PCR-DGGE法检测DNA碱基突变及多态性的方法学评价

目的了解聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gelelectrophoresis,PCR-DGGE)法检测DNA碱基突变和分辨单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的能力。方法分别用DNA序列分析法及PCR-DGGE法检测白血病患者治疗前及缓解期的白细胞线粒体DNA D-loop区,以缓解期为对照,了解两种方法检测治疗前白细胞线粒体DNA D-loop区突变的能力并作比较。同时将野生型和突变型DNA以不同比例混合模拟DNA多态性存在,以了解PCR-DGGE检测SNP的灵敏度。结果以DNA序列分析作为对照,PCR-DGGE法检测碱基突变的特异度达到100%,灵敏度为97.1%;PCR-DGGE可检出单碱基突变;PCR-DGGE可检测出约0.5%的多态性存在。结论PCR-DGGE是一个检测DNA碱基突变和多态性存在的较好的方法。

芯片瞬间等速电泳-筛分电泳偶联分析精确计算DNA长度

建立了基于相对迁移时间比例的方法,依据待侧DNA片段相对于上位及下位内标的迁移时间比例进行长度预测。实验结果显示,DNA片段的相对迁移时间比例在不同分析条件下具有良好的重现性。通过建立相对迁移时间比例相对于DNA片段长度的对应关系公式,实现了芯片瞬间等速电泳条件下DNA片段长度的准确预测。实际样品分析证实这种基于相对迁移时间比例的计算方法简单可靠,适合于芯片tITP-CGE分析中DNA长度的精确判定。

AFM的DNA样品制备技术研究

AFM应用中最为关键的一步无疑是样品的制备。本文介绍DNA样品制备的几种主要方法,通过实验发展了两种适合对DNA及其碎片进行长度测量和做统计分析的制样方法,它们分别采用APS-云母和纯云母为衬底。这两种方法不仅丰富了DNA样品制备方法,对推广AFM在生物研究中的应用也具有重要意义。

纳米材料应用于DNA检测领域的研究进展

本文主要评述了近年来纳米材料在除了PCR领域以外的DNA检测方面的研究进展。对以纳米材料(纳米粒子、纳米纤维、纳米线、纳米管)为单元,或以纳米器件的制备为实验方法而开展的DNA检测方面的工作进行了介绍。研究表明,基于纳米材料的DNA检测法,无论是在定位、可视化还是多重检测等方面都比传统PCR技术的检测方法表现出其自身的优越性。在以纳米材料为单元的研究中,基于纳米粒子标记的DNA检测方法研究的最多。本文分别进行了例证说明,具体内容包括:比色法、荧光检测法、共振光散射法、表面增强拉曼光谱法、电化学法、MALDI-TOF质谱分析法、元素分析法。而围绕纳米器件制备方法开展的DNA检测研究中,从4个方面进行了介绍:纳米排列图案法、纳米电机械设备法、纳米孔检测法和微排列检测法。

粪便不同保存方法对动物基因组DNA提取效果的影响

目的为了探索一种既能使野外采集的粪便样品DNA保存完好,又方便带回实验室用于分子水平研究的粪便保存方法。方法本研究通过将普氏原羚的粪便在野外分别采取60℃干燥后低温保存,75％乙醇保存,100％乙醇保存,直接低温(保温箱中加生物冰袋)保存,在1个月内、5个月后、8个月后对粪便DNA进行抽提,并将提取的DNA作为模板进行PCR扩增,基因克隆测序。结果短期内均可得到高质量的DNA,DNA大小在23kb左右,电泳带型整齐,无降解,线粒体的扩增结果也完全一致,而用100％乙醇保存粪便DNA的时间更为长久。结论不同的保存方法提取动物基因组效果不一样。

