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猛禽类15种鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构的比较研究
被引量:
8
1
作者
王翔
孙毅
+4 位作者
袁晓东
汤敏谦
王黎
于业飞
李庆伟
《Acta Genetica Sinica》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期411-419,共9页
利用PCR方法扩增 13个猛禽类物种线粒体基因组中 3个主要的tRNA基因簇 :IQM (tRNAIle tRNAGln tRNAMet)、WANCY (tRNATrp tRNAAla tRNAAsn tRNACys tRNATyr)和HSL (tRNAHis tRNASer(AGY) tRNALeu(CUN) ) ,测序后结合GenBank已登陆的游...
利用PCR方法扩增 13个猛禽类物种线粒体基因组中 3个主要的tRNA基因簇 :IQM (tRNAIle tRNAGln tRNAMet)、WANCY (tRNATrp tRNAAla tRNAAsn tRNACys tRNATyr)和HSL (tRNAHis tRNASer(AGY) tRNALeu(CUN) ) ,测序后结合GenBank已登陆的游隼和普通相应序列探讨猛禽类共 15种鸟类的分子系统进化。 3个目的片段长度分别为2 12~ 2 14bp、35 3~ 36 2bp、2 0 5~ 2 0 8bp ,通过比较这些tRNA基因序列和二级结构差异 ,发现可变核苷酸位点占47% ,这些变异中 6 7%出现在环区 ,且存在插入和 (或 )缺失。茎区相对保守 ,其中一些变异如双链的互补性碱基突变、G U配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要。以夜鹰为外群分别构建了 15个猛禽类物种共 11个线粒体tRNA基因全序列和茎区序列的NJ树和MP树 ,其中基于全序列的系统发育树分支具有较高的自引导值 ,因此该数据集所反映的猛禽类系统发育关系可能更接近真实水平。系统发育分析显示 ,隼形目鹰科更接近于鸱科而不是隼科 ,而草科的分类地位也与传统的形态学和DNA DNA杂交数据的结论存在分歧。比较物种间tRNA基因二级结构发现 ,部分tRNA基因中的核苷酸插入和缺失特征在科水平具有共同衍征 ,提示这些特征对于猛禽类科间系统发育关系具有较高的参考价值。
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关键词
猛禽类
tRNA基因簇
二级结构
系统发育
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职称材料
基于线粒体细胞色素b基因序列探讨红喉姬鹟两亚种的分类地位
被引量:
10
2
作者
李伟
张雁云
《Zoological Research》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期127-131,共5页
以线粒体DNA细胞色素b基因的全序列作为遗传标记 ,探讨红喉姬普通亚种 (Ficedulaparvaal bicilla)和指名亚种 (F .p .parva)的分类地位。应用Kimura 2 parameter法计算出红喉姬普通亚种个体间的遗传距离为 0 1%~ 0 2 % ,而与指...
以线粒体DNA细胞色素b基因的全序列作为遗传标记 ,探讨红喉姬普通亚种 (Ficedulaparvaal bicilla)和指名亚种 (F .p .parva)的分类地位。应用Kimura 2 parameter法计算出红喉姬普通亚种个体间的遗传距离为 0 1%~ 0 2 % ,而与指名亚种之间的遗传距离为 6 4 % ,两亚种之间的遗传距离远远大于种间的遗传距离。结合形态学的特征我们认为 :红喉姬指名亚种和普通亚种应为两个独立种 ,分别为红喉姬 (F .albicilla)和红胸姬 (F .parva) ,两者的分化时间为 3 15~ 3 2
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关键词
线粒体
细胞色素B
基因序列
红喉姬鶲
亚种
分化
遗传标记
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职称材料
题名
猛禽类15种鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构的比较研究
被引量:
8
1
作者
王翔
孙毅
袁晓东
汤敏谦
王黎
于业飞
李庆伟
机构
辽宁师范大学生命科学学院
宝生物工程(大连)有限公司
蛇岛老铁山国家级自然保护区管理处
出处
《Acta Genetica Sinica》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期411-419,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目 (编号 :3 0 170 5 0 5 )~~
文摘
利用PCR方法扩增 13个猛禽类物种线粒体基因组中 3个主要的tRNA基因簇 :IQM (tRNAIle tRNAGln tRNAMet)、WANCY (tRNATrp tRNAAla tRNAAsn tRNACys tRNATyr)和HSL (tRNAHis tRNASer(AGY) tRNALeu(CUN) ) ,测序后结合GenBank已登陆的游隼和普通相应序列探讨猛禽类共 15种鸟类的分子系统进化。 3个目的片段长度分别为2 12~ 2 14bp、35 3~ 36 2bp、2 0 5~ 2 0 8bp ,通过比较这些tRNA基因序列和二级结构差异 ,发现可变核苷酸位点占47% ,这些变异中 6 7%出现在环区 ,且存在插入和 (或 )缺失。茎区相对保守 ,其中一些变异如双链的互补性碱基突变、G U配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要。以夜鹰为外群分别构建了 15个猛禽类物种共 11个线粒体tRNA基因全序列和茎区序列的NJ树和MP树 ,其中基于全序列的系统发育树分支具有较高的自引导值 ,因此该数据集所反映的猛禽类系统发育关系可能更接近真实水平。系统发育分析显示 ,隼形目鹰科更接近于鸱科而不是隼科 ,而草科的分类地位也与传统的形态学和DNA DNA杂交数据的结论存在分歧。比较物种间tRNA基因二级结构发现 ,部分tRNA基因中的核苷酸插入和缺失特征在科水平具有共同衍征 ,提示这些特征对于猛禽类科间系统发育关系具有较高的参考价值。
关键词
猛禽类
tRNA基因簇
二级结构
系统发育
Keywords
Predatory
tRNA cluster
secondary structure
phylogeny
分类号
Q9597 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
基于线粒体细胞色素b基因序列探讨红喉姬鹟两亚种的分类地位
被引量:
10
2
作者
李伟
张雁云
机构
北京师范大学生命科学学院
出处
《Zoological Research》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期127-131,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目 (3 0 170 115 )
文摘
以线粒体DNA细胞色素b基因的全序列作为遗传标记 ,探讨红喉姬普通亚种 (Ficedulaparvaal bicilla)和指名亚种 (F .p .parva)的分类地位。应用Kimura 2 parameter法计算出红喉姬普通亚种个体间的遗传距离为 0 1%~ 0 2 % ,而与指名亚种之间的遗传距离为 6 4 % ,两亚种之间的遗传距离远远大于种间的遗传距离。结合形态学的特征我们认为 :红喉姬指名亚种和普通亚种应为两个独立种 ,分别为红喉姬 (F .albicilla)和红胸姬 (F .parva) ,两者的分化时间为 3 15~ 3 2
关键词
线粒体
细胞色素B
基因序列
红喉姬鶲
亚种
分化
遗传标记
Keywords
Ficedula prava
Subspecies
Taxonomy
Cytochrome b gene
分类号
Q959739 [生物学—动物学]
Q9513 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
猛禽类15种鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构的比较研究
王翔
孙毅
袁晓东
汤敏谦
王黎
于业飞
李庆伟
《Acta Genetica Sinica》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004
8
下载PDF
职称材料
2
基于线粒体细胞色素b基因序列探讨红喉姬鹟两亚种的分类地位
李伟
张雁云
《Zoological Research》
CAS
CSCD
北大核心
2004
10
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