期刊文献+
共找到12篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
蜜蜂球囊菌的microRNA鉴定及其调控网络分析 被引量:16
1
作者 郭睿 王海朋 +5 位作者 陈华枝 熊翠玲 郑燕珍 付中民 赵红霞 陈大福 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1077-1089,共13页
【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的micro RNAs miRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物... 【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的micro RNAs miRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【结果】本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18–25 nt之间,不同长度的mi RNA的首位碱基偏好性差异明显。Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在。共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库。进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路。Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs。【结论】本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础。 展开更多
关键词 蜜蜂 球囊菌 MICRORNA 靶基因 调控网络
原文传递
中华蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的microRNA应答分析 被引量:14
2
作者 杜宇 童新宇 +9 位作者 周丁丁 陈大福 熊翠玲 郑燕珍 徐国钧 王海朋 陈华枝 郭意龙 隆琦 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1747-1764,共18页
【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种能够侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)可通过在转录后水平靶向抑制或降解mRNA而参与宿主与病原互作过程。本研究旨在... 【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种能够侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)可通过在转录后水平靶向抑制或降解mRNA而参与宿主与病原互作过程。本研究旨在对球囊菌胁迫的中蜂6日龄幼虫肠道的差异表达miRNA(DEmiRNA)及其靶基因进行深入分析,进而揭示DEmiRNA在中蜂响应球囊菌胁迫应答过程中的作用。【方法】利用Illumina MiSeq平台对正常及球囊菌胁迫的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行测序,通过相关生物信息学软件预测DEmiRNA及其靶基因。通过Blast将靶基因注释到GO和KEGG数据库。利用Cytoscape软件构建DEmiRNA与其靶mRNA的调控网络。通过Stem-loop RT-PCR和qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】本研究共预测出537个miRNA,其长度分布介于16–35 nt之间,且不同长度的miRNA首位碱基偏向性差异明显。通过Stem-loop RT-PCR证实了10个novel miRNA的表达。AcCK vs AcT比较组共有54个DEmiRNA,包含31个上调和23个下调miRNA,可分别靶向结合6170和8199个靶基因。GO分类结果显示上调和下调miRNA的靶基因分别涉及47和47个条目,富集基因数最多的皆为结合细胞进程和催化活性。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果表明上调和下调miRNA的靶基因分别富集在134和126条pathway,富集基因数最多的均为内吞作用和内质网中的蛋白质加工。调控网络分析结果表明,DEmiRNA及其靶mRNA形成十分复杂的调控关系;31个DEmiRNA可靶向结合51个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNA,18个DEmiRNA可靶向结合14个与Jak-STAT信号通路相关的mRNA;miR-1277-x、miR-26-x、miR-27-y、miR-30-x、miR-6052-x等16个miRNA共同参与了上述两条免疫通路的调控。最后,随机挑选3个DEmiRNA进行qPCR验证,结果证明了测序数据的可靠性。【结论】本研究提供了中蜂幼虫肠道在球囊菌胁迫后期的miRNA的表达谱和差异表达信息,揭示了球囊菌与宿主之间在miRNA组学水平存在复杂的互作。miR-6052-x和miR-1277-x作为调控网络的核心可能通过影响细胞凋亡参与宿主的免疫防御,miR-26-x和miR-30-x可能通过调控Jak-STAT信号通路参与宿主的胁迫应答。本研究筛选出的关键DEmiRNA有望作为治疗白垩病的分子靶标。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 幼虫 球囊菌 MICRORNA 靶基因 调控网络
原文传递
基于第三代长读段测序数据解析蜜蜂球囊菌基因的可变剪切与可变腺苷酸化 被引量:11
3
