月212例NSCLC患者样本,对EGFR、KRAS、BRAF、... 目的:对8种与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)个性化治疗高度相关的驱动基因进行检测,分析基因变异与临床病理特征的关系。方法:收集天津医科大学肿瘤医院2016年6月至2017年8月212例NSCLC患者样本,对EGFR、KRAS、BRAF、ALK、MET、ERBB2、ROS1、RET 8种基因进行高通量测序。结果:8种基因中EGFR基因变异率高达52.8%,其次为KRAS(8.5%)、ALK(8.0%)、ERBB2(6.1%)、MET(3.8%)、BRAF(1.4%)、RET(0.9%)、ROS1(0.9%),75%样本检出至少1个驱动基因变异,驱动基因变异间呈现强烈互斥。最常见的EGFR突变为19外显子缺失和L858R突变,EGFR T790M突变与前面两个突变位点伴随出现。19外显子缺失患者携带非EGFR T790M突变比例低于L858R突变患者携带非EGFR T790M突变比例(P=0.04)。15.2%EGFR突变伴EGFR扩增,携带EGFR扩增且EGFR突变率>40%患者比例高于无EGFR扩增且EGFR突变率>40%患者(P<0.01)。女性、不吸烟、腺癌患者易发生EGFR特别是EGFR敏感突变(P<0.01)。肺腺癌(P=0.013)、临床分期晚(P=0.048)、淋巴结转移(P=0.027)患者携带EGFR扩增比例高。男性(P=0.009)、左侧肺癌(P=0.048),吸烟患者(P=0.037)KRAS突变发生率较高。携带非KRAS突变、ALK融合的患者更年轻(P=0.005,P=0.031),而携带KRAS突变患者年龄较高(P=0.055)。结论:高通量测序可同时高效检测NSCLC患者中8种与靶向治疗相关驱动基因的变异谱,为临床医生的个体化诊疗提供参考,以多基因为基础的高通量测序为NSCLC诊疗提供更多的可能性。 展开更多
关键词 高通量测序 非小细胞肺癌 驱动基因 个体化诊疗
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Benefit of everolimus as a monotherapy for a refractory breast cancer patient bearing multiple genetic mutations in the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway 被引量:6
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作者 Yehui Shi Wenwen Zhang +6 位作者 Yingnan Ye yanan cheng Lei Han Pengpeng Liu Weipeng Zhao Zhongsheng Tong Jinpu Yu 《Cancer Biology & Medicine》 SCIE CAS CSCD 2018年第3期314-321,共8页
A postmenopausal patient with a diagnosis of estrogen receptor(ER)(+), progesterone receptor(PR)(+), and human epidermal growth factor receptor-2(HER2)(-) breast cancer was reported. The patient refused surgery and wa... A postmenopausal patient with a diagnosis of estrogen receptor(ER)(+), progesterone receptor(PR)(+), and human epidermal growth factor receptor-2(HER2)(-) breast cancer was reported. The patient refused surgery and was resistant to conventional chemotherapy regimens. Computed tomography and the circulating tumor cell test indicated that the patient's tumor burden increased rapidly even after several chemotherapy sessions. Multiple genetic aberrances in the phosphatidylinositol3-kinases(PI3 K) signaling pathway were detected via next-generation sequencing(NGS)-based liquid biopsy, including a p. G1007 R missense mutation in exon 21 of PIK3 CA(33.61%), a p.L70 fs frameshift mutation in exon 3 of phosphatase and tension homolog deleted on chromosome ten(PTEN)(49.14%), and a p. D1542 Y missense mutation in exon 32 of mammalian target of rapamycin(m TOR)(1.66%). Therefore, only the m TOR inhibitor everolimus was administered to the patient. Partial remission(PR) was observed after 2 months, and sustained stable disease(SD) was observed after a year and a half. Subsequent sequencing showed that the mutation ratio of PIK3 CA decreased to 4.17%, and that the PTEN and m TOR mutations disappeared, which revealed the significant curative effect of everolimus. We report the first case of successful monotherapy treatment using everolimus in a patient with advanced breast cancer bearing mutations in genes involved in the PI3 K/ARK/m TOR signaling pathway. The success of this case highlights the invaluable clinical contribution of NGS-based liquid biopsy, as it successfully provided an optimal therapeutic target for the patient with advanced breast cancer. 展开更多
