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基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因
1
作者
孟金柱
李鹏飞
+1 位作者
许勤智
赵园园
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2020年第7期9-16,共8页
【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞...
【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。【结果】将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达m-RNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P<0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P<0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。【结论】获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。
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关键词
山羊
卵泡发育
下调基因
高通量测序
卵泡闭锁
RNA-seq技术
下载PDF
职称材料
罕山白绒山羊选育达标羊群绒毛物理性能的研究
2
作者
孙素珍
高娃
+7 位作者
李玉荣
特木勒
张明
单德海
徐惠娟
那顺
乌力吉木仁
戴晓娟
《内蒙古畜牧科学》
2000年第4期16-18,共3页
对赤峰和哲盟2个种畜场罕山白绒山羊选育达标羊绒毛的样品进行了测定和分析.结果表明:成年公母羊和育成公母羊羊绒的自然长度绒层厚度分别为7.835.875.09和4.66 cm;伸直长度分别为101.12±16.02、77.46...
对赤峰和哲盟2个种畜场罕山白绒山羊选育达标羊绒毛的样品进行了测定和分析.结果表明:成年公母羊和育成公母羊羊绒的自然长度绒层厚度分别为7.835.875.09和4.66 cm;伸直长度分别为101.12±16.02、77.46±5.61、74.65±12.03、73.07±8.63mm;绒细度分别为:16.92±2.93、15.20±1.80、13.90±2.25和14.15±2.42μm.
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关键词
罕山白绒山羊
达标羊群
绒毛品质
物理性能
选育
下载PDF
职称材料
槐山羊板皮质量等级较高原因的初步调查
被引量:
1
3
作者
刘振中
《中国养羊》
1992年第1期37-38,共2页
关键词
山羊
槐山羊
板皮
质量
下载PDF
职称材料
影响农村养羊业发展的因素及对策
4
作者
应清香
《福建畜牧兽医》
2004年第2期48-48,共1页
近年来,养羊业得到快速发展,但在养羊过程中,因品种、技术、结构、设施、牧草资源、管理及防疫治病技术滞后,影响了养羊业的整体效益.笔者就目前农村山羊养殖中存在的问题提出一些建议.
关键词
养羊业
品种结构
牧草资源
饲养管理
防疫驱虫制度
秸秆微贮
下载PDF
职称材料
增强科技意识 提高养羊效益
5
作者
夏道伦
《湖北畜牧兽医》
2004年第3期18-20,共3页
关键词
羊肉
消费
市场
价格
效益
下载PDF
职称材料
题名
基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因
1
作者
孟金柱
李鹏飞
许勤智
赵园园
机构
铜仁学院
山西农业大学生命科学学院
出处
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2020年第7期9-16,共8页
基金
贵州省教育厅青年科技人才成长项目(黔教合KY字2018348)
铜仁市科技计划项目(铜市科研201739号,铜市科研201618号-1)
+2 种基金
铜仁学院博士启动基金项目(trxyDH1601)
国家富民强县专项计划项目(黔科合成转字20145202号)
沿河土家族自治县科技合作计划项目“沿河白山羊健康养殖技术研究与推广”。
文摘
【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。【结果】将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达m-RNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P<0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P<0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。【结论】获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。
关键词
山羊
卵泡发育
下调基因
高通量测序
卵泡闭锁
RNA-seq技术
Keywords
goat
follicular development
down-regulated genes
high-throughput sequencing
follicle atresia
RNA-seq technology
分类号
S827.99 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
罕山白绒山羊选育达标羊群绒毛物理性能的研究
2
作者
孙素珍
高娃
李玉荣
特木勒
张明
单德海
徐惠娟
那顺
乌力吉木仁
戴晓娟
机构
内蒙古畜牧科学院
内蒙古赤峰市罕山白绒山羊种羊场
内蒙古通辽市扎鲁特旗阿日昆都楞种畜场
出处
《内蒙古畜牧科学》
2000年第4期16-18,共3页
文摘
对赤峰和哲盟2个种畜场罕山白绒山羊选育达标羊绒毛的样品进行了测定和分析.结果表明:成年公母羊和育成公母羊羊绒的自然长度绒层厚度分别为7.835.875.09和4.66 cm;伸直长度分别为101.12±16.02、77.46±5.61、74.65±12.03、73.07±8.63mm;绒细度分别为:16.92±2.93、15.20±1.80、13.90±2.25和14.15±2.42μm.
关键词
罕山白绒山羊
达标羊群
绒毛品质
物理性能
选育
分类号
S827.99 [农业科学—畜牧学]
S827.2 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
槐山羊板皮质量等级较高原因的初步调查
被引量:
1
3
作者
刘振中
出处
《中国养羊》
1992年第1期37-38,共2页
关键词
山羊
槐山羊
板皮
质量
分类号
S827.99 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
影响农村养羊业发展的因素及对策
4
作者
应清香
机构
南平市延平区来舟镇兽医站
出处
《福建畜牧兽医》
2004年第2期48-48,共1页
文摘
近年来,养羊业得到快速发展,但在养羊过程中,因品种、技术、结构、设施、牧草资源、管理及防疫治病技术滞后,影响了养羊业的整体效益.笔者就目前农村山羊养殖中存在的问题提出一些建议.
关键词
养羊业
品种结构
牧草资源
饲养管理
防疫驱虫制度
秸秆微贮
分类号
S827.99 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
增强科技意识 提高养羊效益
5
作者
夏道伦
机构
湖北省襄樊市襄阳区畜牧局
出处
《湖北畜牧兽医》
2004年第3期18-20,共3页
关键词
羊肉
消费
市场
价格
效益
分类号
S827.99 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因
孟金柱
李鹏飞
许勤智
赵园园
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2020
0
下载PDF
职称材料
2
罕山白绒山羊选育达标羊群绒毛物理性能的研究
孙素珍
高娃
李玉荣
特木勒
张明
单德海
徐惠娟
那顺
乌力吉木仁
戴晓娟
《内蒙古畜牧科学》
2000
0
下载PDF
职称材料
3
槐山羊板皮质量等级较高原因的初步调查
刘振中
《中国养羊》
1992
1
下载PDF
职称材料
4
影响农村养羊业发展的因素及对策
应清香
《福建畜牧兽医》
2004
0
下载PDF
职称材料
5
增强科技意识 提高养羊效益
夏道伦
《湖北畜牧兽医》
2004
0
下载PDF
职称材料
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