作者 杜宇 王杰 +11 位作者 蒋海宾 王秀娜 范元婵 范小雪 祝智威 隆琦 张文德 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈大福 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期667-682,共16页
【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,导致的白垩病是严重影响养蜂生产的顽疾,每年给养蜂业造成较大损失。本研究旨在基于已获得的第三代长读段测序数据对球囊菌菌丝(Aam)和孢子(Aas)中... 【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,导致的白垩病是严重影响养蜂生产的顽疾,每年给养蜂业造成较大损失。本研究旨在基于已获得的第三代长读段测序数据对球囊菌菌丝(Aam)和孢子(Aas)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)进行深入分析。【方法】利用Astalavista软件鉴定Aam和Aas中基因的AS事件类型。利用IGV浏览器对部分剪切异构体(isoform)的结构进行可视化。通过TAPIS pipeline对Aam和Aas中基因的APA位点进行鉴定。通过MEME软件对Aam和Aas中全长转录本的APA位点上游50bp的序列特征进行分析并对motif进行鉴定。【结果】在Aam中共鉴定到286次AS事件,包括162次RI(Retained intron),87次A3(Alternative 3'splice-site)、32次A5(Alternative 5'splice-site)和5次SE (Skipping exon);在Aas中共鉴定到559次AS事件,包括305次RI、155次A3、85次A5、13次SE和1次MEE (Mutually exclusive exon)。进一步分析发现,现有参考基因组上的多数注释基因结构并不完整;部分注释基因在菌丝和孢子中转录形成的isoform在数量和结构方面均存在差异;部分isoform在参考基因组中没有对应的注释基因。Aam中共鉴定到2748个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有1个APA位点的基因数量最多(726,26.42%);Aas中共鉴定到2768个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有5个以上APA位点的基因数量最多(1180,42.63%)。部分基因在菌丝和孢子中含有不同的APA位点数。序列特征分析结果显示,球囊菌全长转录本的3'UTR的上下游表现出明显的碱基倾向性,U和A分别富集在3'UTR的上游和下游。此外,在球囊菌全长转录本的APA位点上游鉴定到4个motif,分别是UCUCCU、UCUUCU、CCCACC和CCCCCU。【结论】本研究通过对球囊菌菌丝和孢子中基因的AS和APA进行深入分析,揭示了球囊菌转录组的复杂性,为完善现有的基因组和转录组注释提供了宝贵信息,也为探究AS和APA在球囊菌的基因表达调控中的作用提供了关键基础。 展开更多
关键词 长读段测序 牛津纳米孔 蜜蜂球囊菌 可变剪切 可变腺苷酸化
原文传递
中华蜜蜂6日龄幼虫响应蜜蜂球囊菌侵染的长链非编码RNA应答研究 被引量:5
4
作者 杜宇 冯睿蓉 +10 位作者 王杰 祝智威 张文德 余岢骏 隆琦 蔡宗兵 解彦玲 熊翠玲 郑燕珍 陈大福 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1338-1358,共21页
【目的】本研究旨在探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫应答蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)侵染过程中的差异表达谱及调控作用。【方法】利用链特异性cDNA建库... 【目的】本研究旨在探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫应答蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)侵染过程中的差异表达谱及调控作用。【方法】利用链特异性cDNA建库的RNA-seq技术对未被侵染及球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行深度测序。通过相关生物信息学软件分析lncRNA的结构特征和表达谱。筛选并分析差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA)的顺式(cis)作用及竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。采用RT-qPCR验证测序数据及DElncRNA差异变化趋势的可靠性。【结果】AcCK和AcT共预测出642个已知lncRNA和487个新lncRNA。与蛋白编码基因相比,上述中蜂lncRNA外显子数更少、长度更短且表达量更低。43个antisense lncRNA与40个正义链mRNA之间互补配对。AcCK和AcT比较组包含367个上调lncRNA和268个下调lncRNA。有194个DElncRNA潜在调控461个上下游基因,并涉及细胞进程、代谢进程和催化活性等38个功能条目以及氨基酸代谢、内吞作用和MAPK等191条通路。此外,有180个DElncRNA可靶向结合50个DEmiRNA,进而调控6365个mRNA;三者之间形成较为复杂的ceRNA调控网络。【结论】中蜂6日龄幼虫肠道的部分lncRNA可作为antisense lncRNA参与应答球囊菌侵染;部分DElncRNA可通过cis作用调节物质代谢和免疫途径相关的上下游基因,从而介导宿主的侵染应答;TCONS_00010661和TCONS_00003104等DElncRNA可通过ceRNA网络调控Jak-STAT和氧化磷酸化等通路及富集基因,进而参与宿主的侵染应答。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 幼虫 蜜蜂球囊菌 长链非编码RNA 竞争性内源RNA 免疫应答
