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1例罕见α-地中海贫血产前诊断与家系分子遗传学分析
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作者 李金花 赵文杰 +1 位作者 覃茜 许桂丹 《右江医学》 2024年第2期127-132,共6页
目的 对1例疑似携带罕见地中海贫血(简称地贫)的产前诊断胎儿进一步测序分析,对先证者进行家系分子遗传学分析。方法 运用血常规和血红蛋白电泳进行地贫筛查,采用gap-PCR法和PCR-RDB法检测24种地贫突变,对疑似罕见地贫进行基因测序分析... 目的 对1例疑似携带罕见地中海贫血(简称地贫)的产前诊断胎儿进一步测序分析,对先证者进行家系分子遗传学分析。方法 运用血常规和血红蛋白电泳进行地贫筛查,采用gap-PCR法和PCR-RDB法检测24种地贫突变,对疑似罕见地贫进行基因测序分析。结果 先证者为--~(SEA)地贫与α2基因IVS-Ⅱ-119地贫双重杂合子,其IVS-Ⅱ-119地贫基因遗传自母方,--~(SEA)地贫基因遗传自父方。结论 --~(SEA)/α~(IVS-Ⅱ-119)α HbH地贫患儿的诊断,为罕见地贫的遗传咨询和产前诊断提供科学理论依据。 展开更多
关键词 地中海贫血 α2基因IVS-Ⅱ-119杂合突变 罕见地贫基因 分子遗传学诊断 产前分析
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基于自动化提取HCV RNA荧光定量检测系统的性能验证
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作者 邓波 何彪 +1 位作者 廖亚龙 黄革 《广东医科大学学报》 2024年第1期73-77,共5页
目的 基于Stream SP96全自动核酸提取仪、ABI7500实时荧光定量PCR仪对丙型肝炎病毒(HCV)RNA定量检测系统的性能指标进行验证。方法 依据《临床实验室对商品定量试剂盒分析性能的验证》WS/T 420-2013性能验证方案,采用Stream SP96全自动... 目的 基于Stream SP96全自动核酸提取仪、ABI7500实时荧光定量PCR仪对丙型肝炎病毒(HCV)RNA定量检测系统的性能指标进行验证。方法 依据《临床实验室对商品定量试剂盒分析性能的验证》WS/T 420-2013性能验证方案,采用Stream SP96全自动核酸提取平台及ABI7500荧光定量PCR仪检测HCV RNA,对其准确度、精密度、线性区间、检测限、定量限和抗干扰能力等进行方法学性能验证。结果 低、高浓度标准物质的均值与靶值的误差分别为0.20和0.25,均小于靶值对数值±0.4 log;低浓度样本的批内、批间不精密度变异系数值分别为0.79%、1.01%,高浓度样本的批内、批间不精密度变异系数值分别为0.52%、1.22%,均<5%;线性相关系数r>0.980,线性区间可达20~1.0×10^(8),呈良好线性(R^(2)=0.997 3);检出限为20 IU/mL,最低定量限为50 IU/mL;含胆红素(300 mg/L)、血红蛋白(300 g/L)、甘油三酯(3 000 mg/L)的干扰物质对样本检测结果无影响。结论 HCV RNA实时荧光PCR定量法检测系统准确度、精密度、线性范围、检出限、定量限、抗干扰能力均符合厂家声明,能够满足临床对HCV RNA定量检测的需求。 展开更多
关键词 HCV RNA 荧光法 性能验证
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基于二代测序的HLA-Ⅱ类等位基因多态性研究及等位基因丢失防范策略
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作者 高素青 全湛柔 +4 位作者 钟艳平 陈浩 何柳媚 邹红岩 邓志辉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期603-609,共7页
目的:研究二代测序技术(NGS)检测深圳地区随机健康无关汉族人群HLA-DRB1、DQB1、DQA1、DRB3、DRB4、DRB5、DPA1、DPB1等位基因多态性的精确性,探讨HLA-DRB1等位基因丢失的原因及室内关键质控体系建立策略。方法:采用Mi Seq DxTM NGS平台... 目的:研究二代测序技术(NGS)检测深圳地区随机健康无关汉族人群HLA-DRB1、DQB1、DQA1、DRB3、DRB4、DRB5、DPA1、DPB1等位基因多态性的精确性,探讨HLA-DRB1等位基因丢失的原因及室内关键质控体系建立策略。方法:采用Mi Seq DxTM NGS平台对1012例样本完成HLA-II类等位基因分型。对质控体系软件提示的疑难样本和HLA-DRB1纯合子样本采用PCR-SSOP法或PCR-SBT法进行确认。结果:检出HLA-DRB1、DRB3、DRB4、DRB5、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1等位基因分别有45、7、5、7、17、21、10、27种。