蛋白质结构标注中的基于支持向量机的拉氏图优化方法

拉氏图是一种经典的蛋白质结构验证工具,在蛋白质结构研究领域有广泛应用.然而,传统拉氏图定义的合理区域范围广,容错率高,且包含了一些不准确的结构.针对这一问题,提出了一种基于支持向量机(support vector machine,SVM)和贝叶斯优化的方法SVM-Rama,对传统拉氏图的合理区域定义进行优化和细分,使细分后的合理区域的范围精确到具体的二级结构种类,SVM-Rama法可以提高蛋白质结构验证准确率,且能简便精确地标注二级结构.研究结果表明,该方法在二级结构标记中的准确率接近传统方法取得的最好结果,但训练和计算成本远小于传统方法.

成骨细胞钙响应在稳恒、脉冲流体中的实时检测和研究

利用微流控剪切力芯片系统为原代成骨细胞提供准确可控的流体剪切力(Fss)刺激.实时监控成骨细胞钙信号在稳恒、脉冲流体作用下的变化,通过改变刺激强度、刺激时间、重复次数来研究成骨细胞对外部力学条件的准确感知和响应.实验结果表明:稳恒剪切力诱导的胞内钙响应曲线明显包含两个区间:钙峰区和平台区.钙峰区对力学强度敏感,而平台区对刺激时间敏感.在多次脉冲流体刺激下,钙响应随着重复次数逐步衰减,其衰减速度与刺激间隔时间成反比.