利用超级集群分离分析法鉴别大豆增变基因

【目的】利用大豆基因组Wm82.a2.v1及HapMap数据来鉴别大豆中可能存在的增变基因。【方法】将大豆HapMap数据（包含19 652份大豆种质在52 041个位点上的分型结果）预处理后,利用改进的超级集群分离分析法,选取滑动窗口大小、步长及阈值大小为参数,对预处理后的大豆种质数据进行分析,测算大豆点突变比率及突变热点区数目,并将点突变比率及突变热点区数目与分子标记进行关联性分析,从强关联区内挖掘候选增变基因,用大豆基因组Wm82.a2.v1对其功能进行初步推测。【结果】大豆HapMap数据预处理后,15 391份大豆种质点突变比率为0.089~0.531,平均变异率为0.261;突变热点区数目为5~1 324个,平均每份种质包含347.8个突变热点区。超级集群分离分析结果表明,Gm16上的29 153 474-30 604 603bp和Gm17上的12 133 293-12 147 725bp片段为与点突变比率和突变热点区数目2个表型同时存在强关联的区域;其中Gm16上的Glyma16g26440.1和Gm17上的Glyma17g15420.1同属于nudix水解酶基因家族,推测其与基因组突变有关。【结论】Glyma16g26440.1和Glyma17g15420.1 2个nudix水解酶基因家族成员都与点突变比率和突变热点区数目存在强关联,可作为大豆基因组候选增变基因。

拟等位基因和拟表型

一般情况下,某一基因型在一定环境条件下会出现表型效应,即表型是基因型和环境条件相互作用而产生的。因此,基因突变将引起表型的改变。但有一类表型上的变化并不是基因的突变,而是由一种特殊的环境因素所引起的,这种环境因素的作用引起的表型变化类似于某一基因突变而引...