基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的应用

本研究探讨了线粒体CO1基因作为DNA条形码对鲌属鱼类进行物种鉴定的可行性。研究中获得了鲌属4种鱼类共32个个体长度为816bp的CO1基因序列。利用MEGA软件计算鲌属鱼类种间及种内遗传距离,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和Bayesian方法分别构建分子系统树。结果显示,鲌属鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离。在系统树中,鲌属鱼类每一物种的个体分别形成各自独立的分支。基于CO1基因的DNA条形码在识别鲌属鱼类物种方面和传统形态学基本一致,而且该基因可以探讨鲌属鱼类种间的系统发育关系。本研究表明以CO1基因作为鲌属鱼类DNA条形码进行物种鉴定具有一定的可行性。

中国主要鹅品种的线粒体DNA多态性与起源分化研究

运用19种限制性内切酶对中国11个家鹅品种138个样本进行了mtDNA的限制性片段长度多态性（RFLP）分析。在使用的19种内切酶中，有7个酶检测出多态。综合27种限制性态型（restrictionmorph），可得到6种mtDNA单倍型（hopotype）。伊犁鹅与另外10个鹅品种没有共享的单倍型，遗传距离和UPGMA聚类分析也表明，伊犁鹅与这些品种具有不同的起源。EcoRV、HaeⅡ、HincⅡ和KpnⅠ4种酶的限制性态型可作为鉴别两种起源家鹅的母系遗传标记。起源于鸿雁的10个鹅品种群体内出现一定的遗传差异，其群体多态度（π）、单倍型间平均遗传距离（P）、品种间平均净遗传距离（δnet）分别为0．025％、0．266％和0．029％。白羽鹅品种在形成过程中经历过创立者效应（foUndereffect）。这10个鹅品种可能起源于两个不同地理区的鸿雁类群。

基于线粒体DNAD-loop区部分序列分析舟山海域带鱼种群遗传结构

带鱼（Trichiurus lepturus Linnaeus）,俗称刀鱼、白带鱼,隶属鲈形目（Perciformes）,带鱼科（Trichiuridae）,带鱼属（Trichiurus）,广泛分布于世界各温热带海域,在我国主要分布在东海、南海、黄海和渤海[1]。带鱼为我国最重要的捕捞对象,其产量多年来一直位居我国海洋捕捞鱼类产量的首位,占有十分重要的渔业经济地位。舟山带鱼是全国首批海鲜类地理标志证明商标海鲜,曾与大黄鱼、小黄鱼、墨鱼并称为我国＂四大渔业＂。自20世纪70年代后,由于受过度捕捞和环境变化等影响,舟山海域的带鱼资源出现了严重衰退;

基于四个线粒体基因片段的银鱼科鱼类系统发育

银鱼科鱼类是我国重要的经济鱼类,但其属间系统发育关系与属、种的界定尚存争议。研究使用线粒体12S/16S核糖体RNA、细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列以及NADH脱氢酶亚基1全长序列重建银鱼科属间的系统发育。结果显示银鱼科鱼类是单系群,白肌银鱼属在银鱼系统发育的基部,"大银鱼属+新银鱼属"、"间银鱼属+银鱼属"形成两个单系亚群,但日本银鱼属的位置没有很好解决。基于COI基因序列计算的"短吻-陈氏-太湖-近太湖新银鱼复合群"种间遗传距离为0—0.19%、"乔氏-寡齿新银鱼复合群"种间遗传距离为0%。整合研究结果与前人形态、分子证据,详细地讨论了银鱼的属、种分类。

辽宁省杂草稻生物学多样性及其遗传分化研究

杂草稻是指在稻田里或周边作为杂草类型而伴随栽培稻生长的水稻植株,杂草稻已成为辽宁省稻区一种严重的杂草类型。2003～2005年对辽宁省杂草稻进行了初步考察、收集和整理,对其生物学特性进行了初步研究。结果表明:杂草稻广泛分布在辽宁省各水稻主产区的各主栽水稻田中,且正从栽培田向周边扩散;不同地区杂草稻的株高、分蘖能力、单株穗数及芒长等生物学特性变异较大;杂草稻在亚种分类上大部分属粳型和偏粳型,只有少数为偏籼型。SSR分子标记结果表明,辽宁省杂草稻群体间的遗传分化复杂。