原文传递
蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中环状RNA的鉴定及比较分析 被引量:2
5
作者 陈华枝 蒋海宾 +10 位作者 祝智威 范元婵 许雅静 孙明会 刘佳美 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 陈大福 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1299-1314,共16页
【目的】本研究旨在明确蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)菌丝和孢子中环状RNA(circular RNA,circRNA)的数量、种类和表达谱差异,并探讨共有circRNA、特有circRNA和差异表达circRNA(differentially expressed circRNA,DEcircRNA... 【目的】本研究旨在明确蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)菌丝和孢子中环状RNA(circular RNA,circRNA)的数量、种类和表达谱差异,并探讨共有circRNA、特有circRNA和差异表达circRNA(differentially expressed circRNA,DEcircRNA)在菌丝与孢子中的潜在作用。【方法】基于前期获得的球囊菌菌丝(AaM)和孢子(AaS)的高质量RNA-seq数据,利用find_circ软件预测circRNA。通过Venn分析筛选AaM和AaS的共有circRNA和特有circRNA。根据P≤0.05且|log2 fold change|≥1的标准筛选AaM vs.AaS比较组的DEcircRNA。通过比对GO和KEGG数据库对circRNA的来源基因进行功能和通路注释。利用TargetFinder软件预测circRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的mRNA。采用Cytoscape软件对竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络进行可视化。通过RT-qPCR对DEcircRNA进行验证。【结果】AaM和AaS中分别含有13210156和19011000条短序列读段(anchors reads),其中分别有6124922和11392886条能够比对上球囊菌参考基因组。在AaM和AaS中分别鉴定到1868个和2225个circRNA,二者共有的circRNA为1098个,AaM的特有circRNA为770个,AaS的特有circRNA为1127个。AaM和AaS的circRNA长度主要介于1000–2000 nt,基因间区circRNA为主要环化类型。AaM vs.AaS比较组包含456个上调circRNA和97个下调circRNA。共有circRNA的来源基因可注释到29个功能条目和14类通路;AaM的特有circRNA的来源基因可注释到31个功能和17类通路;AaS的特有circRNA的来源基因可注释到34个功能条目和16类通路;DEcircRNA的来源基因可注释到29个功能条目和40条通路。调控网络分析结果显示,36个共有circRNA靶向4个miRNA进而调控6个与内吞作用通路相关的靶mRNA;4(255)个AaM(AaS)的特有circRNA靶向2(2)个miRNA进而调控8(2)个次级代谢产物生物合成通路相关的靶mRNA;9个DEcircRNA靶向2个DEmiRNA进而调控3个MAPK信号通路相关的DEmRNA。RT-qPCR结果显示10个DEcircRNA的表达趋势与测序数据一致,证实了测序数据的可靠性。【结论】球囊菌菌丝和孢子的共有circRNA、特有circRNA和DEcircRNA可能通过调控来源基因表达和充当ceRNA的方式调节球囊菌的物质和能量代谢、内吞作用、次级代谢产物生物合成和MAPK信号通路,进而影响球囊菌菌丝生长、孢子萌发和致病性。 展开更多
关键词 白垩病 蜜蜂球囊菌 菌丝 孢子 环状RNA 微小RNA 竞争性内源RNA
原文传递
侵染中华蜜蜂6日龄幼虫的蜜蜂球囊菌的微小RNA差异表达谱及调控网络 被引量:11
6
作者 熊翠玲 杜宇 +12 位作者 冯睿蓉 蒋海宾 史小玉 王海朋 范小雪 王杰 祝智威 范元婵 陈华枝 周丁丁 郑燕珍 陈大福 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期992-1009,共18页
【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaeraapis,简称球囊菌)是专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。MicroRNA(miRNA)作为一类重要的基因表达调控因子,能够广泛参与真菌及其宿主的相互作用过程。本研究通过比较分析球囊菌孢子(AaCK)和侵染中华蜜蜂(... 【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaeraapis,简称球囊菌)是专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。MicroRNA(miRNA)作为一类重要的基因表达调控因子,能够广泛参与真菌及其宿主的相互作用过程。本研究通过比较分析球囊菌孢子(AaCK)和侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫肠道内的球囊菌(AaT)的smallRNA(sRNA)组学数据对球囊菌的差异表达miRNA(differentiallyexpressed miRNA,DEmiRNA)、靶mRNA及二者间的调控网络进行全面解析,旨在揭示miRNA介导的球囊菌对中蜂幼虫的侵染机制。