期刊文献+
共找到2篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
胃癌患者预后相关微RNA预测模型的构建及其应用价值探讨 被引量:2
1
作者 岳犇 王高明 +2 位作者 杨鹿笛 崔然 郁丰荣 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1436-1445,共10页
目的·通过生物信息学方法建立胃癌患者预后相关微RNA(microRNA,miRNA)的预测模型并探讨其应用价值。方法·收集癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中397例胃癌患者的临床病理资料,其中356例临床病理资料完整。397例患者中,男... 目的·通过生物信息学方法建立胃癌患者预后相关微RNA(microRNA,miRNA)的预测模型并探讨其应用价值。方法·收集癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中397例胃癌患者的临床病理资料,其中356例临床病理资料完整。397例患者中,男258例,女139例;中位年龄为67岁。将397例患者采用随机抽样法,按7∶3比例分为训练集278例和测试集119例。另从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载包含20对胃癌及对应癌旁正常组织的miRNA测序数据集GSE93415,从癌组织和癌旁正常组织差异表达的miRNA中筛选出候选差异表达miRNA。基于训练集患者的信息,利用LASSO回归分析,将候选差异表达miRNA拟合成一个可以预测胃癌患者生存率的预后相关miRNA模型。对构建的预后相关miRNA模型的预测效能,分别在训练集和测试集中进行验证,以Log-Rank检验进行生存分析来验证模型的可靠性;以受试者操作特征曲线下面积(area under curve,AUC)分析该模型的预测效能。使用基因表达数据和pRRophetic包中的算法预测患者对化学治疗药物的敏感性。使用Calibration曲线验证恩诺图的准确性。使用一致性指数(consistency index,C-index)检测恩诺图和其他因素建模的一致性。使用决策曲线分析(decision curve analysis,DCA)推测候选因素对于临床决策的帮助。结果·(1)训练集与测试集患者的临床资料和总体生存率比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。(2)差异表达miRNA筛选结果:从GSE93415测序数据集中计算得到111个候选差异表达miRNA,其中20个在癌组织中上调,91个在癌组织中下调。对111个候选差异表达miRNA进行过滤后,得到59个候选差异表达miRNA。(3)构建预后相关miRNA模型:从59个候选miRNA中,筛选出5个与生存相关的miRNA,分别为let-7i-5p、let-7f-5p、miR-708-5p、miR-135b-5p、miR-100-5p,差异表达模式(癌组织对比癌旁组织)均为降低,差异表达倍数分别2.55、2.78、2.17、3.08、3.26倍。由5个与生存相关miRNA构建的预后表达方程为:风险分数=(-0.049×let-7i-5p表达量-0.033 2×let-7f-5p表达量+0.202 9×miR-708-5p表达量-0.088 9×miR-135b-5p表达量+0.016 3×miR-100-5p表达量)。(4)预后相关miRNA模型的验证:在训练集和测试集中,高风险组患者的总体生存率低于低风险组患者,差异均有统计学意义(均P<0.05)。在训练集中,预后相关miRNA模型的1年、3年、5年生存时间预测概率AUC值分别为0.640、0.763、0.853;在测试集中,则分别为0.631、0.735、0.750。(5)影响胃癌患者预后的相关因素分析:单因素分析结果显示年龄、肿瘤病理分期、T分期、N分期、M分期和预后相关miRNA模型评分是胃癌患者预后的相关因素(HR=1.017、1.633、1.353、1.346、2.652、15.874,95%CI为1.002~1.033、1.333~2.001、1.109~1.650、1.169~1.548、1.553~4.529、5.729~43.985,P<0.05)。多因素分析结果显示年龄、M分期和预后相关miRNA模型评分是胃癌患者预后的独立危险因素(HR=1.03、2.27、18.72,95%CI为1.01~1.05、1.09~4.70、5.96~58.77,P<0.05)。(6)预后相关miRNA模型与临床病理因素预测效能的比较:在356例临床资料完整的胃癌患者中,预后相关miRNA模型对胃癌患者5年生存时间预测的AUC值为0.818,高于年龄、性别、肿瘤病理分期、T分期、N分期、M分期的预测效能。(7)预后相关恩诺图的评估:Calibration验证曲线、C-index以及DCA分析均提示,胃癌患者从预后相关恩诺图中的获益程度高于年龄、性别和肿瘤病理分期。结论·由5个差异表达的miRNA构建了可用于预测胃癌患者生存的预后相关miRNA模型;该模型对胃癌患者的生存状态和预后具有一定的区分预测能力,可为胃癌患者的临床治疗提供参考。 展开更多
关键词 胃癌 LASSO回归模型 微RNA 预测模型 受试者操作特征曲线
下载PDF
Enrichment process of lanthanum as a nonessential trace element in leaf cells of lettuce(Lactuca sativa L.) 被引量:2
2
作者 Mengzhu Cheng Xin Wang +4 位作者 yue ben Shuya Zhang Lihong Wang Qing Zhou Xiaohua Huang 《Journal of Rare Earths》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第12期1969-1976,I0006,共9页
Rare earth elements(REEs)as nonessential trace elements are enriched in living organisms and threaten their health.To early detect and reduce REE enrichment in living organisms,scientists are focused on clarifying the... Rare earth elements(REEs)as nonessential trace elements are enriched in living organisms and threaten their health.To early detect and reduce REE enrichment in living organisms,scientists are focused on clarifying the enrichment process of REEs in living organisms and its risks.However,the enrichment process of REEs in edible plant cells has remained unclear.Herein,by using interdisciplinary methods and techniques,the enrichment process of lanthanum(La(Ⅲ))in the leaf cells of lettuce(Lactuca sativa L.)was investigated.(1)When La(Ⅲ)exposure dose is 0.5-5μmol/L,La(Ⅲ)is enriched outside the plasma membrane(PM).In this zone,La(Ⅲ)is bound to vitronectin-like protein(VN)to form La-VN complexes;(2)When La(Ⅲ)exposure dose is 5-20μmol/L,besides the zone outside the PM,La(Ⅲ)is also enriched on the PM and bound to arabinogalactan proteins(AGPs)to form La-AGPs complexes;(3)When La(Ⅲ)exposure dose is 20-140μmol/L,besides the zone outside and on the PM,La(Ⅲ)is enriched inside the PM;(4)When La(Ⅲ)exposure dose is 60-140μmol/L,malondialdehyde content(an important indicator of invisible damage)significantly increases.Thus,as La(Ⅲ)exposure dose increases,La(Ⅲ)gradually migrates from outside the PM to the PM and inside the PM,enriching in these zones in turn.The enriched La(Ⅲ)will cause invisible damage to lettuce leaf cells and even enter human bodies along food chains.These results provide references for investigating the enrichment process of REEs in plants and its environmental risks,and finding strategies to early detect and reduce REE enrichment in plants. 展开更多
关键词 Nonessential trace element Lanthanum exposure Lettuce leaf cell Enrichment process Vitronectin-like protein Arabinogalactan proteins
原文传递
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部