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我国裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)形态与线粒体基因组分析
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作者 梁日深 何浩斌 +6 位作者 郜梓涵 张景琪 朱梓锋 陈厚桦 周萌 黄燕华 张凯 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期279-291,共13页
为完善我国裸胸鳝属鱼类物种信息,研究报道了采集于海南省陵水县裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)。该物种仅于2018年在东印度孟加拉湾首次发现,目前世界其他海域均无记录。针对采集的奥迪萨裸胸鳝进行详细的... 为完善我国裸胸鳝属鱼类物种信息,研究报道了采集于海南省陵水县裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)。该物种仅于2018年在东印度孟加拉湾首次发现,目前世界其他海域均无记录。针对采集的奥迪萨裸胸鳝进行详细的外部形态特征分析,并从分子水平对该裸胸鳝进行线粒体全基因组测序。结果显示,奥迪萨裸胸鳝主要特征为体型粗壮,体棕褐色,吻端至鳃孔区域分布橘黄色斑点,眼睛后缘存在黑色斑块,鳃孔边缘黑色,身体无其他条带或斑纹;上颌齿、中央齿均单行,下颌齿两行,椎骨式为4-52-135。线粒体基因组方面,奥迪萨裸胸鳝线粒体全长为16580 bp,由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区组成,基因组结构特征与其他脊椎动物相似。基于12个蛋白编码基因构建的海鳝科鱼类分子系统进化树上,奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝(Gymnothorax reevesii)、淡网纹裸胸鳝(Gymnothorax pseudothyrsoideus)、疏条纹裸胸鳝(Gymnothorax reticularis)及小裸胸鳝(Gymnothorax minor)聚在一起;基于COI基因构建的裸胸鳝属鱼类分子系统进化树,奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝、淡网纹裸胸鳝、肝色裸胸鳝(Gymnothoraxhepaticus)及黄纹裸胸鳝(Gymnothoraxmonochrous)等聚为一支。遗传距离方面,奥迪萨裸胸鳝与目前世界上其他裸胸鳝的遗传距离范围为0.082~0.263,均大于最小物种鉴定遗传距离0.020,揭示奥迪萨裸胸鳝在形态与分子水平均为区别于其他裸胸鳝的独立物种。研究结果表明我国海域也有奥迪萨裸胸鳝分布,为新记录种,为我国裸胸鳝属鱼类的系统分类及物种名录更新提供分类基础。 展开更多
关键词 奥迪萨裸胸鳝 新记录种 形态特征 线粒体基因组 系统进化
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中国蓑鲉亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究
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作者 程静 陈玉佩 +3 位作者 叶嘉文 陈厚桦 陈震翰 梁日深 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第3期257-265,共9页
为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和... 为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果显示:除盔蓑鲉(Ebosia bleekeri)和安狭蓑鲉(Pteroidichthys amboinensis)只有一个样本无法测定外,其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍,显示COⅠ基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上,蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系,其中蓑鲉属(Pterois)与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中,翱翔蓑鲉(P.volitans)与斑鳍蓑鲉(P.miles)聚为一支,两者关系较近,但COⅠ遗传距离为0.042,大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离,支持两者为两个独立物种的观点;触须蓑鲉(P.antennata)、辐蓑鲉(P.radiate)和黑颊蓑鲉(P.mombasae)聚为一支,独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外,并与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)的花斑短鳍蓑鲉(D.zebra)以及盔蓑鲉属(Ebosia)的种类聚在一起,与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似;但这3种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属,还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品研究验证。 展开更多
关键词 蓑鲉亚科 COⅠ基因 DNA条形码 系统进化
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基于非基因工程技术的细胞表面修饰策略研究进展
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作者 毕瑞 武江波 马春靖 《生物技术进展》 2024年第4期555-565,共11页