【方法】对于球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道的small RNA-seq(sRNA-seq)数据,利用BLAST工具连续比对东方蜜蜂(Apiscerana)和球囊菌的参考基因组筛滤得到AaT的sRNA组学数据。分别将AaCK和AaT的sRNA组学数据比对miRBase数据库,对球囊菌侵染宿主前后miRNA的数量和结构特征进行分析。联用RNAhybrid+svm_light、Miranda和TargetScan软件预测AaCK vs AaT比较组中DEmiRNA的靶mRNA,进而利用相关生物信息学软件对上述靶mRNA进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析。通过Cytoscape软件对DEmiRNA-mRNA调控网络进行可视化。利用Stem-loop RT-PCR、RT-qPCR和分子克隆验证测序结果的可靠性。【结果】在AaCK和AaT中分别鉴定到380和387个miRNA。结构特征分析结果显示,AaCK和AaT的mi RNA皆集中分布在18–25 nt,且首位碱基主要偏向于U。AaCKvsAaT比较组共有270个DEmiRNA,包含155个上调miRNA和115个下调miRNA,分别靶向结合6091和6145个mRNA。GO分类结果显示,上述靶mRNA主要涉及代谢进程、细胞进程、应激反应等15个生物学进程;细胞、细胞组分、细胞器等12个细胞组分;催化活性、结合、转运子活性等11个分子功能。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上述靶mRNA富集在123条代谢通路,参与对氨基酸代谢、碳水化合物代谢以及核苷酸代谢等物质代谢,氧化磷酸化、硫代谢、氮代谢等能量代谢,以及MAPK和Hippo等信号通路的调控。球囊菌DEmiRNA与靶mRNA之间存在复杂的调控关系,其中miR-29-x、miR-250-x、miR-4968-y、miR-11200-x、novel-m0023-5p、novel-m0130-5p和novel-m0135-5p等DEmiRNA可靶向结合与球囊菌的半胱氨酸蛋白酶、DNA甲基化转移酶以及几丁质酶相关的mRNA;此外,miR-7-x、miR-9-z、miR-319-y和miR-5951-y等同时参与调控MAPK信号通路;进一步分析发现,miR-250-x同时参与对DNA甲基化转移酶、MAPK信号通路及其他酶类合成与代谢途径的调控,并可能参与球囊菌与中蜂6日龄幼虫之间的跨界调控。通过Stem-loopRT-PCR和RT-qPCR验证了4个DEmiRNA的差异表达,并利用分子克隆和Sanger测序证实miR-7-x的序列与测序结果一致。【结论】本研究解析了侵染中蜂6日龄幼虫的球囊菌的miRNA差异表达谱及DEmiRNA的调控网络,揭示了球囊菌DEmiRNA可能通过调控病原的物质和能量代谢、增殖、毒力、信号通路及相关mRNA参与对中蜂幼虫的侵染过程。miR-7-x、miR-250-x、novel-m0023-5p等关键DEmiRNA有望作为白垩病治疗的新型分子靶点。 展开更多
关键词 蜜蜂球囊菌 中华蜜蜂 幼虫 微小RNA 调控网络 侵染机制 跨界调控
原文传递
中华蜜蜂6日龄幼虫响应蜜蜂球囊菌胁迫的环状RNA应答 被引量:8
7
作者 陈华枝 付中民 +11 位作者 王杰 祝智威 范小雪 蒋海宾 范元婵 周丁丁 李汶东 熊翠玲 郑燕珍 徐国钧 陈大福 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期2292-2310,共19页
【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)专性侵染蜜蜂幼虫而导致白垩病,危害蜜蜂健康和养蜂生产。本研究旨在探究中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫响应球囊菌胁迫的环状RNA(circular RNA,circRNA)差异表达谱... 【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)专性侵染蜜蜂幼虫而导致白垩病,危害蜜蜂健康和养蜂生产。本研究旨在探究中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫响应球囊菌胁迫的环状RNA(circular RNA,circRNA)差异表达谱及差异表达circRNA(differentially expressed circRNA,DEcircRNA)在宿主胁迫应答中的潜在功能。【方法】利用去除线性RNA的circRNA-seq技术对正常和球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行测序。利用findcirc软件鉴定circRNA,统计circRNA的长度和环化类型。根据|log2(Fold change)|≥1和P≤0.05的标准筛选DEcircRNA。将DEcircRNA的来源基因比对Gene ontology(GO)数据库和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库,从而获得功能及通路(pathway)注释。随机挑选3个DEcircRNA进行RT-qPCR验证。【结果】AcCK和AcT的circRNA-seq分别得到76342570和68269362条原始读段(raw reads),经严格质控得到74524108和66974392条有效读段(clean reads),Q30分别为92.75%和94%,GC含量分别为54.31%和54.90%。比对上东方蜜蜂(Apis cerana)参考基因组的短序列读段(anchor reads)共计23648400条。AcCK和AcT中分别鉴定到805和702个circRNA,长度均介于201–1000 nt,数量最多的环化类型均为已注释外显子circRNA,但分布在不同长度、不同环化类型的circRNA数量存在差异。