参考文献(References):

互花米草(Spartinaalterniflora)是目前中国海岸带湿地分布面积最广的入侵植被,其较强的入侵及扩散能力与其高盐度抗性密不可分。为阐明其盐度胁迫响应及抗性机制,通过对3~5叶期S.alterniflora幼苗进行10、24和32盐度条件处理,并采用Illumina高通量测序技术进行转录组测序分析:共获得121760个基因(Unigene)以及1190个差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),挖掘得到如脯氨酸代谢相关基因(Sporobolusalterniflorusdelta1-pyrroline-5-carboxylatesynthetase2,SaP5CS2)、稳定Na+/K+比例的阳离子转运体基因(Cation transporter,HKT7)、钠/氢交换器基因(Sodium hydrogen exchanger 2,NHX2)、抗K+外流基因(K+effluxantiporter5)等与互花米草耐盐高度相关的Unigene;GO(Gene Ontology)功能注释结果表明,DEGs主要与催化活性、转运活性、细胞过程、新陈代谢过程、细胞组分等相关;KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集结果显示,DEGs主要富集在氰氨酸代谢通路、氧化磷酸化代谢通路、光合作用-天线蛋白通路等通路中;功能-基因互作网络分析显示,显著富集到的苯丙素代谢途径、氧化磷酸化途径(LG组与CG组),氮(N)代谢、光合作用-天线蛋白、ECM-受体相互作用、P13K-Akt信号通路、氧化磷酸化等途径(HG与CG组),氰基氨酸代谢、硫代葡萄糖苷生物合成、油菜素类固醇生物合成、角质、木栓和蜡生物合成(HG组与LG组)等途径都与互花米草抗逆性有关。本研究通过挖掘互花米草的抗盐关键基因及代谢通路,提供了其生物入侵和扩散分子机制的基础信息,为互花米草等入侵物种的防控技术方向提供了重要参考,并具有重要的经济及生态学意义。

高致病性PRRSV的分离及其Nsp2和ORF5基因的序列分析

从广东省不同地区疑似高致病性猪生殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc-145细胞病变的病毒，经RT-PCR检测，确定分离物中存在美洲型猪生殖与呼吸综合征病毒（PRRSV），将此细胞病毒液命名为GDBl，用其感染回归5头40日龄健康仔猪，采集发病及死亡猪组织，重新用Marc-145细胞进行病毒分离，将再次分离到的病毒命名为GDB1F。对GDB1、GDBIF的Nsp2、ORF5基因序列进行测定分析。结果表明，单独感染猪2／2发病死亡，同居感染的3头猪全部发病，2头死亡；感染后2～4d所有感染猪均出现体温升高。死亡猪表现为严重的出血性、间质性肺炎，肢体远端皮表出血。序列分析结果表明，GDB1和GDB1F株的Nsp2基因与国内高致病性PRRSV分离株JXA1、HN2Nsp2、HNXT1、HNyz、HUB2、HUN1的同源性很高，达98．4％～99．0％。GDB1和GDB1F株的ORF5基因存在部分突变，没有缺失，与国内高致病性PRRSV分离株JXA1、HUB2、JX0612、GDZC1的同源性高达97．5％～99．8％。