常见等位基因(频率>10%)有HLA-DRB1*09:01(17.09%)、15:01(10.72%);DRB3*02:02(25.99%)、03:01(10.18%);DRB4*01:03(36.46%);DRB5*01:01(15.42%);DQA1*01:02(20.01%)、03:02(17.19%);DQB1*03:01(19.47%)、03:03(17.98%)、05:02(11.66%)、06:01(10.67%);DPA1*02:02(54.45%)、01:03(31.18%);DPB1*05:01(39.13%)、02:01(16.90%)。HLA-DRB1和DQB1位点基因频率与中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD2.4)进行统计学比较,差异无统计学意义(χ^(2)=12.68,P>0.05)。对NGS检出的94例HLA-DRB1纯合子样本采用PCR-SSOP法进行复检,检出HLA-DRB1位点漏检等位基因1例,通过SBT法确认为漏检DRB1*04:03等位基因,为此建立了本实验室室内质控体系。检出新等位基因2例,获WHO HLA系统因素命名委员会命名。结论:基于NGS-HLA分型方案的HLA分型结果,模棱两可结果比率更低。HLA-II类等位基因在深圳地区无关健康供者汉族人群中存在遗传多态性。在临床组织相容性试验中独立使用NGS方法存在局限性,需要内部质量控制策略来防范偶发的等位基因丢失事件。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 基因频率 二代测序 等位基因丢失
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RPA-毛细管电泳检测人腺病毒55型的方法建立及初步应用
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作者 袁若栋 董阳超 +9 位作者 武福星 段甜 薛潘 张剑 袁明城 薛智丰 张海军 张欠欠 雷迎峰 高小朋 《空军军医大学学报》 CAS 2024年第1期66-72,共7页
目的建立重组酶聚合酶扩增(RPA)技术联合毛细管电泳快速检测人腺病毒55型(HAdV55)的方法及初步应用。方法构建HAdV55-Hexon质粒作为扩增模板,针对HAdV55保守区Hexon基因序列设计RPA特异性引物,对引物筛选和优化,并建立RPA扩增及联合毛... 目的建立重组酶聚合酶扩增(RPA)技术联合毛细管电泳快速检测人腺病毒55型(HAdV55)的方法及初步应用。方法构建HAdV55-Hexon质粒作为扩增模板,针对HAdV55保守区Hexon基因序列设计RPA特异性引物,对引物筛选和优化,并建立RPA扩增及联合毛细管电泳检测体系,进行了特异性、灵敏度、可靠性评价;对18份临床样本进行RPA毛细管电泳检测。结果构建了含有HAdV55-Hexon全长基因的质粒,获得一对扩增效率最高的RPA引物;HAdV55的RPA毛细管电泳检测体系最低检出限为2.9×10^(3) copies/mL,整个过程30 min即可完成,冠状病毒(HCoV-229E、HCoV-OC43、HCoV-HKU1)、甲型乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒标准品提取物用该体系检测时均为阴性,且检测常见的人腺病毒类型(HAdV3、HAdV4、HAdV7、HAdV16、HAdV21)时也均为阴性,可认为对HAdV55有较强的特异性检测;建立的RPA毛细管电泳检测能够有效地检测出临床患者咽拭子中的HAdV55。结论RPA联合毛细管电泳检测HAdV55方法的建立为其临床诊断提供了良好的基础。 展开更多
关键词 人腺病毒55型 重组酶聚合酶扩增 毛细管电泳
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SARS-CoV-2 Omicron变异株多重微滴式数字PCR定量方法的建立及应用
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作者 郑巧 林华 +4 位作者 徐浩 安微 薛昌华 张婧 韩国全 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期80-89,共10页
【目的】为建立精准、高效的多重微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量分析检测方法,开发可同时鉴别新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)ORF1ab基因、N基因、E基因以及Omicron变异株S... 【目的】为建立精准、高效的多重微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量分析检测方法,开发可同时鉴别新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)ORF1ab基因、N基因、E基因以及Omicron变异株S基因的检测体系,提高病毒性传染疾病的诊断效率及传播风险监测能力。【方法】通过筛选保守基因序列并设计特异性引物与探针,优化反应体系和扩增程序,对该方法的特异性、灵敏度及稳定性进行评价。以临床样本为实验材料,利用建立的ddPCR方法进行检测和验证,确定阳性检出率。【结果】多重ddPCR反应体系中,各对引物探针对目的片段均能有效扩增,SARS-CoV-2 ORF1ab基因、N基因、E基因以及Omicron变异株S基因灵敏度检测下限分别为0.59、0.68、1.44、1.03 copies/μL。在20份临床样本的核酸检测中,共检出16份阳性样本,阳性率达80%(16/20),经荧光定量PCR方法复测符合率一致。【结论】研究建立的多重ddPCR方法特异性强、灵敏度高,可实现对临床样本中微量新冠病毒的精确定量检测。 展开更多
