基于改进最小冗余最大相关及私有化预测用于抗菌肽活性的QSAR研究

基于地统计学和氨基酸理化性质对氨基酸序列进行特征提取,发展了一种改进的最小冗余最大相关特征选择方法,并引入了私有化预测结合支持向量机进行建模预测,得到了一种新的抗菌肽活性的预测方法。结果表明,地统计学关联特征能更好地表征氨基酸序列,特征选择对于高维回归数据的处理作用明显,同时能有效地增强模型的解释性,私有化预测能进一步提升模型的预测能力。所得新方法具有较好的预测能力及可解释性,在高维回归数据领域具有较为广泛的应用前景。

LHRH介导的TAT蛋白核心肽PTD的制备及跨膜研究

为了研究促黄体激素释放激素(LHRH)介导的TAT蛋白核心肽PTD的跨膜作用,测定目的蛋白的转导效率,试验以pET28a—PTD—GFP质粒为模板,设计含LHRH基因序列的特异性PER引物,经PCR扩增后双酶切,并克隆到原核表达载体pET28a中,构建重组质粒并在E.coli BL21(DE3)感受态细胞中诱导表达,超声破碎后进行硫酸铵梯度沉淀,取上清液用Phenyl—HP疏水层析柱和Q阴离子交换层析柱纯化,将纯化后的目的蛋白加到体外培养的HeLa细胞中,观察转导情况,分析目的蛋白浓度对转导效率的影响。结果表明:PER扩增得到目的基因LHRH—PTD-GFP,并成功构建出重组质粒pET28a—LHRH—PTD-GFP,在E.coli BL21(DE3)感受态细胞中成功诱导表达出目的蛋白,经Phenyl—HP疏水层析柱和Q阴离子交换层析柱成功纯化出目的蛋白,在荧光显微镜下HeLa细胞内显现明显的绿色荧光,经分析转导效率与目的蛋白浓度之间呈正相关,回归系数为0.096 6,决定系数(R^2)为0.937 8。说明LHRH介导的TAT蛋白核心肽PTD具有很好的跨膜特性,转导效率对目的蛋白浓度具有依赖性,在一定浓度范围内随着目的蛋白浓度的增加转导效率增大。