关键词 Breast cancer EVEROLIMUS next-generation sequencing liquid biopsy PI3K/AKT/MTOR
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肿瘤大基因包高通量测序在临床中的应用进展 被引量:5
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作者 程亚楠 于津浦 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期94-98,共5页
随着高通量测序技术的推进、大数据处理分析水平的提升,以及基于各种分子标记物的靶向治疗和免疫治疗抗肿瘤活性的表现,以高通量测序和大数据为基础的诊疗逐渐应用于临床,不同基因数的基因包(panel)检测为肿瘤诊疗提供依据。本文就高通... 随着高通量测序技术的推进、大数据处理分析水平的提升,以及基于各种分子标记物的靶向治疗和免疫治疗抗肿瘤活性的表现,以高通量测序和大数据为基础的诊疗逐渐应用于临床,不同基因数的基因包(panel)检测为肿瘤诊疗提供依据。本文就高通量测序panel的分类,大panel在肿瘤诊断、靶向治疗、免疫治疗中的应用以及大panel在临床应用中所遇到的问题进行综述,旨在为其在临床上的应用提供参考,促进精准医疗推广应用。 展开更多
关键词 高通量测序 大panel 免疫治疗 靶向治疗 肿瘤突变负荷
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甲状腺良恶性结节的基因变异差异比较 被引量:3
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作者 张润娇 董莉 +4 位作者 刘芃芃 张蕊 韩雷 程亚楠 于津浦 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2021年第13期656-663,共8页
目的:应用二代测序和生物信息学方法探究甲状腺癌与良性结节的基因变异差异,在分子层面对甲状腺良恶性结节进行鉴别。方法:收集2014年12月至2018年5月天津医科大学肿瘤医院187例甲状腺癌患者的甲状腺结节以及81例癌旁正常甲状腺样本的DN... 目的:应用二代测序和生物信息学方法探究甲状腺癌与良性结节的基因变异差异,在分子层面对甲状腺良恶性结节进行鉴别。方法:收集2014年12月至2018年5月天津医科大学肿瘤医院187例甲状腺癌患者的甲状腺结节以及81例癌旁正常甲状腺样本的DNA和RNA,根据B超和细针穿刺活检/病理学结果将样本分为癌组织和可疑良性结节。通过二代测序技术进行基因变异检测。利用生物信息学方法,对检测结果进行分析。结果:共检出突变位点476个,累计突变基因40个,主要包括驱动基因、DNA损伤修复基因、免疫相关基因、染色体重塑相关基因和激素相关基因等。突变类型包括错义突变、框移突变、插入/缺失突变和无义突变。甲状腺癌的基因变异特征与可疑良性结节存在显著性差异(均P<0.05),其中BRAF、ZNF717、TERT、GGT1、CHEK2、OTUD4、RET蛋白激酶域的突变占比和基因融合的发生频率均显著高于可疑良性结节,而且RET蛋白激酶域突变和GGT1突变均与甲状腺癌淋巴结转移呈正相关(均P<0.05)。检出融合类型14例,包括CCDC6-RET、NCOA4-RET、ETV6-NTRK3和TPM3-NTRK1共4种融合类型。结论:甲状腺癌的基因变异特征与可疑良性结节存在显著性差异,虽然癌组织和可疑良性结节在部分基因的突变占比上无显著性差异,但是在癌组织中BRAF、TERT、ZNF717、GGT1、CHEK2、OTUD4、RET、PI3K/Akt通路、AMPK通路相关基因以及融合基因的突变占比均显著高于可疑良性结节,上述变异基因可以作为潜在的生物标志物,在分子水平方面有效的区分恶性甲状腺结节和良性甲状腺结节。 展开更多
关键词 甲状腺癌 甲状腺良性结节 基因突变 基因融合 二代测序
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The mutation landscape of multiple cancer predisposition genes in Chinese familial/hereditary breast cancer families 被引量:1
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作者 Li Dong Hailian Zhang +10 位作者 Huan Zhang Yingnan Ye yanan cheng Lijuan Li Lijuan Wei Lei Han Yandong Cao Shixia Li Xishan Hao Juntian Liu Jinpu Yu 《Cancer Biology & Medicine》 SCIE CAS CSCD 2022年第6期850-870,共21页
Objective:Approximately 5%–10%of breast cancer(BC)patients display familial traits that are genetically inherited among the members of a family.The purpose of this study was to profile the germline mutations in 43 ge... Objective:Approximately 5%–10%of breast cancer(BC)patients display familial traits that are genetically inherited among the members of a family.The purpose of this study was to profile the germline mutations in 43 genes with different penetration rates and their correlations with phenotypic traits in Chinese familial BC families.Methods:Ion Torrent S5™-based next generation sequencing was conducted on 116 subjects from 27 Chinese familial BC families.Results:Eighty-one germline mutations in 27 BC predisposition genes were identified