北美车前种群内遗传多样性分析

目的：研究外来人侵种北美车前种群内遗传多样性水平，以期揭示其较强环境适应性在分子水平的根源。方法：用60条10碱基随机引物对生长于浙江师范大学校园内北美车前的9个不同样本进行了PCR扩增，筛选出7条有较高多态性检测能力的引物，用这7条随机引物对北美车前的RAPD指纹图谱进行了研究。结果：（1）共扩增到82条带，每条引物扩增带数在6—17条，平均带数为11．71条，其中60条带具有遗传多态性，约占总数的73．17％。（2）浙师大校园种群内的北美车前不同样本之间DNA指纹存在着较明显的差异，这种差异主要是受到了相对空间位置和极端土壤环境条件的影响。结论：（1）北美车前在种群内有较高的遗传多样性；（2）北美车前对极端土壤环境有较强适应性。

峨眉山车前草、水辣蓼及天名精RAPD遗传多样性分析

采用RAPD分子标记技术对峨眉山保护区不同海拔高度的车前草、水辣蓼、天名精野生资源进行遗传多样性分析。从24条随机引物中分别筛选得到5条(车前草)、3条(水辣蓼)、5条(天名精)能够产生可重复DNA片段的随机引物,PCR扩增片段的多态率分别为45%、63.9%、71%;通过遗传距离的计算和聚类分析,结果表明峨眉山不同海拔高度的车前草、水辣蓼、天名精在遗传距离上存在着一定的差异,遗传距离最大的是不同海拔之间的天名精,其次是水辣蓼,最小的是车前草。笔者对峨眉山车前草等3种药用植物的鉴定和资源保护、利用具有一定的指导意义。

基于IMPUTE2的全基因组关联性研究的基因型填补

多数全基因组关联性研究(GWAS)采用不同的分型芯片,导致遗传变异位点的数目及选择准则不同。基因型填补可以依据已有的基因分型数据,对未分型的位点进行填补。在应用IMPUTE2软件对基因型和表型数据库(db Ga P)中胃癌GWAS数据进行全基因组填补,以详细介绍全基因组填补的原理和过程。以第九号染色体为例,使用1000 Genome Project模板介绍全基因组填补的过程,包括填补前的质量控制、Pre-phasing、填补过程、填补的质量评估及填补后的关联性分析。第九号染色体在填补前有21 033个位点;而在填补后有1 630 406个SNP;其中INFO>0.3的SNP位点有817 494个;而填补质量较高(INFO>0.5)的位点数目有584 755个。IMPUTE2软件可以快速准确的对未分型的基因型进行填补,从而可以将多个GWAS数据整合到相同的位点数和密度上,再进行联合分析可以提高检验的把握度以便发现新的遗传易感性位点。

峨眉黑鸡遗传多样性及群体遗传结构分析

峨眉黑鸡(Gallus gallus)为原鸡属红原鸡种的一个地方亚种,肉蛋兼用型品种,不仅具有丰富的营养价值,还兼有药用价值和观赏价值,是四川峨眉山地区养殖数量较多的特有的黑鸡优秀品种。为了给峨眉黑鸡种质资源的科学保存和可持续性利用提供一定的理论依据,采集峨眉山地区三个地点的峨眉黑鸡各7只,以线粒体基因Cytb和COI作为分子标记,分析种群的遗传多样性特征与种群遗传结构。结果表明,不同采样点的峨眉黑鸡遗传多样性存在差异,峨眉山市鸿飞养鸡场的种群具有较高的单倍型多样性(Hd=0.905),峨眉山市远大林下放养鸡场的种群序列核苷酸平均配对差异最高(K=5.04762)。通过分析认为,峨眉黑鸡的遗传多样性并不丰富,建议加强对峨眉黑鸡种质资源的保护,保持这一品种的特征性不丢失。

高原坝区栽培青稞遗传的多样性再认识

利用SSR标记位点、单体醇溶蛋白、B组醇溶蛋白和淀粉粒结合蛋白(SGP)等4个方面对中国高原坝区栽培青稞的遗传多样性进行综合评价。认为高原坝区栽培青稞具有丰富的遗传多样性。