细胞表面成分与结构在维持细胞内代谢环境稳定、控制细胞内外物质交换和促进细胞间通讯方面发挥着至关重要的作用,因此,调节或改变细胞表面成分对研究细胞命运具有重要意义。基因工程是目前调节细胞表面成分最常用的技术,但是由于这种... 细胞表面成分与结构在维持细胞内代谢环境稳定、控制细胞内外物质交换和促进细胞间通讯方面发挥着至关重要的作用,因此,调节或改变细胞表面成分对研究细胞命运具有重要意义。基因工程是目前调节细胞表面成分最常用的技术,但是由于这种方法具有转染效率低、存在突变风险等问题,其应用范围仍然有限。相比之下,近些年发展起来的多种非基因工程细胞表面修饰技术,具有简便、易操作、适用范围广等优势,为调控细胞生命活动、赋予细胞新的性质和功能提供了更多新的选择,因而其在基础生物学研究和新药研发中具有广泛应用前景。对目前非基因工程技术的原理、特点以及在细胞治疗领域的应用等进行了综述和讨论,期望有助于深入了解这一新技术及其在生物医学领域中的应用。 展开更多
关键词 非基因工程 细胞表面修饰技术 细胞治疗 新药研发
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不同地理种群野生大黄鱼部分生长相关性状间的通径分析
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作者 张雨情 郭华阳 +5 位作者 张楠 刘宝锁 朱克诚 冼霖 朱腾飞 张殿昌 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期112-119,共8页
大黄鱼(Larimichthys crocea)不同地理种群的多样性体现在形态性状上,依据不同地理种群选育出的大黄鱼的形态特征也略有不同。为给养殖大黄鱼的品种选育和人工增殖放流过程中的苗种选择提供表型性状参考依据,分别从广东湛江、福建厦门... 大黄鱼(Larimichthys crocea)不同地理种群的多样性体现在形态性状上,依据不同地理种群选育出的大黄鱼的形态特征也略有不同。为给养殖大黄鱼的品种选育和人工增殖放流过程中的苗种选择提供表型性状参考依据,分别从广东湛江、福建厦门和浙江舟山3个地点采集野生大黄鱼,测定其全长、体长、体高和尾柄高,并对表型性状进行相关性分析、通径系数分析和逐步回归分析。结果表明,3个地理种群的大黄鱼体质量间的变异系数介于17.44%~19.79%;不同种群间各表型性状的相关系数也均达到极显著水平(P<0.01);对湛江、厦门和舟山种群起主要作用的表型性状分别有2个(体长、体高)、3个(全长、体长和体高)和2个(全长、体长);3个种群对体质量有重要影响的个体表型特征复相关系数(r)分别为0.962、0.915和0.964。经多元回归方程的建立,去除与体质量相关性不显著的表型性状,得到的回归方程中的形态指标和通径分析结果相同。 展开更多
关键词 大黄鱼 地理种群 相关性状 通径分析 多元回归方程
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热激活的Vg1转基因文昌鱼品系构建及表型分析
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作者 商留珂 陈钰薇 +3 位作者 刘惠敏 石成刚 李光 王义权 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期119-126,共8页
[目的] Vg1作为Nodal信号通路的重要配体之一参与了早期胚胎发育过程中的背腹分化调控及左右不对称模式的建立.构建Vg1转基因文昌鱼品系以研究其在文昌鱼胚胎不同发育阶段的功能.[方法]结合Tol2转座子转基因系统和热敏启动子Hsp70构建... [目的] Vg1作为Nodal信号通路的重要配体之一参与了早期胚胎发育过程中的背腹分化调控及左右不对称模式的建立.构建Vg1转基因文昌鱼品系以研究其在文昌鱼胚胎不同发育阶段的功能.[方法]结合Tol2转座子转基因系统和热敏启动子Hsp70构建文昌鱼BbHsp70-BfVg1稳定转基因品系;并用热激实验、表型统计和原位杂交等手段对该转基因品系的有效性进行评估.[结果]热激结果显示,在囊胚晚期热激处理Vg1转基因文昌鱼导致胚胎背腹轴形成异常;在原肠胚中期热激处理Vg1转基因文昌鱼导致胚胎原本左右不对称的器官变为对称分布.基因表达分析结果显示,在囊胚晚期热激F1代胚胎中有部分比例胚胎的Vg1呈现全身性表达,背部中胚层标记基因Gsc表达扩张,腹部标记基因Evx表达下调,神经标记基因SoxB1a向腹侧蔓延;在原肠胚中期热激F1代胚胎中有部分比例胚胎的左侧特异基因Pitx呈现两侧对称表达,左侧口前窝标记基因Pit呈现两侧对称表达.[结论]初步构建了一个能够实现实时热激活Vg1的文昌鱼稳定转基因品系,并为后续在文昌鱼中进行基因功能研究提供了一个新手段. 展开更多
关键词 转基因文昌鱼 Nodal信号通路 Vg1基因 Hsp70启动子 Tol2转座子
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我国圈养和野生东北虎种群线粒体基因组遗传多样性的比较研究
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作者 褚佳宁 徐海涛 +9 位作者 何志健 杨金城 周永恒 刘博洋 崔靓玉 高雨薇 刘丹 徐艳春 姜广顺 杨淑慧 《野生动物学报》 北大核心 2024年第2期231-241,共11页
东北虎(Panthera tigris altaica)是体型最大的猫科(Felidae)动物之一,是极具代表性的珍稀野生动物。现有研究表明,我国野生东北虎种群遗传多样性较低、近交水平较高。尽管目前我国野生东北虎的数量在逐步增长,但通过人工干预来提高野... 东北虎(Panthera tigris altaica)是体型最大的猫科(Felidae)动物之一,是极具代表性的珍稀野生动物。现有研究表明,我国野生东北虎种群遗传多样性较低、近交水平较高。尽管目前我国野生东北虎的数量在逐步增长,但通过人工干预来提高野生东北虎的遗传多样性会更利于其数量的恢复,通过野化放归进行遗传拯救是一种关键策略,但实施遗传拯救之前,必须确定圈养个体与现存野生个体间的遗传关系。采用粪便DNA的高通量测序数据组装了51只横道河子圈养东北虎和13只完达山、老爷岭等地的野生东北虎的线粒体基因组,分析两者之间的关系,评估线粒体基因组的遗传多样性。结果表明:圈养东北虎的遗传多样性高于野生种群,所有遗传变异均为无害。部分圈养个体与野生种群同属一个进化支,且具有野生种群所不包含的遗传变异,可用于实施遗传拯救。此外,圈养种群存在显著的遗传分化,一个与当前野生种群关系很远的分支可能代表未知的地理种群,因此,建议对该远缘分支开展野外来源的追溯,确定其谱系地理学地位和保护价值,使其成为恢复野外历史遗传多样性的后备资源。 展开更多