关键词 微滴式数字PCR 新型冠状病毒 Omicron变异株 定量
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一种基于Filter Faster R-CNN的数字PCR液滴检测技术
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作者 张一鹏 陈波 +4 位作者 李家奇 梁业东 张华剑 吴文明 张煜 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期344-353,共10页
目的研究液滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)液滴检测技术,去除图像中灰尘、气泡、芯片表面的划痕以及微小凹陷等因素产生的异常点对结果的影响,实现高通量、稳定和准确的ddPCR液滴的自动检测。方法提出Filter Faster R-CNN ddPCR液滴检测... 目的研究液滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)液滴检测技术,去除图像中灰尘、气泡、芯片表面的划痕以及微小凹陷等因素产生的异常点对结果的影响,实现高通量、稳定和准确的ddPCR液滴的自动检测。方法提出Filter Faster R-CNN ddPCR液滴检测模型。使用Faster R-CNN生成液滴预测框,之后使用异常点过滤模块(Filter)去除阳性液滴预测框中的异常点。以诺如病毒片段的质粒为模板进行ddPCR实验,建立一个ddPCR数据集,用于模型的训练(2462例,约占78.56%)和测试(672例,约占21.44%)。对异常点过滤模块的3个过滤支路在验证集上进行消融实验,通过与其他ddPCR液滴检测模型进行比较的对比实验以及进行ddPCR的绝对定量实验。结果在少尘和多尘的环境中,Filter Faster R-CNN阳性液滴准确率为98.23%和88.35%,综合指标F1分数分别达到了99.15%和99.14%,高于其他相比较的模型。独立样本T检验的结果证明,相比未添加过滤模块的网络,添加过滤模块后能够显著提示模型在多尘环境中的阳性准确率。在ddPCR绝对定量实验中,将商业化流式检测设备的结果作为标准浓度,绘制了回归线。结果显示,回归线斜率为1.0005,截距为-0.025,决定系数达到了0.9997,二者结果高度一致。结论本文提出了一种基于Filter Faster R-CNN的ddPCR液滴检测技术,为在多种环境条件下的ddPCR实验提供了鲁棒的液滴检测方法。 展开更多
关键词 ddPCR Filter Faster R-CNN 异常点去除
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新型冠状病毒核酸检测混采阳性样本的溯源检测和分析
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作者 严寒秋 冯兆民 +6 位作者 高志勇 舒高林 李伟红 潘阳 王丽丽 张冬莹 张代涛 《首都公共卫生》 2023年第1期15-18,共4页
目的对某新型冠状病毒(以下简称新冠病毒)核酸检测阳性的混采鼻咽拭子样本进行溯源检测和分析,为新型冠状病毒感染(以下简称新冠感染)疫情大规模核酸筛查混采阳性样本的溯源提供参考。方法用实时荧光RTPCR方法对某一批次混采A+B组2合1... 目的对某新型冠状病毒(以下简称新冠病毒)核酸检测阳性的混采鼻咽拭子样本进行溯源检测和分析,为新型冠状病毒感染(以下简称新冠感染)疫情大规模核酸筛查混采阳性样本的溯源提供参考。方法用实时荧光RTPCR方法对某一批次混采A+B组2合1鼻咽拭子新冠病毒核酸阳性样本及同批次复核C、D单管鼻咽拭子新冠病毒核酸阳性样本进行复测,并对混采A+B组阳性样本进行污染鉴定、突变株检测和全基因组测序实验。将测序结果与同批次检出的C、D单管阳性样本序列进行比对分析。结果A+B组混采及单管C、D单管样本复测均阳性;A+B混采样本排除DNA污染;A+B混采样本及C、D单管阳性样本中新冠病毒均为德尔塔变异株类似株(B.1.617.2突变株),全基因组序列一致性为100%,这三件阳性样本的病毒来源一致。结论新冠感染疫情大规模人群核酸筛查出现混采阳性而复核单管阴性时,需利用多种实验方法对混采阳性和其他相关样本检测,结合流调资料进行溯源分析,降低感染病例漏检率。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 混采 阳性 测序