AcCK vs AcT比较组共有494个DEcircRNA,包括257个上调circRNA和237个下调circRNA;上调和下调幅度最大的circRNA分别为novelcirc000123和novelcirc000726。上述DEcircRNA的来源基因可注释到11条生物学进程相关条目,9条分子功能相关条目,9条细胞组分相关条目,以及73条通路。进一步分析发现,部分DEcircRNA的来源基因注释到7条细胞免疫通路和3条体液免疫通路。【结论】中蜂6日龄幼虫响应球囊菌胁迫的过程中可能通过改变分布在不同长度和环化类型的circRNA数量,以及特异性表达一些circRNA和调节部分circRNA的表达量对病原产生应答;novelcirc000027、novelcirc000127、novelcirc000312等DEcircRNA在宿主的胁迫应答过程中可能通过调控氧化磷酸化、细胞和体液免疫等通路发挥特殊作用。研究结果为深入理解中蜂幼虫对球囊菌的胁迫应答机制及二者的相互作用机制提供了新见解。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 幼虫 环状RNA 非编码RNA 蜜蜂球囊菌 免疫应答
原文传递
基于small RNA组学分析揭示意大利蜜蜂响应东方蜜蜂微孢子虫胁迫的免疫应答机制 被引量:8
8
作者 陈华枝 熊翠玲 +11 位作者 祝智威 王杰 范小雪 蒋海宾 范元婵 万洁琦 卢家轩 郑燕珍 付中民 徐国钧 陈大福 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1458-1478,共21页
【目的】通过深度测序和组学分析在small RNA组学层面揭示意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)响应东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)的免疫应答机制。【方法】利用small RNA-seq技术对正常及N.ceranae胁迫7 d和10 d的意蜂... 【目的】通过深度测序和组学分析在small RNA组学层面揭示意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)响应东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)的免疫应答机制。【方法】利用small RNA-seq技术对正常及N.ceranae胁迫7 d和10 d的意蜂工蜂中肠(Am7CK、Am7T、Am10CK和Am10T)进行深度测序。利用相关生物信息学软件对测序数据进行质控、已知micro RNA(mi RNA)鉴定、新mi RNA预测及mi RNA的结构特征分析。通过Stem-loop RT-PCR验证新mi RNA的表达。按照|log2(Fold change)|≥1和P≤0.05的标准筛选出Am7CKvs.Am7T和Am10CKvs.Am10T比较组的差异表达mi RNA(differentially expressed mi RNA,DEmi RNA)。利用软件预测DEmi RNA靶向结合的m RNA并进行GO和KEGG数据库注释,根据注释信息对细胞和体液免疫相关通路及富集靶m RNA进行统计和分析。根据靶向结合关系构建DEmi RNA和免疫通路相关差异表达m RNA(differentially expressed m RNA,DEm RNA)的调控网络。采用RT-q PCR对数据的可靠性和DEmi RNA的差异表达进行验证。【结果】共获得165895574条原始读段和132028990条有效序列标签,各组的组内Pearson相关性平均在87.92%及以上。共鉴定到928个已知mi RNA和56个新mi RNA。这些mi RNA的长度介于18–28nt,多数的长度为18nt和22nt且首位碱基主要偏向U。验证了12个新mi RNA的真实表达。Am7CKvs.Am7T比较组包含48个上调mi RNA和36个下调mi RNA;Am10CK vs.Am10T比较组包含56个上调mi RNA和51个下调mi RNA。两个比较组的DEmi RNA可分别靶向结合9827个和10720个m RNA。这些靶m RNA可分别注释到50和47条功能条目,以及138和135条KEGG通路。DEmi RNA与免疫通路相关靶m RNA的调控网络分析结果显示,Am7CK vs.Am7T中有26个DEmi RNA靶向与内吞作用等免疫通路相关的10个DEm RNA;Am10CK vs.Am10T中有15个DEmi RNA靶向与MAPK信号通路等免疫通路相关的10个DEm RNA。验证了测序数据和4个DEmi RNA差异表达的可靠性。【结论】研究结果揭示了宿主DEmi RNA可能通过调控物质和能量代谢、细胞和体液免疫对N.ceranae产生应答,但DEmi RNA不参与抗菌肽基因的表达调控;mi R-1-z可能参与宿主的细胞增殖、细胞凋亡和免疫进程;氧化磷酸化通路可能在宿主免疫应答及宿主-病原互作中发挥特殊作用。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 东方蜜蜂微孢子虫 微小RNA 免疫应答 宿主-病原互作 分子机制
原文传递
Influence of the Metal Ions on the Allylic Rearrangement Reac- tion of 3,4,5,6-Tetrahydrophthalic Anhydride 被引量:1
9
作者 Yuanchao Pang yanzhen zheng 《Chinese Journal of Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2015年第12期1347-1352,共6页
