椰子保守microRNA预测和特征分析

根据释放的椰子转录组序列和miRBase数据库中的microRNA （miRNA）序列信息,分析椰子中保守miRNA及其相应靶基因的特征.根据miRBase数据库中植物miRNA序列,共预测了41个miRNA,分别属于22个miRNA家族.这些miRNA家族中13个家族在植物中非常保守,miRBase至少在19个物种中检测到,而miR902、miR2673和miR414这3个家族不保守,仅在1～2个物种中检测到.这些预测的miRNA的成熟序列长度大多为21个碱基（59.5％）,而前体序列的长度大多为50～100个碱基（61.9％）.分析miR396家族前体序列时发现,成熟miRNA和成熟miRNA＊（成熟miRNA形成发卡结构互补的序列）序列很保守,但是中间的序列变异很大.此外,预测miRNA的靶基因发现保守的miRNA家族的靶基因为一些重要的转录因子家族,与植物的生长发育相关,而不太保守的miRNA家族的靶基因编码与表型控制相关的蛋白.