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血清学结合基因检测对1例Bx亚型的鉴定
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作者 孙岩 王晓宁 +1 位作者 刘冰 钟靖 《中国实验诊断学》 2023年第1期86-88,共3页
截至目前,共有376个人类红细胞血型抗原被国际输血协会(ISBT)认定,其中有345个抗原属于总数为43种的红细胞血型系统(www.isbtweb.org)。每个血型系统表现为一个单基因或相关区域两个至三个紧密连锁基因构成的基因簇,在它们之间很少或几... 截至目前,共有376个人类红细胞血型抗原被国际输血协会(ISBT)认定,其中有345个抗原属于总数为43种的红细胞血型系统(www.isbtweb.org)。每个血型系统表现为一个单基因或相关区域两个至三个紧密连锁基因构成的基因簇,在它们之间很少或几乎没有可识别的重组,因此每个血型系统都具有基因独立性[1]。其中ABO血型系统在临床输血中具有重要的意义,在输血前常规检测中会发现某些ABO亚型表现为正反定型不一致[2]。 展开更多
关键词 临床输血 ABO血型系统 输血前 ABO亚型 红细胞血型抗原 BX亚型 基因检测 血清学
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广州地区318例拟应用伏立康唑治疗的疑似侵袭性真菌感染患者CYP2C19^(*)2/^(*)3/^(*)17等位基因检测分析
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作者 杨建良 苏铎华 +4 位作者 李祥 周晓雯 植嘉玲 邢贞建 钟洪兰 《国际医药卫生导报》 2023年第9期1214-1217,共4页
目的了解广州地区人群CYP2C19^(*)2/^(*)3/^(*)17等位基因9154G>A、7948G>A和806C>T位点的多态性,为临床应用伏立康唑治疗侵袭性真菌感染提供参考依据。方法选取2022年1月至2023年2月在广州市胸科医院就诊、拟应用伏立康唑治... 目的了解广州地区人群CYP2C19^(*)2/^(*)3/^(*)17等位基因9154G>A、7948G>A和806C>T位点的多态性,为临床应用伏立康唑治疗侵袭性真菌感染提供参考依据。方法选取2022年1月至2023年2月在广州市胸科医院就诊、拟应用伏立康唑治疗且进行CYP2C19^(*)2/^(*)3/^(*)17等位基因检测的318例疑似侵袭性真菌感染患者纳入分析,其中男249例、女69例,年龄19~94岁,平均58岁。应用数字荧光分子杂交测序技术检测CYP2C19^(*)2(9154G>A)、CYP2C19^(*)3(7948G>A)、CYP2C19^(*)17(806C>T)位点的多态性,描述性分析伏立康唑快、中、慢代谢型患者的基因型、单倍型分布频率。结果在CYP2C19^(*)2(9154G>A)位点上检测到GG、AG、AA 3种基因型,分布频率分别为47.80%(152/318)、42.45%(135/318)、9.75%(31/318);在CYP2C19^(*)3(7948G>A)位点上检测到GG、GA、AA 3种基因型,分布频率分别为90.88%(289/318)、8.81%(28/318)、0.31%(1/318);在CYP2C19^(*)17(806C>T)位点上检测到CC、CT 2种基因型,分布频率分别为99.37%(316/318)、0.63%(2/318)。318例拟应用伏立康唑治疗的患者中,快、中、慢代谢型的患者分别有135例(42.45%)、140例(44.03%)和43例(13.52%),3个基因位点单倍型情况为:GG-GG-GC、GG-GG-CT 2种快代谢单倍型,分布频率分别为99.26%(134/135)和0.74%(1/135);AG-GG-CC、GG-GA-CC、AG-GG-CT 3种中间代谢单倍型,分布频率分别为87.86%(123/140)、11.43%(16/140)和0.71%(1/140);AA-GG-CC、AG-GA-CC、AA-GA-CC、GG-AA-CC 4种中间代谢单倍型,分布频率分别为69.77%(30/43)、25.58%(11/43)、2.33%(1/43)和2.33%(1/43)。结论从CYP2C19基因遗传背景看,广州地区人群虽多为伏立康唑快、中代谢型,但慢代谢型占有一定比例,在临床诊疗中应重视其基因多态性检测,进而指导伏立康唑的临床合理应用。 展开更多
关键词 基因多态性 细胞色素P450 CYP2C19基因 伏立康唑 数字荧光分子杂交测序技术
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单采血浆48人份混样核酸集中化检测模式的实践与评价
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作者 王拥军 韩文娟 +1 位作者 沈荣杰 蒲宏长 《全科医学临床与教育》 2023年第11期1037-1038,共2页