为了进一步在热水的反应,象锰( II )那样的金属离子,锌( II )和镉( II )期间在 3,4,5,6-tetrahydrophthalic 酐的 allylic 重新整理上调查金属离子的影响,在合成被采用了,它导致三新薄片状的协作聚合物的形成,[ Mn <sup > I... 为了进一步在热水的反应,象锰( II )那样的金属离子,锌( II )和镉( II )期间在 3,4,5,6-tetrahydrophthalic 酐的 allylic 重新整理上调查金属离子的影响,在合成被采用了,它导致三新薄片状的协作聚合物的形成,[ Mn <sup > II </sup><sub>5</sub>(&micro;<sub>3</sub>-OH)<sub>3</sub>(1-chec)(1,2-chedc)(2,3-chedc)<sub>2</sub>(H<sub>2</sub > O )]( 3Mn ),[ Zn <sup > II </sup><sub>5</sub>(&micro;<sub>3</sub>-OH)<sub 有趣地, allylic 重新整理反应是金属依赖者,它仅仅在 3Mn 和 4Zn 发生,导致在两混合物的相应 dicarboxylate ligands 的一个 chiral 碳原子的形成。另外,复合 3Mn 的磁性被学习,它揭示了在金属中心之间的强壮的 antiferromagnetic 相互作用。 展开更多
关键词 金属离子 重排反应 烯丙基 离子对 四氢苯酐 层状配位聚合物 反铁磁相互作用 锌(Ⅱ)
原文传递
Rigid Dysprosium(Ⅲ)Single-Molecule Magnets Exhibit Preserved Superparamagnetism in Solution 被引量:1
10
作者 Xiali Ding Qiancheng Luo +6 位作者 Yuanqi Zhai Xufeng Zhang Yi Lv Xinliang Zhang Chao Ke Chao Wu yanzhen zheng 《Chinese Journal of Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2022年第5期563-570,共8页
Molecules with long preserved magnetic moments are perceived as the smallest units for storing bytes,which could bring a new revolution for information technology.However,the rational design of such molecules remains ... Molecules with long preserved magnetic moments are perceived as the smallest units for storing bytes,which could bring a new revolution for information technology.However,the rational design of such molecules remains challenging.Here two rigid adamantanol ligand based dysprosium(III)complexes([Dy(1-AdO)_(2)(py)_(5)]BPh_(4)-1 and[Dy(2-AdO)_(2)(py)_(5)]BPh_(4)-2)with pentagonal-bipyramidal coordination geometry and local D5h symmetry were successfully prepared,which display excellent single-molecule magnet(SMM)behavior(U_(eff)≈1835 K,T_(B)_(ZFC)≈24 K,T_(B)^(100s)≈17 K and T_(B)^(H)=23 K for 1;U_(eff)≈1756 K,T_(B)^(ZFC)≈20 K,T_(B)^(100s)≈16 K and T_(B)^(H)=23 K for 2)due to the much weakened vibration in low energy regimes.Remarkably,the large energy barriers and high blocking temperatures for these two complexes in solid states are well preserved in solution.This is never observed in previous studies of SMMs,indicating that the adamantanol is rigid and can be introduced to make the composed molecules stable enough to maintain the solid state magnetic property in solution. 展开更多
关键词 Molecularmagnets LANTHANIDE D_(sh)-symmetry SUPERPARAMAGNETISM SOLUTION
原文传递
Hendecanuclear [Cu_(6)Gd_(5)] magnetic cooler with high molecular symmetry of D_(3h)
11
作者 Weipeng Chen Guojun Zhou +5 位作者 Zhuolun Gou Sen Wang Yuanqi Zhai Tian Han Jurgen Schnack yanzhen zheng 《Chinese Chemical Letters》 SCIE CAS CSCD 2021年第2期838-841,共4页