中国沿海龙虾属8种龙虾COI基因序列的分子系统学研究

我国沿海分布8种龙虾属的龙虾,为了研究其系统发育和筛选分类DNA条形码,对线粒体COI基因序列进行分析,用MEGA4.0软件计算遗传距离,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树。结果获得大小为731 bp,GC含量在40.2%～44.5%之间COI基因片段。8种龙虾种内变异较小,遗传距离范围0.00～0.057,平均0.016;种间遗传距离较大,介于0.124～0.228之间,平均遗传距离为0.185,种内和种间遗传距离相差约10倍。NJ树和MP树都支持8种龙虾分成2支:密毛龙虾、长足龙虾和日本龙虾为一支,中国龙虾、杂色龙虾、黄斑龙虾、锦绣龙虾和波纹龙虾等5种龙虾为另一支。表明COI基因序列作为DNA条形码进行龙虾属的分类鉴定具有一定的可行性。

阿尔泰林蛙的物种有效性及其分类地位——来自系统发育分析的证据(英文)

为检验阿尔泰林蛙(Rana altaica)的系统发育地位及其物种有效性,该文运用线粒体细胞色素b基因,应用贝叶斯分析和最大简约方法构建了欧亚大陆分布的部分林蛙的系统发育关系。两种分析方法均支持阿尔泰林蛙在田野林蛙(R.arvalis)这一分支的内部。单倍型网络图显示来自阿尔泰地区和中西伯利亚地区所谓的阿尔泰林蛙与田野林蛙有共享单倍型。通过该文母系遗传发育分析结果显示阿尔泰林蛙种级地位不成立,是田野林蛙的同物异名。另外,该文实验分析结果提示,对中国分布的林蛙内部种组划分应建立在系统进化关系的基础上重新进行评估。

基于线粒体DNA控制区的新疆北鲵种群遗传多样性分析

以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)控制区为分子标记,对分布于新疆温泉县6处自然栖息地的新疆北鲵(Ranodon sibiricus)遗传多样性进行研究.共采集新疆北鲵尾端肌肉组织样本60份,通过PCR扩增获得853bp的mtDNA序列,含D-loop序列747bp、tRNA-Pro序列72bp及部分tRNA-Thr和tRNA-Pro之间基因间隔区(ISR)序列34bp,其中D-loop序列中A、T、G和C 4种核苷酸所占百分比分别为31.92%,35.04%,15.02%和18.02%,A+T所占百分比为66.96%.经MEGA软件比对发现,所得60个样品的扩增序列(853bp)完全一致,共享一个单倍型,所有扩增序列仅在控制区的第449位碱基(均为A)与GenBank(AJ419960)中新疆北鲵线粒体该位点碱基(为G)不一致.结果表明,国内现存6处自然栖息地内的新疆北鲵遗传多样性极低,在近缘同属种及脊椎动物中都极为罕见,显示该种近期经历过严重的瓶颈效应,可能由一个单倍型扩散至目前的分布格局.研究结果可为该物种保护提供分子遗传学依据.

