目的:基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的microRNA-mRNA调控机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选心瘅...目的:基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的microRNA-mRNA调控机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选心瘅方中药物活性成分及其靶基因;利用GEO数据库筛选病毒性心肌炎与健康人的差异microRNA;利用FunRich3.1.3对差异microRNA进行mRNA富集,并与药物靶基因取交集基因;通过蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)以及cytoNCA筛选出核心基因;运用R软件对核心基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果:心瘅方中药物活性成分共199个,潜在作用靶点490个,GEO数据库Series GSE148153符合要求,通过筛选得到差异microRNA 438个,50个microRNA与核心基因有对应关系,上调基因45个,下调基因5个;筛选得到交集基因207个,其中33个为核心基因;GO功能注释主要富集在肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程,并且主要富集在PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、白细胞介素17等信号通路。结论:心瘅方调控microRNA-mRNA过程治疗病毒性心肌炎与中药成分干预肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程和PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、肿瘤坏死因子信号通路等有关,此过程可能涉及hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p等外泌体的表达。展开更多
目的:基于网络药理学方法探究参蛭通心胶囊核心药对人参-水蛭治疗扩张型心肌病(dilated cardiomyopathy,DCM)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and an...目的:基于网络药理学方法探究参蛭通心胶囊核心药对人参-水蛭治疗扩张型心肌病(dilated cardiomyopathy,DCM)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取人参-水蛭药对的活性成分及潜在靶点并导入UniProt数据库对所得基因进行标准化处理;运用人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)获取DCM已知靶点;通过绘制韦恩图得到药物与疾病的交集靶点,将药物活性成分及药物-疾病共同靶点等数据导入Cytoscape 3.7.2软件,构建药物-成分-疾病-靶点网络;运用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)并筛选出核心靶点;将核心靶基因导入基因功能注释数据库(the database for annotation visualization and integrated discovery,DAVID)平台对所得交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,同时利用OmicShare进行数据的可视化分析。结果:经筛选共获得人参-水蛭药对有效成分35个,药物-疾病交集靶点184个,涉及的核心靶点主要有胰岛素、白蛋白、肿瘤坏死因子、内皮一氧化氮合成酶、过氧化物酶体增殖物激活受体、白细胞介素1β等。人参-水蛭的有效成分通过对细胞膜、细胞外间隙、电压门控钙通道复合体等部位的作用、一氧化氮生物合成过程的正调控、细胞间信号传递、对凋亡过程的负调控等过程和CAMP信号通路等在内的多个信号通路协同作用治疗DCM。结论:参蛭通心胶囊的核心药对人参-水蛭可以通过参与调控多成分、多靶点、多通路治疗DCM。展开更多
文摘目的:基于网络药理学与GEO数据库探讨心瘅方治疗病毒性心肌炎的microRNA-mRNA调控机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选心瘅方中药物活性成分及其靶基因;利用GEO数据库筛选病毒性心肌炎与健康人的差异microRNA;利用FunRich3.1.3对差异microRNA进行mRNA富集,并与药物靶基因取交集基因;通过蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)以及cytoNCA筛选出核心基因;运用R软件对核心基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果:心瘅方中药物活性成分共199个,潜在作用靶点490个,GEO数据库Series GSE148153符合要求,通过筛选得到差异microRNA 438个,50个microRNA与核心基因有对应关系,上调基因45个,下调基因5个;筛选得到交集基因207个,其中33个为核心基因;GO功能注释主要富集在肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程,并且主要富集在PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、白细胞介素17等信号通路。结论:心瘅方调控microRNA-mRNA过程治疗病毒性心肌炎与中药成分干预肌细胞增殖、MAP激酶活性等生物学过程和PI3K/Akt、人巨细胞病毒感染、肿瘤坏死因子信号通路等有关,此过程可能涉及hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p等外泌体的表达。
文摘目的:基于网络药理学方法探究参蛭通心胶囊核心药对人参-水蛭治疗扩张型心肌病(dilated cardiomyopathy,DCM)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取人参-水蛭药对的活性成分及潜在靶点并导入UniProt数据库对所得基因进行标准化处理;运用人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)获取DCM已知靶点;通过绘制韦恩图得到药物与疾病的交集靶点,将药物活性成分及药物-疾病共同靶点等数据导入Cytoscape 3.7.2软件,构建药物-成分-疾病-靶点网络;运用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)并筛选出核心靶点;将核心靶基因导入基因功能注释数据库(the database for annotation visualization and integrated discovery,DAVID)平台对所得交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,同时利用OmicShare进行数据的可视化分析。结果:经筛选共获得人参-水蛭药对有效成分35个,药物-疾病交集靶点184个,涉及的核心靶点主要有胰岛素、白蛋白、肿瘤坏死因子、内皮一氧化氮合成酶、过氧化物酶体增殖物激活受体、白细胞介素1β等。人参-水蛭的有效成分通过对细胞膜、细胞外间隙、电压门控钙通道复合体等部位的作用、一氧化氮生物合成过程的正调控、细胞间信号传递、对凋亡过程的负调控等过程和CAMP信号通路等在内的多个信号通路协同作用治疗DCM。结论:参蛭通心胶囊的核心药对人参-水蛭可以通过参与调控多成分、多靶点、多通路治疗DCM。
文摘目的分析治疗心悸的组方规律及核心药物组合的作用靶点和通路。方法收集2023年3月至2024年3月李亚平治疗心悸的处方,对药物的性、味、归经和功效进行频次统计,利用SPSS Modeler 18.0和SPSS 26.0软件进行药物的Apriori算法、关联规则及聚类分析。检索核心药物成分及疾病靶点,对其治疗心悸作用靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。结果共收集中药处方220首,涉及中药192味,累计用药频次3978次,高频药物18味。治疗心悸用药以补虚药、安神药、活血化瘀药为主;药性以温、寒、平为主,药味以甘、苦、辛为主,归经以心、肝、脾经居多。关联规则分析显示,当归、丹参、甘草、麦冬和黄芪等为核心药物。聚类分析显示有3个聚类组合。网络药理学分析显示,药物组合与疾病交集靶点共181个。KEGG分析显示,核心药物治疗心悸主要涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B、缺氧诱导因子-1、丝裂原活化蛋白激酶、白细胞介素-17等信号通路,GO分析显示,共包括1000条GO途径,其中生物过程760条,细胞组分93条,分子功能147条。结论李亚平治疗心悸主张益气通阳、化瘀祛浊、通络安神,强调“双心同调”,心肝同治,兼顾脾胃,核心药物组合可通过多成分、多靶点、多作用途径干预心悸病程,对临床心悸的治疗具有重要意义。