在国外,核酸检测技术在单采血浆行业的应用[1],有效缩短了病毒检测“窗口期”,极大程度降低了病原体经血液制品传播的风险^([2,3])。近些年,我国的血液制品生产工艺和检测水平也有了极大提高,国家明确要求血液制品生产企业依法开展核酸... 在国外,核酸检测技术在单采血浆行业的应用[1],有效缩短了病毒检测“窗口期”,极大程度降低了病原体经血液制品传播的风险^([2,3])。近些年,我国的血液制品生产工艺和检测水平也有了极大提高,国家明确要求血液制品生产企业依法开展核酸检测试点工作。 展开更多
关键词 单采血浆 核酸检测技术 集中化检测 血液制品 病毒检测 窗口期 检测水平 实践与评价
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国产高敏HCV-RNA定量试剂与国产普敏及进口高敏试剂一致性分析
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作者 刘婷 武建明 +2 位作者 姚亮 佟艳会 戚应杰 《大医生》 2023年第4期1-6,共6页
目的分析国产高敏HCV-RNA核酸检测试剂与国产普敏、进口高敏HCV-RNA核酸检测试剂的一致性。方法选取2021年1月至9月中国科学技术大学附属第一医院感染病医院检验科收录的丙肝患者临床样本165例,分别采用国产高敏HCV-RNA核酸检测试剂A与... 目的分析国产高敏HCV-RNA核酸检测试剂与国产普敏、进口高敏HCV-RNA核酸检测试剂的一致性。方法选取2021年1月至9月中国科学技术大学附属第一医院感染病医院检验科收录的丙肝患者临床样本165例,分别采用国产高敏HCV-RNA核酸检测试剂A与国产普敏HCV-RNA核酸检测试剂B进行HCV-RNA定量检测,对两种HCV-RNA定量检测试剂定量结果均为阳性的样本(≥500 IU/mL,87例)进行Bland-Altman一致性分析;选择稀释样本(15~500 IU/mL,60例),采用国产高敏HCV-RNA核酸检测试剂A与进口高敏HCV-RNA核酸检测试剂C进行HCV-RNA平行定量检测,对两种HCV-RNA定量检测试剂定量结果进行Bland-Altman一致性分析。结果Bland-Altman分析显示试剂A与试剂B定量值差值均值为(-0.0326)log_(10)IU/mL,95%置信区间为(-0.4626~0.3974)log_(10)IU/mL,95.4%(83/87)的样本检测值在95%置信区间内。试剂A与试剂C定量值差值均值为0.1800 log_(10)IU/mL,95%可信区间为(-0.0907~0.4506)log_(10)IU/mL,96.67%(58/60)的样本检测值在95%置信区间内。结论国产高敏定量试剂A与国产普敏定量试剂B在≥500 IU/mL检测结果具有一致性,国产高敏定量试剂A与进口高敏定量试剂C在15~500 IU/mL具有检测结果高度一致性。 展开更多
关键词 体外诊断试剂 高敏HCV-RNA荧光定量PCR 对比分析
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指甲-髌骨综合征一家系的遗传学分析并文献复习 被引量:2
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作者 刘颖文 张玉鑫 +2 位作者 闫露露 韩春晓 李海波 《新医学》 CAS 2023年第5期365-369,共5页
目的分析1个指甲-髌骨综合征(NPS)家系的临床及遗传学特点,为家系的医学遗传咨询和再生育指导提供依据。方法对先证者及父母DNA行全外显子组测序(WES),并对家系进行Sanger测序和生物信息学验证。以“指甲-髌骨综合征”及“产前诊断”的... 目的分析1个指甲-髌骨综合征(NPS)家系的临床及遗传学特点,为家系的医学遗传咨询和再生育指导提供依据。方法对先证者及父母DNA行全外显子组测序(WES),并对家系进行Sanger测序和生物信息学验证。以“指甲-髌骨综合征”及“产前诊断”的中英文为检索词,对以下数据库截至2022年12月收录的论文进行检索:PubMed、中国生物医学文献服务系统(SinoMed)、CNKI、万方数据知识服务平台、维普中文科技期刊数据库,收集并分析检索到的NPS患者资料。结果先证者外周血及胎儿流产组织均存在LMX1B基因c.736C>T(p.Arg246^(*))杂合变异,遗传自父亲。该突变为已知的致病性变异。经生物信息学预测,246位氨基酸在不同物种间高度保守,p.Arg246^(*)变异改变了蛋白空间结构,影响蛋白功能。检索文献后收集到6例产前诊断为NPS的病例,均经超声检查和(或)分子遗传学分析明确诊断。结论LMX1B基因的c.736C>T杂合变异为该NPS家系的致病原因。 展开更多
关键词 指甲-髌骨综合征 LMX1B基因 全外显子组测序
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基于母体外周血胎儿游离DNA的单基因病无创产前诊断研究进展 被引量:1
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作者 王磊 安邦权 黄盛文 《发育医学电子杂志》 2023年第1期53-59,F0002,共8页
