目的探索肿瘤组织中抑制素(prohibitin,PHB)的表达情况,分析其对消化系统恶性肿瘤(digestive system malignant tumor,DT)患者预后的影响以及作用机制。方法①使用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因型-组织表达(Genot...目的探索肿瘤组织中抑制素(prohibitin,PHB)的表达情况,分析其对消化系统恶性肿瘤(digestive system malignant tumor,DT)患者预后的影响以及作用机制。方法①使用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEx)数据库比较肿瘤组织和正常组织中PHB的表达差异。②收集2023年10月甘肃省人民医院诊治的5对胃癌及癌旁组织和5对结肠癌及癌旁组织,RT-qPCR检测PHB mRNA表达水平。③采用RT-qPCR和Western blot检测正常胃黏膜细胞(GES-1)和胃癌细胞(AGS、MKN45和HGC27)、正常结肠细胞NCM-460和人结肠癌细胞株SW480中PHB的表达差异。④利用R语言分析PHB对DT患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响。⑤采用CIBERSORT算法分析肿瘤组织中PHB表达与肿瘤免疫细胞浸润之间的相关性。基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探讨PHB的生物学功能。⑥利用R语言分析PHB与药物敏感性的关系。结果①PHB在结肠癌、胆管癌、食管癌、肝癌、直肠癌和胃癌组织中均显著高表达(P<0.01)。②RT-qPCR和Western blot检测结果显示PHB在胃癌和结肠癌组织和细胞中高表达(P<0.01)。③PHB的差异表达与肝癌(P=0.002)预后不良相关。在胆管癌、胃癌、胰腺癌、肝癌和食管癌中,PHB与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性呈正相关(P<0.05)。④PHB的表达在结肠癌中与M2型巨噬细胞呈正相关(P=0.03);在胆管癌中与活化CD4^(+)记忆T细胞呈正相关(P<0.05);在食管癌中与活化肥大细胞呈正相关(P=0.03);在肝癌中与M0、M2型巨噬细胞和单核细胞呈正相关(P<0.05);在直肠癌中与静息树突状细胞、嗜酸性粒细胞和活化CD4^(+)记忆T细胞呈正相关(P<0.05);在胃癌中与M0型巨噬细胞、活化肥大细胞、中性粒细胞、静息自然杀伤细胞、活化CD4^(+)记忆T细胞和滤泡辅助性T细胞呈正相关(P<0.05)。⑤PHB在Ⅰ类受体、PPAR和钙离子信号通路中主要富集(P<0.05)。⑥PHB的表达与氨萘非特、普拉西诺特和阿比特龙等13种药物敏感性呈正相关(P<0.05)。结论PHB表达与DT中多种免疫细胞浸润及不良预后有关,其可能成为新型DT生物标志物及潜在的免疫调节靶点。展开更多
目的探究丝氨酸蛋白酶抑制剂1(serine proteinase inhibitor family E member 1,SERPINE1)在结肠癌中的表达及对结肠癌细胞恶性生物学行为的影响。方法通过starBase和TISIDB数据库分析471个结肠癌及41个正常结肠组织中SERPINE1的表达及...目的探究丝氨酸蛋白酶抑制剂1(serine proteinase inhibitor family E member 1,SERPINE1)在结肠癌中的表达及对结肠癌细胞恶性生物学行为的影响。方法通过starBase和TISIDB数据库分析471个结肠癌及41个正常结肠组织中SERPINE1的表达及其与临床分期、预后生存的关系;收集联勤保障部队第九四〇医院5例结肠癌患者癌组织与对应的癌旁组织标本,应用RT-qPCR和Western blot验证SERPINE1在结肠癌中的表达。构建SERPINE1过表达与干扰表达的慢病毒载体,进行结肠癌RKO和LoVo细胞株转染,通过RT-qPCR和Western blot评估SERPINE1过表达和干扰表达的效果,通过细胞计数试剂盒(cell counting kit-8,CCK-8)、克隆形成实验、Transwell实验和Hoechst凋亡细胞核染色评估细胞的增殖、迁移与侵袭能力和细胞的凋亡情况;应用Western blot检测SERPINE1对磷脂酰激酶3(phosphatidyl-inositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)信号通路的影响。