为探讨软腐病菌侵染下菜心转录组功能基因信息,采用BGISEQ-500高通量测序技术对软腐病菌侵染下菜心叶片进行转录组测序,平均每个样获得47.27 M clean reads,Q20值均大于95%,共检测到表达的Unigene为36760个,其中已知的有35327个,预测新U...为探讨软腐病菌侵染下菜心转录组功能基因信息,采用BGISEQ-500高通量测序技术对软腐病菌侵染下菜心叶片进行转录组测序,平均每个样获得47.27 M clean reads,Q20值均大于95%,共检测到表达的Unigene为36760个,其中已知的有35327个,预测新Unigene有1433个;共检测出19549个新转录本,其长度主要集中在300~2000 nt。功能注释结果显示,有32047个Unigene在Nr数据库获得注释,其中注释到芸薹属白菜上的Unigene最多;GO功能共注释到12588个Unigene;KEGG数据库注释到18583个Unigene,涉及到137个代谢通路。共获得21776个组间差异表达基因(differential expression genes,DEGs),其中对照与发病前期组间的DEGs有15007个,6137个上调表达,8870个下调表达;发病前期与发病中期组间DEGs有13118个,10278个上调表达,2840个下调表达;发病中期与发病后期组间DEGs有11293个,1790个上调表达,9503个下调表达。DEGs的Ven图分析显示5110个基因在每组间均存在差异,DEGs功能分析显示DEGs参与泛素蛋白降解途径、过氧化物酶体途径、光合碳固定途径、糖酵解途径等多种生命活动。本研究结果为深入开展菜心抗软腐病基因组学和分子生物学研究奠定基础。展开更多
目的检测细胞外调节蛋白激酶(extracellular signal regulated protein kinase,ERK)、(Fos related antigen-1,Fra-1)基因在喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous carcinoma cell,LSCC)中表达情况,观察喉癌Hep-2细胞中应用ERK抑制后Fra-1表...目的检测细胞外调节蛋白激酶(extracellular signal regulated protein kinase,ERK)、(Fos related antigen-1,Fra-1)基因在喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous carcinoma cell,LSCC)中表达情况,观察喉癌Hep-2细胞中应用ERK抑制后Fra-1表达变化,分析LSCC中Fra-1表达在多个参数组别中的影响。方法采用免疫组化SP法检测47例LSCC和21例癌旁组织中ERK和Fra-1表达情况,逆转录-多聚酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)检测加入ERK抑制剂(SCH772984)实验组与对照组的人喉癌Hep-2细胞中Fra-1 mRNA表达量,分析LSCC中Fra-1基因蛋白表达与各参数的关系。结果 LSCC中ERK、Fra-1蛋白表达均高于癌旁组织ERK(P<0.01),Fra-1(P<0.05),实验组中Fra-1mRNA表达量明显低于对照组(P<0.01)。LSCC中Fra-1蛋白水平表达与临床分期、淋巴结转移、吸烟相关,与病理分级、年龄、解剖分区无关。结论 LSCC中ERK、Fra-1蛋白水平表达均增高,Hep-2细胞中ERK基因受抑制后明显降低Fra-1基因的表达活性。ERK和Fra-1基因之间可能关联表达促进喉癌的发生与发展。展开更多