目的:应用Tandem mass tag(TMT)技术联合高内涵筛选(HCS)寻找潜在的胃癌相关基因。方法:利用TMT技术从胃癌及癌旁组织中筛选差异表达蛋白质,应用GO和KEGG数据库进行注释和信号通路富集并结合PubMed数据库结果,筛选出胃癌中未见或较少报...目的:应用Tandem mass tag(TMT)技术联合高内涵筛选(HCS)寻找潜在的胃癌相关基因。方法:利用TMT技术从胃癌及癌旁组织中筛选差异表达蛋白质,应用GO和KEGG数据库进行注释和信号通路富集并结合PubMed数据库结果,筛选出胃癌中未见或较少报道的上调目的基因。通过shRNA技术敲减基因,HCS技术比较敲减对细胞增殖的影响,筛选出肿瘤增殖相关基因并通过检测mRNA含量、克隆形成和CCK8进行验证。结果:通过TMT从胃癌和癌旁组织定量到差异表达蛋白1008个(上调649个,下调359个),25个目的基因敲减后HCS结果显示SF3B4敲减抑制细胞增殖,验证发现SF3B4是潜在的胃癌细胞增殖相关基因。结论:TMT技术结合HCS为肿瘤相关基因的筛选提供新的可能性。本研究提示SF3B4是潜在的胃癌增殖相关基因,为研究胃癌发生机制提供新线索。展开更多
[目的]通过网络药理学及分子对接分析木防己汤治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure,CHF)的具体机制并进行验证。[方法]使用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analys...[目的]通过网络药理学及分子对接分析木防己汤治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure,CHF)的具体机制并进行验证。[方法]使用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)获取木防己汤的主要有效成分及治疗靶点,同时使用人类基因数据库(Human Gene Database,GeneCards)数据库、药物靶标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)、人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、药品数据与药物靶点(DrugBank)、遗传药理学与药物基因组学数据库(Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base,PharmGkb)等数据库获取CHF的相关基因,并通过Cytoscape 3.9软件构建木防己汤-靶点-CHF网络;对获取的治疗靶点分别进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)分析、基因本体(gene ontology,GO)富集分析及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析,最后使用AutoDockVina、PyMol软件对木防己汤治疗CHF主要成分及核心靶点进行分子对接验证。[结果]共获取木防己汤主要有效成分32个,治疗靶点326个,CHF相关基因10693个,木防己汤治疗CHF靶点104个。KEGG分析显示脂质与动脉粥样硬化、肿瘤受体激活、神经活性配体与受体相互作用、阿尔茨海默病、钙信号通路排名靠前。拓扑分析结果显示木防己汤治疗CHF核心靶点为热休克蛋白90α家族A类成员1(heat shock protein 90ɑfamily class A member 1,HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)。分子对接结果显示木防己汤治疗CHF关键靶点与主要活性成分对接良好。[结论]木防己汤治疗CHF具有多靶点、多通路的特点,其治疗机制涉及HSP90AA1、PTGS2等蛋白,本研究为CHF相关生物实验研究及新药开发提供了临床支持及理论参考。展开更多
文摘目的:应用Tandem mass tag(TMT)技术联合高内涵筛选(HCS)寻找潜在的胃癌相关基因。方法:利用TMT技术从胃癌及癌旁组织中筛选差异表达蛋白质,应用GO和KEGG数据库进行注释和信号通路富集并结合PubMed数据库结果,筛选出胃癌中未见或较少报道的上调目的基因。通过shRNA技术敲减基因,HCS技术比较敲减对细胞增殖的影响,筛选出肿瘤增殖相关基因并通过检测mRNA含量、克隆形成和CCK8进行验证。结果:通过TMT从胃癌和癌旁组织定量到差异表达蛋白1008个(上调649个,下调359个),25个目的基因敲减后HCS结果显示SF3B4敲减抑制细胞增殖,验证发现SF3B4是潜在的胃癌细胞增殖相关基因。结论:TMT技术结合HCS为肿瘤相关基因的筛选提供新的可能性。本研究提示SF3B4是潜在的胃癌增殖相关基因,为研究胃癌发生机制提供新线索。
文摘[目的]通过网络药理学及分子对接分析木防己汤治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure,CHF)的具体机制并进行验证。[方法]使用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)获取木防己汤的主要有效成分及治疗靶点,同时使用人类基因数据库(Human Gene Database,GeneCards)数据库、药物靶标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)、人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、药品数据与药物靶点(DrugBank)、遗传药理学与药物基因组学数据库(Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base,PharmGkb)等数据库获取CHF的相关基因,并通过Cytoscape 3.9软件构建木防己汤-靶点-CHF网络;对获取的治疗靶点分别进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)分析、基因本体(gene ontology,GO)富集分析及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析,最后使用AutoDockVina、PyMol软件对木防己汤治疗CHF主要成分及核心靶点进行分子对接验证。[结果]共获取木防己汤主要有效成分32个,治疗靶点326个,CHF相关基因10693个,木防己汤治疗CHF靶点104个。KEGG分析显示脂质与动脉粥样硬化、肿瘤受体激活、神经活性配体与受体相互作用、阿尔茨海默病、钙信号通路排名靠前。拓扑分析结果显示木防己汤治疗CHF核心靶点为热休克蛋白90α家族A类成员1(heat shock protein 90ɑfamily class A member 1,HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)。分子对接结果显示木防己汤治疗CHF关键靶点与主要活性成分对接良好。[结论]木防己汤治疗CHF具有多靶点、多通路的特点,其治疗机制涉及HSP90AA1、PTGS2等蛋白,本研究为CHF相关生物实验研究及新药开发提供了临床支持及理论参考。