柳树具观赏、生物修复、生物能源等多种功能,对其开展DNA条形码评估在种质资源保护和利用方面具有非常重要的应用价值。通过对柳树样品进行ITS、ITS2、matK、rbcL和rpoC1片段扩增和测序,结合GenBank数据,共获得柳树22个种,63份样品共计...柳树具观赏、生物修复、生物能源等多种功能,对其开展DNA条形码评估在种质资源保护和利用方面具有非常重要的应用价值。通过对柳树样品进行ITS、ITS2、matK、rbcL和rpoC1片段扩增和测序,结合GenBank数据,共获得柳树22个种,63份样品共计396条序列。比较了5个DNA片段的通用性、序列特征、种内和种间变异,并基于Best Match(BM)、Best Close Match(BCM)、BLAST及Neighbor Joining(NJ)4种方法评估DNA条形码在柳树中的鉴定能力。结果表明,5个DNA条形码中,ITS在柳树种扩增效率和测序成功率高,种内和种间遗传变异明显,鉴定效率最高,建议作为首选的单位点DNA条形码;3个条形码组合中,ITS+ITS2+rbcL鉴定成功率最高,为78.16%,4个DNA条形码组合中,ITS+ITS2+matK+rbcL物种鉴别成功率最高,为88.28%,建议ITS+ITS2+matK+rbcL作为柳树分子鉴定最优条形码组合。展开更多
饭甑青冈(Cyclobalanopsis fleuryi)是中国及越南的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。该研究以饭甑青冈叶片为材料,通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对其叶绿体基因组进行测序、组装和注释。结果表明,饭甑青冈叶绿体全基因...饭甑青冈(Cyclobalanopsis fleuryi)是中国及越南的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。该研究以饭甑青冈叶片为材料,通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对其叶绿体基因组进行测序、组装和注释。结果表明,饭甑青冈叶绿体全基因组具有典型的四分体结构,全长为160796 bp,共注释129个基因,其中包括83个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。密码子偏好性分析表明饭甑青冈的密码子使用模式偏向以A或U结尾,亮氨酸(Leu)密码子使用频率最高,半胱氨酸(Cys)使用率最低。重复序列分析共检测到292个SSR位点,其中单碱基重复的SSR位点最多,有183个,无六碱基重复。壳斗科叶绿体基因组比较分析显示,反向重复区的位置和边界区域的基因分布无明显的收缩与扩张现象。系统发育分析表明,饭甑青冈与云山青冈(C.sessilifolia)、小叶青冈(C.myrsinifolia)亲缘关系密切。该研究为饭甑青冈的分子标记、物种鉴定、遗传多样性分析等研究提供了基础。展开更多
文摘柳树具观赏、生物修复、生物能源等多种功能,对其开展DNA条形码评估在种质资源保护和利用方面具有非常重要的应用价值。通过对柳树样品进行ITS、ITS2、matK、rbcL和rpoC1片段扩增和测序,结合GenBank数据,共获得柳树22个种,63份样品共计396条序列。比较了5个DNA片段的通用性、序列特征、种内和种间变异,并基于Best Match(BM)、Best Close Match(BCM)、BLAST及Neighbor Joining(NJ)4种方法评估DNA条形码在柳树中的鉴定能力。结果表明,5个DNA条形码中,ITS在柳树种扩增效率和测序成功率高,种内和种间遗传变异明显,鉴定效率最高,建议作为首选的单位点DNA条形码;3个条形码组合中,ITS+ITS2+rbcL鉴定成功率最高,为78.16%,4个DNA条形码组合中,ITS+ITS2+matK+rbcL物种鉴别成功率最高,为88.28%,建议ITS+ITS2+matK+rbcL作为柳树分子鉴定最优条形码组合。