基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析

以线粒体Cyt b基因为分子标记,对雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼进行遗传多样性及种群历史动态分析。结果显示,167尾墨脱裂腹鱼样本共检测到21个单倍型,呈现较高的单倍型多样性(h=0.768)和较低的核苷酸多样性(π=0.00167)。基于单倍型构建的分子系统发育树及Network网络关系图表明,所有来自墨脱江段及察隅河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起。不同地理种群间的遗传分化指数(FS T)为–0.014—0.771,其中金珠藏布(JZZB)与其他种群呈现出高度分化(FS T:0.372—0.771)。分子方差分析(AMOVA)显示当JZZB种群为一组,剩余6个种群为一组时,组间遗传差异最大,表明JZZB种群与其他种群具有显著分化。相反,虽然察隅河与墨脱江段的地理距离较远,但是察隅河与墨脱江段其他种群之间(除了JZZB)的FST为0.093—0.169,仅显示中等分化水平,表明察隅河种群与雅鲁藏布江种群尚有少量的基因交流。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析显示,雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼种群在末次间冰期(0—0.137 Ma)发生过种群扩张现象。

线粒体D-loop序列变异与东方鲀属鱼类系统发育

东方鲀属的红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是后基因组时代的一种重要模式生物。本研究中,利用东方鲀属11种鱼类(18尾)的D-loop基因序列,对东方鲀属鱼类的系统发育关系进行研究。经序列比对排定后,分析中D-loop序列有841个位点,其中395个位点为可变位点,267个位点为系统发育信息位点。分别采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯方法构建了分子系统树。研究结果表明:(1)东方鲀属鱼类为一单系类群;(2)由横纹东方鲀(T. oblongus)和铅点东方鲀(T. alboplumbeus)构成的姊妹群位于这个类群的基部。此外,本属鱼类物种分类现状还需要进一步的澄清。

应用染色体涂染法建立人和黑叶猴(Semnopithecus francoisi)的染色体同源性

应用荧光原位杂交技术中的染色体涂染法（Chromosomepainting），以生物素标记的除Y染色体外的人全部整条染色体DNA特异性探针与黑叶猴的中期分裂相杂交，建立了人与黑叶猴之间的染色体同源性。除人的1、2、6、16和19号染色体特异探针分别与黑叶猴的2条非同源的染色体杂交外，其余人染色体特异探针均与黑叶猴的1条染色体杂交，其中有两对人染色体特异探针（14和15，21和22）分别杂交同一条黑叶猴染色体。在雌性黑叶猴的单倍染色体中，共检测到30个与人染色体具同源性的染色体和染色体片段。结果表明：黑叶猴的多数染色体与人染色体有高度同源性，仅有少数染色体发生了重排。将研究的结果与已报道的人染色体特异探针与其他灵长类的中期染色体杂交的结果进行比较，可以看出亚洲叶猴之间的相互关系较与非洲叶猴的更为密切。

鲸类保护遗传学研究进展

简要介绍了mtDNA的PCR直接测序、微卫星microsatelliteDNA分型、组织相容性复合体 (majorhis tocompatibilitycomplex,MHC)分析等DNA分子标记技术在鲸类遗传变异、种群结构、进化历史、个体识别。

海洋生物多样性中心形成与演变机制的比较基因组研究进展

在大气圈、水圈、岩石圈和生物圈等多圈层相互作用下,全球范围内海洋生物多样性中心的地理位置、物种组成结构和优势度都呈动态变化。迄今,海洋生物多样性中心的形成与演变机制在生态、遗传和分子等层面正逐步得到解析。在生态层面,学界涌现出了物种形成中心、物种汇聚中心、物种重叠中心和物种保存中心等重要科学假说,解析了生物多样性分布格局的重塑以及生物多样性中心的形成机理;其中,地质和洋流等是生物多样性分布格局形成的重要制约因素,从而形成了类似华莱士区这样具有特殊生物多样性的区域。在遗传层面,物种种内或种间频繁的基因交流和适应性辐射可以促进生物间不同基因型和表型的重新组合,衍生出更高更复杂的生物多样性水平,进而加速了生物多样性中心的形成。在分子层面,染色体进化、基因组多倍化、超级基因形成、基因复制、基因渗入、水平基因转移、遗传通路的进化和调控元件的进化等分子调控与进化机制可以引发新性状的形成和物种的多样化,从而推动生物多样性中心的形成。本文重点介绍了比较基因组学方法在揭示海洋生物多样性形成与演变的分子生物学机理方面的研究进展。对于海洋生物多样性中心形成和演变机制的深入了解,不仅可以提高我们对生物多样性动态变化理论的认知,亦可以促进海洋生物多样性保护和资源利用手段的改进和提高。