关键词 东北虎 遗传拯救 线粒体基因组 粪便DNA 遗传多样性
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基于cyt b基因序列的花斑副沙鳅种群遗传多样性比较研究
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作者 胡西庚 崔韵文 +2 位作者 黎明政 谢碧文 张富铁 《四川动物》 北大核心 2024年第3期241-250,共10页
为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷... 为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷酸多态性较低(Pi=0.00235),但野生群体(Hd=0.602,Pi=0.00374)的遗传多样性显著大于养殖群体(Hd=0.381,Pi=0.00091),说明养殖群体需要增加亲本资源。中性检验、错配分布和贝叶斯天际图结果表明,野生群体在历史上经历了种群扩张。赤水群体的单倍型最多,遗传多样性最高(Hd=0.836,Pi=0.00899),与其他群体遗传距离大,说明赤水河的花斑副沙鳅资源较丰富,且已形成相对独立、稳定的地理种群,种质优良,适合用作人工繁殖和新品系创制的种源。 展开更多
关键词 花斑副沙鳅 cyt b基因 遗传多样性
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料液比对搅拌型UHT核桃酸奶品质特性的影响
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作者 吴必聪 焦博 +5 位作者 张雨 郭鑫 张誉 罗晓红 代蕾 王强 《生物技术进展》 2024年第4期640-648,共9页
超高温瞬时灭菌技术(ultra high temperature,UHT)在植物乳制品领域的应用备受关注。然而,关于UHT对植物乳制品品质特性的影响并未探明。为解决植物基酸奶在灭菌过程中存在的蛋白过度变性和微生物残留问题,研究了1∶8、1∶10、1∶12、1... 超高温瞬时灭菌技术(ultra high temperature,UHT)在植物乳制品领域的应用备受关注。然而,关于UHT对植物乳制品品质特性的影响并未探明。为解决植物基酸奶在灭菌过程中存在的蛋白过度变性和微生物残留问题,研究了1∶8、1∶10、1∶12、1∶14、1∶16共计5个料液比梯度的核桃酸奶,探讨了UHT处理下不同料液比对搅拌型核桃酸奶品质的影响。研究结果显示,在不同料液比下,核桃酸奶的pH和酸度在发酵过程中表现出一致的趋势。料液比为1∶12时,核桃酸奶具有最高的硬度、稠度和持水性,分别为211.37 g、464.51 g·s和83.54%,相对于其他料液比有效地改善了核桃酸奶的品质特性。料液比为1∶8时,核桃酸奶具有最小的粒径,为37.63μm。综上,通过对核桃酸奶进行UHT处理并使用适宜的料液比,可以明显地改善核桃酸奶的品质特性。研究结果可为搅拌型核桃酸奶产品的生产提供关键的实验数据和理论支持,并为相关领域的学术研究和工业应用提供参考。 展开更多
关键词 核桃酸奶 UHT 料液比 微生物
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基于COI基因的浙江省内黄缘闭壳龟遗传多样性研究
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作者 陈敏 秦媛 +3 位作者 林业宏 任思齐 叶嘉政 郑善坚 《野生动物学报》 北大核心 2024年第2期367-377,共11页
为了解浙江省内不同黄缘闭壳龟(Cuora flavomarginata)群体的种质资源现状,基于线粒体DNA COI序列对来自浙江省内野外和养殖场的8个黄缘闭壳龟群体的遗传多样性和遗传结构进行比较分析。结果表明:黄缘闭壳龟线粒体COI基因序列长度为1040... 为了解浙江省内不同黄缘闭壳龟(Cuora flavomarginata)群体的种质资源现状,基于线粒体DNA COI序列对来自浙江省内野外和养殖场的8个黄缘闭壳龟群体的遗传多样性和遗传结构进行比较分析。结果表明:黄缘闭壳龟线粒体COI基因序列长度为1040 bp,A=27.4%、T=30.5%、C=24.6%、G=17.5%,有较强的AT偏好性;共定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)为(0.79900±0.21000),核苷酸多样性(Pi)为(0.00209±0.00147),呈“高Hd低Pi”遗传分布;不同黄缘闭壳龟群体间的遗传距离为0~0.003,群体内部的遗传距离为0~0.004,其中磐安后阁村(YS)群体内部的遗传距离最大,为0.004;单倍型系统发育树并未呈现明显的谱系结构;群体间遗传分化指数(FST)为-0.34752~0.82222,8个群体的遗传分化不显著(p>0.05);中性检验(Tajima’s D=-0.36627,Fu’s FS=-0.605)与核苷酸错配分布均表明,浙江省内黄缘闭壳龟群体并未经历种群扩张事件,同时,由Mantel检验可知,遗传距离与地理距离没有显著的相关性(R=0.2938,p>0.05);AMOVA分子方差结果显示,群体内的遗传变异高于群体间(85.06%>14.94%)。研究表明,浙江省内黄缘闭壳龟群体之间为高单倍型多样性和低核苷酸多样性的遗传特征,并且存在一定水平的遗传分化,群体内存在明显的基因交流,根据COI基因分析显示,在磐安县获得的野生黄缘闭壳龟个体确定为黄缘闭壳龟浙江种,同时也发现存在浙江种与安徽种的杂交种,建议将分化程度不同的黄缘闭壳龟群体划分为不同单元保护。研究结果为浙江省内黄缘闭壳龟种质资源开发利用和合理制定保护措施提供了基础依据。 展开更多
关键词 黄缘闭壳龟 COI 遗传多样性 遗传结构 浙江省
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牛、羊和鹿科动物遗传多样性及起源研究进展
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作者 杨苏坤 陈旭 +3 位作者 唐丽昕 董世武 王洪亮 邢秀梅 《特产研究》 2024年第4期150-155,共6页