rDNA-ITS在植物病原真菌分子检测中的应用

文章综述了rDNA序列结构特点及ITS序列在植物病原真菌的分类鉴定、分子检测、病害诊断及土壤中病原真菌的检测方面的应用,并对其应用前景进行了评述。

番鸭呼肠孤病毒S基因组的克隆与序列分析

对番鸭呼肠孤病毒S12和S14毒株S基因组（S1-4）中σA、σB、σNS和σC蛋白基因进行了克隆和测序。序列分析表明：鸭呼肠孤病毒（DRV）与禽呼肠孤病毒（ARV）的σA和σNS基因的核苷酸同源性分别为76．0％～77．1％和78．4％～79．6％，氨基酸同源性分别为89．5％～91．2％和91.6％～92．7％；而具有诱导群特异性和型特异性中和抗体的σB和σC基因的核苷酸同源性分别为60．3％～64．4%和2．7%～9．9％，氨基酸同源性分别为61．4％～62．0％和22．6％～26．7％；DRV和ARV抗原性存在差异。而DRVS12／S14与法国89026株σA、σB、σNS和σC基因的核苷酸同源性分别为90．0％、93．6％、87．9％～88．0％和93．1%，氨基酸同源性分别为97．1%、94．3%、95．7%～95．9%和93．7％。进化树分析表明，DRV与ARV形成不同的分支，DRV是正呼肠孤病毒属中不同于ARV的一种新的呼肠孤病毒。

熊猫等动物犬瘟热病毒附着蛋白基因的遗传多样性

为了研究犬瘟热病毒 (caninedistempervirus,CDV)大熊猫株、小熊猫株和长春犬株附着蛋白 (H)基因的遗传变异 ,对H基因进行了序列测定。上述 3个CDV毒株的H基因全长均为 1946bp ,开放阅读框架 (ORF)始于 2 1～2 3位的ATG ,终止于 1842～ 1844位的TGA ,编码 6 0 7个氨基酸。与GenBank中 15个CDV株推导的H蛋白氨基酸序列比较发现 ,16个野毒株潜在的N -联糖基化位点为 8或 9个 ,而疫苗株Onderstepoort和Convac分别为 4个和 7个 ,其中 30 9～ 311位氨基酸所形成的潜在的糖基化位点是疫苗株没有而野毒株共有的 ,N -联糖基化位点的不同可能影响H蛋白的抗原性。用DNASIS软件分析H基因的系统发生 ,其中野毒株组成一组 ,该组又分成 5个谱系 ,分别为GP、LP、MINK ,2 5 44、40 4、45 13、DANDOG ,A92 - 6、LEOP、JAVE、RACC、AMEDOG ,HAMA、UENO ,GREEN、LIU谱系 ;而疫苗株与野毒株H基因之间存在明显的差异 ,组成了另一组 ,上述结果表明CDVH蛋白基因存在基因型的差别 ,具有广泛的遗传多样性。

膜果麻黄种子不同发育时期的转录组测序分析

以不同萌发期间的膜果麻黄(E.przewalskii)种子为研究对象,应用新一代高通量测序技术平台Illumina Hi SeqTM2000对其进行转录组测序和数据重新组装,结果获得了12 999 122条初始序列,总长为1 169 920 980bp,初始序列组装获得序列片段的平均长度与N50值分别为351和548 bp;与COG功能注释、GO分类及KEGG代谢通路分析后,获得了49 449个GO功能注释、17 751个COG功能注释以及16 748个KEGG注释;并从KEGG通路中找到有关芪类、二芳基庚烷和姜醇合成途径的编码基因片段230个。

浙江省桃花水母18S rRNA基因序列分析及物种鉴定

采用PCR和DNA测序技术扩增和测序了2003-2008年间采自浙江省宁波、杭州、温州和金华4个地区7个地点桃花水母（Craspedacusta）核糖体小亚基rRNA（18S rRNA）基因,并与已知索氏桃花水母（Craspedacusta sow-erbyi）和中华桃花水母（Craspedacusta sinensis）18S rRNA基因序列进行了比对。结果显示：这7个地点的桃花水母与索氏桃花水母序列极为相似,相似度达99.67%-100%,遗传距离为0-0.002,而与同属中华桃花水母的遗传距离为0.013-0.015。分子系统学分析显示这7个地点桃花水母与索氏桃花水母分支的置信度高达100%。结果确定分析样品均为索氏桃花水母。

