甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)和矮化退绿病毒(SPCSV)的双重RT-PCR检测技术体系构建

在大田生产中,甘薯极易受到甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus, SPFMV)和甘薯矮化退绿病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)的混合侵染,导致甘薯产量和品质严重下降,因此构建能同时检测SPFMV和SPCSV两种病毒的检测技术体系对甘薯病毒病(sweet potato virus disease,SPVD)的预防具有重要意义。RT-PCR病毒检测技术具有灵敏度高、特异性强的优点。针对SPFMV和SPCSV病毒分别设计4对和3对特异性引物,通过单一RT-PCR检测技术筛选出特异性强的引物和最佳退火温度;在双重RT-PCR检测体系中,针对SPFMV和SPCSV两种病毒的引物浓度组合设置5个处理,优化双重RT-PCR病毒检测技术体系。单一RT-PCR检测结果表明,SPFMVS2/A2和SPCSVS2/A2引物的特异性最强,目的片段大小为461bp,对于SPCSV病毒来说,SPCSVS2/A2引物的特异性最强,目的片段大小为304bp,最佳退火温度为56℃;在双重RT-PCR检测技术体系中,SPFMV/SPCSV的引物组合浓度比为1∶3时,目标片段扩增效果最好。对两种病毒最低检测浓度的测试结果表明,SPFMV和SPCSV两种病毒RNA的最低检测浓度相当于模板RNA浓度的10-4μL。双重RT-PCR检测技术体系的构建,为大田生产中受SPFMV和SPCSV共侵染的甘薯病毒病的预防提供技术支持。

番木瓜环斑病毒海南南瓜分离物全基因组序列分析

【目的】研究海南南瓜上番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)的全基因组特征及系统进化情况,为南瓜病毒病的综合防控提供依据。【方法】通过DAS-ELISA和RT-PCR等方法,检测采自海南澄迈桥头镇疑似感染PRSV的南瓜叶片中是否存在PRSV,采用分段扩增测序方法拼接获得PRSV-HnPumpkin基因组,利用NC-BI中的BLAST工具、DNAStar和MEGA 6.06软件进行序列分析及系统关系树构建。【结果】DAS-ELISA和RT-PCR检测结果表明,采自海南澄迈桥头镇疑似感染PRSV的南瓜叶片中存在PRSV(PRSV-HnPumpkin)。PRSV-HnPumpkin基因组全长为10 327nt,具有典型的PRSV基因组结构特征,含有1个开放阅读框,编码1个含有3 345个氨基酸的多聚蛋白。PRSV-HnPumpkin与已报道的其他PRSV分离物核苷酸和氨基酸之间的相似性分别为80.6%～95.1%和90.7%～97.9%。系统关系分析表明,PRSV-HnPumpkin与亚洲分离物处于同一组中,且与我国台湾分离物亲缘关系较近。【结论】获得了PRSV-HnPumpkin全序列,但其进化来源有待进一步探讨。