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蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中全长转录本的差异表达分析
被引量:
2
1
作者
杜宇
蒋海宾
+9 位作者
王杰
范小雪
王秀娜
冯睿蓉
张文德
隆琦
熊翠玲
郑燕珍
陈大福
郭睿
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期363-373,共11页
【目的】本研究旨在探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称“球囊菌”)菌丝(Aam)和孢子(Aas)中的全长转录本与菌丝生长、孢子萌发以及有性生殖的相关性。【方法】将前期获得的Aam和Aas的Nanopore长读段测序数据中的有效读段与球囊菌参考...
【目的】本研究旨在探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称“球囊菌”)菌丝(Aam)和孢子(Aas)中的全长转录本与菌丝生长、孢子萌发以及有性生殖的相关性。【方法】将前期获得的Aam和Aas的Nanopore长读段测序数据中的有效读段与球囊菌参考基因组注释的已知转录本进行序列比对,获取全长转录本与已知转录本的对应信息。利用生物信息学方法对Aam和Aas的全长转录本进行差异表达、功能注释以及结构特征分析。【结果】Aam和Aas共有的全长转录本数量为19966条,特有的全长转录本数量分别为1273和2856条。Aas vs Aam比较组含有3230条差异表达转录本(differentially expressed transcripts,DETs),包含3072条上调和158条下调。GO功能注释结果显示,这些DETs涉及代谢进程、细胞、催化活性等GO条目。KEGG注释结果显示,这些DETs注释到内吞作用、MAPK信号通路、糖酵解/糖异生、碳代谢以及氨基酸的生物合成等相关通路。进一步分析发现,部分全长转录本的剪接异构体在Aam和Aas中具有不同的表达量和结构。【结论】本研究发现球囊菌在菌丝和孢子两个不同阶段伴随着转录本表达量和结构的变化,研究结果为深入探究不同剪接异构体在球囊菌的菌丝生长、孢子萌发和有性生殖中的分子功能提供了理论依据和数据基础。
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关键词
蜜蜂球囊菌
菌丝
孢子
差异表达转录本
全长转录本
三代测序
下载PDF
职称材料
题名
蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中全长转录本的差异表达分析
被引量:
2
1
作者
杜宇
蒋海宾
王杰
范小雪
王秀娜
冯睿蓉
张文德
隆琦
熊翠玲
郑燕珍
陈大福
郭睿
机构
福建农林大学动物科学学院(蜂学学院)
福建农林大学
福建农林大学生命科学学院
福建农林大学
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期363-373,共11页
基金
国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目(CARS-44-KXJ7)
福建省自然科学基金项目(2018J05042)
+3 种基金
福建省教育厅中青年教师教育科研项目(JAT170158)
福建农林大学杰出青年科研人才计划项目(xjq201814)
福建省病原真菌与真菌毒素重点实验室(福建农林大学)开放课题
福建农林大学优秀硕士学位论文资助基金(杜宇)。
文摘
【目的】本研究旨在探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称“球囊菌”)菌丝(Aam)和孢子(Aas)中的全长转录本与菌丝生长、孢子萌发以及有性生殖的相关性。【方法】将前期获得的Aam和Aas的Nanopore长读段测序数据中的有效读段与球囊菌参考基因组注释的已知转录本进行序列比对,获取全长转录本与已知转录本的对应信息。利用生物信息学方法对Aam和Aas的全长转录本进行差异表达、功能注释以及结构特征分析。【结果】Aam和Aas共有的全长转录本数量为19966条,特有的全长转录本数量分别为1273和2856条。Aas vs Aam比较组含有3230条差异表达转录本(differentially expressed transcripts,DETs),包含3072条上调和158条下调。GO功能注释结果显示,这些DETs涉及代谢进程、细胞、催化活性等GO条目。KEGG注释结果显示,这些DETs注释到内吞作用、MAPK信号通路、糖酵解/糖异生、碳代谢以及氨基酸的生物合成等相关通路。进一步分析发现,部分全长转录本的剪接异构体在Aam和Aas中具有不同的表达量和结构。【结论】本研究发现球囊菌在菌丝和孢子两个不同阶段伴随着转录本表达量和结构的变化,研究结果为深入探究不同剪接异构体在球囊菌的菌丝生长、孢子萌发和有性生殖中的分子功能提供了理论依据和数据基础。
关键词
蜜蜂球囊菌
菌丝
孢子
差异表达转录本
全长转录本
三代测序
Keywords
Ascosphaera apis
mycelium
spore
differentially expressed transcript
full-length transcript
third-generation sequencing
分类号
Q895.1 [生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中全长转录本的差异表达分析
杜宇
蒋海宾
王杰
范小雪
王秀娜
冯睿蓉
张文德
隆琦
熊翠玲
郑燕珍
陈大福
郭睿
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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