Genome sequences of horticultural plants:past,present,and future

Horticultural plants play various and critical roles for humans by providing fruits,vegetables,materials for beverages,and herbal medicines and by acting as ornamentals.They have also shaped human art,culture,and environments and thereby have influenced the lifestyles of humans.With the advent of sequencing technologies,there has been a dramatic increase in the number of sequenced genomes of horticultural plant species in the past decade.The genomes of horticultural plants are highly diverse and complex,often with a high degree of heterozygosity and a high ploidy due to their long and complex history of evolution and domestication.Here we summarize the advances in the genome sequencing of horticultural plants,the reconstruction of pan-genomes,and the development of horticultural genome databases.We also discuss past,present,and future studies related to genome sequencing,data storage,data quality,data sharing,and data visualization to provide practical guidance for genomic studies of horticultural plants.Finally,we propose a horticultural plant genome project as well as the roadmap and technical details toward three goals of the project.

基于EDEM的强力混合机混匀效果数值模拟

原料混匀效果是影响球团质量和生产效率的重要因素,强力混合机作为核心混匀设备,合适的运行参数可使混合的物料达到最佳混匀效果。工业上一般以检测球团的基础性能指标来替代物料的混匀效果,造成检测流程长、误差大,并且无法直观获得物料运动轨迹和分散效果。本研究采用SOLIDWORKS软件建立了强力混合机模型,利用EDEM离散元软件模拟了物料在反应器中的运动行为,研究了混合机转子、筒底、筒壁的旋转方式以及物料的填充率等因素对混匀效果的影响。结果表明,提升转子转速能够显著改善混匀效果,但是转速达±48 r/min时提升转速对混匀效果的改善不明显;加入筒底的旋转能够突破双转子旋转时的速度阈值,并且筒底在较低转速+30 r/min时即可大幅度提升混匀效果;相反地,加入筒壁的旋转会产生堆积效应,抑制了颗粒的分散,从而降低了混匀效果;填充率过高不利于转子叶片位置以上的物料分散,其中填充率为60%时混匀效果最佳。综合考虑了企业球团生产和混合设备运行性能要求,给出了合理的运行参数:转子转速±30 r/min、筒底转速+30 r/min、筒壁转速0 r/min和填充率60%。

中国鸟类的生活史和生态学特征数据集

中国现有1,445种鸟类,是世界上鸟类物种数最多的国家之一。物种特征反映了生物有机体的功能和适合度,在生态学、进化生物学和保护生物学研究中具有重要作用。但是,目前还没有关于我国鸟类生活史、生态学和地理分布等物种特征的完整数据库。通过系统查阅文献和各种数据资料,本文共收集整理出了中国1,445种鸟类17个功能特征数据:体重、体长、嘴峰长、翅长、尾长、跗蹠长、食性、窝卵数、卵大小、卵体积、巢址、巢的类型、集群状况、迁徙状况、是否特有种、地理分布范围和分布省份等。在这些特征中,除迁徙状况、是否特有种、地理分布范围和分布省份外,其余特征数据均存在不同程度的缺失,数据的完整度为60.83%‒100%。本数据库是目前关于中国鸟类最新和最全的物种特征数据库,期望能为我国鸟类生态学、进化生物学、生物地理学、保护生物学等研究提供支持。

Japanese Encephalitis Virus NS1' Protein Antagonizes Interferon Beta Production

Japanese encephalitis virus(JEV) is a mosquito-borne virus and the major cause of viral encephalitis in Asia. NS1', a52-amino acid C-terminal extension of NS1, is generated with a-1 programmed ribosomal frameshift and is only present in members of the Japanese encephalitis serogroup of flaviviruses. Previous studies demonstrated that NS1' plays a vital role in virulence, but the mechanism is unclear. In this study, an NS1' defected(rG66A) virus was generated. We found that rG66A virus was less virulent than its parent virus(pSA14) in wild-type mice. However, similar mortality caused by the two viruses was observed in an IFNAR knockout mouse model. Moreover, we found that rG66A virus induced a greater type Ⅰ interferon(IFN) response than that by pSA14, and JEV NS1' significantly inhibited the production of IFN-b and IFN-stimulated genes. Taken together, our results reveal that NS1' plays a vital role in blocking type I IFN production to help JEV evade antiviral immunity and benefit viral replication.

中国两栖类生活史和生态学特征数据集

截至2021年底,中国共记载591种两栖类(不包括外来入侵种),是世界上两栖类物种数最多的国家之一。物种特征影响和决定了物种在环境中的生存能力,在进化生物学、生态学和保护生物学研究中具有重要作用。目前,中国两栖类在线数据库(https://www.amphibiachina.org)已经整理了我国两栖类的形态特征、生物学信息和地理分布等部分物种特征,但仍缺乏一个完整的、可自由检索的数据集。通过系统查阅文献和数据检索,本文收集整理了中国全部591种本土两栖类的22个特征数据,包括物种发现时间(最早发现和描述新物种文章的发表时间)、模式产地、中国受威胁等级、全球受威胁等级、致危因子、是否中国特有种、是否岛屿特有种、雄性体长、雌性体长、窝卵数、卵径、产卵地点、幼体主要生境、成体微生境、活动模式、生殖周期、繁殖时间、是否有亲本照顾、受精方式、海拔范围、分布地区、分布省份数。除了物种发现时间、是否岛屿特有种、分布地区、分布省份数外,其余特征数据都有不同程度的缺失,数据完整度为27.92%-100%,平均完整度为71.72%,标准差为24%。本数据集是目前我国两栖类最新和最全的物种特征数据库,希望可以为我国两栖类生态学、保护生物学、生物地理学等研究提供数据支持。