单基因遗传病是指受一对等位基因控制的遗传性疾病。截止到目前,OMIM数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/)已收录近6000种发病机制明确的单基因病。尽管多数单基因疾病的发生率都很低,但可以将几千种单基因疾病的总发生率叠加在一... 单基因遗传病是指受一对等位基因控制的遗传性疾病。截止到目前,OMIM数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/)已收录近6000种发病机制明确的单基因病。尽管多数单基因疾病的发生率都很低,但可以将几千种单基因疾病的总发生率叠加在一起,整体发病率可达2%~3%[1]。常见的单基因病有地中海贫血、先天性耳聋、杜氏肌营养不良(Duchenne muscular dystrophy,DMD)、红绿色盲等,其中大部分疾病都无法治愈,并且治疗价格昂贵。因此,进行产前诊断是预防单基因遗传病以及及早进行临床干预的主要方法。 展开更多
关键词 单基因遗传病 单基因病 先天性耳聋 红绿色盲 单基因疾病 地中海贫血 遗传性疾病 产前诊断
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可视化分析在病原体核酸现场快速检测中的研究进展 被引量:1
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作者 刘丹妮 武海萍 周国华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期306-323,共18页
核酸检测因灵敏度高、特异性强而被广泛应用于病原体筛查与检测。随着检测需求的增加和扩增技术的发展,核酸检测方法逐渐向简单、快速、低成本方向发展。作为核酸检测“金标准”的实时荧光定量PCR法依赖昂贵的荧光读取设备和专业的操作... 核酸检测因灵敏度高、特异性强而被广泛应用于病原体筛查与检测。随着检测需求的增加和扩增技术的发展,核酸检测方法逐渐向简单、快速、低成本方向发展。作为核酸检测“金标准”的实时荧光定量PCR法依赖昂贵的荧光读取设备和专业的操作人员,并不适用于病原体的现场快速检测。可视化检测方法无需依赖激发光源或复杂的设备,将可视化检测方法与快速、高效的扩增技术结合,能够以更直观、便携的方式呈现检测结果,具有即时检测(point-of-care testing,POCT)的潜力。本文对与扩增技术、CRISPR/Cas技术结合的可视化分析在病原体核酸快速检测中的应用及优缺点展开综述,以期为基于病原体核酸的POCT策略提供参考。 展开更多
关键词 可视化 病原体检测 等温扩增 即时检测 CRISPR/Cas系统
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不同丙型肝炎病毒基因分型检测方法学的比较 被引量:1
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作者 马雯 何瑞芬 +3 位作者 吴涛 闫俊霞 安超 朴文花 《分子诊断与治疗杂志》 2023年第8期1426-1430,共5页
目的通过丙型肝炎基因分型检测方法学的比较,为实验室选择提供依据。方法选取宁夏回族自治区人民医院2019年1月至2021年12月丙型肝炎确诊患者血清样本148份,使用PCR-荧光探针法、PCR-反向点杂交法及Sanger测序法进行丙型肝炎病毒基因分... 目的通过丙型肝炎基因分型检测方法学的比较,为实验室选择提供依据。方法选取宁夏回族自治区人民医院2019年1月至2021年12月丙型肝炎确诊患者血清样本148份,使用PCR-荧光探针法、PCR-反向点杂交法及Sanger测序法进行丙型肝炎病毒基因分型检测,并采用卡方检验、Kappa检验对这三种检测方法进行比较分析。结果PCR-荧光探针法检出136例,检出率91.89%,共检出4种基因型,分别为1b、2+、3+和6+。PCR-反向点杂交法检出135例,检出率为91.22%,共检出5种基因型,分别为1b、2a、3a、3b和6a。Sanger测序法检出148例,检出率100%,共检出7种基因型,分别为1b、2a、3a、3b、6a、1g和6xa。PCR-荧光探针法未检出的12例样本中,Sanger测序法均已检出,其中包括1例6xa型,1例1g型。两种方法的检出率比较差异无统计学意义(χ^(2)=7.565,P>0.05)。两种方法比较一致性较高(k=0.871,P<0.001)。PCR-反向点杂交法未能测出的13例样本,Sanger测序法均已检出,其中包括1例1g型。PCR-反向点杂交法检出1例3b型,Sanger测序法检出为6xa型。两种方法的检出率比较差异无统计学意义(χ^(2)=8.696,P>0.05)。PCR-反向点杂交法与Sanger测序法一致性高(k=0.609,P<0.05)。结论PCR-荧光探针法和PCR-反向点杂交法操作简单,适合临床推广,Sanger测序法准确性高,可对其他方法进行补充,实验室可结合自身情况进行选择。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 基因分型检测 方法学比较
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302例急性呼吸道感染患儿临床和实验室检查资料分析 被引量:1