草鱼野生与选育群体线粒体DNA控制区D-loop遗传变异分析

为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,研究对4个野生群体(邗江、九江、石首和吴江)和2个选育世代(F1和F2)进行了线粒体DNA控制区(D-loop)序列的遗传变异分析。实验结果表明,4个野生群体在单倍型数目(H)、单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(π)、平均核苷酸差异数(K)水平上均高于2个选育世代,在2个选育世代内表现为F1代群体的核苷酸多样性(π)和平均核苷酸差异数(K)大于F2代群体,但单倍型多样性(Hd)小于F2代群体;单倍型分析结果表明,6个群体间无共享单倍型,4个野生群体间共发现2种共享单倍型(Hap1和Hap3),石首群体和2个选育世代共享1种单倍型(Hap15);遗传分化指数(F_(st))分析结果表明,邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间存在较大的遗传分化(F_(st)范围为0.41475—0.55128),石首群体与F1代群体之间存在较小的遗传分化,与F2代群体之间存在中等水平的遗传分化,同时F1代群体与F2代群体之间存在较小的遗传分化;基于6个群体276个个体构建的邻接(Neighbor-Joining,NJ)进化树和基于27种单倍型构建的单倍型网络图也得到了相似的结论,即邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间的亲缘关系较远,石首群体和2个选育世代两两之间的亲缘关系较近。以上结果表明,经过2个世代的选择育种,选育群体的遗传结构已发生了变化,并且随着选育的进行,选育世代的遗传多样性下降的较为明显,这警示着我们在今后的育种工作中应适当改变现有的选育方案,并实时监测选育群体的遗传多样性,以便为今后进一步的选育工作打下坚实的基础。

基于线粒体控制区的中华绒螯蟹群体遗传多样性分析

中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis H.Milne Edwards）隶属于十足目（Decapoda）、方蟹科（Grapsidae）、绒螯蟹属（Eriocheir）,广泛分布于我国沿海各大水系[1]。中华绒螯蟹肉味鲜美、营养价值高,是我国重要的水产经济物种。目前,中华绒螯蟹的增殖放流和水产养殖等生产活动的开展已造成不同水系种质资源严重混杂[2,3]。因此,为深入了解不同水系中华绒螯蟹的遗传特征和种质差异,有效管理利用和保护中华绒螯蟹资源,对不同水系中华绒螫蟹的遗传多样性和群体遗传结构研究势在必行。

中国貉随机扩增多态DNA及其亚种分化关系

对来自陕西、云南、越南、安徽和广西等地的８只中国貉（Ｎｙｃｔｅｒｅｕｔｅｓｐｒｏｃｙｏｎｉｄｅｓ）进行随机扩增多态ＤＮＡ分析。应用２８个１０ｂｐ的随机引物，平均每只貉获得的ＲＡＰＤ标记数约为１３０条。遗传距离计算结果显示，中国貉个体间的平均遗传距离指数值为１１．２０％，最大值为１４．９３％，最小值为２．９４％。以赤狐（Ｖｕｌｐｅｓｖｕｌｐｅｓ）为外群，应用ＰＨＹＬＩＰ３．０计算软件包中的ＵＰＧＭＡ和ＮＪ聚类方法构建分子系统树。结果表明，不同地理群体间的中国貉存在遗传分化；中国貉可分为４组：（１）广西貉，（２）安徽貉，（３）陕西貉，（４）云南貉和越南貉。其中安徽貉和广西貉间的关系稍近，陕西貉则与云南貉－越南貉稍近。对合中国貉的形态分类、地理分布、ｍｔＤＮＡ多态分析以及进化遗传学的观点，认为陕西貉、广西貉和安徽貉可能与云南貉－越南貉具有等同的分类地位。