牛、羊和鹿资源是人类的宝贵财富,不仅能够为人类提供丰富的肉奶等产品,而且在医药、科学研究等方面有着无可替代的价值,但这些遗传资源正在丢失并且部分品种已经濒危甚至灭绝。探究其遗传多样性和起源可全面的了解群体现状、遗传变异... 牛、羊和鹿资源是人类的宝贵财富,不仅能够为人类提供丰富的肉奶等产品,而且在医药、科学研究等方面有着无可替代的价值,但这些遗传资源正在丢失并且部分品种已经濒危甚至灭绝。探究其遗传多样性和起源可全面的了解群体现状、遗传变异和分化以及明确祖先类型和迁徙路线,并提出科学的保种选育方案,为遗传资源保护提供科学依据。本文综述了牛、羊和鹿科动物的遗传多样性的研究方法以及父系、母系起源的研究进展,为保护种质资源和濒危物种以及遗传资源的开发利用提供参考依据。 展开更多
关键词 遗传标记 遗传多样性 父系起源 母系起源
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Seminar教学法结合案例在动物遗传学教学中的实践
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作者 朱晓萍 尚秀国 《畜牧兽医科技信息》 2024年第3期1-3,共3页
本文旨在阐述如何提高课堂教学效率,培养符合满足社会及畜牧业需要的高素质创新人才。依据动物遗传学课程特点,在课堂教学过程中,通过线上、线下平台的使用并结合Seminar教学法实践,有效地提高学生沟通表达、自主学习、合作思辨、解决... 本文旨在阐述如何提高课堂教学效率,培养符合满足社会及畜牧业需要的高素质创新人才。依据动物遗传学课程特点,在课堂教学过程中,通过线上、线下平台的使用并结合Seminar教学法实践,有效地提高学生沟通表达、自主学习、合作思辨、解决问题和拓展知识面等专业素质和综合能力,提高了课堂学习效果。 展开更多
关键词 SEMINAR教学法 动物遗传学 教学质量 实践
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新疆布尔根河狸国家级自然保护区狭耳鼠耳蝠线粒体基因组研究
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作者 阿斯姑丽·阿布都热合曼 初雯雯 +3 位作者 戚英杰 初红军 吴红潘 何承斌 《野生动物学报》 北大核心 2024年第1期43-49,共7页
为提供鼠耳蝠属(Myotis)蝙蝠类遗传及进化分子水平的证据,通过高通量测序法对新疆布尔根河狸国家级自然保护区栖息的狭耳鼠耳蝠(M.blythii)线粒体基因组全序列进行测定和分析。结果显示:狭耳鼠耳蝠线粒体基因组总长为16752 bp,总碱基组... 为提供鼠耳蝠属(Myotis)蝙蝠类遗传及进化分子水平的证据,通过高通量测序法对新疆布尔根河狸国家级自然保护区栖息的狭耳鼠耳蝠(M.blythii)线粒体基因组全序列进行测定和分析。结果显示:狭耳鼠耳蝠线粒体基因组总长为16752 bp,总碱基组成为33.8%A、30.4%T、22.7%C和13.1%G;线粒体基因组由13个蛋白质编码基因、2个r RNA(12S和16S)基因、22个t RNA基因和1个非编码控制区组成;控制区基因长度为948 bp,比大鼠耳蝠(M.myotis)等姊妹物种短很多;与从NCBI下载的其他鼠耳蝠属蝙蝠线粒体基因组序列的系统发育分析比较,狭耳鼠耳蝠与大鼠耳蝠亲缘关系最近。研究结果丰富了鼠耳蝠属线粒体基因组信息,明确了新疆狭耳鼠耳蝠在鼠耳蝠属内的系统进化地位和亲缘关系,为蝙蝠科(Vespertilionidae)系统分子进化和后续研究提供基础数据。 展开更多
关键词 线粒体基因组 狭耳鼠耳蝠 濒危物种 高通量测序 系统发育
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基于GEO数据库鉴定鸡新城疫和鸡链球菌病的共同基因特征和生物学机制
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作者 刘满 黄永熙 +2 位作者 闫普普 刘佳丽 郭利伟 《生物技术进展》 2024年第3期451-458,共8页
为了探讨新城疫病毒与鸡链球菌二者各自感染鸡后的共同基因及其分子相互作用机理,深入了解二者协同感染关系,从GEO数据库中获取新城疫病毒和链球菌临床上感染鸡的相关基因芯片数据集,进行生物信息学数据二次挖掘,并开展了GO功能注释、K... 为了探讨新城疫病毒与鸡链球菌二者各自感染鸡后的共同基因及其分子相互作用机理,深入了解二者协同感染关系,从GEO数据库中获取新城疫病毒和链球菌临床上感染鸡的相关基因芯片数据集,进行生物信息学数据二次挖掘,并开展了GO功能注释、KEGG通路分析以及蛋白质相互作用网络的构建。结果表明,新城疫病毒感染和链球菌感染后机体的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)共34个。GO功能注释和KEGG富集分析显示,这些DEGs主要参与对病毒的反应、细胞死亡、程序性细胞死亡、对细胞因子产生的调节作用等生物学过程和NOD样受体信号通路、细胞因子受体的相互作用、Toll样受体信号通路等。蛋白质互作网络显示二者共有15个蛋白参与相同的生物学功能,并进一步分析筛选出IL6、TNFSF13B、TNRSF1A、IL1B、TLR4、CD83、IRF7、IRF1、SOCS1、SOCS3 10个关键基因,均为表达上调基因。对核心基因的临床验证结果显示,部分核心基因在鸡新城疫病毒感染与鸡链球菌感染出现一致的显著性上调,且二者存在相互作用。研究结果表明,鸡新城疫与鸡链球菌病不仅在临床症状表现相似,且二者在感染机体时也存在相似的作用机理。 展开更多
关键词 鸡新城疫 鸡链球菌病 生物信息学 共享差异表达基因
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白化红点齿蟾蝌蚪皮肤的转录组学分析
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作者 柴鑫 杨卫诚 《水产学杂志》 CAS 2024年第4期18-27,共10页