定量聚合酶链式反应研究新疆小河古代样本的DNA

利用定量聚合酶链式反应来检测PCR起始阶段的古DNA模板数是鉴定古DNA保存状况以及确保其真实性的有效方法之一。采用SYBRgreenI法对距今3800年左右的新疆小河墓地出土的5例样本线粒体DNA的3个不同长度片段(138bp、209bp和363bp)及核DNA(AMG基因)进行定量。线粒体DNA定量结果显示:小河样本古DNA扩增效率与扩增序列长度成负相关性,只有138bp的结果高于每微升150拷贝。虽然大部分小河样本的AMG基因定量结果都在30拷贝以内,仍然可以进行核DNA的STR或SNP分析。本实验首次通过定量PCR的方法,证明在同一个体中的牙齿中的DNA拷贝数要高于骨骼中的。

夜蓝荧光探针测定DNA的研究

基于DNA对夜蓝(NB)荧光的增强作用,以二苯基萘基甲烷类碱性染料夜蓝为荧光探针,建立了一种新的DNA荧光测定体系。实验表明,在pH=6.4的K2HPO4-KH2PO4缓冲溶液中,当DNA的浓度在0.01～0.8μg/mL时,线性方程为:ΔF=627.85C+6.2547(C:μg/mL),相关系数r=0.9986,检测限为4.2×10-5μg/mL。该方法用于榛树嫩叶中DNA含量的测定,结果令人满意。

阴离子交换树脂固相萃取分离纯化DNA

以330阴离子交换树脂为吸附材料建立了固相萃取分离DNA的方法。利用血红蛋白和树脂之间的静电作用力将DNA吸附至树脂,以Na2HPO4溶液为洗脱剂回收DNA.考察了溶液pH值、吸附时间和温度、洗脱剂的种类及其浓度等对分离纯化的影响。在优化实验条件下,树脂对DNA的吸附容量为5.98μg/mg.将建立的方法应用于合成样品和全血样品中基因组DNA的分离纯化,得到的DNA可成功地用作PCR扩增反应的模板。

毛细管电泳DNA分离的理论进展

对DNA电泳分离的理论进展进行了综述。首先对交缠溶液理论及亚浓溶液线团收缩理论进行了描述,它是其它模型建立的依据;然后逐个分类介绍了Ogston模型、爬行模型、及偏爬行模型、熵屏障模型、碰撞-交缠模型以及其他一些模型。对DNA分离的优化具有参考价值。

碳纳米管原子力显微镜针尖对脱氧核糖核酸高分辨率成像研究

运用自制的碳纳米管原子力显微镜针尖,在液体中观察了脱氧核糖核酸(DNA)分子的精细结构。结果表明,运用碳纳米管针尖获得的DNA分子的高度与电子显微镜的结果非常接近,且没有造成样品的变形损伤;碳纳米管针尖得到的DNA分子的宽度与真实值相近,减小了原子力显微镜成像的增宽效应,这是用传统的硅针尖无法获得的。DNA分子精细结构的高分辨率图像的获得为研究其功能提供了有价值的信息。

基于金纳米通道膜检测脱氧核糖核酸的研究

采用化学沉积的方法在聚碳酸酯膜上沉积金纳米颗粒得到金纳米通道膜，并用探针DNA对金纳米通道进行修饰。基于目标DNA与探针DNA杂交后，金纳米通道膜（孔径为30nm左右）交流阻抗信号的变化．发展了一种无需标记的DNA的检测方法。该方法获得的线性回归方程为△R（Ω）=21．05＋0．21C（nmol／L），线性相关系数为0．9864；线性检测范围为35-450nmol/L，检出限为20nmol/L。这种金纳米通道膜在DNA或RNA的检测及分离方面具有较好的应用前景。

添加剂在毛细管电泳分离DNA中的作用研究进展

使用无胶筛分介质的毛细管电泳(包括毛细管阵列电泳和微芯片电泳)是最重要的DNA分离技术之一。在低粘度的无胶筛分介质中加入某种添加剂是一种有效且简单的克服填充困难和提高DNA分离性能的方法。本文就各种添加剂(如多羟基化合物、粘土、金纳米粒子、乳胶粒等)对提高无胶筛分介质中DNA的分离性能的作用进行了综述。