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作者 魏瑞 袁旭 +1 位作者 田学文 鲁艳军 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第2期248-252,共5页
目的比较分析呼吸道合胞病毒(RSV)、流感病毒、副流感病毒等常见病原体致儿童急性呼吸道感染的临床和实验室特征。方法采用双扩增技术(即T7核酸扩增和生物素信号放大技术)检测致儿童呼吸道感染常见的7种病原体包括:RSV、甲型流感病毒(Fl... 目的比较分析呼吸道合胞病毒(RSV)、流感病毒、副流感病毒等常见病原体致儿童急性呼吸道感染的临床和实验室特征。方法采用双扩增技术(即T7核酸扩增和生物素信号放大技术)检测致儿童呼吸道感染常见的7种病原体包括:RSV、甲型流感病毒(Flu A)、乙型流感病毒(Flu B)、副流感病毒(PIV)、腺病毒(ADV)、肺炎支原体(MP)、肺炎衣原体核酸(CP),回顾性分析2021年9月至2021年12月该院302例检测阳性的呼吸道感染患儿临床和实验室特征。结果RSV,Flu B,PIV阳性检出率位列前三,分别为61.6%,19.9%,12.3%,其中Flu A,CP检出率为0。分析上述病原感染患儿实验室指标发现:Flu B感染患儿白细胞、中性粒细胞、淋巴细胞、血小板降低比例分别为36.4%、32.7%、45.5%,23.6%,天门冬氨酸氨基转移酶、肌酸激酶升高的比例分别为45.3%、26.4%;ADV感染患儿白细胞计数、中性粒细胞计数、纤维蛋白原升高比例分别为76.2%,61.9%,76.2%;MP感染患儿纤维蛋白原、D-二聚体增加比例均为88.9%,血红蛋白降低比例为50.0%;RSV感染、PIV感染组患儿除天门冬氨酸氨基转移酶升高比例明显,分别为47.3%、41.4%,其余指标未出现明显变化。结论Flu B、ADV感染的呼吸道感染患儿常伴血常规、生化以及凝血部分指标明显波动,相较其他病原引起的呼吸道感染,可能更易发生重症。RSV、PIV感染患儿肝功能指标可表现为异常升高。除此之外,其他呼吸道病原体感染实验室指标的变化也对急性呼吸道感染的临床诊疗有一定的提示意义。 展开更多
关键词 呼吸道病原体 急性呼吸道感染 实验室特征 临床特征 儿童
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低比例DNA污染对地中海贫血基因检测结果的影响
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作者 许晨霞 王德刚 +4 位作者 张艳芳 董兴盛 唐海深 梁睿 彭建明 《分子诊断与治疗杂志》 2023年第3期409-412,421,共5页
目的 研究低比例DNA污染对地中海贫血基因检测结果判读的影响,以及荧光定量PCR(QF-PCR)技术的鉴定污染的能力。方法 2019年1月至2020年1月在中山市博爱医院进行地中海贫血基因检测的11 128名受检者中,选取其中7例确诊基因型分别为-a^(4.... 目的 研究低比例DNA污染对地中海贫血基因检测结果判读的影响,以及荧光定量PCR(QF-PCR)技术的鉴定污染的能力。方法 2019年1月至2020年1月在中山市博爱医院进行地中海贫血基因检测的11 128名受检者中,选取其中7例确诊基因型分别为-a^(4.2)/aa、-a3.7/--^(SEA)、aWSa/--^(SEA)、a^(CS)α/aa、βCD41-42/βN、a^(CS)a/aa β^(IVS-Ⅱ-654)/βN、a^(QS)a/aa的患者为研究对象,提取外周血DNA,建立污染模型。用QF-PCR技术检测低比例污染样本。分别用PCR-流式荧光杂交方法和Gap-PCR+反向点杂交法检测污染模型。结果 当DNA污染比例小于10%(2 ng/μL)时QF-PCR技术易漏检,而PCR-流式荧光杂交法能提示3.7缺失型(Gap-PCR不提示);反向点杂交膜条法能提示WS、QS突变型α地贫和17种突变型β地贫(PCR-流式荧光杂交法不提示)。结论 两种方法相比较PCR-流式荧光杂交法对检测3.7缺失型更加灵敏,反向点杂交膜条检测法对α、β点突变的检测灵敏度更高。 展开更多
关键词 地中海贫血 QF-PCR PCR-流式荧光杂交 Gap-PCR+反向点杂交
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PDCA循环在优化感染性疾病核酸检测TAT时间中的应用
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作者 李穗雯 杨悦林 +5 位作者 钱净 史琼华 刘蕊 赵妍 赵晓丽 朱卫书 《分子诊断与治疗杂志》 2023年第3期446-449,共4页