A new family of isostructural 3 d-4 f polymetallic complexes,formulated as [Cu_(6)Ln_(5)(μ_(3)OH)_(9)(C_(4)H_(8)O_(2)N)_(6)(C_(5)H_(4)ON)_(6)(H_(2)O)_(9)]·(ClO_(4))_(6)·(H_(2)O)_(22)(Ln=Pr,1;Nd,2;Sm,3;Eu,4;... A new family of isostructural 3 d-4 f polymetallic complexes,formulated as [Cu_(6)Ln_(5)(μ_(3)OH)_(9)(C_(4)H_(8)O_(2)N)_(6)(C_(5)H_(4)ON)_(6)(H_(2)O)_(9)]·(ClO_(4))_(6)·(H_(2)O)_(22)(Ln=Pr,1;Nd,2;Sm,3;Eu,4;Gd,5),was successfully isolated through the simple hydrolysis reaction of 2-aminoisobutyric acid,2-hydroxypyridine,Cu(CH_(3)COO)_(2)·H_(2)O,and Ln(ClO_(4))_(3)·6 H_(2)O.Notably,the [Cu_(6)Ln_(5)] clusters with high molecular symmetry of D_(3h) are rare examples of2-aminoisobutyric acid-based 3 d-4 f clusters.The successful theoretical modeling of 5 yielded that the Gd-Gd exchange is of order 0.2 K,whereas the Gd-Cu exchange is an order of magnitude larger.Magnetization data collected for comp lex 5 yield a magnetic entropy change(-ΔSm) of 19.6 J kg^(-1) K^(-1)<1 at 3 K and 7 T,which may be attributed to the weak magnetic interactions between the component metal ions. 展开更多
关键词 Polymetallic complexes Lanthanide elements Hydrothermal reaction Magnetic interactions Magnetic refrigeration
原文传递
Hybrid Bioelastomer Reinforced by Ultrathin Nanowires of Lanthanide Hydroxycarbonates for Promising Biomedical Applications
12
作者 Xinyu Zhang Yannan Li +5 位作者 Juan Ge Lei Qin yanzhen zheng Bo Lei Zhiping zheng Yaping Du 《CCS Chemistry》 CAS 2022年第3期926-937,共12页
Hybrids composed of biocompatible polymers reinforced with inorganic nanomaterials are useful for many biomedical applications including implantation and tissue regeneration and engineering.In this work,we report a ne... Hybrids composed of biocompatible polymers reinforced with inorganic nanomaterials are useful for many biomedical applications including implantation and tissue regeneration and engineering.In this work,we report a new type of hybrid prepared by doping ultrathin nanowires of lanthanide hydroxycarbonates into classical biocompatible poly(citrates-siloxane).The doping of the inorganic nanowires imparts the hybrids with excellent miscibility with the polymeric matrix,producing hybrids with high elasticity and high tensile strength.The hybrids containing Eu(III)and Gd(III)display their respective luminescence and magnetic properties and thus,offer opportunities to monitor the fate of such hybrids when used in vivo.Insignificant degradation and excellent biocompatibility of these hybrids have also been demonstrated.Together,these favorable traits portend useful applications of the newly developed hybrid elastomers. 展开更多
关键词 LANTHANIDES hybrid elastomer ultrathin nanowires biomedical application
原文传递
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部