为探究喀斯特洞穴的代表物种——红点齿蟾蝌蚪(Oreolalax rhodostigmatus)白化的分子调控机制,采用Illumina HiSeqTM4000对白化和黑色红点齿蟾蝌蚪皮肤组织进行了转录组测序,探寻基因表达差异,为红点齿蟾适应性进化提供理论依据。结果显... 为探究喀斯特洞穴的代表物种——红点齿蟾蝌蚪(Oreolalax rhodostigmatus)白化的分子调控机制,采用Illumina HiSeqTM4000对白化和黑色红点齿蟾蝌蚪皮肤组织进行了转录组测序,探寻基因表达差异,为红点齿蟾适应性进化提供理论依据。结果显示,转录组拼接组装后获得98711个Unigene,总长度为96459902 bp,平均长度为977 bp;共预测3389个完整开放阅读框(open reading frame,ORF),其中长度分布在0~200个氨基酸的ORF最多,占ORF总数的74.89%。Deseq2分析共筛选出269个差异表达基因(DEGs),其中上调基因136个,下调基因133个。GO功能注释发现,差异表达基因显著富集在细胞过程、代谢过程、结合、催化活性等通路上。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路分析显示,差异基因被成功富集到175个信号通路上,主要包括代谢途径、脂肪酸合成、酪氨酸代谢、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢等通路,筛选到酪氨酸代谢通路、黑色素合成通路、MAPK信号通路、WNT信号通路、PI3K-Akt信号通路与黑色素合成相关。通过荧光定量PCR验证转录组数据的可靠性。最后利用MISA查找到9623个SSR位点,出现频率最高的为二碱基重复(79.87%)。本实验结果可为红点齿蟾蝌蚪白化性状相关基因的挖掘与功能研究提供基础信息。 展开更多
关键词 红点齿蟾蝌蚪 皮肤白化 转录组测序 基因注释
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全基因组重测序及其在群体基因组学的研究方法
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作者 吕晨晓 陈丽丽 +3 位作者 拉毛杰布 九麦扎西 勒毛才让 马毅 《中国畜禽种业》 2024年第8期46-52,共7页
利用群体基因组学的工具分析重测序数据可以更好地将选择位点与种群历史相结合,精确估计有效种群规模、种群历史和种群结构,确定特定遗传位点和变异。该文简述了全基因组测序技术,介绍了其在群体基因组学的主要研究方法和实现软件,讨论... 利用群体基因组学的工具分析重测序数据可以更好地将选择位点与种群历史相结合,精确估计有效种群规模、种群历史和种群结构,确定特定遗传位点和变异。该文简述了全基因组测序技术,介绍了其在群体基因组学的主要研究方法和实现软件,讨论了这些方法的优缺点,并提出开发新的深度学习模型和机器学习算法或许是未来改进群体基因组学研究方法的方向。 展开更多
关键词 全基因组重测序 群体基因组学 进化与驯化 适应
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彭泽鲫胚胎发育观察
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作者 姚远 肖俊 +3 位作者 巫伟华 龙凡 傅义龙 丁立云 《江西水产科技》 2024年第1期7-11,共5页
通过干法人工授精获得彭泽鲫受精卵,在水温为(28±0.5)℃条件下连续观察彭泽鲫胚胎发育过程。结果显示,彭泽鲫卵子呈浅黄色,卵膜透明,近似圆形,黏性、沉性卵,卵径为(1.65±0.15)mm。发育过程中,受精后53 min进入卵裂期,受精后3 ... 通过干法人工授精获得彭泽鲫受精卵,在水温为(28±0.5)℃条件下连续观察彭泽鲫胚胎发育过程。结果显示,彭泽鲫卵子呈浅黄色,卵膜透明,近似圆形,黏性、沉性卵,卵径为(1.65±0.15)mm。发育过程中,受精后53 min进入卵裂期,受精后3 h 16 min进入囊胚期,受精后5 h 41 min进入原肠期,受精后8 h 55 min进入神经胚期,受精后12 h 03 min进入器官形成期,受精后37 h 26 min仔鱼孵化出膜,从受精到孵化出膜总积温1050.90℃·h。 展开更多
关键词 彭泽鲫 胚胎发育 积温
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Inbreeding and genetic load in a pair of sibling grouse species:Tetrastes sewersowi and T.bonasia
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作者 Kai Song Tom van der Valk +7 位作者 Bin Gao Peter Halvarsson Yun Fang Wendong Xie Siegfried Klaus Zhiming Han Yue-Hua Sun Jacob Hoglund 《Avian Research》 SCIE CSCD 2024年第2期265-270,共6页
Genetic load and inbreeding are recognized as important factors to be considered in conservation programs.Elevated levels of both can increase the risk of population extinction by negatively impacting fitness-related ... Genetic load and inbreeding are recognized as important factors to be considered in conservation programs.Elevated levels of both can increase the risk of population extinction by negatively impacting fitness-related characters in many species of plants and animals,including humans(inbreeding depression).Genomic tech-niques are increasingly used in measuring and understanding genetic load and inbreeding and their importance