基于三链核酸的DNA计算

一种研究DNA计算的新模型——三链DNA计算模型在本文中提出。此模型是在近年三链核酸的研究成果的基础上建立的。并应用于求解可满足性问题(SAT),这是一个困难的NP-完全问题。不同于以往的DNA计算方法,基于三链核酸的分子算法通过寡聚脱氧核苷酸(ODN)在RecA蛋白的介导下与同源的双链DNA匹配成三链DNA进行基本的运算,这样可以有效减少计算中的错误。依据分子生物学的实验方法,该算法切实可行并且有效。

水溶液中的环状DNA超螺旋空间构象(英文)

质粒DNA水溶液的喇曼光谱研究表明 ,85 4和 10 83cm-1特征峰反映了DNA主链骨架三级结构的振动状态 ;表征脱氧核糖中C -C伸缩振动的 96 9cm-1峰 ,其相对强度值介于线性DNA在水溶液和在纤维状态下所得数值之间 (0 46 <0 83<1 10 ) ;DNA中胸腺嘧啶的堆积反应活性增加 ,A -T间氢键能减弱。

银染法用于EMSA分析检测三链核酸形成

目的 探讨银染法在三链形成的电泳迁移率改变分析 (EMSA)中的可行性 ,从而为三链核酸研究提供有效的非同位素检测方法。 方法 三链形成反应后进行 EMSA分析 ,然后用银染显示电泳形成的 DNA区带。 结果 银染法显示出三链的 EMSA滞后带 ,并揭示三链形成的平台效应。 结论 本文首次表明银染法可用于三链形成的 EMSA分析快速检测 ,且 SOX9基因内含子

含双dppz配体的钌(Ⅱ)配合物与G-四联体的相互作用研究

应用紫外-可见吸收光谱、荧光光谱、热变性、圆二色谱等方法在K+溶液中研究了富含鸟嘌呤的G-四联体(AG3(T2AG3)3)与钌髤配合物[Ru(L)(dppz)2](PF6)4(L=5,5′-二(三正丁胺基甲基)-2,2′-联吡啶离子,dppz=二吡啶并[3,2-a∶2′,3′-c]吩嗪)的相互作用。紫外和荧光滴定实验表明,配合物与G-四联体之间存在较强的亲和力,拟合得到的结合常数可达107;从热变性实验可以看出,该配合物能够有效地稳定DNA的四螺旋结构。

三链核酸poly(U)·poly(A)·poly(U)主链的振动位移

基于三链核酸 poly(U)· poly(A)·poly(U)的螺旋对称性 ,利用晶格动力学方法 ,计算了三链核酸分子 poly(U)·poly(A)·poly(U)主链振动的本征矢 ,探讨了振动位移矢量和线二色光谱的关系。结果表明 ,对应着磷酸双氧的反对称振动谱线可以用于直接确定磷酸根的取向 ,精度大约为 1°。其他谱线必须通过对分子的简正分析来帮助确定分子的结构。

在拓扑异构酶Ⅰ缺失的大肠杆菌中拓扑异构酶Ⅲ参与高负超螺旋的消除(英文)

在拓扑异构酶Ⅰ缺失的大肠杆菌突变株中,抑制转录和翻译可以消除高度负超螺旋.为了检测起作用的拓扑异构酶,在拓扑异构酶Ⅰ缺陷的菌株中,以萘啶酮酸抑制旋转酶和拓扑异构酶Ⅳ的活性,结果表明并未影响高度负超螺旋的消除.进一步作了拓扑异构酶Ⅰ,旋转酶,拓扑异构酶Ⅲ和拓扑异构酶Ⅳ的体外松弛实验,结果表明,拓扑异构酶Ⅲ可以松弛高度负超螺旋到正常的超螺旋水平.可以认为拓扑异构酶Ⅲ负责松弛高度负超螺旋并受到某种信号机制的调控.

四面体DNA核酸适体生物传感器构建方法及应用

核酸适体是一种单链DNA/RNA分子,具有合成简单快速、稳定性高、特异性强、靶分子范围广且易于修饰等优点,在生物传感领域具有良好的应用前景,如何实现核酸适体在传感界面的高活性有序固定是核酸适体生物传感器面临的一大难题。四面体DNA是由四条单链DNA组成的三维DNA纳米结构,引入四面体DNA可以提高传感界面核酸适体识别靶分子的能力,由于DNA碱基间特异的A-T、G-C互补配对规则,通过调整DNA的链长可以精确控制四面体DNA三维纳米结构的大小、相邻DNA探针链的距离。基于四面体DNA的三维纳米结构有望解决核酸适体在传感界面高活性有序固定的难题。本文对四面体DNA的结构及固定方式、四面体DNA核酸适体生物传感器的构建方法及应用等进行了介绍,分析了四面体DNA核酸适体生物传感器面临的问题并展望其前景,以期为高灵敏四面体DNA核酸适体生物传感器的构建提供参考。

THE MOLECULAR ALGORITHM OF CONNECTIVITY BASED ON THREE DIMENSIONAL DNA STRUCTURE

Inspired by the potential computational capability of 3-Dimensional (3D) DNA structure,this paper presents a graph structure constructed by k-armed (k = 3or 4) branched junction DNA molecules to explore the possibility of solving some intractable problems. In the proposed procedure,vertex building blocks consisting of 3,4-armed branched junction molecules are selectively used to form different graph structures. After separating these graph structures by gel electrophoresis,the connec-tivity of this graph can be determined. Furthermore,the amount of potential solutions can be reduced by a theorem of graph theory.

RecA蛋白介导的三链核酸结构形成及其序列提取(英文)

人工合成的单链DNA分子经PCR扩增形成双链DNA分子。将RecA蛋白与生物素标记的寡聚核酸探针序列在ATPγS存在的情况下共同哺育,使RecA蛋白包裹寡聚核酸探针,然后加入含同源序列的上述双链DNA分子经适当环境哺育形成了稳定的局部三链核酸结构。通过加入链亲和素包裹的磁珠吸附生物素化的探针,这样同源双链DNA分子与寡聚核酸探针形成的局部三链核酸结构也被吸附在磁珠上。使用磁分离装置提取这一结构,逐步降低盐离子浓度以洗脱双链DNA分子。将洗脱液中残留的蛋白质去除,经PCR扩增可获得目的DNA序列。同时使用同源探针和非同源探针在其它序列中提取目的DNA序列,结果显示目的DNA序列只被同源探针提取。实验结果显示了这一三链核酸结构形成的序列特异性,并且其稳定性随盐离子浓度降低而下降。提示在这一结构中同源的寡聚核酸单链与双链DNA分子形成了氢键结合,同时提示使用文中描述的方法可以提取特异的序列,用以克隆相应的基因。