结果数据库分析发现SERPINE1在结肠癌中高表达,且与患者的肿瘤临床分期正相关,与预后总生存期负相关(P<0.05)。转染过表达的慢病毒载体后细胞的增殖、迁移与侵袭能力增强,而细胞的凋亡减弱;反之,在转染干扰表达的慢病毒载体后细胞的增殖、迁移与侵袭能力减弱,而细胞的凋亡增强(P<0.05)。通过Western blot实验发现转染SERPINE1过表达的慢病毒载体后细胞PI3K和AKT表达无明显变化,而磷酸化PI3K(p-PI3K)和磷酸化AKT(p-AKT)表达增加,反之转染SERPINE1干扰表达的慢病毒载体细胞PI3K和AKT表达无明显变化,而p-PI3K和p-AKT表达减少,灰度值定量分析p-PI3K/PI3K和p-AKT/AKT比值差异有统计学意义(P<0.05)。结论SERPINE1在结肠癌中高表达,与患者临床分期及预后相关;SERPINE1过表达可能通过激活PI3K/AKT信号通路促进结肠癌细胞的增殖、迁移与侵袭,抑制其凋亡。展开更多
据Yang Z 2024年8月1日(Science.2024 Aug 1:eadl5816.doi:10.1126/science.adl5816.)报道,美国劳伦斯伯克利国家实验室、加州大学伯克利分校、西雅图系统生物学研究所和拉瓦尔大学的研究人员对被包裹的DNA的蛋白复合物TIP60空间结构有...据Yang Z 2024年8月1日(Science.2024 Aug 1:eadl5816.doi:10.1126/science.adl5816.)报道,美国劳伦斯伯克利国家实验室、加州大学伯克利分校、西雅图系统生物学研究所和拉瓦尔大学的研究人员对被包裹的DNA的蛋白复合物TIP60空间结构有了更深的了解。展开更多
文摘目的探索肿瘤组织中抑制素(prohibitin,PHB)的表达情况,分析其对消化系统恶性肿瘤(digestive system malignant tumor,DT)患者预后的影响以及作用机制。方法①使用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEx)数据库比较肿瘤组织和正常组织中PHB的表达差异。②收集2023年10月甘肃省人民医院诊治的5对胃癌及癌旁组织和5对结肠癌及癌旁组织,RT-qPCR检测PHB mRNA表达水平。③采用RT-qPCR和Western blot检测正常胃黏膜细胞(GES-1)和胃癌细胞(AGS、MKN45和HGC27)、正常结肠细胞NCM-460和人结肠癌细胞株SW480中PHB的表达差异。④利用R语言分析PHB对DT患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响。⑤采用CIBERSORT算法分析肿瘤组织中PHB表达与肿瘤免疫细胞浸润之间的相关性。基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)探讨PHB的生物学功能。⑥利用R语言分析PHB与药物敏感性的关系。结果①PHB在结肠癌、胆管癌、食管癌、肝癌、直肠癌和胃癌组织中均显著高表达(P<0.01)。②RT-qPCR和Western blot检测结果显示PHB在胃癌和结肠癌组织和细胞中高表达(P<0.01)。③PHB的差异表达与肝癌(P=0.002)预后不良相关。在胆管癌、胃癌、胰腺癌、肝癌和食管癌中,PHB与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性呈正相关(P<0.05)。④PHB的表达在结肠癌中与M2型巨噬细胞呈正相关(P=0.03);在胆管癌中与活化CD4^(+)记忆T细胞呈正相关(P<0.05);在食管癌中与活化肥大细胞呈正相关(P=0.03);在肝癌中与M0、M2型巨噬细胞和单核细胞呈正相关(P<0.05);在直肠癌中与静息树突状细胞、嗜酸性粒细胞和活化CD4^(+)记忆T细胞呈正相关(P<0.05);在胃癌中与M0型巨噬细胞、活化肥大细胞、中性粒细胞、静息自然杀伤细胞、活化CD4^(+)记忆T细胞和滤泡辅助性T细胞呈正相关(P<0.05)。⑤PHB在Ⅰ类受体、PPAR和钙离子信号通路中主要富集(P<0.05)。⑥PHB的表达与氨萘非特、普拉西诺特和阿比特龙等13种药物敏感性呈正相关(P<0.05)。结论PHB表达与DT中多种免疫细胞浸润及不良预后有关,其可能成为新型DT生物标志物及潜在的免疫调节靶点。
文摘据Yang Z 2024年8月1日(Science.2024 Aug 1:eadl5816.doi:10.1126/science.adl5816.)报道,美国劳伦斯伯克利国家实验室、加州大学伯克利分校、西雅图系统生物学研究所和拉瓦尔大学的研究人员对被包裹的DNA的蛋白复合物TIP60空间结构有了更深的了解。