in evolution and conservation.We used whole genome resequencing data from two sibling grouse species in subarctic Eurasia to quantify both.We found a large range of inbreeding measured as FROH(fraction of runs of homozygosity)in individuals from different populations of Chinese Grouse(Tetrastes sewerzowi)and Hazel Grouse(T.bonasia).FROH estimated from genome-wide runs of homozygosity(ROH)ranged from 0.02 to 0.24 among Chinese Grouse populations and from 0.01 to 0.44 in Hazel Grouse.Individuals from a population of Chinese Grouse residing in the Qilian mountains and from the European populations of Hazel Grouse(including samples from Sweden,Germany and Northeast Poland)were the most inbred(FROH ranged from 0.10 to 0.23 and 0.11 to 0.44,respectively).These levels are comparable to other highly inbred populations of birds.Hazel Grouse from northern China and Chinese Grouse residing in the Qinghai-Tibetan Plateau showed relatively lower inbreeding levels.Comparisons of the ratio between deleterious missense mutations and synonymous mutations revealed higher levels in Chinese Grouse as compared to Hazel Grouse.These results are possibly explained by higher fixation rates,mutational melt down,in the range-restricted Chinese Grouse compared to the wide-ranging Hazel Grouse.However,when we compared the relatively more severe class of loss-of-function muta-tions,Hazel Grouse had slightly higher levels than Chinese Grouse,a result which may indicate that purifying selection(purging)has been more efficient in Chinese Grouse on this class of mutations. 展开更多
关键词 Genetic load INBREEDING Purifying selection Qinghai-Tibetan Plateau ROH Tetrastes
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Development and parentage analysis of SNP markers for Chestnut-vented Nuthatch(Sitta nagaensis)based on ddRAD-seq data
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作者 Qingmiao Yuan Xi Lu +3 位作者 Ruixin Mo Xianyin Xu Xu Luo Yubao Duan 《Avian Research》 SCIE CSCD 2024年第2期271-278,共8页
Extra-pair paternity(EPP)is commonly found in socially monogamous birds,especially in small passerine birds,and there are interspecific and intraspecific variations in the extent of EPP.The Chestnut-vented Nuthatch(Si... Extra-pair paternity(EPP)is commonly found in socially monogamous birds,especially in small passerine birds,and there are interspecific and intraspecific variations in the extent of EPP.The Chestnut-vented Nuthatch(Sitta nagaensis)is a socially monogamous passerine bird,and verifying whether this species has EPP relies on parentage testing-S.nagaensis is not known to have EPP.In this study,we developed SNP markers of this species that are informative for parentage analysis from double digest restriction site-associated DNA sequencing(ddRAD-seq)data.A panel consisting of 50 SNP markers,with