应用BP人工神经网络探讨PPAR-γ和RXR-α基因多态性与汉族人群2型糖尿病遗传易感性的关系

目的:探讨BP人工神经网络(BPANN)在研究过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPAR-γ)和视黄醛α受体(RXR-α)基因单核苷酸多态性(SNP)位点与中国南方地区汉族人群2型糖尿病(T2DM)易感性关系中的应用特点。方法:采用BPANN分析方法,对591例2型糖尿病患者和724例正常对照者的基因多态性位点的分型结果、血清脂联素水平以及其他所有可能的影响因素按照平均影响值(MIV)的绝对值大小排序,并与Logistic回归模型的分析结果相比较,用多因子降维法(MDR)分析基因间的交互作用。结果:BPANN多因素分析中,2型糖尿病危险因子的顺位为血清脂联素浓度、高血压史、腰围、rs4240711、rs3132291、rs3856806、2型糖尿病家族史、饮酒、高脂血症史、吸烟、年龄、BMI指数、rs1045570、性别、rs2920502、rs6537944、rs4842194、rs17827276、rs1801282;而多因素Logistic回归分析中只有8个变量入选最终模型,因子顺位为高血压史、T2DM家族史、腰围、饮酒、吸烟、rs4240711、rs4842194、血清脂联素浓度;多因子降维法(MDR)分析结果显示模型X1X2X3(rs3856806,rs3132291,rs4240711)为最佳模型(交叉验证一致性10/10,P=0.0107)。结论:PPAR-γ和RXR-α基因多态性改变的交互作用对于中国南方汉族T2DM遗传易感性可能具有一定的作用。BPANN用于筛选T2DM等复杂多病因疾病的影响因素,可能提供更切合实际情况的模型。

沙芥属(十字花科)的起源、分类与进化研究进展

沙芥属(PugioniumGaertn.)最初是从匙荠属(Bunias)中分出来单独建立的属,ndhF系统树表明,该属和高河菜属(Megacarpaea)、Farsetia、香雪球属(Lobularia)、屈曲花属(Iberis)和Ionopsidium亲缘关系较近,且和高河菜属构成姐妹关系。自从沙芥属确立以来,先后发表过沙芥[P.cornutum(L.)Gaertn]、斧形沙芥(P.dolabratum Maxim.)、距果沙芥(P.calcaratum Kom.)、鸡冠沙芥(P.cristatum Kom.)、翅果沙芥(P.pterocarpum Kom.)等5个种和宽翅沙芥(P.dolabratumvar.platypterum H.L.Yang)1个变种,但形态统计学和分子生物学的证据表明,沙芥属应该仅包含沙芥(P.cornutum)和斧形沙芥(P.dolabratum)2个形态学物种。基于不同遗传背景的DNA分子标记的研究结果进一步表明,沙芥和斧形沙芥这2个形态学物种间的遗传分化明显,但种间分化的时间并不久远,它们很可能是更新世以来随中亚和中国西北沙漠发展扩张而形成的2个近期分化的姐妹种。该文对沙芥属的系统起源、属下分类和遗传进化方面的研究历史和最新研究进展进行综述,并提出了研究中存在的问题。

半线性时变种群扩散系统广义解的唯一性

用抛物方程的比较原理和上、下解方法，证明了一类半线性时变种群扩散系统广义解的唯一性。

河南刺猬种群的遗传多样性研究

为正确评价刺猬种群间的遗传关系，利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术，对河南刺猬种群的遗传多样性进行研究．共扩增出89个位点，片段大小为200-1650bp，多态位点百分率（P）为89．89％，Nei’s基因多样度（H）为0．3281±0.1720，Shannon’s多样性信息指数（I）为0．4846±0．2298，种群间遗传相似度平均为0．8060，群体间遗传距离平均为0．2228．结果表明，周口种群与信阳种群之间的遗传关系最近，信阳种群与濮阳种群之间的遗传关系最远，说明地理隔离可能是造成河南刺猬种群遗传差异的主要原因．