华南流感病毒NS1基因特性研究

为了解H9N2和H5N1亚型流行性感冒病毒株的NS1基因特性 ,采用RT PCR方法测定了 12株 2 0 0 0～2 0 0 3年间在华南地区分离的禽流感病毒株的NS1基因核苷酸序列 .测序显示 6株H9N2亚型流感病毒NS1基因开放阅读框 (ORF)长 6 5 4bp ,编码 2 17个氨基酸 .6株H5N1亚型毒株NS1基因ORF长 6 78bp ,编码 2 2 5个氨基酸 .核苷酸和氨基酸同源性分析表明 ,同一亚型分离株之间有很高的同源性 ,而不同亚型的H9N2和H5N1毒株之间存在较大差异 .BLAST分析表明 ,H5N1和H9N2亚型流感病毒分离株的NS1基因分别与近两年从香港特区和华南地区的鸭中分离的毒株A/Duck/HongKong/ 6 4 6 3/ 0 1(H5N1)、A/Duck/Shantou/ 2 14 3/ 0 1(H9N2 )有很高的亲缘关系 .该研究结果为进一步进行NS1功能研究奠定了基础 .

大壁虎线粒体12S rRNA基因片段的两种单倍型

通过测定大壁虎 5个个体的线粒体 12SrRNA基因片段序列 ,发现大壁虎明显地分为两种单倍型 .结合染色体组型上的微小差异 ,这样的种内差异是否可能达到亚种级水平 ,还有待于进一步研究 .

植物组织RNA的几种提取方法

以白菜叶为试材,用常用的异硫氰酸胍法、尿素法及Tris-硼酸法,比较其提取RNA的质量和纯度。结果表明异硫氰酸胍法提取RNA的质量好、纯度高、提取效率高;尿素法提取RNA成本低、RNA质量也较高;而Tris-硼酸法则较适合于酚类物质含量的材料RNA的提取,其RNA的产率较高。

日本绒螯蟹太平洋群体和日本海群体12SrRNA序列比较研究

参考果蝇与蚤状■线粒体 ＤＮＡ１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段序列进行了日本绒螯蟹太平洋群体和日本海群体的相同片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定。４群体日本绒螯蟹的碱基序列完全相同，为４５７ ｂｐ，其 Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５９ ｈｐ（３４．７９％）、１７８ ｂｐ（３８． ９５％）、５０ ｂｐ（１０． ９４％）、７０ ｂｐ（１５． ３２％）。

RNAi技术的研究及其在植物上的应用

RNA干扰(RNAi)是由双链RNA导入而引起的基因沉默现象,它可以在转录水平、转录后水平对基因的沉默发挥作用。就RNAi的发展历史、作用机制、特征及其在植物抗病毒、品质改良和基因功能研究中的应用作一概述。

基于DNA分子标记数据构建系统进化树的新策略

结合DPS软件和MEGA软件优点,进行DNA分子标记数据处理和系统发育树构建的新策略:首先使用DPS软件进行0,1数据系统聚类方法获得遗传距离矩阵,然后将此矩阵输入MEGA3,利用NJ或者UPGMA进行系统进化树的构建和树的优化。该方法操作简单,得到的树形美观。

稀土元素对5′-腺苷酸和5′-鸟苷酸的催化水解作用

用ＨＰＬＣ法研究了稀土金属离子ＲＥ３＋ （如Ｌａ３＋ ，Ｃｅ３＋ ，Ｎｄ３＋ ，Ｓｍ ３＋ ，Ｅｕ３＋ ）对５′－腺苷一磷酸（５′－ＡＭＰ）和５′－鸟苷一磷酸（５′－ＧＭＰ）的催化水解断裂作用． 结果表明：在温和条件下，稀土金属离子对５′－ＡＭＰ无明显的断裂作用，而Ｃｅ３＋ 对５′－ＧＭＰ有较好的断裂作用，当浓度降至０．０５ｍ ｍ ｏｌ／Ｌ时，Ｅｕ３＋ 对５′－ＧＭＰ也有一定的断裂作用；Ｈ２Ｏ２ 能促进稀土金属离子对５′－ＡＭＰ的水解断裂作用；ｐＨ 对稀土金属离子水解切断５′－ＡＭＰ有影响．