目的应用PDCA循环管理缩短感染性疾病核酸检测报告TAT时间。方法利用PDCA循环方法,分析影响核酸检测TAT时间的原因,制定改进目标,本次PDCA改进目标确定为TAT时间≤6小时,制定人员、工作模式、仪器配置、试剂四个方面的改进措施并执行,... 目的应用PDCA循环管理缩短感染性疾病核酸检测报告TAT时间。方法利用PDCA循环方法,分析影响核酸检测TAT时间的原因,制定改进目标,本次PDCA改进目标确定为TAT时间≤6小时,制定人员、工作模式、仪器配置、试剂四个方面的改进措施并执行,利用改进前后TAT数据进行效果分析,评价改进措施的有效性。结果执行改进措施后病原体核酸检测TAT时间低于改进前,差异有统计学意义(Z=-76.53,P<0.05)。执行改进措施前后样本TAT达标率比较,差异有统计学意义(χ^(2)=3116.557,P<0.05)。2021年11月~12月改进后,仍然有8593份样本TAT时间超过6小时,其中样本多、样本复查是造成TAT超时的主要原因,分别占超时原因比例的60.53%和28.60%。计划阶段制定的改进措施有效。样本多造成的超时主要反映的是工作人员数量及设备不足、送样不及时造成样本堆积的问题。样本复查的原因主要是异常扩增曲线及内标扩增曲线阴性样本的复查,造成这两种扩增结果的原因较多,其中人员操作熟练程度及对整个检测过程质控点的把控程度是重要原因。结论应用PDCA循环管理从核酸检测人员、工作模式、仪器配置、检测试剂四个方面进行改进,可以有效缩短核酸检测TAT时间。 展开更多
关键词 戴明环 核酸检测 检验结果回报时间
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HLA⁃A基因三倍体家庭的分子遗传学研究———附1例报道
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作者 王丹 刘向军 +1 位作者 宋云峰 吕晓东 《中国输血杂志》 CAS 2023年第6期492-495,共4页
目的研究1名预行异基因造血干细胞移植急性髓系白血病患者及4名家庭成员HLA⁃A基因三倍体分子遗传学基础。方法运用PCR⁃NGS基因测序方法进行家庭成员HLA⁃A,⁃B,⁃C,⁃DRB1,⁃DQB1,⁃E,⁃F,⁃G位点高分辨基因分型。运用PCR⁃SBT方法复核先证者HLA⁃... 目的研究1名预行异基因造血干细胞移植急性髓系白血病患者及4名家庭成员HLA⁃A基因三倍体分子遗传学基础。方法运用PCR⁃NGS基因测序方法进行家庭成员HLA⁃A,⁃B,⁃C,⁃DRB1,⁃DQB1,⁃E,⁃F,⁃G位点高分辨基因分型。运用PCR⁃SBT方法复核先证者HLA⁃A位点,并进一步使用单核苷酸多态性微阵列(SNP Array)分析技术扫描染色体变异。结果先证者(二姐)携带3个HLA⁃A等位基因:A∗02∶01∶01,A∗11∶01∶01,A∗24∶02∶01。6号染色体6p22.1存在162.9 Kb片段重复:arr[hg19]6p22.1(29,803,377-29,966,301)x3。家系调查表明1条单体型携带2个HLA⁃A等位基因:A∗02∶01∶01,A∗24∶02∶01,B∗54∶01∶01,C∗01∶02∶01,DRB1∗04∶05∶01,DQB1∗04∶01∶01,E∗01∶01∶01∶03,F∗01∶01∶01,G∗01∶01∶01∶01且按照孟德尔遗传定律分离稳定遗传2代。先证者(二姐),大姐,母亲均含有该单体型。结论基因微重复导致健康先证者1条单体型携带2个HLA⁃A等位基因且稳定遗传2代。常规HLA移植配型实验室需注意此种情况并准确报告检测结果。 展开更多
关键词 HLA三倍体 单体型 家系调查 基因测序 干细胞移植 急性髓系白血病
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一例ISPD基因复合杂合变异所致的肢带型肌营养不良症2U型的诊断和基因检测分析
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作者 黄娟 缪文华 +1 位作者 郭晓峰 吉炜 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期536-542,共7页
肢带型肌营养不良症(limb-girdle muscular dystrophy,LGMD)是一组罕见的非先天性遗传性肌肉疾病,主要表现为四肢近端肌张力及肌力进行性减退,其临床表现及遗传模式具有异质性。本研究报道了1例肢带型肌营养不良症2U型10岁男性患者,运... 肢带型肌营养不良症(limb-girdle muscular dystrophy,LGMD)是一组罕见的非先天性遗传性肌肉疾病,主要表现为四肢近端肌张力及肌力进行性减退,其临床表现及遗传模式具有异质性。本研究报道了1例肢带型肌营养不良症2U型10岁男性患者,运动后出现双下肢肌肉无力,入院查肌酸激酶明显升高,经水化碱化治疗后无效。利用高通量测序方法对患者及其父母、妹妹进行肌营养不良相关基因检测,该患者存在ISPD基因外显子9杂合缺失以及c.1231C>T(p.Leu411Phe)的杂合错义变异,其父亲携带ISPD基因c.1231C>T(p.Leu411Phe)的杂合错义变异,母亲及妹妹携带ISPD基因外显子9杂合缺失,上述变异在现有的数据库及文献中均未见报道。对变异位点的保守性分析和蛋白结构预测分析表明,上述位点保守性高,且均位于ISPD蛋白C端结构域,可能对蛋白功能产生影响。综合以上结果并结合相关临床资料,可明确诊断该患者为肢带型肌营养不良症2U型。本文通过总结该患者临床特点及对ISPD基因新变异进行分析,丰富了ISPD基因变异谱,有助于该病早期诊断及遗传咨询。 展开更多
关键词 肢带型肌营养不良症2U型 ISPD基因 基因变异
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