a mean heterozygosity of 0.343,was used to resolve 95% of nestlings to fathers.The combined exclusion probabilities for the first parent and second parent were 0.991 and 0.9999,respectively.This panel of SNP markers is a powerful tool for parentage assignments in S.nagaensis.In addition,we found that three offspring(7.9%)from three nests(23.1%)were the result of extra-pair fertilization out of 38 offspring in 13 nests.Our study provided information on parentage analysis that has not been reported before in S.nagaensis.It also supplemented the understudied EPP behavior of birds in Asia,contributing to a general understanding of the EPP behaviors of birds. 展开更多
关键词 Chestnut-vented Nuthatch ddRAD sequencing Extra-pair paternity Parentage analysis SNPS
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Combining genome-wide association study and transcriptome analysis to identify molecular markers and genetic basis of population-asynchronous ovarian development in Coilia nasus
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作者 Yue Yu Shi-Ming Wan +7 位作者 Cheng-You Huang Shuang-Meng Zhang Ai-Li Sun Jun-Qi Liu Shun-Yao Li Yong-Fu Zhu Shu-Xin Gu Ze-Xia Gao 《Zoological Research》 SCIE CSCD 2024年第3期491-505,共15页
Coilia nasus,a migratory fish species found in the middle and lower reaches of the Yangtze River and along offshore areas of China,possesses considerable aquacultural and economic potential.However,the species faces c... Coilia nasus,a migratory fish species found in the middle and lower reaches of the Yangtze River and along offshore areas of China,possesses considerable aquacultural and economic potential.However,the species faces challenges due to significant variation in the gonadal development rate among females,resulting in inconsistent ovarian maturation times at the population level,an extended reproductive period,and limitations on fish growth rate due to ovarian prematurity.In the present study,we combined genome-wide association study(GWAS)and comparative transcriptome analysis to investigate the potential single nucleotide polymorphisms(SNPs)and candidate genes associated with population-asynchronous ovarian development in C.nasus.Genotyping of the female population based on whole-genome resequencing yielded 2120695 high-quality SNPs,39 of which were suggestively associated with ovarian development.Of note,a significant SNP peak on LG21 containing 30 suggestively associated SNPs was identified,with cpne5a determined as the causal gene of the peak.Therefore,single-marker and haplotype association analyses were performed on cpne5a,revealing four genetic markers(P<0.05)and seven haplotypes(r2>0.9)significantly associated with the phenotype.Comparative transcriptome analysis of precociously and normally maturing individuals screened out 29 and 426 