烟草丛顶病毒完整基因组上微卫星分布

为了提取并展示NCBI数据库中烟草丛顶病毒完整基因组(NC-004366.1)上微卫星分布特性,采用MATLAB软件和最优完全子图算法自编了计算机程序进行。结果表明,烟草丛顶病毒完整基因组上n-碱基组(n=1～6)最大的重复出现次数随n增加而按指数函数减少。

猪繁殖与呼吸综合症病毒分离株ORF5和Nsp2基因的序列分析

根据美洲型猪繁殖与呼吸综合症病毒（PRRSV）基因组序列设计2对引物，对疑似PRRSV感染猪的病料进行RT—PCR检测，核酸检测阳性病料进行PRRSV分离，获得了1株美洲型PRRSV，命名为GD08-2．对PRRSVGD08．2株、GD—XH株、GD08—1株的ORF5基因和部分Nsp2基因进行序列测定与分析．结果表明，GD08—2株的ORF5基因与PRRSV疫苗株pMLV、经典株VR-2332和GD—XH株的相似性较高，而与GD08—1株的相似性较低．GD08—2株的Nsp2基因推导的氨基酸序列出现12个氨基酸的不连续缺失，分别位于66～74位和192～194位，由此推测，GD08—2株可能为PRRSV的突变株．GD08—1株的ORF5基因与国内分离的高致病性PRRSV相似性较高，其Nsp2基因推导的氨基酸序列存在30个氨基酸的缺失，与国内高致病性PRRSV分离株JXA1的缺失位置完全一致，由此推测，GD08—1株属于高致病性PRRSV；GD—XH株的ORF5基因与疫苗株pMLV的相似性较高，其Nsp2基因存在个别核苷酸的点缺失．遗传进化分析表明，GD08—1株与国内分离的高致病性PRRSV的遗传进化关系较近，属同一分支；GD-XH株和GD08—2株与PRRSV经典株VR一2332、疫苗株pMLV的遗传关系较近，属另一分支．

陆地棉两个GhBI-1基因的生物信息学分析

BI-1基因是广泛存在于真核生物、原核生物和病毒中的一个保守性基因,具有抑制细胞凋亡的作用。本研究对克隆到的两个陆地棉BI-1基因——GhBI-1a和GhBI-1b进行生物信息学分析,发现其与拟南芥BI-1有很高的同源性,尤其羧基尾极为相似。GhBI-1a有6个跨膜区域,GhBI-1b有7个跨膜区域,它们的二级结构也与其他物种的BI-1相似,跨膜区域基本都是α螺旋。

酿酒酵母反义snoRNA一级结构的分析

对酿酒酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ基因组中发现和鉴定的４１个反义ｓｎｏＲＮＡ进行一级结构的分析表明：酿酒酵母ｓｎｏＲＮＡ基因富含ＡＴ；４１个反义ｓｎｏＲＮＡ全都具有ｂｏｘＣ’和ｂｏｘＤ’结构元素；根据反义ｓｎｏＲＮＡ保守结构元素及反义序列的数目和位置的特点，将反义ｓｎｏＲＮＡ分为５种结构类型，认为ｓｎｏＲＮＡ分子具有两个主要的功能区；在ｓｎＲ５７、ｓｎＲ５９、ｓｎＲ６８、ｓｎＲ７１和ｓｎＲ７５不具有指导甲基化反义序列的功能区中，发现有一段长１０～１２个核苷酸的序列与ｒＲＮＡ互补．为进一步研究反义ｓｎｏＲＮＡ的结构与功能提供了重要线索．

ITS序列分析在真菌分类鉴定和分子检测中的应用

笔者介绍了ITS序列结构特点,综述了ITS序列在植物病原真菌分类鉴定和分子检测中的应用,并对其应用前景进行了展望。