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中国人群肠道微生物鸟枪法宏基因组测序研究进展 被引量:5
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作者 尹业师 喻嵘 陈华海 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期3717-3733,共17页
肠道微生物与人类健康的相关性研究仍然是当前生命科学研究领域的前沿热点之一。不依赖培养的16Sr RNA基因高通量测序是当前的主要研究手段。但随着测序成本的降低和数据分析方法的日渐成熟,宏基因组鸟枪法测序因具有信息量更大、更全... 肠道微生物与人类健康的相关性研究仍然是当前生命科学研究领域的前沿热点之一。不依赖培养的16Sr RNA基因高通量测序是当前的主要研究手段。但随着测序成本的降低和数据分析方法的日渐成熟,宏基因组鸟枪法测序因具有信息量更大、更全等优势,将逐渐成为今后一段时间内研究肠道微生物组的重要手段。美国在人类微生物组计划的资助下,对30805份样品进行了肠道微生物宏基因测序分析。通过NCBI Pub Med和SRA数据库检索,共发现72项研究收集了约10000份中国人的肠道样品用于宏基因组测序。但到目前为止,仅56项研究进行了公开发表,其中与代谢性疾病相关的文献16篇,与感染和免疫性疾病相关的文献16篇,与心脑血管疾病相关的文献12篇。由于采样地点以北京、广州、上海等大城市为主,测序平台和测序分析方法均存在较大差异,且大部分研究仍以相关性分析为主,相关研究成果在临床疾病诊疗中所发挥的作用仍非常有限。规范采样方法、标准化测序平台和数据分析流程,开展多中心平行研究将有助于数据整合和比较分析。同时,结合使用转录组、蛋白质组和培养组学等多组学方法开展功能验证和分子作用机制研究,将有利于更好地将肠道微生物研究成果服务于临床疾病诊疗。 展开更多
关键词 中国人 肠道微生物 鸟枪法测序 宏基因组
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细菌耐药性应对策略研究进展 被引量:17
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作者 尹业师 陈华海 +2 位作者 曹林艳 唐林 何福林 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1346-1360,共15页
细菌耐药性(Antimicrobial resistance,AMR)持续增长,但新上市抗生素数量却持续下降。抗生素耐药基因(Antimicrobial resistance gene,ARG)和抗生素耐药菌感染已严重威胁人类健康。因此,需要多方面联合采取措施来应对AMR所带来的各种挑... 细菌耐药性(Antimicrobial resistance,AMR)持续增长,但新上市抗生素数量却持续下降。抗生素耐药基因(Antimicrobial resistance gene,ARG)和抗生素耐药菌感染已严重威胁人类健康。因此,需要多方面联合采取措施来应对AMR所带来的各种挑战,包括创新生物医药、改善抗生素使用和抗生素耐药监测系统、减少抗生素耐药基因产生速度、阻止健康护理相关感染和多重抗生素耐药菌传播与扩散、开发微生物学快速诊断方法与设备、减少临床和兽医抗生素滥用等。庆幸的是,AMR已受到各国政要、科学家和企业家等的高度重视与支持,相信随着新技术、新产品的不断问世和管理新措施的不断出台,AMR问题一定会得到控制和缓解。 展开更多
关键词 抗生素 细菌耐药性 抗生素耐药菌 抗生素耐药基因
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Carrageenan oligosaccharides and associated carrageenan-degrading bacteria induce intestinal inflammation in germ-free mice 被引量:1
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作者 yeshi yin Miaomiao Li +9 位作者 Weizhong Gu Benhua Zeng Wei Liu Liying Zhu Xionge Pi Donald A.Primerano Hongwei D.Yu Hong Wei Guangli Yu Xin Wang 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2021年第9期815-824,共10页
Carrageenans(CGNs)are widely used in foods and pharmaceuticals although their safety remains controversial.To investigate the effects of CGNs and CGN-degrading bacteria in the human colon,we screened for CGN degradati... Carrageenans(CGNs)are widely used in foods and pharmaceuticals although their safety remains controversial.To investigate the effects of CGNs and CGN-degrading bacteria in the human colon,we screened for CGN degradation by human fecal microbiota,and for inflammatory response to CGNs and/or CGN-degrading bacteria in germ free mice.Thin-layer chromatography indicated that high molecular weight(MW)CGNs(!100 kDa)remained undegraded in the presence of human fecal microbiota,whereas low MW CGNs,i.e.,k-carrageenan oligosaccharides(KCO,~4.5 kDa)were degraded when exposed to seven of eight human fecal samples,although sulfate groups were not removed during degradation.Bacteroides xylanisolvens and Escherichia coli isolates from fecal samples apparently degraded KCO synergistically,with B.xylanisolvens serving as the primary degrader.Combined treatment of KCO with KCO-degrading bacteria led to greater pro-inflammatory effects in the colon and rectum of germ-free mice than either KCO or bacteria alone.Similarly,p-p38-,CD3-,and CD79a-positive immune cells were more abundant in combined treatment group mice than in either single treatment group.Our study shows that KCO-degrading bacteria and the low MW products of KCO can promote proinflammatory effects in mice,and represent two key markers for evaluating CGN safety in foods or medicines. 展开更多
关键词 Carrageenans Carrageenan oligosaccharides Oligosaccharide degrading bacteria Intestinal inflammatory Germ-free mouse
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