in 82.8%(96/116)of the cases.Among these,80.8%of the mutated genes were related to DNA damage repair.Fourteen possible disease-causing variants were identified in 13 of 27 BC families.Only 25.9%(7/27)of the BC families exhibited hereditary deficiency in BRCA1/2 genes,while 22.2%of the BC families exhibited defects in non-BRCA genes.In all,41.7%(40/96)of the mutation carriers had BRCA mutations,88.5%(85/96)had non-BRCA mutations,and 30.2%(29/96)had both BRCA and non-BRCA mutations.The BC patients with BRCA mutations had a higher risk of axillary lymph node metastases than those without mutations(P<0.05).However,the BC patients with non-BRCA mutations frequently had a higher occurrence of benign breast diseases than those without mutations(P<0.05).Conclusions:In addition to BRCA1/2,genetic variants in non-BRCA DNA repair genes might play significant roles in the development of familial/hereditary BC.Therefore,profiling of multiple BC predisposition genes should be more valuable for screening potential pathogenic germline mutations in Chinese familial/hereditary BC. 展开更多
关键词 Familial breast cancer predisposition genes DNA damage repair genes clinical features
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国人卵巢癌DNA损伤修复基因突变图谱分析
8
作者 叶英楠 王珂 +4 位作者 董莉 程亚楠 韩雷 张蕊 于津浦 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2022年第23期1207-1214,共8页
目的:同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)基因BRCA1/2在卵巢癌的发生发展中起到了重要作用,相关研究比较深入,而对于其他DNA损伤修复(DNA-damage repair,DDR)基因突变在中国卵巢癌人群中的分布及其与患者临床特征之间... 目的:同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)基因BRCA1/2在卵巢癌的发生发展中起到了重要作用,相关研究比较深入,而对于其他DNA损伤修复(DNA-damage repair,DDR)基因突变在中国卵巢癌人群中的分布及其与患者临床特征之间的关系仍缺乏详细的探讨。方法:本研究纳入2019年6月至2020年6月在天津医科大学肿瘤医院接受手术治疗的卵巢癌患者122例,收集其外周血样本和67例对应肿瘤组织标本,利用二代测序技术检测19个DDR基因的变异情况、分布特点和临床病理相关性。结果:胚系DDR基因突变主要集中在HRR基因,占80.37%,致病性和可能致病性突变全部集中在HRR基因。携带胚系HRR(germline HRR,gHRR)突变的患者较BRCA突变的更多(31.15%vs.23.77%),且呈现家族聚集现象,病理类型以浆液性腺癌为主,并与铂类药物敏感性相关。肿瘤组织层面DDR基因突变中HRR基因突变率仅次于TP53,占39.39%。检出肿瘤组织HRR(tumor HRR,tHRR)突变的患者较gHRR突变的患者多5.97%。tHRR突变患者对铂类药物治疗敏感,且复发风险更低。结论:揭示中国卵巢癌DDR基因突变特征,提示基于二代测序的DDR多基因检测可指导卵巢癌患者的精准诊疗。 展开更多
关键词 卵巢癌 DNA损伤修复基因 二代测序 基因检测
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Battery Energy Storage System Information Modeling Based on IEC 61850
9
作者 Nan Wang Wei Liang +1 位作者 yanan cheng Yunfei Mu 《Journal of Power and Energy Engineering》 2014年第4期233-238,共6页
This paper discourses the typical ways to access system of the battery energy storage system. To realize the battery energy storage system based on IEC 61850, hierarchical information architecture for battery energy s... This paper discourses the typical ways to access system of the battery energy storage system. To realize the battery energy storage system based on IEC 61850, hierarchical information architecture for battery energy storage system is presented, the general design and implementation methods for device information model are elaborated, and the communication methods of the architecture are proposed. Example of battery energy storage system information model based on IEC 61850 tests that the battery energy storage system information architecture established is feasible. 展开更多