overlapping differentially expressed genes in the brain and ovary,respectively,between individuals of different body sizes.Integrating the GWAS and transcriptome analysis results,this study identified genes and pathways related to hypothalamic-pituitary-gonadal axis hormone secretion,extracellular matrix,angiogenesis,and gap junctions involved in population-asynchronous ovarian development.The insights gained from this study provide a basis for a deeper understanding of the molecular mechanisms underlying ovarian development in fish and may facilitate the genetic breeding of C.nasus strains exhibiting population-synchronous ovarian development in the future. 展开更多
关键词 Coilia nasus GWAS TRANSCRIPTOME Ovarian development SNP
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Combined ATAC-seq,RNA-seq,and GWAS analysis reveals glycogen metabolism regulatory network in Jinjiang oyster(Crassostrea ariakensis)
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作者 Biao Wu Xi Chen +12 位作者 Jie Hu Zhen-Yuan Wang Yan Wang Da-You Xu Hao-Bing Guo Chang-Wei Shao Li-Qing Zhou Xiu-Jun Sun Tao Yu Xiao-Mei Wang Yan-Xin Zheng Guang-Yi Fan Zhi-Hong Liu 《Zoological Research》 SCIE CSCD 2024年第1期201-214,共14页
Glycogen serves as the principal energy reserve for metabolic processes in aquatic shellfish and substantially contributes to the flavor and quality of oysters.The Jinjiang oyster(Crassostrea ariakensis)is an economic... Glycogen serves as the principal energy reserve for metabolic processes in aquatic shellfish and substantially contributes to the flavor and quality of oysters.The Jinjiang oyster(Crassostrea ariakensis)is an economically and ecologically important species in China.In the present study,RNA sequencing(RNA-seq)and assay for transposase-accessible chromatin using sequencing(ATAC-seq)were performed to investigate gene expression and chromatin accessibility variations in oysters with different glycogen contents.Analysis identified 9483 differentially expressed genes(DEGs)and 7215 genes with significantly differential chromatin accessibility(DCAGs)were obtained,with an overlap of 2600 genes between them.Notably,a significant proportion of these genes were enriched in pathways related to glycogen metabolism,including“Glycogen metabolic process”and“Starch and sucrose metabolism”.In addition,genome-wide association study(GWAS)identified 526 single nucleotide polymorphism(SNP)loci associated with glycogen content.These loci corresponded to 241 genes,63 of which were categorized as both DEGs and DCAGs.This study enriches basic research data and provides insights into the molecular mechanisms underlying the regulation of glycogen metabolism in C.ariakensis. 展开更多
关键词 Crassostrea ariakensis GLYCOGEN TRANSCRIPTOME ATAC GWAS
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