一种新的小分子DNA纯化方法——石英棉纯化法

建立了小分子DNA的高效分离纯化方法，适合于分离几十到300个核苷酸组成的基因，在此基础上，建立更大的DNA片段的分离纯化方法。对不同大小的DNA片段经琼脂糖凝胶电泳后，采用石英棉分离纯化法纯化DNA。结果显示，石英棉的分离效果最好，对于200个碱基以下的DNA的回收率约高达90％以上，对于300个碱基的DNA回收率为约85～90该项技术纯化的DNA的酶切、酶连效率与试剂盒法纯化的DNA的酶切、酶连效率相同。该分离纯化DNA技术明显优于试剂盒方法。

从血液中提取DNA方法探讨

目的:研究从血液中提取DNA的方法以应用。方法:静脉抽取血样,分别抗凝或不加抗凝处理后,提取DNA,通过电泳和PCR进行检测。结果:凝血和抗凝血的DNA产量和纯度分别是(40.2±8.86)mgDNA/L血液和(1.87±0.11)mgDNA/L,(39.1±10.2)mgDNA/L血液和(1.92±0.12)mgDNA/L。所有样本的DNA分子量都很高,从两者的DNA样本中能很容易地扩增出t-PA基因的第8内含子区Alu等位基因二态性,因此所提取的DNA是完整可靠的。结论:该方法能快速、简单、有效、无毒地从新鲜血液和凝血中提取DNA,适合于临床检测和分子生物学研究。

基于液芯波导激光诱导荧光检测器的缝管自动进样毛细管电泳仪的研制及其在DNA分析中的应用

介绍一种自行研制的毛细管电泳仪。以半导体激光器作为激发光源,使用液芯波导石英毛细管同时作为电泳分离通道和荧光检测光路,结合基于取样探针、缺口型样品圆盘两者的缝管自动进样系统,以激光诱导荧光的检测方式实现对两种常用DNA分子标记物(DNA Marker)快速、低耗、准确的有效检测。该仪器具有结构简单、体积小、操作方便等特点。

快速提取牛脾中核酸的方法探讨

一种新的DNA提取方法可快速从奶牛脾脏中提取到高质量DNA样品。氯化钠的最合适提取浓度是A缓冲液1.6%,B缓冲液14%,乙醇加入量3￣4倍,处理时间30min,温度65℃,在这一条件下基因组的提取量较其它方法显著提高。紫外吸收测定结果表明:所获DNA的A260/A280值大于1.80。该方法所需实验仪器简单、操作容易、纯度好、用时短、成本低等优点。

结合光度法和电化学分析法研究亚甲基蓝与DNA的作用机理

本文结合伏安法、紫外可见分光光度法和同步荧光法研究了亚甲基蓝(methylene blueMB)与小牛胸腺DNA的作用。根据实验现象和实验数据可以得出亚甲基蓝与DNA反应作用主要以静电作用为主同时还伴随有嵌插作用。另外利用电化学立法还计算了MB与DNA的络合比为1:1,以及它们的结合参数。根据斯特恩-沃尔默(Stern-Volmer)方程计算出MB与DNA反应的荧光猝灭过程为静态猝灭且此体系只存在一种荧光体。

DNA损伤单分子偏振成像检测装置研制”项目通过验收

12月9日，中国科学院专家对生态环境研究中心汪海林研究员承担的“DNA损伤单分子偏振成像检测装置研制”项目进行现场验收。

DNA在氨基功能化偶氮苯自组装膜表面的固定

采用简单快速的方法制备出将DNA固定在其表面的单分子层敏感膜.首先采用表面自组装技术将硅氧烷基偶氮苯衍生物H2NAzoCONHC3Si(OCH3)3(APDA-N-TMSPBA)组装在硅表面,在详细考察单分子层薄膜的化学结构、表面浸润性和分子表面形貌之后,又通过紫外吸收光谱(UV)在位考察了硅氧烷基偶氮苯衍生物的光学异构特性.在DNA在自组装薄膜固定后,X光电子能谱仪(XPS)结果显示出现了明显的磷元素信号,表明DNA分子可以成功固定在自组装膜表面.

光学分析方法在DNA检测中的应用

介绍了用于DNA检测的各种光学分析方法及其原理,主要包括荧光法、化学发光法、光纤传感法、比色法、表面等离子共振法以及其他光学衍生方法。