茶树炭疽菌CfSOM1基因的鉴定与生物信息学分析

Som1是cAMP-PKA信号途径下游的一个转录因子,在病原真菌发育和致病过程中可能发挥重要作用。为探究茶树炭疽菌SOM1基因的潜在功能,通过生物信息学方法在茶树炭疽菌N425基因组中鉴定SOM1同源基因,并对其编码蛋白的亲缘关系、理化性质、功能域和互作蛋白等进行分析。结果显示:在茶树炭疽菌N425基因组中鉴定得到一个SOM1同源基因CfSOM1,其编码蛋白CfSom1共含839个氨基酸,包括1个HTH二级结构、1个LisH结构域和2个NLS序列;CfSom1与炭疽菌属中的同源蛋白亲缘关系最近,与酵母菌中同源蛋白的亲缘关系最远;CfSom1被预测与6个核孔蛋白、c AMP依赖蛋白激酶催化亚基CpkA、拓扑异构酶II关联蛋白Ldb1、含WD结构域蛋白Swd1、Uba ts-n结构域蛋白Swa2、转录因子StuA和Cdtf1存在互作关系。这些研究成果将为后续展开对CfSOM1在茶树炭疽菌侵染茶树过程中的功能研究奠定基础。

茶树炭疽菌N425全基因组测序与基因功能注释

【目的】对茶树炭疽菌N425进行全基因组测序和基因功能注释并从中初筛出致病相关基因。【方法】通过Illumina HiSeq2500 PE150平台对N425菌株进行全基因组测序和组装,并利用NR、KEGG、KOG等功能基因数据库进行基因预测和功能注释。【结果】茶树炭疽菌N425基因组全长约56.3 Mbp,G+C含量为53.2%,共预测出10 157个蛋白编码基因和若干各类非蛋白编码序列。其中,1 356个基因在病原与宿主互作数据库(PHI)中得到注释,包括140个注释为致病力丧失的基因;720个基因在碳水化合物酶数据库(CAZy)中得到注释;302个基因被预测为次生代谢物相关基因。这些基因中有涉及cAMP-PKA、MAPK等信号通路以及降解宿主细胞壁等致病相关过程,是潜在的致病相关基因。【结论】本研究成功获得茶树炭疽菌N425全基因组序列和基因功能注释,并从中挖掘出潜在致病相关基因,为后续展开对茶树炭疽菌侵染茶树的致病分子机制研究奠定基础。

利用cDNA-AFLP技术分析炭疽菌危害诱导茶树的差异表达基因

应用cDNA-AFLP技术筛选炭疽菌(Colletotrichum sp.1)危害诱导茶树毛蟹品种(Camellia sinensis cv. Maoxie)的差异表达基因,为探究茶树抗炭疽菌的分子机制奠定基础。利用256对选择性扩增引物组合分析病菌接种后0 h和48 h的叶片cDNA,经筛选、测序和BLAST比对获得136条差异表达片段(TDFs)。同源基因功能分析结果表明,128条TDFs与Nr数据库已有基因同源,其功能以胁迫响应、生物调控与信号转导为主;其中51条TDFs与TPIA数据库中冷害、干旱、盐碱条件下的差异表达基因高度同源。进一步对27条TDFs进行qRT-PCR验证,结果显示,有24条TDFs的表达情况与cDNA-AFLP的结果一致,WRKY转录因子、乙烯响应转录因子、过氧化物酶和超氧化物歧化酶等抗逆相关基因的表达显著上调。本试验通过筛选获得差异表达的抗逆相关基因,为后续的基因功能研究奠定基础。

油茶炭疽病病原菌的分离与鉴定

目的:油茶炭疽病是一种重要病害,引起油茶树落果和落蕾,落果率在20%~40%,严重时可达80%以上,给茶农带来的经济损失较大。为明确引起该病害的主要病原菌,特进行了病原菌的分离与鉴定。方法:以油茶病叶作为材料,根据科赫法则采用离体组织分离法进行分离,采用形态学结合ITS、ACT、CAL多基因系统分析鉴定。结果:从病叶中分离得到5株病原菌株DH1、DH2、DH3、DH4、DH5,根据病原菌株的形态观察和致病性测定,鉴定为炭疽菌属。PDA培养基上分别挑取菌丝体并提取基因组DNA,进行ITS、ACT、CAL PCR多基因序列联合分析,MEGA 7.0构建系统发育树,结果显示,5个菌株均为炭疽属,其中DH1、DH2、DH4、DH5为果生炭疽菌,DH3为山茶炭疽菌,形态学鉴定与分子生物学对病原菌的鉴定结果一致。结论:引起油茶炭疽病的主要病原菌为果生炭疽菌和山茶炭疽菌。

响应面法优化蛹虫草猴头菇复合鱼肉香肠加工工艺

为开发出一种含有蛹虫草与猴头菇的复合鱼肉香肠,以宁德市特产大黄鱼为原料,通过单因素试验和响应面法研究蛹虫草添加量、蛹虫草粉粒大小、猴头菇添加量、猴头菇粉粒大小对鱼肉香肠感官评分的影响。结果表明,蛹虫草与猴头菇复合鱼肉香肠的最佳配方为蛹虫草粉粒大小0.25 mm、蛹虫草添加量9%、猴头菇粉粒大小0.30mm、猴头菇添加量4%。在该工艺条件下,蛹虫草与猴头菇复合鱼肉香肠的感官评分64.9分,接近理论值(65.7分)。试验结果可为食用菌复合鱼肉肠的开发提供参考依据。

Bioinformatic analysis of human nuclear receptor nr5a2(hb1f) genomic sequence

We have cloned the cDNA of human nuclear receptor nr5a2(hb1f) gene and obtained its whole genomic sequence previously. In this work we carried out in-depth bioinformatic analysis on the genomic sequence of nr5a2(hb1f) gene. Sequence comparison and prediction algorithms implicated that there might be additional coding regions in the 210 kb genomic sequence besides known exons, especially in the two largest introns. Comparison of the structures of nr5a loci in different species revealed distinguishable conservation and apparent gene duplication during evolution. The remarkable conservation among promoters of zebrafish, mouse and human nr5a2 genes suggested that they would be regulated by the same transcription factors.