关键词 IEC 61850 BATTERY ENERGY STORAGE System INFORMATION MODELING
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Effects of Saikosaponin-D on syndecan-2,matrix metalloproteinases and tissue inhibitor of metalloproteinases-2 in rats with hepatocellular carcinoma 被引量:13
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作者 Xiaoli Jia Shuangsuo Dang +4 位作者 yanan cheng Xin Zhang Mei Li Yaping Li Siyuan Li 《Journal of Traditional Chinese Medicine》 SCIE CAS CSCD 2012年第3期415-422,共8页
OBJECTIVE:To investigate effects of Saikosaponin D(SSd) on syndecan-2,matrix metalloproteinases(MMPs) and tissue inhibitor of metalloproteinases-2(TIMP-2) in livers of rat with hepatocellular carcinoma(HCC).METHODS:Ma... OBJECTIVE:To investigate effects of Saikosaponin D(SSd) on syndecan-2,matrix metalloproteinases(MMPs) and tissue inhibitor of metalloproteinases-2(TIMP-2) in livers of rat with hepatocellular carcinoma(HCC).METHODS:Male SD rats were divided into control(n=10),model(n=20) and SSd(n=20) groups,and model and SSd groups given intragastric 0.2%(w/v) N-diethylnitrosamine to induce HCC.SSd group received 0.03%(w/v) SSd in saline.Liver samples were analysed immunohistochemically for syndecan-2,MMP-2,MMP-13 and TIMP-2 at 16 weeks.RESULTS:The model group had more malignant nodules than the SSd group;all model-group HCC cells were grade III;SSd-group HCC cells were grades I-II.Controls showed normal hepatic cell phenotypes and no syndecan-2 + staining.Syndecan-2 + staining was greater in the model group(35.2%,P≤0.001) than in controls or the SSd group(16.5%,P ≤ 0.001).The model group had more intense MMP-2 + staining than controls(0.37 vs 0.27,P≤0.01) or the SSd group(0.31 vs 0.37,P≤0.05);and higher MMP-13 + staining(72.55%) than in controls(12.55%,P≤0.001) and SSd group(20.18%,P≤0.01).The model group also had more TIMP-2 + staining(57.2%) than controls(20.9%,P≤0.001) and SSd group(22.7%,P≤0.001).Controls and SSd group showed no difference in TIMP-2 + rates.CONCLUSION:SSd inhibited HCC development,and downregulated expression of syndecan-2,MMP-2,MMP-13 and TIMP-2 in rat HCC liver tissue. 展开更多
关键词 Carcinoma Hepatocellular SAIKOSAPONIN Syndecan-2 Matrix metalloproteinases Tissue inhibitor of metalloproteinase inhibitor-2
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药品与个人护理品生物降解研究进展 被引量:2
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作者 程亚楠 丁腾达 +2 位作者 钱毅光 李猛 李菊英 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期2151-2164,共14页
药品与个人护理品(Pharmaceuticals and personal care products,PPCPs)包括各种处方药和非处方药(如各类抗生素、人工合成麝香、止痛药、降压药、避孕药、催眠药和减肥药等)与个人护理用品(如化妆品、香料、遮光剂、发胶、染发剂和杀... 药品与个人护理品(Pharmaceuticals and personal care products,PPCPs)包括各种处方药和非处方药(如各类抗生素、人工合成麝香、止痛药、降压药、避孕药、催眠药和减肥药等)与个人护理用品(如化妆品、香料、遮光剂、发胶、染发剂和杀菌剂等)。作为一类新兴环境微污染物,PPCPs因具有潜在的环境毒理学效应和人体健康风险逐渐受到人们的广泛关注。有关PPCPs的生物降解研究已展开了大量的工作并取得了较大进展。文中总结概括了目前国内外PPCPs生物降解方法、功能菌种类、PPCPs的生物降解特性及产物组成与降解途径等,分析了PPCPs微生物降解机理,并对PPCPs生物降解的研究方向进行了展望。 展开更多
关键词 药品与个人护理品 生物降解 降解途径 功能菌
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